SCOPe 2.08: Protein: Thermosome, A-domain

Lineage for Protein: Thermosome, A-domain

Root: SCOPe 2.08
Class c: Alpha and beta proteins (a/b) [51349] (148 folds)

Fold c.8: The 'swivelling' beta/beta/alpha domain [52008] (10 superfamilies)
3 layers: b/b/a; the central sheet is parallel, and the other one is antiparallel; there are some variations in topology
this domain is thought to be mobile in most multi-domain proteins known to contain it

Superfamily c.8.5: GroEL apical domain-like [52029] (3 families)
Family c.8.5.2: Group II chaperonin (CCT, TRIC), apical domain [52034] (1 protein)
Protein Thermosome, A-domain [52035] (4 species)

Species:

Mouse (Mus musculus), gamma chain [TaxId:10090] [75137] (2 PDB entries)
1. Domains for 1gml:
  1. Domain d1gmla_: 1gml A: [70273]
    apical domain only
    complexed with gol
  2. Domain d1gmlb_: 1gml B: [70274]
    apical domain only
    complexed with gol
  3. Domain d1gmlc_: 1gml C: [70275]
    apical domain only
    complexed with gol
  4. Domain d1gmld_: 1gml D: [70276]
    apical domain only
    complexed with gol
2. Domains for 1gn1:
  1. Domain d1gn1a_: 1gn1 A: [70277]
    apical domain only
    complexed with ca
  2. Domain d1gn1b_: 1gn1 B: [70278]
    apical domain only
    complexed with ca
  3. Domain d1gn1c_: 1gn1 C: [70279]
    apical domain only
    complexed with ca
  4. Domain d1gn1d_: 1gn1 D: [70280]
    apical domain only
    complexed with ca
  5. Domain d1gn1e_: 1gn1 E: [70281]
    apical domain only
    complexed with ca
  6. Domain d1gn1f_: 1gn1 F: [70282]
    apical domain only
    complexed with ca
  7. Domain d1gn1g_: 1gn1 G: [70283]
    apical domain only
    complexed with ca
  8. Domain d1gn1h_: 1gn1 H: [70284]
    apical domain only
    complexed with ca

Thermococcus sp. ks-1, alpha chain [TaxId:79679] [102202] (4 PDB entries)

Domains for 1q2v:
1. Domain d1q2va2: 1q2v A:217-369 [95644]
  Other proteins in same PDB: d1q2va1, d1q2va3, d1q2vb1, d1q2vb3, d1q2vc1, d1q2vc3, d1q2vd1, d1q2vd3
  complexed with so4
2. Domain d1q2vb2: 1q2v B:217-369 [95647]
  Other proteins in same PDB: d1q2va1, d1q2va3, d1q2vb1, d1q2vb3, d1q2vc1, d1q2vc3, d1q2vd1, d1q2vd3
  complexed with so4
3. Domain d1q2vc2: 1q2v C:217-369 [95650]
  Other proteins in same PDB: d1q2va1, d1q2va3, d1q2vb1, d1q2vb3, d1q2vc1, d1q2vc3, d1q2vd1, d1q2vd3
  complexed with so4
4. Domain d1q2vd2: 1q2v D:217-369 [95653]
  Other proteins in same PDB: d1q2va1, d1q2va3, d1q2vb1, d1q2vb3, d1q2vc1, d1q2vc3, d1q2vd1, d1q2vd3
  complexed with so4
Domains for 1q3q:
1. Domain d1q3qa2: 1q3q A:217-369 [95705]
  Other proteins in same PDB: d1q3qa1, d1q3qa3, d1q3qb1, d1q3qb3, d1q3qc1, d1q3qc3, d1q3qd1, d1q3qd3
  complexed with anp, mg; mutant
2. Domain d1q3qb2: 1q3q B:217-369 [95708]
  Other proteins in same PDB: d1q3qa1, d1q3qa3, d1q3qb1, d1q3qb3, d1q3qc1, d1q3qc3, d1q3qd1, d1q3qd3
  complexed with anp, mg; mutant
3. Domain d1q3qc2: 1q3q C:217-369 [95711]
  Other proteins in same PDB: d1q3qa1, d1q3qa3, d1q3qb1, d1q3qb3, d1q3qc1, d1q3qc3, d1q3qd1, d1q3qd3
  complexed with anp, mg; mutant
4. Domain d1q3qd2: 1q3q D:217-369 [95714]
  Other proteins in same PDB: d1q3qa1, d1q3qa3, d1q3qb1, d1q3qb3, d1q3qc1, d1q3qc3, d1q3qd1, d1q3qd3
  complexed with anp, mg; mutant
Domains for 1q3r:
1. Domain d1q3ra2: 1q3r A:217-369 [95717]
  Other proteins in same PDB: d1q3ra1, d1q3ra3, d1q3rb1, d1q3rb3, d1q3rc1, d1q3rc3, d1q3rd1, d1q3rd3
  complexed with so4; mutant
2. Domain d1q3rb2: 1q3r B:217-369 [95720]
  Other proteins in same PDB: d1q3ra1, d1q3ra3, d1q3rb1, d1q3rb3, d1q3rc1, d1q3rc3, d1q3rd1, d1q3rd3
  complexed with so4; mutant
3. Domain d1q3rc2: 1q3r C:217-369 [95723]
  Other proteins in same PDB: d1q3ra1, d1q3ra3, d1q3rb1, d1q3rb3, d1q3rc1, d1q3rc3, d1q3rd1, d1q3rd3
  complexed with so4; mutant
4. Domain d1q3rd2: 1q3r D:217-369 [95726]
  Other proteins in same PDB: d1q3ra1, d1q3ra3, d1q3rb1, d1q3rb3, d1q3rc1, d1q3rc3, d1q3rd1, d1q3rd3
  complexed with so4; mutant

