Lineage for Species: Human (Homo sapiens), cluster 3.2 [TaxId: 9606]

  1. Root: SCOPe 2.06
  2. 2017114Class b: All beta proteins [48724] (177 folds)
  3. 2017115Fold b.1: Immunoglobulin-like beta-sandwich [48725] (33 superfamilies)
    sandwich; 7 strands in 2 sheets; greek-key
    some members of the fold have additional strands
  4. 2017116Superfamily b.1.1: Immunoglobulin [48726] (5 families) (S)
  5. 2017117Family b.1.1.1: V set domains (antibody variable domain-like) [48727] (33 protein domains)
  6. 2018294Protein Immunoglobulin light chain kappa variable domain, VL-kappa [88519] (16 species)
    VL-kappa domains of human and mouse antibodies are clustered by the sequence similarity within the germline encoded segment and then by the size of the complementarity determining regions CDR1 and CDR2, so the clusters may correspond to putative germline families in the species genomes; VL-kappa domains with artificial or grafted exogenous CDRs are listed as engineered species
  7. 2018454Species Human (Homo sapiens), cluster 3.2 [TaxId:9606] [88523] (31 PDB entries)

PDB entries in Species: Human (Homo sapiens), cluster 3.2 [TaxId: 9606]:

  1. Domain(s) for 1g9m:
  2. Domain(s) for 1g9n:
  3. Domain(s) for 1gc1:
  4. Domain(s) for 1rhh:
    1. 2018460Domain d1rhha1: 1rhh A:1-106A [97473]
      Other proteins in same PDB: d1rhha2, d1rhhb1, d1rhhb2, d1rhhc2, d1rhhd1, d1rhhd2
      part of HIV-1 neutralizing Fab x5
    2. 2018461Domain d1rhhc1: 1rhh C:1-106A [97477]
      Other proteins in same PDB: d1rhha2, d1rhhb1, d1rhhb2, d1rhhc2, d1rhhd1, d1rhhd2
      part of HIV-1 neutralizing Fab x5
  5. Domain(s) for 1rz8:
    1. 2018471Domain d1rz8a1: 1rz8 A:1-109 [98137]
      Other proteins in same PDB: d1rz8a2, d1rz8b1, d1rz8b2, d1rz8c2, d1rz8d1, d1rz8d2
      part of anti HIV-1 gp120 Fab 17B
    2. 2018472Domain d1rz8c1: 1rz8 C:1-109 [98141]
      Other proteins in same PDB: d1rz8a2, d1rz8b1, d1rz8b2, d1rz8c2, d1rz8d1, d1rz8d2
      part of anti HIV-1 gp120 Fab 17B
  6. Domain(s) for 1rzj:
  7. Domain(s) for 1rzk:
  8. Domain(s) for 1y0l:
    1. 2018473Domain d1y0la1: 1y0l A:1-107 [122486]
      Other proteins in same PDB: d1y0la2, d1y0lb1, d1y0lb2, d1y0lc2, d1y0ld1, d1y0ld2, d1y0le2, d1y0lf1, d1y0lf2, d1y0lh1, d1y0lh2, d1y0ll2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with cl, han
    2. 2018474Domain d1y0lc1: 1y0l C:1-107 [122490]
      Other proteins in same PDB: d1y0la2, d1y0lb1, d1y0lb2, d1y0lc2, d1y0ld1, d1y0ld2, d1y0le2, d1y0lf1, d1y0lf2, d1y0lh1, d1y0lh2, d1y0ll2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with cl, han
    3. 2018475Domain d1y0le1: 1y0l E:1-107 [122494]
      Other proteins in same PDB: d1y0la2, d1y0lb1, d1y0lb2, d1y0lc2, d1y0ld1, d1y0ld2, d1y0le2, d1y0lf1, d1y0lf2, d1y0lh1, d1y0lh2, d1y0ll2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with cl, han
    4. 2018476Domain d1y0ll1: 1y0l L:1-107 [122500]
      Other proteins in same PDB: d1y0la2, d1y0lb1, d1y0lb2, d1y0lc2, d1y0ld1, d1y0ld2, d1y0le2, d1y0lf1, d1y0lf2, d1y0lh1, d1y0lh2, d1y0ll2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with cl, han
