Lineage for Protein: Class II MHC beta chain, N-terminal domain

  1. Root: SCOP 1.73
  2. 713694Class d: Alpha and beta proteins (a+b) [53931] (334 folds)
  3. 719351Fold d.19: MHC antigen-recognition domain [54451] (1 superfamily)
    dimeric
  4. 719352Superfamily d.19.1: MHC antigen-recognition domain [54452] (1 family) (S)
  5. 719353Family d.19.1.1: MHC antigen-recognition domain [54453] (12 proteins)
  6. 719844Protein Class II MHC beta chain, N-terminal domain [88819] (15 species)

Species:

  1. 719845Human (Homo sapiens), HLA-DM [TaxId:9606] [88820] (1 PDB entry)
  2. 719847Human (Homo sapiens), HLA-DQ2 [TaxId:9606] [102835] (1 PDB entry)
  3. 719850Human (Homo sapiens), HLA-DQ6 [TaxId:9606] [102836] (1 PDB entry)
  4. 719852Human (Homo sapiens), HLA-DQ8 [TaxId:9606] [88825] (1 PDB entry)
  5. 719854Human (Homo sapiens), HLA-DR1 [TaxId:9606] [88821] (13 PDB entries)
    1. Domains for 1aqd:
      1. 719858Domain d1aqdb2: 1aqd B:4-92 [38160]
        Other proteins in same PDB: d1aqda1, d1aqda2, d1aqdb1, d1aqdd1, d1aqdd2, d1aqde1, d1aqdg1, d1aqdg2, d1aqdh1, d1aqdj1, d1aqdj2, d1aqdk1
      2. 719859Domain d1aqde2: 1aqd E:4-92 [38162]
        Other proteins in same PDB: d1aqda1, d1aqda2, d1aqdb1, d1aqdd1, d1aqdd2, d1aqde1, d1aqdg1, d1aqdg2, d1aqdh1, d1aqdj1, d1aqdj2, d1aqdk1
      3. 719860Domain d1aqdh2: 1aqd H:4-92 [38164]
        Other proteins in same PDB: d1aqda1, d1aqda2, d1aqdb1, d1aqdd1, d1aqdd2, d1aqde1, d1aqdg1, d1aqdg2, d1aqdh1, d1aqdj1, d1aqdj2, d1aqdk1
      4. 719861Domain d1aqdk2: 1aqd K:4-92 [38166]
        Other proteins in same PDB: d1aqda1, d1aqda2, d1aqdb1, d1aqdd1, d1aqdd2, d1aqde1, d1aqdg1, d1aqdg2, d1aqdh1, d1aqdj1, d1aqdj2, d1aqdk1
    2. Domains for 1dlh:
      1. 719868Domain d1dlhb2: 1dlh B:3-92 [38172]
        Other proteins in same PDB: d1dlha1, d1dlha2, d1dlhb1, d1dlhd1, d1dlhd2, d1dlhe1
      2. 719869Domain d1dlhe2: 1dlh E:3-92 [38174]
        Other proteins in same PDB: d1dlha1, d1dlha2, d1dlhb1, d1dlhd1, d1dlhd2, d1dlhe1
        complexed with nag
    3. Domain for 1fyt:
    4. Domains for 1h15:
      1. 719872Domain d1h15b2: 1h15 B:2-92 [76457]
        Other proteins in same PDB: d1h15a1, d1h15a2, d1h15b1, d1h15d1, d1h15d2, d1h15e1
      2. 719873Domain d1h15e2: 1h15 E:2-92 [76461]
        Other proteins in same PDB: d1h15a1, d1h15a2, d1h15b1, d1h15d1, d1h15d2, d1h15e1
        complexed with a peptide from Epstein barr virus DNA polymerase, chains C and H
        complexed with nag, ndg
    5. Domain for 1hxy:
    6. Domain for 1kg0:
    7. Domain for 1klg:
    8. Domain for 1klu:
    9. Domain for 1lo5:
    10. Domain for 1pyw:
    11. Domains for 1r5i:
      1. 719866Domain d1r5ib2: 1r5i B:1-92 [97090]
        Other proteins in same PDB: d1r5ia1, d1r5ia2, d1r5ib1, d1r5id_, d1r5ie1, d1r5ie2, d1r5if1, d1r5ih_
      2. 719867Domain d1r5if2: 1r5i F:1-92 [97095]
        Other proteins in same PDB: d1r5ia1, d1r5ia2, d1r5ib1, d1r5id_, d1r5ie1, d1r5ie2, d1r5if1, d1r5ih_
        complexed with po4
    12. Domains for 1seb:
      1. 719870Domain d1sebb2: 1seb B:1-92 [38176]
