SCOPe 2.08: Protein: gamma subunit of DNA polymerase III, N-domain

Lineage for Protein: gamma subunit of DNA polymerase III, N-domain

Root: SCOPe 2.08
Class c: Alpha and beta proteins (a/b) [51349] (148 folds)
Fold c.37: P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases [52539] (1 superfamily)
3 layers: a/b/a, parallel or mixed beta-sheets of variable sizes
Superfamily c.37.1: P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases [52540] (27 families)
division into families based on beta-sheet topologies
Family c.37.1.20: Extended AAA-ATPase domain [81269] (43 proteins)
fold is similar to that of RecA, but lacks the last two strands, followed by a family-specific Arg-finger domain
Protein gamma subunit of DNA polymerase III, N-domain [64031] (2 species)

Species:

Escherichia coli [TaxId:562] [64032] (3 PDB entries)
Uniprot P06710 5-368

Domains for 1jr3:
1. Domain d1jr3a2: 1jr3 A:3-242 [63246]
  Other proteins in same PDB: d1jr3a1, d1jr3b1, d1jr3c1, d1jr3d1, d1jr3d2, d1jr3e1, d1jr3e2
  protein/DNA complex; complexed with so4, zn
2. Domain d1jr3b2: 1jr3 B:4-242 [63248]
  Other proteins in same PDB: d1jr3a1, d1jr3b1, d1jr3c1, d1jr3d1, d1jr3d2, d1jr3e1, d1jr3e2
  protein/DNA complex; complexed with so4, zn
3. Domain d1jr3c2: 1jr3 C:3-242 [63250]
  Other proteins in same PDB: d1jr3a1, d1jr3b1, d1jr3c1, d1jr3d1, d1jr3d2, d1jr3e1, d1jr3e2
  protein/DNA complex; complexed with so4, zn

Domains for 1xxh:

Domain d1xxhb2: 1xxh B:5-242 [116166]
Other proteins in same PDB: d1xxha1, d1xxha2, d1xxhb1, d1xxhc1, d1xxhd1, d1xxhe1, d1xxhe2, d1xxhf1, d1xxhf2, d1xxhg1, d1xxhh1, d1xxhi1, d1xxhj1, d1xxhj2
protein/DNA complex; complexed with ags, po4, zn

Domain d1xxhc2: 1xxh C:5-242 [116168]
Other proteins in same PDB: d1xxha1, d1xxha2, d1xxhb1, d1xxhc1, d1xxhd1, d1xxhe1, d1xxhe2, d1xxhf1, d1xxhf2, d1xxhg1, d1xxhh1, d1xxhi1, d1xxhj1, d1xxhj2
protein/DNA complex; complexed with ags, po4, zn

Domain d1xxhd2: 1xxh D:5-242 [116170]
Other proteins in same PDB: d1xxha1, d1xxha2, d1xxhb1, d1xxhc1, d1xxhd1, d1xxhe1, d1xxhe2, d1xxhf1, d1xxhf2, d1xxhg1, d1xxhh1, d1xxhi1, d1xxhj1, d1xxhj2
protein/DNA complex; complexed with ags, po4, zn

Domain d1xxhg2: 1xxh G:5-242 [116176]
Other proteins in same PDB: d1xxha1, d1xxha2, d1xxhb1, d1xxhc1, d1xxhd1, d1xxhe1, d1xxhe2, d1xxhf1, d1xxhf2, d1xxhg1, d1xxhh1, d1xxhi1, d1xxhj1, d1xxhj2
protein/DNA complex; complexed with ags, po4, zn

Domain d1xxhh2: 1xxh H:5-242 [116178]
Other proteins in same PDB: d1xxha1, d1xxha2, d1xxhb1, d1xxhc1, d1xxhd1, d1xxhe1, d1xxhe2, d1xxhf1, d1xxhf2, d1xxhg1, d1xxhh1, d1xxhi1, d1xxhj1, d1xxhj2
protein/DNA complex; complexed with ags, po4, zn