  9. Domain(s) for 1y18:
    1. 2018502Domain d1y18a1: 1y18 A:1-107 [122521]
      Other proteins in same PDB: d1y18a2, d1y18b1, d1y18b2, d1y18c2, d1y18d1, d1y18d2, d1y18e2, d1y18f1, d1y18f2, d1y18h1, d1y18h2, d1y18l2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with cl, han; mutant
    2. 2018503Domain d1y18c1: 1y18 C:1-107 [122525]
      Other proteins in same PDB: d1y18a2, d1y18b1, d1y18b2, d1y18c2, d1y18d1, d1y18d2, d1y18e2, d1y18f1, d1y18f2, d1y18h1, d1y18h2, d1y18l2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with cl, han; mutant
    3. 2018504Domain d1y18e1: 1y18 E:1-107 [122529]
      Other proteins in same PDB: d1y18a2, d1y18b1, d1y18b2, d1y18c2, d1y18d1, d1y18d2, d1y18e2, d1y18f1, d1y18f2, d1y18h1, d1y18h2, d1y18l2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with cl, han; mutant
    4. 2018505Domain d1y18l1: 1y18 L:1-107 [122535]
      Other proteins in same PDB: d1y18a2, d1y18b1, d1y18b2, d1y18c2, d1y18d1, d1y18d2, d1y18e2, d1y18f1, d1y18f2, d1y18h1, d1y18h2, d1y18l2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with cl, han; mutant
  10. Domain(s) for 1yyl:
    1. 2018492Domain d1yyll1: 1yyl L:1-107 [124225]
      Other proteins in same PDB: d1yylg_, d1yylh1, d1yylh2, d1yyll2, d1yylm1, d1yylp_, d1yylq2, d1yylr1, d1yylr2, d1yyls1
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with nag, ndg
    2. 2018493Domain d1yylq1: 1yyl Q:1001-1107 [124228]
      Other proteins in same PDB: d1yylg_, d1yylh1, d1yylh2, d1yyll2, d1yylm1, d1yylp_, d1yylq2, d1yylr1, d1yylr2, d1yyls1
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with nag, ndg
  11. Domain(s) for 1yym:
    1. 2018467Domain d1yyml1: 1yym L:1-107 [124235]
      Other proteins in same PDB: d1yymg_, d1yymh1, d1yymh2, d1yyml2, d1yymm1, d1yymp_, d1yymq2, d1yymr1, d1yymr2, d1yyms1
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with edo, ipa, nag, ndg
    2. 2018468Domain d1yymq1: 1yym Q:1001-1107 [124238]
      Other proteins in same PDB: d1yymg_, d1yymh1, d1yymh2, d1yyml2, d1yymm1, d1yymp_, d1yymq2, d1yymr1, d1yymr2, d1yyms1
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with edo, ipa, nag, ndg
  12. Domain(s) for 2b4c:
  13. Domain(s) for 2fx7:
  14. Domain(s) for 2fx8:
    1. 2018494Domain d2fx8l1: 2fx8 L:1-107 [134288]
      Other proteins in same PDB: d2fx8h1, d2fx8h2, d2fx8i1, d2fx8i2, d2fx8j1, d2fx8j2, d2fx8k1, d2fx8k2, d2fx8l2, d2fx8m2, d2fx8n2, d2fx8o2
      automatically matched to d1rhha1
    2. 2018495Domain d2fx8m1: 2fx8 M:1-107 [134290]
      Other proteins in same PDB: d2fx8h1, d2fx8h2, d2fx8i1, d2fx8i2, d2fx8j1, d2fx8j2, d2fx8k1, d2fx8k2, d2fx8l2, d2fx8m2, d2fx8n2, d2fx8o2
      automatically matched to d1rhha1
    3. 2018496Domain d2fx8n1: 2fx8 N:1-107 [134292]
      Other proteins in same PDB: d2fx8h1, d2fx8h2, d2fx8i1, d2fx8i2, d2fx8j1, d2fx8j2, d2fx8k1, d2fx8k2, d2fx8l2, d2fx8m2, d2fx8n2, d2fx8o2
      automatically matched to d1rhha1
    4. 2018497Domain d2fx8o1: 2fx8 O:1-107 [134294]
