SCOPe 2.08: Protein: RPB6

Lineage for Protein: RPB6

Root: SCOPe 2.08
Class a: All alpha proteins [46456] (290 folds)
Fold a.143: RPB6/omega subunit-like [63561] (1 superfamily)
core: 2 helices and adjacent loops

Superfamily a.143.1: RPB6/omega subunit-like [63562] (2 families)

(S)

the bacterial omega and eukaryotic RPB6 subunits both function in polymerase assembly; the common core is involved in conserved interactions with other subunits

Family a.143.1.2: RPB6 [55294] (2 proteins)
Protein RPB6 [55295] (3 species)
essential subunit of RNA polymerases I, II and III

Species:

Baker's yeast (Saccharomyces cerevisiae) [TaxId:4932] [64318] (31 PDB entries)
Uniprot P20435; part of multichain biological unit

Domain for 1i3q:

Domain d1i3qf_: 1i3q F: [61613]
Other proteins in same PDB: d1i3qa_, d1i3qb_, d1i3qc1, d1i3qc2, d1i3qe1, d1i3qe2, d1i3qh_, d1i3qi1, d1i3qi2, d1i3qj_, d1i3qk_, d1i3ql_
protein/RNA complex; complexed with mg, zn

Domain for 1i50:

Domain d1i50f_: 1i50 F: [61760]
Other proteins in same PDB: d1i50a_, d1i50b_, d1i50c1, d1i50c2, d1i50e1, d1i50e2, d1i50h_, d1i50i1, d1i50i2, d1i50j_, d1i50k_, d1i50l_
protein/RNA complex; complexed with mn, zn

Domain for 1i6h:

Domain d1i6hf_: 1i6h F: [61837]
Other proteins in same PDB: d1i6ha_, d1i6hb_, d1i6hc1, d1i6hc2, d1i6he1, d1i6he2, d1i6hh_, d1i6hi1, d1i6hi2, d1i6hj_, d1i6hk_, d1i6hl_
protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, zn

Domain for 1k83:

Domain d1k83f_: 1k83 F: [68281]
Other proteins in same PDB: d1k83a_, d1k83b_, d1k83c1, d1k83c2, d1k83e1, d1k83e2, d1k83h_, d1k83i1, d1k83i2, d1k83j_, d1k83k_, d1k83l_
protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mn, zn

Domain for 1twa:

Domain d1twaf_: 1twa F: [112702]
Other proteins in same PDB: d1twaa_, d1twab_, d1twac1, d1twac2, d1twae1, d1twae2, d1twah_, d1twai1, d1twai2, d1twaj_, d1twak_, d1twal_
protein/RNA complex; complexed with atp, mn, zn

Domain for 1twc:

Domain d1twcf_: 1twc F: [112717]
Other proteins in same PDB: d1twca_, d1twcb_, d1twcc1, d1twcc2, d1twce1, d1twce2, d1twch_, d1twci1, d1twci2, d1twcj_, d1twck_, d1twcl_
protein/RNA complex; complexed with gtp, mn, zn

Domain for 1twf:

Domain d1twff_: 1twf F: [112731]
Other proteins in same PDB: d1twfa_, d1twfb_, d1twfc1, d1twfc2, d1twfe1, d1twfe2, d1twfh_, d1twfi1, d1twfi2, d1twfj_, d1twfk_, d1twfl_
protein/RNA complex; complexed with mn, utp, zn

Domain for 1twg:

Domain d1twgf_: 1twg F: [112744]
Other proteins in same PDB: d1twga_, d1twgb_, d1twgc1, d1twgc2, d1twge1, d1twge2, d1twgh_, d1twgi1, d1twgi2, d1twgj_, d1twgk_, d1twgl_
protein/RNA complex; complexed with ctp, mn, zn

Domain for 1twh:

Domain d1twhf_: 1twh F: [112757]
Other proteins in same PDB: d1twha_, d1twhb_, d1twhc1, d1twhc2, d1twhe1, d1twhe2, d1twhh_, d1twhi1, d1twhi2, d1twhj_, d1twhk_, d1twhl_
protein/RNA complex; complexed with atp, mn, zn