Domain d1xxhi2: 1xxh I:5-242 [116180]
Other proteins in same PDB: d1xxha1, d1xxha2, d1xxhb1, d1xxhc1, d1xxhd1, d1xxhe1, d1xxhe2, d1xxhf1, d1xxhf2, d1xxhg1, d1xxhh1, d1xxhi1, d1xxhj1, d1xxhj2
protein/DNA complex; complexed with ags, po4, zn

Domains for 1xxi:

Domain d1xxib2: 1xxi B:5-242 [116186]
Other proteins in same PDB: d1xxia1, d1xxia2, d1xxib1, d1xxic1, d1xxid1, d1xxie1, d1xxie2, d1xxif1, d1xxif2, d1xxig1, d1xxih1, d1xxii1, d1xxij1, d1xxij2
protein/DNA complex; complexed with adp, po4, zn

Domain d1xxic2: 1xxi C:5-242 [116188]
Other proteins in same PDB: d1xxia1, d1xxia2, d1xxib1, d1xxic1, d1xxid1, d1xxie1, d1xxie2, d1xxif1, d1xxif2, d1xxig1, d1xxih1, d1xxii1, d1xxij1, d1xxij2
protein/DNA complex; complexed with adp, po4, zn

Domain d1xxid2: 1xxi D:5-242 [116190]
Other proteins in same PDB: d1xxia1, d1xxia2, d1xxib1, d1xxic1, d1xxid1, d1xxie1, d1xxie2, d1xxif1, d1xxif2, d1xxig1, d1xxih1, d1xxii1, d1xxij1, d1xxij2
protein/DNA complex; complexed with adp, po4, zn

Domain d1xxig2: 1xxi G:5-242 [116196]
Other proteins in same PDB: d1xxia1, d1xxia2, d1xxib1, d1xxic1, d1xxid1, d1xxie1, d1xxie2, d1xxif1, d1xxif2, d1xxig1, d1xxih1, d1xxii1, d1xxij1, d1xxij2
protein/DNA complex; complexed with adp, po4, zn

Domain d1xxih2: 1xxi H:5-242 [116198]
Other proteins in same PDB: d1xxia1, d1xxia2, d1xxib1, d1xxic1, d1xxid1, d1xxie1, d1xxie2, d1xxif1, d1xxif2, d1xxig1, d1xxih1, d1xxii1, d1xxij1, d1xxij2
protein/DNA complex; complexed with adp, po4, zn

Domain d1xxii2: 1xxi I:5-242 [116200]
Other proteins in same PDB: d1xxia1, d1xxia2, d1xxib1, d1xxic1, d1xxid1, d1xxie1, d1xxie2, d1xxif1, d1xxif2, d1xxig1, d1xxih1, d1xxii1, d1xxij1, d1xxij2
protein/DNA complex; complexed with adp, po4, zn

Thermotoga maritima [TaxId:2336] [142324] (1 PDB entry)
Uniprot Q9WZM9 11-208
- Domain for 2gno:
  - Domain d2gnoa2: 2gno A:11-208 [135415]
    Other proteins in same PDB: d2gnoa1
    complexed with etx, na, unl

More info for Protein gamma subunit of DNA polymerase III, N-domain from c.37.1.20: Extended AAA-ATPase domain

Timeline for Protein gamma subunit of DNA polymerase III, N-domain from c.37.1.20: Extended AAA-ATPase domain:

Protein gamma subunit of DNA polymerase III, N-domain from c.37.1.20: Extended AAA-ATPase domain first appeared in SCOP 1.57, called Protein gamma subunit of DNA polymerase III, N-domain from c.37.1.13: Extended AAA-ATPase domain
Protein gamma subunit of DNA polymerase III, N-domain from c.37.1.20: Extended AAA-ATPase domain appears in SCOPe 2.07