        Other proteins in same PDB: d1seba1, d1seba2, d1sebb1, d1sebd1, d1sebd2, d1sebe1, d1sebe2, d1sebf1, d1sebh1, d1sebh2
      2. 719871Domain d1sebf2: 1seb F:1-92 [38178]
        Other proteins in same PDB: d1seba1, d1seba2, d1sebb1, d1sebd1, d1sebd2, d1sebe1, d1sebe2, d1sebf1, d1sebh1, d1sebh2
    13. Domain for 2seb:
  6. 719875Human (Homo sapiens), HLA-DR2 [TaxId:9606] [88822] (12 PDB entries)
    1. Domains for 1bx2:
      1. 719886Domain d1bx2b2: 1bx2 B:3-92 [38184]
        Other proteins in same PDB: d1bx2a1, d1bx2a2, d1bx2b1, d1bx2d1, d1bx2d2, d1bx2e1
      2. 719887Domain d1bx2e2: 1bx2 E:3-92 [38186]
        Other proteins in same PDB: d1bx2a1, d1bx2a2, d1bx2b1, d1bx2d1, d1bx2d2, d1bx2e1
        complexed with nag
    2. Domains for 1fv1:
      1. 719876Domain d1fv1b2: 1fv1 B:1-92 [38180]
        Other proteins in same PDB: d1fv1a1, d1fv1a2, d1fv1b1, d1fv1d1, d1fv1d2, d1fv1e1
      2. 719877Domain d1fv1e2: 1fv1 E:1-92 [38182]
        Other proteins in same PDB: d1fv1a1, d1fv1a2, d1fv1b1, d1fv1d1, d1fv1d2, d1fv1e1
        complexed with cry, so4
    3. Domain for 1hqr:
    4. Domain for 1jwm:
    5. Domain for 1jws:
    6. Domain for 1jwu:
    7. Domain for 1sje:
    8. Domain for 1sjh:
    9. Domains for 1t5w:
      1. 719882Domain d1t5wb2: 1t5w B:1-92 [106484]
        Other proteins in same PDB: d1t5wa1, d1t5wa2, d1t5wb1, d1t5wd1, d1t5wd2, d1t5we1
      2. 719883Domain d1t5we2: 1t5w E:1-92 [106488]
        Other proteins in same PDB: d1t5wa1, d1t5wa2, d1t5wb1, d1t5wd1, d1t5wd2, d1t5we1
    10. Domain for 1t5x:
    11. Domain for 1ymm:
    12. Domains for 1zgl:
      1. 719889Domain d1zglb2: 1zgl B:1-92 [125034]
        Other proteins in same PDB: d1zgla1, d1zgla2, d1zglb1, d1zgld1, d1zgld2, d1zgle1, d1zglg1, d1zglg2, d1zglh1, d1zglj1, d1zglj2, d1zglk1, d1zglp1, d1zglp2, d1zglr1, d1zglr2, d1zglt1, d1zglt2, d1zglv1, d1zglv2
        automatically matched to d1fv1b2
      2. 719890Domain d1zgle2: 1zgl E:2-92 [125038]
        Other proteins in same PDB: d1zgla1, d1zgla2, d1zglb1, d1zgld1, d1zgld2, d1zgle1, d1zglg1, d1zglg2, d1zglh1, d1zglj1, d1zglj2, d1zglk1, d1zglp1, d1zglp2, d1zglr1, d1zglr2, d1zglt1, d1zglt2, d1zglv1, d1zglv2
        automatically matched to d1fv1b2
      3. 719891Domain d1zglh2: 1zgl H:1-92 [125042]
        Other proteins in same PDB: d1zgla1, d1zgla2, d1zglb1, d1zgld1, d1zgld2, d1zgle1, d1zglg1, d1zglg2, d1zglh1, d1zglj1, d1zglj2, d1zglk1, d1zglp1, d1zglp2, d1zglr1, d1zglr2, d1zglt1, d1zglt2, d1zglv1, d1zglv2
        automatically matched to d1fv1b2
      4. 719892Domain d1zglk2: 1zgl K:1-92 [125046]
        Other proteins in same PDB: d1zgla1, d1zgla2, d1zglb1, d1zgld1, d1zgld2, d1zgle1, d1zglg1, d1zglg2, d1zglh1, d1zglj1, d1zglj2, d1zglk1, d1zglp1, d1zglp2, d1zglr1, d1zglr2, d1zglt1, d1zglt2, d1zglv1, d1zglv2
        automatically matched to d1fv1b2
  7. 719894Human (Homo sapiens), HLA-DR3 [TaxId:9606] [88823] (1 PDB entry)
  8. 719896Human (Homo sapiens), HLA-DR4 [TaxId:9606] [88824] (12 PDB entries)
    1. Domain for 1d5m:
    2. Domain for 1d5x:
    3. Domain for 1d5z:
    4. Domain for 1d6e:
    5. Domain for 1j8h:
    6. Domains for 2fse:
      1. 719913Domain d2fseb2: 2fse B:5-92 [134020]
        Other proteins in same PDB: d2fsea1, d2fsea2, d2fseb1, d2fsec1, d2fsec2, d2fsed1
        automatically matched to d1d5xb2
      2. 719914Domain d2fsed2: 2fse D:5-92 [134024]
        Other proteins in same PDB: d2fsea1, d2fsea2, d2fseb1, d2fsec1, d2fsec2, d2fsed1
        automatically matched to d1d5xb2
    7. Domain for 2g9h:
    8. Domain for 2iam:
    9. Domains for 2ian:
      1. 719906Domain d2ianb2: 2ian B:3-92 [137165]
        Other proteins in same PDB: d2iana1, d2iana2, d2ianb1, d2ianf1, d2ianf2, d2iang1, d2iank1, d2iank2, d2ianl1, d2ianp1, d2ianp2, d2ianq1
        automatically matched to d1d5xb2
        mutant
      2. 719907Domain d2iang2: 2ian G:2-92 [137169]
        Other proteins in same PDB: d2iana1, d2iana2, d2ianb1, d2ianf1, d2ianf2, d2iang1, d2iank1, d2iank2, d2ianl1, d2ianp1, d2ianp2, d2ianq1
        automatically matched to d1d5xb2
        mutant
      3. 719908Domain d2ianl2: 2ian L:3-92 [137173]
        Other proteins in same PDB: d2iana1, d2iana2, d2ianb1, d2ianf1, d2ianf2, d2iang1, d2iank1, d2iank2, d2ianl1, d2ianp1, d2ianp2, d2ianq1
        automatically matched to d1d5xb2
        mutant
      4. 719909Domain d2ianq2: 2ian Q:3-92 [137177]
        Other proteins in same PDB: d2iana1, d2iana2, d2ianb1, d2ianf1, d2ianf2, d2iang1, d2iank1, d2iank2, d2ianl1, d2ianp1, d2ianp2, d2ianq1
        automatically matched to d1d5xb2
        mutant
    10. Domains for 2icw:
      1. 719902Domain d2icwb2: 2icw B:1-92 [137246]
        Other proteins in same PDB: d2icwa1, d2icwa2, d2icwb1, d2icwd1, d2icwd2, d2icwe1, d2icwg1, d2icwh1
        automatically matched to d1d5xb2
        mutant
      2. 719903Domain d2icwe2: 2icw E:1-92 [137250]
        Other proteins in same PDB: d2icwa1, d2icwa2, d2icwb1, d2icwd1, d2icwd2, d2icwe1, d2icwg1, d2icwh1
        automatically matched to d1d5xb2
        mutant
    11. Domain for 2ipk:
    12. Domains for 2oje:
      1. 719910Domain d2ojeb2: 2oje B:1-92 [139106]
        Other proteins in same PDB: d2ojea1, d2ojea2, d2ojeb1, d2ojed1, d2ojee1, d2ojee2, d2ojef1, d2ojeh1
        automatically matched to d1d5xb2
        complexed with po4
      2. 719911Domain d2ojef2: 2oje F:1-92 [139111]
        Other proteins in same PDB: d2ojea1, d2ojea2, d2ojeb1, d2ojed1, d2ojee1, d2ojee2, d2ojef1, d2ojeh1
        automatically matched to d1d5xb2
        complexed with po4
  9. 719915Mouse (Mus musculus), H2-DM [TaxId:10090] [88831] (1 PDB entry)
  10. 719917Mouse (Mus musculus), I-A(G7) [TaxId:10090] [88830] (3 PDB entries)
    1. Domain for 1es0:
    2. Domains for 1f3j:
      1. 719921Domain d1f3jb2: 1f3j B:4-93 [38220]
        Other proteins in same PDB: d1f3ja1, d1f3ja2, d1f3jb1, d1f3jd1, d1f3jd2, d1f3je1
      2. 719922Domain d1f3je2: 1f3j E:4-93 [38222]
        Other proteins in same PDB: d1f3ja1, d1f3ja2, d1f3jb1, d1f3jd1, d1f3jd2, d1f3je1
        complexed with nag
    3. Domains for 1u3h:
      1. 719919Domain d1u3hd2: 1u3h D:4-93 [119513]
        Other proteins in same PDB: d1u3hc1, d1u3hc2, d1u3hd1, d1u3hg1, d1u3hg2, d1u3hh1
