SCOPe 2.08: Protein: Rho termination factor, RNA-binding domain

Lineage for Protein: Rho termination factor, RNA-binding domain

Root: SCOPe 2.08
Class b: All beta proteins [48724] (180 folds)
Fold b.40: OB-fold [50198] (17 superfamilies)
barrel, closed or partly opened n=5, S=10 or S=8; greek-key
Superfamily b.40.4: Nucleic acid-binding proteins [50249] (18 families)
Family b.40.4.5: Cold shock DNA-binding domain-like [50282] (36 proteins)
barrel, closed; n=5, S=8
Protein Rho termination factor, RNA-binding domain [68910] (1 species)

Species:

Escherichia coli [TaxId:562] [68911] (9 PDB entries)
Uniprot P03002

Domain for 1a62:
- Domain d1a62a2: 1a62 A:48-125 [64709]
  Other proteins in same PDB: d1a62a1
Domain for 1a63:
- Domain d1a63a2: 1a63 A:48-130 [64711]
  Other proteins in same PDB: d1a63a1
Domains for 1a8v:
1. Domain d1a8va2: 1a8v A:48-118 [64713]
  Other proteins in same PDB: d1a8va1, d1a8vb1
  complexed with cu
2. Domain d1a8vb2: 1a8v B:48-118 [64715]
  Other proteins in same PDB: d1a8va1, d1a8vb1
  complexed with cu
Domains for 1pv4:
1. Domain d1pv4a2: 1pv4 A:48-126 [88296]
  Other proteins in same PDB: d1pv4a1, d1pv4a3, d1pv4b2, d1pv4c1, d1pv4c3, d1pv4d1, d1pv4d3, d1pv4e1, d1pv4e3, d1pv4f1, d1pv4f3
  protein/DNA complex
2. Domain d1pv4b1: 1pv4 B:51-126 [88298]
  Other proteins in same PDB: d1pv4a1, d1pv4a3, d1pv4b2, d1pv4c1, d1pv4c3, d1pv4d1, d1pv4d3, d1pv4e1, d1pv4e3, d1pv4f1, d1pv4f3
  protein/DNA complex
3. Domain d1pv4c2: 1pv4 C:48-126 [88301]
  Other proteins in same PDB: d1pv4a1, d1pv4a3, d1pv4b2, d1pv4c1, d1pv4c3, d1pv4d1, d1pv4d3, d1pv4e1, d1pv4e3, d1pv4f1, d1pv4f3
  protein/DNA complex
4. Domain d1pv4d2: 1pv4 D:48-126 [88304]
  Other proteins in same PDB: d1pv4a1, d1pv4a3, d1pv4b2, d1pv4c1, d1pv4c3, d1pv4d1, d1pv4d3, d1pv4e1, d1pv4e3, d1pv4f1, d1pv4f3
  protein/DNA complex
5. Domain d1pv4e2: 1pv4 E:48-126 [88307]
  Other proteins in same PDB: d1pv4a1, d1pv4a3, d1pv4b2, d1pv4c1, d1pv4c3, d1pv4d1, d1pv4d3, d1pv4e1, d1pv4e3, d1pv4f1, d1pv4f3
  protein/DNA complex
6. Domain d1pv4f2: 1pv4 F:48-126 [88310]
  Other proteins in same PDB: d1pv4a1, d1pv4a3, d1pv4b2, d1pv4c1, d1pv4c3, d1pv4d1, d1pv4d3, d1pv4e1, d1pv4e3, d1pv4f1, d1pv4f3
  protein/DNA complex

Domains for 1pvo:

Domain d1pvoa2: 1pvo A:48-126 [88317]
Other proteins in same PDB: d1pvoa1, d1pvoa3, d1pvob2, d1pvoc1, d1pvoc3, d1pvod1, d1pvod3, d1pvoe1, d1pvoe3, d1pvof1, d1pvof3
protein/RNA complex; complexed with anp

Domain d1pvob1: 1pvo B:51-126 [88319]
Other proteins in same PDB: d1pvoa1, d1pvoa3, d1pvob2, d1pvoc1, d1pvoc3, d1pvod1, d1pvod3, d1pvoe1, d1pvoe3, d1pvof1, d1pvof3
protein/RNA complex; complexed with anp

Domain d1pvoc2: 1pvo C:48-126 [88322]
Other proteins in same PDB: d1pvoa1, d1pvoa3, d1pvob2, d1pvoc1, d1pvoc3, d1pvod1, d1pvod3, d1pvoe1, d1pvoe3, d1pvof1, d1pvof3
protein/RNA complex; complexed with anp