      Other proteins in same PDB: d2fx8h1, d2fx8h2, d2fx8i1, d2fx8i2, d2fx8j1, d2fx8j2, d2fx8k1, d2fx8k2, d2fx8l2, d2fx8m2, d2fx8n2, d2fx8o2
      automatically matched to d1rhha1
  15. Domain(s) for 2fx9:
    1. 2018464Domain d2fx9l1: 2fx9 L:1-107 [134300]
      Other proteins in same PDB: d2fx9h1, d2fx9h2, d2fx9i1, d2fx9i2, d2fx9l2, d2fx9m2
      automatically matched to d1rhha1
    2. 2018465Domain d2fx9m1: 2fx9 M:1-107 [134302]
      Other proteins in same PDB: d2fx9h1, d2fx9h2, d2fx9i1, d2fx9i2, d2fx9l2, d2fx9m2
      automatically matched to d1rhha1
  16. Domain(s) for 2i5y:
    1. 2018469Domain d2i5yl1: 2i5y L:1-107 [137074]
      Other proteins in same PDB: d2i5yg2, d2i5yg3, d2i5yh1, d2i5yh2, d2i5yl2, d2i5ym1, d2i5yp2, d2i5yp3, d2i5yq2, d2i5yr1, d2i5yr2, d2i5ys1
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with nag, ndg
    2. 2018470Domain d2i5yq1: 2i5y Q:1-107 [137077]
      Other proteins in same PDB: d2i5yg2, d2i5yg3, d2i5yh1, d2i5yh2, d2i5yl2, d2i5ym1, d2i5yp2, d2i5yp3, d2i5yq2, d2i5yr1, d2i5yr2, d2i5ys1
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with nag, ndg
  17. Domain(s) for 2i60:
    1. 2018477Domain d2i60l1: 2i60 L:1-107 [137084]
      Other proteins in same PDB: d2i60g_, d2i60h1, d2i60h2, d2i60l2, d2i60m1, d2i60p2, d2i60p3, d2i60q2, d2i60r1, d2i60r2, d2i60s1
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with ipa, nag, ndg
    2. 2018478Domain d2i60q1: 2i60 Q:1-107 [137087]
      Other proteins in same PDB: d2i60g_, d2i60h1, d2i60h2, d2i60l2, d2i60m1, d2i60p2, d2i60p3, d2i60q2, d2i60r1, d2i60r2, d2i60s1
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with ipa, nag, ndg
  18. Domain(s) for 2nxy:
  19. Domain(s) for 2nxz:
  20. Domain(s) for 2ny0:
  21. Domain(s) for 2ny1:
  22. Domain(s) for 2ny2:
  23. Domain(s) for 2ny3:
  24. Domain(s) for 2ny4:
  25. Domain(s) for 2ny5:
  26. Domain(s) for 2ny6:
  27. Domain(s) for 2qr0:
    1. 2018508Domain d2qr0a1: 2qr0 A:1-107 [151234]
      Other proteins in same PDB: d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0c1, d2qr0d1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0i1, d2qr0j1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0o1, d2qr0p1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0u1, d2qr0v1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2
      automatically matched to d1g9ml1
    2. 2018509Domain d2qr0e1: 2qr0 E:1-107 [151240]
      Other proteins in same PDB: d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0c1, d2qr0d1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0i1, d2qr0j1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0o1, d2qr0p1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0u1, d2qr0v1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2
      automatically matched to d1g9ml1
    3. 2018510Domain d2qr0g1: 2qr0 G:1-107 [151244]
      Other proteins in same PDB: d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0c1, d2qr0d1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0i1, d2qr0j1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0o1, d2qr0p1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0u1, d2qr0v1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2