        automatically matched to d1f3jb2
        mutant
      2. 719920Domain d1u3hh2: 1u3h H:4-93 [119517]
        Other proteins in same PDB: d1u3hc1, d1u3hc2, d1u3hd1, d1u3hg1, d1u3hg2, d1u3hh1
        automatically matched to d1f3jb2
        mutant
  11. 719923Mouse (Mus musculus), I-AB [TaxId:10090] [88828] (2 PDB entries)
    1. Domains for 1lnu:
      1. 719925Domain d1lnub2: 1lnu B:1-120 [74100]
        Other proteins in same PDB: d1lnua1, d1lnua2, d1lnub1, d1lnuc1, d1lnuc2, d1lnud1, d1lnue1, d1lnue2, d1lnuf1, d1lnug1, d1lnug2, d1lnuh1
      2. 719926Domain d1lnud2: 1lnu D:1-120 [74104]
        Other proteins in same PDB: d1lnua1, d1lnua2, d1lnub1, d1lnuc1, d1lnuc2, d1lnud1, d1lnue1, d1lnue2, d1lnuf1, d1lnug1, d1lnug2, d1lnuh1
      3. 719927Domain d1lnuf2: 1lnu F:1-120 [74108]
        Other proteins in same PDB: d1lnua1, d1lnua2, d1lnub1, d1lnuc1, d1lnuc2, d1lnud1, d1lnue1, d1lnue2, d1lnuf1, d1lnug1, d1lnug2, d1lnuh1
      4. 719928Domain d1lnuh2: 1lnu H:1-120 [74112]
        Other proteins in same PDB: d1lnua1, d1lnua2, d1lnub1, d1lnuc1, d1lnuc2, d1lnud1, d1lnue1, d1lnue2, d1lnuf1, d1lnug1, d1lnug2, d1lnuh1
        contains covalently bound peptides at the N-termini of chains B, D, F and H
        complexed with nag
    2. Domain for 1muj:
  12. 719929Mouse (Mus musculus), I-AD [TaxId:10090] [88829] (2 PDB entries)
    1. Domain for 1iao:
    2. Domain for 2iad:
  13. 719932Mouse (Mus musculus), I-AK [TaxId:10090] [88826] (3 PDB entries)
    1. Domains for 1d9k:
      1. 719934Domain d1d9kd2: 1d9k D:2-92 [38202]
        Other proteins in same PDB: d1d9ka_, d1d9kb_, d1d9kc1, d1d9kc2, d1d9kd1, d1d9ke_, d1d9kf_, d1d9kg1, d1d9kg2, d1d9kh1
      2. 719935Domain d1d9kh2: 1d9k H:2-92 [38204]
        Other proteins in same PDB: d1d9ka_, d1d9kb_, d1d9kc1, d1d9kc2, d1d9kd1, d1d9ke_, d1d9kf_, d1d9kg1, d1d9kg2, d1d9kh1
    2. Domain for 1iak:
    3. Domain for 1jl4:
  14. 719937Mouse (Mus musculus), I-AU [TaxId:10090] [89860] (1 PDB entry)
  15. 719939Mouse (Mus musculus), I-EK [TaxId:10090] [88827] (9 PDB entries)
    1. Domains for 1fne:
      1. 719942Domain d1fneb2: 1fne B:4-92 [59899]
        Other proteins in same PDB: d1fnea1, d1fnea2, d1fneb1, d1fnec1, d1fnec2, d1fned1
      2. 719943Domain d1fned2: 1fne D:4-92 [59903]
        Other proteins in same PDB: d1fnea1, d1fnea2, d1fneb1, d1fnec1, d1fnec2, d1fned1
        contains covalently bound peptides at the N-termini of chains B and D
        complexed with nag; mutant
    2. Domains for 1fng:
      1. 719940Domain d1fngb2: 1fng B:4-92 [59907]
        Other proteins in same PDB: d1fnga1, d1fnga2, d1fngb1, d1fngc1, d1fngc2, d1fngd1
      2. 719941Domain d1fngd2: 1fng D:4-92 [59911]
        Other proteins in same PDB: d1fnga1, d1fnga2, d1fngb1, d1fngc1, d1fngc2, d1fngd1
        contains covalently bound peptides at the N-termini of chains B and D
        complexed with nag
    3. Domains for 1i3r:
      1. 719946Domain d1i3rb2: 1i3r B:1-120 [61623]
        Other proteins in same PDB: d1i3ra1, d1i3ra2, d1i3rb1, d1i3rc1, d1i3rc2, d1i3rd1, d1i3re1, d1i3re2, d1i3rf1, d1i3rg1, d1i3rg2, d1i3rh1