Domain d1pvod2: 1pvo D:48-126 [88325]
Other proteins in same PDB: d1pvoa1, d1pvoa3, d1pvob2, d1pvoc1, d1pvoc3, d1pvod1, d1pvod3, d1pvoe1, d1pvoe3, d1pvof1, d1pvof3
protein/RNA complex; complexed with anp

Domain d1pvoe2: 1pvo E:48-126 [88328]
Other proteins in same PDB: d1pvoa1, d1pvoa3, d1pvob2, d1pvoc1, d1pvoc3, d1pvod1, d1pvod3, d1pvoe1, d1pvoe3, d1pvof1, d1pvof3
protein/RNA complex; complexed with anp

Domain d1pvof2: 1pvo F:48-126 [88331]
Other proteins in same PDB: d1pvoa1, d1pvoa3, d1pvob2, d1pvoc1, d1pvoc3, d1pvod1, d1pvod3, d1pvoe1, d1pvoe3, d1pvof1, d1pvof3
protein/RNA complex; complexed with anp

Domains for 1xpo:

Domain d1xpoa2: 1xpo A:48-129 [122213]
Other proteins in same PDB: d1xpoa1, d1xpoa3, d1xpob1, d1xpob3, d1xpoc1, d1xpoc3, d1xpod1, d1xpod3, d1xpoe1, d1xpoe3, d1xpof1, d1xpof3
automatically matched to d1a63_2
protein/RNA complex; complexed with ags, bcm, mg

Domain d1xpob2: 1xpo B:48-129 [122216]
Other proteins in same PDB: d1xpoa1, d1xpoa3, d1xpob1, d1xpob3, d1xpoc1, d1xpoc3, d1xpod1, d1xpod3, d1xpoe1, d1xpoe3, d1xpof1, d1xpof3
automatically matched to d1a63_2
protein/RNA complex; complexed with ags, bcm, mg

Domain d1xpoc2: 1xpo C:48-129 [122219]
Other proteins in same PDB: d1xpoa1, d1xpoa3, d1xpob1, d1xpob3, d1xpoc1, d1xpoc3, d1xpod1, d1xpod3, d1xpoe1, d1xpoe3, d1xpof1, d1xpof3
automatically matched to d1a63_2
protein/RNA complex; complexed with ags, bcm, mg

Domain d1xpod2: 1xpo D:48-129 [122222]
Other proteins in same PDB: d1xpoa1, d1xpoa3, d1xpob1, d1xpob3, d1xpoc1, d1xpoc3, d1xpod1, d1xpod3, d1xpoe1, d1xpoe3, d1xpof1, d1xpof3
automatically matched to d1a63_2
protein/RNA complex; complexed with ags, bcm, mg

Domain d1xpoe2: 1xpo E:48-129 [122225]
Other proteins in same PDB: d1xpoa1, d1xpoa3, d1xpob1, d1xpob3, d1xpoc1, d1xpoc3, d1xpod1, d1xpod3, d1xpoe1, d1xpoe3, d1xpof1, d1xpof3
automatically matched to d1a63_2
protein/RNA complex; complexed with ags, bcm, mg

Domain d1xpof2: 1xpo F:48-129 [122228]
Other proteins in same PDB: d1xpoa1, d1xpoa3, d1xpob1, d1xpob3, d1xpoc1, d1xpoc3, d1xpod1, d1xpod3, d1xpoe1, d1xpoe3, d1xpof1, d1xpof3
automatically matched to d1a63_2
protein/RNA complex; complexed with ags, bcm, mg

Domains for 1xpr:

Domain d1xpra2: 1xpr A:48-126 [115773]
Other proteins in same PDB: d1xpra1, d1xpra3, d1xprb1, d1xprb3, d1xprc1, d1xprc3, d1xprd1, d1xprd3, d1xpre1, d1xpre3, d1xprf1, d1xprf3
protein/RNA complex; complexed with ags, fb, mg

Domain d1xprb2: 1xpr B:48-126 [115776]
Other proteins in same PDB: d1xpra1, d1xpra3, d1xprb1, d1xprb3, d1xprc1, d1xprc3, d1xprd1, d1xprd3, d1xpre1, d1xpre3, d1xprf1, d1xprf3
protein/RNA complex; complexed with ags, fb, mg

Domain d1xprc2: 1xpr C:48-126 [115779]
Other proteins in same PDB: d1xpra1, d1xpra3, d1xprb1, d1xprb3, d1xprc1, d1xprc3, d1xprd1, d1xprd3, d1xpre1, d1xpre3, d1xprf1, d1xprf3
protein/RNA complex; complexed with ags, fb, mg

