Lineage for Protein: RNA polymerase omega subunit

  1. Root: SCOP 1.73
  2. 631650Class a: All alpha proteins [46456] (258 folds)
  3. 649980Fold a.143: RPB6/omega subunit-like [63561] (1 superfamily)
    core: 2 helices and adjacent loops
  4. 649981Superfamily a.143.1: RPB6/omega subunit-like [63562] (2 families) (S)
    the bacterial omega and eukaryotic RPB6 subunits both function in polymerase assembly; the common core is involved in conserved interactions with other subunits
  5. 649982Family a.143.1.1: RNA polymerase omega subunit [63563] (1 protein)
    4 helices; irregular array
  6. 649983Protein RNA polymerase omega subunit [63564] (2 species)

Species:

  1. 649984Thermus aquaticus [TaxId:271] [63565] (3 PDB entries)
    1. Domain for 1i6v:
    2. Domain for 1ynj:
    3. Domain for 1ynn:
  2. 649988Thermus thermophilus [TaxId:274] [74729] (9 PDB entries)
    1. Domains for 1iw7:
      1. 649999Domain d1iw7e_: 1iw7 E: [71476]
        Other proteins in same PDB: d1iw7a1, d1iw7a2, d1iw7b1, d1iw7b2, d1iw7c_, d1iw7d_, d1iw7f1, d1iw7f2, d1iw7f3, d1iw7k1, d1iw7k2, d1iw7l1, d1iw7l2, d1iw7m_, d1iw7n_, d1iw7p1, d1iw7p2, d1iw7p3
      2. 650000Domain d1iw7o_: 1iw7 O: [71484]
        Other proteins in same PDB: d1iw7a1, d1iw7a2, d1iw7b1, d1iw7b2, d1iw7c_, d1iw7d_, d1iw7f1, d1iw7f2, d1iw7f3, d1iw7k1, d1iw7k2, d1iw7l1, d1iw7l2, d1iw7m_, d1iw7n_, d1iw7p1, d1iw7p2, d1iw7p3
        complexed with mg, pb
    2. Domains for 1smy:
      1. 649993Domain d1smye_: 1smy E: [105780]
        Other proteins in same PDB: d1smya1, d1smya2, d1smyb1, d1smyb2, d1smyc_, d1smyd_, d1smyf1, d1smyf2, d1smyf3, d1smyk1, d1smyk2, d1smyl1, d1smyl2, d1smym_, d1smyn_, d1smyp1, d1smyp2, d1smyp3
      2. 649994Domain d1smyo_: 1smy O: [105790]
        Other proteins in same PDB: d1smya1, d1smya2, d1smyb1, d1smyb2, d1smyc_, d1smyd_, d1smyf1, d1smyf2, d1smyf3, d1smyk1, d1smyk2, d1smyl1, d1smyl2, d1smym_, d1smyn_, d1smyp1, d1smyp2, d1smyp3
        complexed with g4p, mg, zn
    3. Domains for 1zyr:
      1. 650003Domain d1zyre1: 1zyr E:2-96 [125855]
        Other proteins in same PDB: d1zyra1, d1zyra2, d1zyrb1, d1zyrb2, d1zyrc1, d1zyrd1, d1zyrf1, d1zyrf2, d1zyrf3, d1zyrk1, d1zyrk2, d1zyrl1, d1zyrl2, d1zyrm1, d1zyrn1, d1zyrp1, d1zyrp2, d1zyrp3
        automatically matched to d1iw7e_
        complexed with mg, std, zn
      2. 650004Domain d1zyro1: 1zyr O:2-96 [125865]
        Other proteins in same PDB: d1zyra1, d1zyra2, d1zyrb1, d1zyrb2, d1zyrc1, d1zyrd1, d1zyrf1, d1zyrf2, d1zyrf3, d1zyrk1, d1zyrk2, d1zyrl1, d1zyrl2, d1zyrm1, d1zyrn1, d1zyrp1, d1zyrp2, d1zyrp3
        automatically matched to d1iw7e_
        complexed with mg, std, zn
    4. Domains for 2a68:
      1. 649995Domain d2a68e1: 2a68 E:2-96 [126197]
        Other proteins in same PDB: d2a68a1, d2a68a2, d2a68b1, d2a68b2, d2a68c1, d2a68d1, d2a68f1, d2a68f2, d2a68f3, d2a68k1, d2a68k2, d2a68l1, d2a68l2, d2a68m1, d2a68n1, d2a68p1, d2a68p2, d2a68p3
        automatically matched to d1iw7e_
        complexed with mg, rbt, zn
      2. 649996Domain d2a68o1: 2a68 O:2-96 [126207]
        Other proteins in same PDB: d2a68a1, d2a68a2, d2a68b1, d2a68b2, d2a68c1, d2a68d1, d2a68f1, d2a68f2, d2a68f3, d2a68k1, d2a68k2, d2a68l1, d2a68l2, d2a68m1, d2a68n1, d2a68p1, d2a68p2, d2a68p3
        automatically matched to d1iw7e_
        complexed with mg, rbt, zn
    5. Domains for 2a69:
      1. 649989Domain d2a69e1: 2a69 E:2-96 [126217]
        Other proteins in same PDB: d2a69a1, d2a69a2, d2a69b1, d2a69b2, d2a69c1, d2a69d1, d2a69f1, d2a69f2, d2a69f3, d2a69k1, d2a69k2, d2a69l1, d2a69l2, d2a69m1, d2a69n1, d2a69p1, d2a69p2, d2a69p3
        automatically matched to d1iw7e_
        complexed with mg, rpt, zn
      2. 649990Domain d2a69o1: 2a69 O:2-96 [126227]
        Other proteins in same PDB: d2a69a1, d2a69a2, d2a69b1, d2a69b2, d2a69c1, d2a69d1, d2a69f1, d2a69f2, d2a69f3, d2a69k1, d2a69k2, d2a69l1, d2a69l2, d2a69m1, d2a69n1, d2a69p1, d2a69p2, d2a69p3
        automatically matched to d1iw7e_
        complexed with mg, rpt, zn
    6. Domains for 2a6e:
      1. 650001Domain d2a6ee1: 2a6e E:2-96 [126246]
        Other proteins in same PDB: d2a6ea1, d2a6ea2, d2a6eb1, d2a6eb2, d2a6ec1, d2a6ed1, d2a6ef1, d2a6ef2, d2a6ef3, d2a6ek1, d2a6ek2, d2a6el1, d2a6el2, d2a6em1, d2a6en1, d2a6ep1, d2a6ep2, d2a6ep3
        automatically matched to d1iw7e_
        complexed with mg, zn
      2. 650002Domain d2a6eo1: 2a6e O:2-96 [126256]
        Other proteins in same PDB: d2a6ea1, d2a6ea2, d2a6eb1, d2a6eb2, d2a6ec1, d2a6ed1, d2a6ef1, d2a6ef2, d2a6ef3, d2a6ek1, d2a6ek2, d2a6el1, d2a6el2, d2a6em1, d2a6en1, d2a6ep1, d2a6ep2, d2a6ep3
        automatically matched to d1iw7e_
        complexed with mg, zn
    7. Domains for 2a6h:
      1. 649991Domain d2a6he1: 2a6h E:2-96 [126266]
        Other proteins in same PDB: d2a6ha1, d2a6ha2, d2a6hb1, d2a6hb2, d2a6hc1, d2a6hd1, d2a6hf1, d2a6hf2, d2a6hf3, d2a6hk1, d2a6hk2, d2a6hl1, d2a6hl2, d2a6hm1, d2a6hn1, d2a6hp1, d2a6hp2, d2a6hp3
        automatically matched to d1iw7e_
        complexed with mg, std, zn
      2. 649992Domain d2a6ho1: 2a6h O:2-96 [126276]
        Other proteins in same PDB: d2a6ha1, d2a6ha2, d2a6hb1, d2a6hb2, d2a6hc1, d2a6hd1, d2a6hf1, d2a6hf2, d2a6hf3, d2a6hk1, d2a6hk2, d2a6hl1, d2a6hl2, d2a6hm1, d2a6hn1, d2a6hp1, d2a6hp2, d2a6hp3
        automatically matched to d1iw7e_
        complexed with mg, std, zn
    8. Domains for 2be5:
      1. 649997Domain d2be5e1: 2be5 E:2-96 [128357]
        Other proteins in same PDB: d2be5a1, d2be5a2, d2be5b1, d2be5b2, d2be5c1, d2be5d1, d2be5f1, d2be5f2, d2be5f3, d2be5k1, d2be5k2, d2be5l1, d2be5l2, d2be5m1, d2be5n1, d2be5p1, d2be5p2, d2be5p3
        automatically matched to d1iw7e_
        complexed with mg, tgt, zn
      2. 649998Domain d2be5o1: 2be5 O:2-96 [128367]
        Other proteins in same PDB: d2be5a1, d2be5a2, d2be5b1, d2be5b2, d2be5c1, d2be5d1, d2be5f1, d2be5f2, d2be5f3, d2be5k1, d2be5k2, d2be5l1, d2be5l2, d2be5m1, d2be5n1, d2be5p1, d2be5p2, d2be5p3
        automatically matched to d1iw7e_
        complexed with mg, tgt, zn
    9. Domains for 2cw0:
      1. 650005Domain d2cw0e1: 2cw0 E:2-96 [130904]
        Other proteins in same PDB: d2cw0a1, d2cw0a2, d2cw0b1, d2cw0b2, d2cw0c1, d2cw0d1, d2cw0f1, d2cw0f2, d2cw0f3, d2cw0k1, d2cw0k2, d2cw0l1, d2cw0l2, d2cw0m1, d2cw0n1, d2cw0p1, d2cw0p2, d2cw0p3
        automatically matched to d1iw7e_
        complexed with mg, zn
      2. 650006Domain d2cw0o1: 2cw0 O:2-96 [130914]
        Other proteins in same PDB: d2cw0a1, d2cw0a2, d2cw0b1, d2cw0b2, d2cw0c1, d2cw0d1, d2cw0f1, d2cw0f2, d2cw0f3, d2cw0k1, d2cw0k2, d2cw0l1, d2cw0l2, d2cw0m1, d2cw0n1, d2cw0p1, d2cw0p2, d2cw0p3
        automatically matched to d1iw7e_
        complexed with mg, zn

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