Domain for 2b63:

Domain d2b63f1: 2b63 F:72-155 [127924]
Other proteins in same PDB: d2b63a1, d2b63b1, d2b63c1, d2b63c2, d2b63d1, d2b63e1, d2b63e2, d2b63g1, d2b63h1, d2b63i1, d2b63i2, d2b63j1, d2b63k1, d2b63l1
automatically matched to d1i3qf_
protein/RNA complex; complexed with mg, zn

Domain for 2b8k:

Domain d2b8kf1: 2b8k F:72-155 [128083]
Other proteins in same PDB: d2b8ka1, d2b8kb1, d2b8kc1, d2b8kc2, d2b8kd1, d2b8ke1, d2b8ke2, d2b8kg1, d2b8kg2, d2b8kh1, d2b8ki1, d2b8ki2, d2b8kj1, d2b8kk1, d2b8kl1
automatically matched to d1i3qf_
complexed with zn

Domain for 2e2h:

Domain d2e2hf1: 2e2h F:72-154 [131987]
Other proteins in same PDB: d2e2ha1, d2e2hb1, d2e2hc1, d2e2hc2, d2e2he1, d2e2he2, d2e2hh1, d2e2hi1, d2e2hi2, d2e2hj1, d2e2hk1, d2e2hl1
automatically matched to d1i3qf_
protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with gtp, mg, zn

Domain for 2e2i:

Domain d2e2if1: 2e2i F:72-155 [132000]
Other proteins in same PDB: d2e2ia1, d2e2ib1, d2e2ic1, d2e2ic2, d2e2ie1, d2e2ie2, d2e2ih1, d2e2ii1, d2e2ii2, d2e2ij1, d2e2ik1, d2e2il1
automatically matched to d1i3qf_
protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with dgt, mg, zn

Domain for 2e2j:

Domain d2e2jf1: 2e2j F:72-154 [132013]
Other proteins in same PDB: d2e2ja1, d2e2jb1, d2e2jc1, d2e2jc2, d2e2je1, d2e2je2, d2e2jh1, d2e2ji1, d2e2ji2, d2e2jj1, d2e2jk1, d2e2jl1
automatically matched to d1i3qf_
protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with g2p, mg, zn

Domain for 2ja5:

Domain d2ja5f1: 2ja5 F:72-155 [138165]
Other proteins in same PDB: d2ja5a1, d2ja5b1, d2ja5c1, d2ja5c2, d2ja5d1, d2ja5e1, d2ja5e2, d2ja5g1, d2ja5g2, d2ja5h1, d2ja5i1, d2ja5i2, d2ja5j1, d2ja5k1, d2ja5l1
automatically matched to d1i3qf_
protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, zn

Domain for 2ja6:

Domain d2ja6f1: 2ja6 F:72-155 [138181]
Other proteins in same PDB: d2ja6a1, d2ja6b1, d2ja6c1, d2ja6c2, d2ja6d1, d2ja6e1, d2ja6e2, d2ja6g1, d2ja6g2, d2ja6h1, d2ja6i1, d2ja6i2, d2ja6j1, d2ja6k1, d2ja6l1
automatically matched to d1i3qf_
protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, zn

Domains for 2ja7:

Domain d2ja7f1: 2ja7 F:72-155 [138197]
Other proteins in same PDB: d2ja7a1, d2ja7b1, d2ja7c1, d2ja7c2, d2ja7d1, d2ja7e1, d2ja7e2, d2ja7g1, d2ja7g2, d2ja7h1, d2ja7i1, d2ja7i2, d2ja7j1, d2ja7k1, d2ja7l1, d2ja7m1, d2ja7n1, d2ja7o1, d2ja7o2, d2ja7p1, d2ja7q1, d2ja7q2, d2ja7s1, d2ja7s2, d2ja7t1, d2ja7u1, d2ja7u2, d2ja7v1, d2ja7w1, d2ja7x1
automatically matched to d1i3qf_
protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, zn

