SCOPe 2.08: Protein: beta-hexosaminidase B

Lineage for Protein: beta-hexosaminidase B

Root: SCOPe 2.08
Class c: Alpha and beta proteins (a/b) [51349] (148 folds)

Fold c.1: TIM beta/alpha-barrel [51350] (34 superfamilies)
contains parallel beta-sheet barrel, closed; n=8, S=8; strand order 12345678
the first seven superfamilies have similar phosphate-binding sites

Superfamily c.1.8: (Trans)glycosidases [51445] (15 families)
Family c.1.8.6: beta-N-acetylhexosaminidase catalytic domain [51550] (6 proteins)
Glycosyl hydrolase family 20, GH20
automatically mapped to Pfam PF00728
Protein beta-hexosaminidase B [89486] (1 species)

Species:

Human (Homo sapiens) [TaxId:9606] [89487] (6 PDB entries)

Domains for 1nou:
1. Domain d1noua1: 1nou A:200-552 [85932]
  Other proteins in same PDB: d1noua2, d1noub2
  complexed with gol, so4
2. Domain d1noub1: 1nou B:200-552 [85934]
  Other proteins in same PDB: d1noua2, d1noub2
  complexed with gol, so4
Domains for 1now:
1. Domain d1nowa1: 1now A:200-552 [85936]
  Other proteins in same PDB: d1nowa2, d1nowb2
  complexed with gol, ifg, so4
2. Domain d1nowb1: 1now B:200-552 [85938]
  Other proteins in same PDB: d1nowa2, d1nowb2
  complexed with gol, ifg, so4
Domains for 1np0:
1. Domain d1np0.3: 1np0 C:200-311,D: [343544]
  Other proteins in same PDB: d1np0.1, d1np0.2
  complexed with gol, ngt, so4
2. Domain d1np0.4: 1np0 E:200-311,F: [343545]
  Other proteins in same PDB: d1np0.1, d1np0.2
  complexed with gol, ngt, so4
Domains for 1o7a:
1. Domain d1o7aa1: 1o7a A:200-554 [92608]
  Other proteins in same PDB: d1o7aa2, d1o7ab2, d1o7ac2, d1o7ad2, d1o7ae2, d1o7af2
  complexed with edo, gdl, nag
2. Domain d1o7ab1: 1o7a B:200-554 [92610]
  Other proteins in same PDB: d1o7aa2, d1o7ab2, d1o7ac2, d1o7ad2, d1o7ae2, d1o7af2
  complexed with edo, gdl, nag
3. Domain d1o7ac1: 1o7a C:200-554 [92612]
  Other proteins in same PDB: d1o7aa2, d1o7ab2, d1o7ac2, d1o7ad2, d1o7ae2, d1o7af2
  complexed with edo, gdl, nag
4. Domain d1o7ad1: 1o7a D:200-553 [92614]
  Other proteins in same PDB: d1o7aa2, d1o7ab2, d1o7ac2, d1o7ad2, d1o7ae2, d1o7af2
  complexed with edo, gdl, nag
5. Domain d1o7ae1: 1o7a E:200-554 [92616]
  Other proteins in same PDB: d1o7aa2, d1o7ab2, d1o7ac2, d1o7ad2, d1o7ae2, d1o7af2
  complexed with edo, gdl, nag
6. Domain d1o7af1: 1o7a F:200-554 [92618]
  Other proteins in same PDB: d1o7aa2, d1o7ab2, d1o7ac2, d1o7ad2, d1o7ae2, d1o7af2
  complexed with edo, gdl, nag

Domains for 2gjx:

Domain d2gjxb1: 2gjx B:200-552 [135311]
Other proteins in same PDB: d2gjxa1, d2gjxa2, d2gjxb2, d2gjxc2, d2gjxd1, d2gjxd2, d2gjxe1, d2gjxe2, d2gjxf2, d2gjxg2, d2gjxh1, d2gjxh2
automated match to d1np0a1
complexed with nag, so4

Domain d2gjxc1: 2gjx C:200-552 [135313]
Other proteins in same PDB: d2gjxa1, d2gjxa2, d2gjxb2, d2gjxc2, d2gjxd1, d2gjxd2, d2gjxe1, d2gjxe2, d2gjxf2, d2gjxg2, d2gjxh1, d2gjxh2
automated match to d1np0a1
complexed with nag, so4

Domain d2gjxf1: 2gjx F:200-552 [135315]
Other proteins in same PDB: d2gjxa1, d2gjxa2, d2gjxb2, d2gjxc2, d2gjxd1, d2gjxd2, d2gjxe1, d2gjxe2, d2gjxf2, d2gjxg2, d2gjxh1, d2gjxh2
automated match to d1np0a1
complexed with nag, so4

Domain d2gjxg1: 2gjx G:200-552 [135317]
Other proteins in same PDB: d2gjxa1, d2gjxa2, d2gjxb2, d2gjxc2, d2gjxd1, d2gjxd2, d2gjxe1, d2gjxe2, d2gjxf2, d2gjxg2, d2gjxh1, d2gjxh2
automated match to d1np0a1
complexed with nag, so4

Domains for 2gk1:

Domain d2gk1.9: 2gk1 M:200-300,N: [343666]
Other proteins in same PDB: d2gk1.1, d2gk1.2, d2gk1.3, d2gk1.4, d2gk1.5, d2gk1.6, d2gk1.7, d2gk1.8, d2gk1i1, d2gk1j1, d2gk1k1, d2gk1l1
automatically matched to d1o7aa1
complexed with ngt

Domain d2gk1.a: 2gk1 O:200-300,P: [343667]
Other proteins in same PDB: d2gk1.1, d2gk1.2, d2gk1.3, d2gk1.4, d2gk1.5, d2gk1.6, d2gk1.7, d2gk1.8, d2gk1i1, d2gk1j1, d2gk1k1, d2gk1l1
automatically matched to d1o7aa1
complexed with ngt

Domain d2gk1.b: 2gk1 Q:200-300,R: [343668]
Other proteins in same PDB: d2gk1.1, d2gk1.2, d2gk1.3, d2gk1.4, d2gk1.5, d2gk1.6, d2gk1.7, d2gk1.8, d2gk1i1, d2gk1j1, d2gk1k1, d2gk1l1
automatically matched to d1o7aa1
complexed with ngt

Domain d2gk1.c: 2gk1 S:200-300,T: [343669]
Other proteins in same PDB: d2gk1.1, d2gk1.2, d2gk1.3, d2gk1.4, d2gk1.5, d2gk1.6, d2gk1.7, d2gk1.8, d2gk1i1, d2gk1j1, d2gk1k1, d2gk1l1
automatically matched to d1o7aa1
complexed with ngt

More info for Protein beta-hexosaminidase B from c.1.8.6: beta-N-acetylhexosaminidase catalytic domain

Timeline for Protein beta-hexosaminidase B from c.1.8.6: beta-N-acetylhexosaminidase catalytic domain:

Protein beta-hexosaminidase B from c.1.8.6: beta-N-acetylhexosaminidase catalytic domain first appeared in SCOP 1.65
Protein beta-hexosaminidase B from c.1.8.6: beta-N-acetylhexosaminidase catalytic domain appears in SCOPe 2.07