Domain d1xprd2: 1xpr D:48-126 [115782]
Other proteins in same PDB: d1xpra1, d1xpra3, d1xprb1, d1xprb3, d1xprc1, d1xprc3, d1xprd1, d1xprd3, d1xpre1, d1xpre3, d1xprf1, d1xprf3
protein/RNA complex; complexed with ags, fb, mg

Domain d1xpre2: 1xpr E:48-126 [115785]
Other proteins in same PDB: d1xpra1, d1xpra3, d1xprb1, d1xprb3, d1xprc1, d1xprc3, d1xprd1, d1xprd3, d1xpre1, d1xpre3, d1xprf1, d1xprf3
protein/RNA complex; complexed with ags, fb, mg

Domain d1xprf2: 1xpr F:48-126 [115788]
Other proteins in same PDB: d1xpra1, d1xpra3, d1xprb1, d1xprb3, d1xprc1, d1xprc3, d1xprd1, d1xprd3, d1xpre1, d1xpre3, d1xprf1, d1xprf3
protein/RNA complex; complexed with ags, fb, mg

Domains for 1xpu:

Domain d1xpua2: 1xpu A:48-126 [115791]
Other proteins in same PDB: d1xpua1, d1xpua3, d1xpub1, d1xpub3, d1xpuc1, d1xpuc3, d1xpud1, d1xpud3, d1xpue1, d1xpue3, d1xpuf1, d1xpuf3
protein/RNA complex; complexed with ags, fpd, mg

Domain d1xpub2: 1xpu B:48-126 [115794]
Other proteins in same PDB: d1xpua1, d1xpua3, d1xpub1, d1xpub3, d1xpuc1, d1xpuc3, d1xpud1, d1xpud3, d1xpue1, d1xpue3, d1xpuf1, d1xpuf3
protein/RNA complex; complexed with ags, fpd, mg

Domain d1xpuc2: 1xpu C:48-126 [115797]
Other proteins in same PDB: d1xpua1, d1xpua3, d1xpub1, d1xpub3, d1xpuc1, d1xpuc3, d1xpud1, d1xpud3, d1xpue1, d1xpue3, d1xpuf1, d1xpuf3
protein/RNA complex; complexed with ags, fpd, mg

Domain d1xpud2: 1xpu D:48-126 [115800]
Other proteins in same PDB: d1xpua1, d1xpua3, d1xpub1, d1xpub3, d1xpuc1, d1xpuc3, d1xpud1, d1xpud3, d1xpue1, d1xpue3, d1xpuf1, d1xpuf3
protein/RNA complex; complexed with ags, fpd, mg

Domain d1xpue2: 1xpu E:48-126 [115803]
Other proteins in same PDB: d1xpua1, d1xpua3, d1xpub1, d1xpub3, d1xpuc1, d1xpuc3, d1xpud1, d1xpud3, d1xpue1, d1xpue3, d1xpuf1, d1xpuf3
protein/RNA complex; complexed with ags, fpd, mg

Domain d1xpuf2: 1xpu F:48-126 [115806]
Other proteins in same PDB: d1xpua1, d1xpua3, d1xpub1, d1xpub3, d1xpuc1, d1xpuc3, d1xpud1, d1xpud3, d1xpue1, d1xpue3, d1xpuf1, d1xpuf3
protein/RNA complex; complexed with ags, fpd, mg

Domains for 2a8v:
1. Domain d2a8va2: 2a8v A:48-118 [64753]
  Other proteins in same PDB: d2a8va1, d2a8vb1, d2a8vc1
  protein/RNA complex
2. Domain d2a8vb2: 2a8v B:48-118 [64755]
  Other proteins in same PDB: d2a8va1, d2a8vb1, d2a8vc1
  protein/RNA complex
3. Domain d2a8vc2: 2a8v C:48-118 [64757]
  Other proteins in same PDB: d2a8va1, d2a8vb1, d2a8vc1
  protein/RNA complex

More info for Protein Rho termination factor, RNA-binding domain from b.40.4.5: Cold shock DNA-binding domain-like

Timeline for Protein Rho termination factor, RNA-binding domain from b.40.4.5: Cold shock DNA-binding domain-like:

Protein Rho termination factor, RNA-binding domain from b.40.4.5: Cold shock DNA-binding domain-like first appeared in SCOP 1.59
Protein Rho termination factor, RNA-binding domain from b.40.4.5: Cold shock DNA-binding domain-like appears in SCOPe 2.07