Domain d2ja7r1: 2ja7 R:72-155 [138213]
Other proteins in same PDB: d2ja7a1, d2ja7b1, d2ja7c1, d2ja7c2, d2ja7d1, d2ja7e1, d2ja7e2, d2ja7g1, d2ja7g2, d2ja7h1, d2ja7i1, d2ja7i2, d2ja7j1, d2ja7k1, d2ja7l1, d2ja7m1, d2ja7n1, d2ja7o1, d2ja7o2, d2ja7p1, d2ja7q1, d2ja7q2, d2ja7s1, d2ja7s2, d2ja7t1, d2ja7u1, d2ja7u2, d2ja7v1, d2ja7w1, d2ja7x1
automatically matched to d1i3qf_
protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, zn

Domain for 2ja8:

Domain d2ja8f1: 2ja8 F:72-155 [138229]
Other proteins in same PDB: d2ja8a1, d2ja8b1, d2ja8c1, d2ja8c2, d2ja8d1, d2ja8e1, d2ja8e2, d2ja8g1, d2ja8g2, d2ja8h1, d2ja8i1, d2ja8i2, d2ja8j1, d2ja8k1, d2ja8l1
automatically matched to d1i3qf_
protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, zn

Domain for 2nvq:

Domain d2nvqf_: 2nvq F: [138640]
Other proteins in same PDB: d2nvqa_, d2nvqb_, d2nvqc1, d2nvqc2, d2nvqe1, d2nvqe2, d2nvqh_, d2nvqi1, d2nvqi2, d2nvqj_, d2nvqk_, d2nvql_
automated match to d1twff_
protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with dut, mg, zn

Domain for 2nvt:

Domain d2nvtf1: 2nvt F:72-155 [138653]
Other proteins in same PDB: d2nvta1, d2nvtb1, d2nvtc1, d2nvtc2, d2nvte1, d2nvte2, d2nvth1, d2nvti1, d2nvti2, d2nvtj1, d2nvtk1, d2nvtl1
automatically matched to d1i3qf_
protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with g2p, mg, zn

Domain for 2nvx:

Domain d2nvxf1: 2nvx F:72-155 [138673]
Other proteins in same PDB: d2nvxa1, d2nvxb1, d2nvxc1, d2nvxc2, d2nvxe1, d2nvxe2, d2nvxh1, d2nvxi1, d2nvxi2, d2nvxj1, d2nvxk1, d2nvxl1
automatically matched to d1i3qf_
protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with dut, mg, zn

Domain for 2nvy:

Domain d2nvyf1: 2nvy F:72-155 [138686]
Other proteins in same PDB: d2nvya1, d2nvyb1, d2nvyc1, d2nvyc2, d2nvye1, d2nvye2, d2nvyh1, d2nvyi1, d2nvyi2, d2nvyj1, d2nvyk1, d2nvyl1
automatically matched to d1i3qf_
protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mn, zn

Domain for 2nvz:

Domain d2nvzf1: 2nvz F:72-154 [138699]
Other proteins in same PDB: d2nvza1, d2nvzb1, d2nvzc1, d2nvzc2, d2nvze1, d2nvze2, d2nvzh1, d2nvzi1, d2nvzi2, d2nvzj1, d2nvzk1, d2nvzl1
automatically matched to d1i3qf_
protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, utp, zn

Domain for 2r7z:

Domain d2r7zf1: 2r7z F:72-155 [151661]
Other proteins in same PDB: d2r7za1, d2r7zb1, d2r7zd1, d2r7zg1, d2r7zh1, d2r7zj1, d2r7zk1, d2r7zl1
automatically matched to d1i3qf_
protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with cpt, mg, zn

Domain for 2r92:

Domain d2r92f1: 2r92 F:72-155 [151748]
Other proteins in same PDB: d2r92a1, d2r92b1, d2r92d1, d2r92g1, d2r92h1, d2r92j1, d2r92k1, d2r92l1
automatically matched to d1i3qf_
protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, zn

Domain for 2r93:

Domain d2r93f1: 2r93 F:72-155 [151757]
Other proteins in same PDB: d2r93a1, d2r93b1, d2r93d1, d2r93g1, d2r93h1, d2r93j1, d2r93k1, d2r93l1
automatically matched to d1i3qf_
protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, zn

Domain for 2vum:

Domain d2vumf1: 2vum F:72-155 [153551]
Other proteins in same PDB: d2vuma1, d2vumb1, d2vumd1, d2vumg1, d2vumh1, d2vumj1, d2vumk1, d2vuml1
automatically matched to d1i3qf_
protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, zn

Domain for 2yu9:

Domain d2yu9f1: 2yu9 F:72-155 [140070]
Other proteins in same PDB: d2yu9a1, d2yu9b1, d2yu9c1, d2yu9c2, d2yu9e1, d2yu9e2, d2yu9h1, d2yu9i1, d2yu9i2, d2yu9j1, d2yu9k1, d2yu9l1
automatically matched to d1i3qf_
protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, utp, zn

Domain for 3cqz:

Domain d3cqzf1: 3cqz F:72-155 [156931]
Other proteins in same PDB: d3cqza1, d3cqzb_, d3cqzh_, d3cqzj_, d3cqzk_, d3cqzl1
automatically matched to d1i3qf_
protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with zn

Domains for 4c2m:

Domain d4c2mf_: 4c2m F: [228425]
Other proteins in same PDB: d4c2m1_, d4c2m2_, d4c2m3_, d4c2ma_, d4c2mb_, d4c2mc1, d4c2mc2, d4c2me1, d4c2me2, d4c2mg1, d4c2mh_, d4c2mi1, d4c2mi2, d4c2mj_, d4c2mk_, d4c2ml_, d4c2mm_, d4c2mn_, d4c2mp_, d4c2mq_, d4c2mr1, d4c2mr2, d4c2mt1, d4c2mt2, d4c2mv1, d4c2mw_, d4c2mx1, d4c2mx2, d4c2my_, d4c2mz_
automated match to d2nvqf_
complexed with so4, zn

Domain d4c2mu_: 4c2m U: [228429]
Other proteins in same PDB: d4c2m1_, d4c2m2_, d4c2m3_, d4c2ma_, d4c2mb_, d4c2mc1, d4c2mc2, d4c2me1, d4c2me2, d4c2mg1, d4c2mh_, d4c2mi1, d4c2mi2, d4c2mj_, d4c2mk_, d4c2ml_, d4c2mm_, d4c2mn_, d4c2mp_, d4c2mq_, d4c2mr1, d4c2mr2, d4c2mt1, d4c2mt2, d4c2mv1, d4c2mw_, d4c2mx1, d4c2mx2, d4c2my_, d4c2mz_
automated match to d2nvqf_
complexed with so4, zn

Domain for 4c3h:

Domain d4c3hf_: 4c3h F: [345093]
Other proteins in same PDB: d4c3ha_, d4c3hb_, d4c3hc1, d4c3hc2, d4c3hd_, d4c3he1, d4c3he2, d4c3hg1, d4c3hg2, d4c3hh_, d4c3hi1, d4c3hi2, d4c3hj_, d4c3hk_, d4c3hl_, d4c3hm_, d4c3hn_
complexed with zn

Baker's yeast (Saccharomyces cerevisiae) [TaxId:559292] [224850] (1 PDB entry)

Domain for 3s14:

Domain d3s14f_: 3s14 F: [216148]
Other proteins in same PDB: d3s14a_, d3s14b_, d3s14c1, d3s14c2, d3s14e1, d3s14e2, d3s14h_, d3s14i1, d3s14i2, d3s14j_, d3s14k_, d3s14l_
automated match to d1twff_
protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, zn

Human (Homo sapiens) [TaxId:9606] [55296] (1 PDB entry)
- Domain for 1qkl:
  - Domain d1qkla_: 1qkl A: [39754]

More info for Protein RPB6 from a.143.1.2: RPB6

Timeline for Protein RPB6 from a.143.1.2: RPB6:

Protein RPB6 from a.143.1.2: RPB6 first appeared (with stable ids) in SCOP 1.55, called Protein HRPABC14.4, essential subunit of RNA polymerases I, II and III (RPB6) from d.78.1.2: HRPABC14.4, essential subunit of RNA polymerases I, II and III (RPB6)
Protein RPB6 from a.143.1.2: RPB6 appears in SCOPe 2.07