      2. 719947Domain d1i3rd2: 1i3r D:1-120 [61627]
        Other proteins in same PDB: d1i3ra1, d1i3ra2, d1i3rb1, d1i3rc1, d1i3rc2, d1i3rd1, d1i3re1, d1i3re2, d1i3rf1, d1i3rg1, d1i3rg2, d1i3rh1
      3. 719948Domain d1i3rf2: 1i3r F:1-120 [61631]
        Other proteins in same PDB: d1i3ra1, d1i3ra2, d1i3rb1, d1i3rc1, d1i3rc2, d1i3rd1, d1i3re1, d1i3re2, d1i3rf1, d1i3rg1, d1i3rg2, d1i3rh1
      4. 719949Domain d1i3rh2: 1i3r H:1-120 [61635]
        Other proteins in same PDB: d1i3ra1, d1i3ra2, d1i3rb1, d1i3rc1, d1i3rc2, d1i3rd1, d1i3re1, d1i3re2, d1i3rf1, d1i3rg1, d1i3rg2, d1i3rh1
        contains covalently bound peptides at the N-termini of chains B, D, F and H
        complexed with nag; mutant
    4. Domains for 1iea:
      1. 719944Domain d1ieab2: 1iea B:4-92 [38206]
        Other proteins in same PDB: d1ieaa1, d1ieaa2, d1ieab1, d1ieac1, d1ieac2, d1iead1
      2. 719945Domain d1iead2: 1iea D:4-92 [38208]
        Other proteins in same PDB: d1ieaa1, d1ieaa2, d1ieab1, d1ieac1, d1ieac2, d1iead1
        contains covalently bound peptides at the N-termini of chains B and D
        complexed with nag
    5. Domains for 1ieb:
      1. 719954Domain d1iebb2: 1ieb B:4-92 [38210]
        Other proteins in same PDB: d1ieba1, d1ieba2, d1iebb1, d1iebc1, d1iebc2, d1iebd1
      2. 719955Domain d1iebd2: 1ieb D:4-92 [38212]
        Other proteins in same PDB: d1ieba1, d1ieba2, d1iebb1, d1iebc1, d1iebc2, d1iebd1
        contains covalently bound peptides at the N-termini of chains B and D
        complexed with nag, so4
    6. Domains for 1kt2:
      1. 719956Domain d1kt2b2: 1kt2 B:2-120 [72954]
        Other proteins in same PDB: d1kt2a1, d1kt2a2, d1kt2b1, d1kt2c1, d1kt2c2, d1kt2d1
      2. 719957Domain d1kt2d2: 1kt2 D:2-120 [72958]
        Other proteins in same PDB: d1kt2a1, d1kt2a2, d1kt2b1, d1kt2c1, d1kt2c2, d1kt2d1
        contains covalently bound peptides at the N-termini of chains B and D
        complexed with nag
    7. Domains for 1ktd:
      1. 719950Domain d1ktdb2: 1ktd B:1-120 [72967]
        Other proteins in same PDB: d1ktda1, d1ktda2, d1ktdb1, d1ktdc1, d1ktdc2, d1ktdd1
      2. 719951Domain d1ktdd2: 1ktd D:1-120 [72971]
        Other proteins in same PDB: d1ktda1, d1ktda2, d1ktdb1, d1ktdc1, d1ktdc2, d1ktdd1
        contains covalently bound peptides at the N-termini of chains B and D
        complexed with nag, so4; mutant
    8. Domains for 1r5v:
      1. 719952Domain d1r5vb2: 1r5v B:31-120 [97119]
        Other proteins in same PDB: d1r5va1, d1r5va2, d1r5vb1, d1r5vc1, d1r5vc2, d1r5vd1
      2. 719953Domain d1r5vd2: 1r5v D:31-120 [97123]
        Other proteins in same PDB: d1r5va1, d1r5va2, d1r5vb1, d1r5vc1, d1r5vc2, d1r5vd1
    9. Domains for 1r5w:
      1. 719958Domain d1r5wb2: 1r5w B:31-120 [97127]
        Other proteins in same PDB: d1r5wa1, d1r5wa2, d1r5wb1, d1r5wc1, d1r5wc2, d1r5wd1
      2. 719959Domain d1r5wd2: 1r5w D:31-120 [97131]
        Other proteins in same PDB: d1r5wa1, d1r5wa2, d1r5wb1, d1r5wc1, d1r5wc2, d1r5wd1
        mutant

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