      automatically matched to d1g9ml1
    4. 2018511Domain d2qr0k1: 2qr0 K:1-107 [151250]
      Other proteins in same PDB: d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0c1, d2qr0d1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0i1, d2qr0j1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0o1, d2qr0p1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0u1, d2qr0v1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2
      automatically matched to d1g9ml1
    5. 2018512Domain d2qr0m1: 2qr0 M:1-107 [151254]
      Other proteins in same PDB: d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0c1, d2qr0d1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0i1, d2qr0j1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0o1, d2qr0p1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0u1, d2qr0v1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2
      automatically matched to d1g9ml1
    6. 2018513Domain d2qr0q1: 2qr0 Q:1-107 [151260]
      Other proteins in same PDB: d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0c1, d2qr0d1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0i1, d2qr0j1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0o1, d2qr0p1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0u1, d2qr0v1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2
      automatically matched to d1g9ml1
    7. 2018514Domain d2qr0s1: 2qr0 S:1-107 [151264]
      Other proteins in same PDB: d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0c1, d2qr0d1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0i1, d2qr0j1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0o1, d2qr0p1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0u1, d2qr0v1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2
      automatically matched to d1g9ml1
    8. 2018515Domain d2qr0w1: 2qr0 W:1-107 [151270]
      Other proteins in same PDB: d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0c1, d2qr0d1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0i1, d2qr0j1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0o1, d2qr0p1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0u1, d2qr0v1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2
      automatically matched to d1g9ml1
  28. Domain(s) for 2qsc:
  29. Domain(s) for 3cfk:
    1. 2018481Domain d3cfka1: 3cfk A:1-107 [156581]
      Other proteins in same PDB: d3cfka2, d3cfkb1, d3cfkb2, d3cfkc2, d3cfkd1, d3cfkd2, d3cfke2, d3cfkf1, d3cfkf2, d3cfkg2, d3cfkh1, d3cfkh2, d3cfki1, d3cfki2, d3cfkj2, d3cfkk1, d3cfkk2, d3cfkl2, d3cfkm2, d3cfkn1, d3cfkn2, d3cfko2, d3cfkp1, d3cfkp2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with b3p, cd, gol
    2. 2018482Domain d3cfkc1: 3cfk C:1-107 [156585]
      Other proteins in same PDB: d3cfka2, d3cfkb1, d3cfkb2, d3cfkc2, d3cfkd1, d3cfkd2, d3cfke2, d3cfkf1, d3cfkf2, d3cfkg2, d3cfkh1, d3cfkh2, d3cfki1, d3cfki2, d3cfkj2, d3cfkk1, d3cfkk2, d3cfkl2, d3cfkm2, d3cfkn1, d3cfkn2, d3cfko2, d3cfkp1, d3cfkp2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with b3p, cd, gol