Domains for 1q3s:

Domain d1q3sa2: 1q3s A:217-369 [95729]
Other proteins in same PDB: d1q3sa1, d1q3sa3, d1q3sb1, d1q3sb3, d1q3sc1, d1q3sc3, d1q3sd1, d1q3sd3, d1q3se1, d1q3se3, d1q3sf1, d1q3sf3, d1q3sg1, d1q3sg3, d1q3sh1, d1q3sh3
complexed with adp, mg

Domain d1q3sb2: 1q3s B:217-369 [95732]
Other proteins in same PDB: d1q3sa1, d1q3sa3, d1q3sb1, d1q3sb3, d1q3sc1, d1q3sc3, d1q3sd1, d1q3sd3, d1q3se1, d1q3se3, d1q3sf1, d1q3sf3, d1q3sg1, d1q3sg3, d1q3sh1, d1q3sh3
complexed with adp, mg

Domain d1q3sc2: 1q3s C:217-369 [95735]
Other proteins in same PDB: d1q3sa1, d1q3sa3, d1q3sb1, d1q3sb3, d1q3sc1, d1q3sc3, d1q3sd1, d1q3sd3, d1q3se1, d1q3se3, d1q3sf1, d1q3sf3, d1q3sg1, d1q3sg3, d1q3sh1, d1q3sh3
complexed with adp, mg

Domain d1q3sd2: 1q3s D:217-369 [95738]
Other proteins in same PDB: d1q3sa1, d1q3sa3, d1q3sb1, d1q3sb3, d1q3sc1, d1q3sc3, d1q3sd1, d1q3sd3, d1q3se1, d1q3se3, d1q3sf1, d1q3sf3, d1q3sg1, d1q3sg3, d1q3sh1, d1q3sh3
complexed with adp, mg

Domain d1q3se2: 1q3s E:217-369 [95741]
Other proteins in same PDB: d1q3sa1, d1q3sa3, d1q3sb1, d1q3sb3, d1q3sc1, d1q3sc3, d1q3sd1, d1q3sd3, d1q3se1, d1q3se3, d1q3sf1, d1q3sf3, d1q3sg1, d1q3sg3, d1q3sh1, d1q3sh3
complexed with adp, mg

Domain d1q3sf2: 1q3s F:217-369 [95744]
Other proteins in same PDB: d1q3sa1, d1q3sa3, d1q3sb1, d1q3sb3, d1q3sc1, d1q3sc3, d1q3sd1, d1q3sd3, d1q3se1, d1q3se3, d1q3sf1, d1q3sf3, d1q3sg1, d1q3sg3, d1q3sh1, d1q3sh3
complexed with adp, mg

Domain d1q3sg2: 1q3s G:217-369 [95747]
Other proteins in same PDB: d1q3sa1, d1q3sa3, d1q3sb1, d1q3sb3, d1q3sc1, d1q3sc3, d1q3sd1, d1q3sd3, d1q3se1, d1q3se3, d1q3sf1, d1q3sf3, d1q3sg1, d1q3sg3, d1q3sh1, d1q3sh3
complexed with adp, mg

Domain d1q3sh2: 1q3s H:217-369 [95750]
Other proteins in same PDB: d1q3sa1, d1q3sa3, d1q3sb1, d1q3sb3, d1q3sc1, d1q3sc3, d1q3sd1, d1q3sd3, d1q3se1, d1q3se3, d1q3sf1, d1q3sf3, d1q3sg1, d1q3sg3, d1q3sh1, d1q3sh3
complexed with adp, mg

Thermoplasma acidophilum, alpha chain [TaxId:2303] [100946] (4 PDB entries)
1. Domain for 1a6d:
  - Domain d1a6da2: 1a6d A:215-367 [30819]
    Other proteins in same PDB: d1a6da1, d1a6da3, d1a6db1, d1a6db3
2. Domain for 1a6e:
  - Domain d1a6ea2: 1a6e A:215-367 [30822]
    Other proteins in same PDB: d1a6ea1, d1a6ea3, d1a6eb1, d1a6eb3
    complexed with adp, af3, mg
3. Domain for 1ass:
  - Domain d1assa_: 1ass A: [30818]
    apical domain only
    complexed with na, po4
4. Domain for 1asx:
  - Domain d1asxa_: 1asx A: [30821]
    apical domain only
    complexed with po4
Thermoplasma acidophilum, beta chain [TaxId:2303] [100947] (3 PDB entries)
1. Domain for 1a6d:
  - Domain d1a6db2: 1a6d B:216-367 [30820]
    Other proteins in same PDB: d1a6da1, d1a6da3, d1a6db1, d1a6db3
2. Domain for 1a6e:
  - Domain d1a6eb2: 1a6e B:216-367 [30823]
    Other proteins in same PDB: d1a6ea1, d1a6ea3, d1a6eb1, d1a6eb3
    complexed with adp, af3, mg
3. Domain for 1e0r:
  - Domain d1e0rb_: 1e0r B: [30824]
    apical domain only

More info for Protein Thermosome, A-domain from c.8.5.2: Group II chaperonin (CCT, TRIC), apical domain

Timeline for Protein Thermosome, A-domain from c.8.5.2: Group II chaperonin (CCT, TRIC), apical domain:

Protein Thermosome, A-domain from c.8.5.2: Group II chaperonin (CCT, TRIC), apical domain first appeared (with stable ids) in SCOP 1.55, called Protein Thermosome from c.8.5.2: Group II chaperonin (CCT, TRIC)
Protein Thermosome, A-domain from c.8.5.2: Group II chaperonin (CCT, TRIC), apical domain appears in SCOPe 2.07