    3. 2018483Domain d3cfke1: 3cfk E:1-107 [156589]
      Other proteins in same PDB: d3cfka2, d3cfkb1, d3cfkb2, d3cfkc2, d3cfkd1, d3cfkd2, d3cfke2, d3cfkf1, d3cfkf2, d3cfkg2, d3cfkh1, d3cfkh2, d3cfki1, d3cfki2, d3cfkj2, d3cfkk1, d3cfkk2, d3cfkl2, d3cfkm2, d3cfkn1, d3cfkn2, d3cfko2, d3cfkp1, d3cfkp2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with b3p, cd, gol
    4. 2018484Domain d3cfkg1: 3cfk G:1-107 [156593]
      Other proteins in same PDB: d3cfka2, d3cfkb1, d3cfkb2, d3cfkc2, d3cfkd1, d3cfkd2, d3cfke2, d3cfkf1, d3cfkf2, d3cfkg2, d3cfkh1, d3cfkh2, d3cfki1, d3cfki2, d3cfkj2, d3cfkk1, d3cfkk2, d3cfkl2, d3cfkm2, d3cfkn1, d3cfkn2, d3cfko2, d3cfkp1, d3cfkp2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with b3p, cd, gol
    5. 2018485Domain d3cfkj1: 3cfk J:1-107 [156599]
      Other proteins in same PDB: d3cfka2, d3cfkb1, d3cfkb2, d3cfkc2, d3cfkd1, d3cfkd2, d3cfke2, d3cfkf1, d3cfkf2, d3cfkg2, d3cfkh1, d3cfkh2, d3cfki1, d3cfki2, d3cfkj2, d3cfkk1, d3cfkk2, d3cfkl2, d3cfkm2, d3cfkn1, d3cfkn2, d3cfko2, d3cfkp1, d3cfkp2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with b3p, cd, gol
    6. 2018486Domain d3cfkl1: 3cfk L:1-107 [156603]
      Other proteins in same PDB: d3cfka2, d3cfkb1, d3cfkb2, d3cfkc2, d3cfkd1, d3cfkd2, d3cfke2, d3cfkf1, d3cfkf2, d3cfkg2, d3cfkh1, d3cfkh2, d3cfki1, d3cfki2, d3cfkj2, d3cfkk1, d3cfkk2, d3cfkl2, d3cfkm2, d3cfkn1, d3cfkn2, d3cfko2, d3cfkp1, d3cfkp2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with b3p, cd, gol
    7. 2018487Domain d3cfkm1: 3cfk M:1-107 [156605]
      Other proteins in same PDB: d3cfka2, d3cfkb1, d3cfkb2, d3cfkc2, d3cfkd1, d3cfkd2, d3cfke2, d3cfkf1, d3cfkf2, d3cfkg2, d3cfkh1, d3cfkh2, d3cfki1, d3cfki2, d3cfkj2, d3cfkk1, d3cfkk2, d3cfkl2, d3cfkm2, d3cfkn1, d3cfkn2, d3cfko2, d3cfkp1, d3cfkp2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with b3p, cd, gol
    8. 2018488Domain d3cfko1: 3cfk O:1-107 [156609]
      Other proteins in same PDB: d3cfka2, d3cfkb1, d3cfkb2, d3cfkc2, d3cfkd1, d3cfkd2, d3cfke2, d3cfkf1, d3cfkf2, d3cfkg2, d3cfkh1, d3cfkh2, d3cfki1, d3cfki2, d3cfkj2, d3cfkk1, d3cfkk2, d3cfkl2, d3cfkm2, d3cfkn1, d3cfkn2, d3cfko2, d3cfkp1, d3cfkp2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with b3p, cd, gol
  30. Domain(s) for 3dvg:
  31. Domain(s) for 3dvn:
    1. 2018498Domain d3dvna1: 3dvn A:5-109 [157894]
      Other proteins in same PDB: d3dvna2, d3dvnb1, d3dvnb2, d3dvnh1, d3dvnh2, d3dvnl2, d3dvnu2, d3dvnu3, d3dvnv_, d3dvnx2, d3dvnx3, d3dvny_
      automatically matched to d1g9ml1
    2. 2018499Domain d3dvnl1: 3dvn L:5-109 [157900]
      Other proteins in same PDB: d3dvna2, d3dvnb1, d3dvnb2, d3dvnh1, d3dvnh2, d3dvnl2, d3dvnu2, d3dvnu3, d3dvnv_, d3dvnx2, d3dvnx3, d3dvny_
      automatically matched to d1g9ml1

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Timeline for Species Human (Homo sapiens), cluster 3.2 [TaxId:9606] from b.1.1.1 Immunoglobulin light chain kappa variable domain, VL-kappa: