Lineage for Protein: RNA polymerase omega subunit

  1. Root: SCOPe 2.06
  2. 1976409Class a: All alpha proteins [46456] (289 folds)
  3. 2013114Fold a.143: RPB6/omega subunit-like [63561] (1 superfamily)
    core: 2 helices and adjacent loops
  4. 2013115Superfamily a.143.1: RPB6/omega subunit-like [63562] (2 families) (S)
    the bacterial omega and eukaryotic RPB6 subunits both function in polymerase assembly; the common core is involved in conserved interactions with other subunits
  5. 2013116Family a.143.1.1: RNA polymerase omega subunit [63563] (2 protein domains)
    4 helices; irregular array
  6. 2013117Protein RNA polymerase omega subunit [63564] (3 species)

Species:

  1. 2013118Thermus aquaticus [TaxId:271] [63565] (3 PDB entries)
    1. Domain for 1i6v:
    2. Domain for 1ynj:
    3. Domain for 1ynn:
  2. 2013122Thermus thermophilus HB8 [TaxId:300852] [158241] (6 PDB entries)
    1. Domains for 2o5i:
      1. 2013127Domain d2o5ie_: 2o5i E: [148602]
        Other proteins in same PDB: d2o5ia1, d2o5ia2, d2o5ib1, d2o5ib2, d2o5ic_, d2o5id_, d2o5ik1, d2o5ik2, d2o5il1, d2o5il2, d2o5im_, d2o5in_
        automated match to d1i6ve_
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, zn
      2. 2013128Domain d2o5io_: 2o5i O: [161489]
        Other proteins in same PDB: d2o5ia1, d2o5ia2, d2o5ib1, d2o5ib2, d2o5ic_, d2o5id_, d2o5ik1, d2o5ik2, d2o5il1, d2o5il2, d2o5im_, d2o5in_
        automated match to d1i6ve_
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, zn
    2. Domains for 2o5j:
      1. 2013129Domain d2o5je_: 2o5j E: [238770]
        Other proteins in same PDB: d2o5jc_, d2o5jd_, d2o5jm_, d2o5jn_
        automated match to d1i6ve_
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with apc, mg, zn
      2. 2013130Domain d2o5jo_: 2o5j O: [238771]
        Other proteins in same PDB: d2o5jc_, d2o5jd_, d2o5jm_, d2o5jn_
        automated match to d1i6ve_
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with apc, mg, zn
    3. Domains for 2ppb:
      1. 2013131Domain d2ppbe_: 2ppb E: [238812]
        Other proteins in same PDB: d2ppbc_, d2ppbd_, d2ppbm_, d2ppbn_
        automated match to d1i6ve_
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with apc, mg, std, zn
      2. 2013132Domain d2ppbo_: 2ppb O: [238813]
        Other proteins in same PDB: d2ppbc_, d2ppbd_, d2ppbm_, d2ppbn_
        automated match to d1i6ve_
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with apc, mg, std, zn
    4. Domains for 3dxj:
      1. 2013133Domain d3dxje_: 3dxj E: [157929]
        Other proteins in same PDB: d3dxjc_, d3dxjd_, d3dxjf1, d3dxjf2, d3dxjf3, d3dxjm_, d3dxjn_, d3dxjp1, d3dxjp2, d3dxjp3
        automated match to d1i6ve_
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, mpd, ne6, po4, zn
      2. 2013134Domain d3dxjo_: 3dxj O: [157932]
        Other proteins in same PDB: d3dxjc_, d3dxjd_, d3dxjf1, d3dxjf2, d3dxjf3, d3dxjm_, d3dxjn_, d3dxjp1, d3dxjp2, d3dxjp3
        automated match to d1i6ve_
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, mpd, ne6, po4, zn
    5. Domains for 4g7h:
      1. 2013123Domain d4g7he_: 4g7h E: [202199]
        Other proteins in same PDB: d4g7ha1, d4g7ha2, d4g7hb1, d4g7hb2, d4g7hc_, d4g7hd_, d4g7hf1, d4g7hf2, d4g7hf3, d4g7hk1, d4g7hk2, d4g7hl1, d4g7hl2, d4g7hm_, d4g7hn_, d4g7hp1, d4g7hp2, d4g7hp3
        automated match to d2o5ie_
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, zn
      2. 2013124Domain d4g7ho_: 4g7h O: [194416]
        Other proteins in same PDB: d4g7ha1, d4g7ha2, d4g7hb1, d4g7hb2, d4g7hc_, d4g7hd_, d4g7hf1, d4g7hf2, d4g7hf3, d4g7hk1, d4g7hk2, d4g7hl1, d4g7hl2, d4g7hm_, d4g7hn_, d4g7hp1, d4g7hp2, d4g7hp3
        automated match to d3eqle_
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, zn
    6. Domains for 4g7o:
      1. 2013125Domain d4g7oe_: 4g7o E: [202210]
        Other proteins in same PDB: d4g7oa1, d4g7oa2, d4g7ob1, d4g7ob2, d4g7oc_, d4g7od_, d4g7of1, d4g7of2, d4g7of3, d4g7ok1, d4g7ok2, d4g7ol1, d4g7ol2, d4g7om_, d4g7on_, d4g7op1, d4g7op2, d4g7op3
        automated match to d2o5ie_
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, zn
      2. 2013126Domain d4g7oo_: 4g7o O: [202216]
        Other proteins in same PDB: d4g7oa1, d4g7oa2, d4g7ob1, d4g7ob2, d4g7oc_, d4g7od_, d4g7of1, d4g7of2, d4g7of3, d4g7ok1, d4g7ok2, d4g7ol1, d4g7ol2, d4g7om_, d4g7on_, d4g7op1, d4g7op2, d4g7op3
        automated match to d2o5ie_
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, zn
  3. 2013135Thermus thermophilus [TaxId:274] [74729] (11 PDB entries)
    Uniprot Q8RQE7; part of multichain biological unit
    1. Domains for 1iw7:
      1. 2013146Domain d1iw7e_: 1iw7 E: [71476]
        Other proteins in same PDB: d1iw7a1, d1iw7a2, d1iw7b1, d1iw7b2, d1iw7c_, d1iw7d_, d1iw7f1, d1iw7f2, d1iw7f3, d1iw7k1, d1iw7k2, d1iw7l1, d1iw7l2, d1iw7m_, d1iw7n_, d1iw7p1, d1iw7p2, d1iw7p3
        complexed with mg, pb
      2. 2013147Domain d1iw7o_: 1iw7 O: [71484]
        Other proteins in same PDB: d1iw7a1, d1iw7a2, d1iw7b1, d1iw7b2, d1iw7c_, d1iw7d_, d1iw7f1, d1iw7f2, d1iw7f3, d1iw7k1, d1iw7k2, d1iw7l1, d1iw7l2, d1iw7m_, d1iw7n_, d1iw7p1, d1iw7p2, d1iw7p3
        complexed with mg, pb
    2. Domains for 1smy:
      1. 2013136Domain d1smye_: 1smy E: [105780]
        Other proteins in same PDB: d1smya1, d1smya2, d1smyb1, d1smyb2, d1smyc_, d1smyd_, d1smyf1, d1smyf2, d1smyf3, d1smyk1, d1smyk2, d1smyl1, d1smyl2, d1smym_, d1smyn_, d1smyp1, d1smyp2, d1smyp3
        complexed with g4p, mg, zn
      2. 2013137Domain d1smyo_: 1smy O: [105790]
        Other proteins in same PDB: d1smya1, d1smya2, d1smyb1, d1smyb2, d1smyc_, d1smyd_, d1smyf1, d1smyf2, d1smyf3, d1smyk1, d1smyk2, d1smyl1, d1smyl2, d1smym_, d1smyn_, d1smyp1, d1smyp2, d1smyp3
        complexed with g4p, mg, zn
    3. Domains for 1zyr:
      1. 2013152Domain d1zyre_: 1zyr E: [125855]
        Other proteins in same PDB: d1zyra1, d1zyra2, d1zyrb1, d1zyrb2, d1zyrc_, d1zyrd_, d1zyrf1, d1zyrf2, d1zyrf3, d1zyrk1, d1zyrk2, d1zyrl1, d1zyrl2, d1zyrm_, d1zyrn_, d1zyrp1, d1zyrp2, d1zyrp3
        automated match to d1i6ve_
        protein/RNA complex; complexed with mg, std, zn
      2. 2013153Domain d1zyro_: 1zyr O: [125865]
        Other proteins in same PDB: d1zyra1, d1zyra2, d1zyrb1, d1zyrb2, d1zyrc_, d1zyrd_, d1zyrf1, d1zyrf2, d1zyrf3, d1zyrk1, d1zyrk2, d1zyrl1, d1zyrl2, d1zyrm_, d1zyrn_, d1zyrp1, d1zyrp2, d1zyrp3
        automated match to d1i6ve_
        protein/RNA complex; complexed with mg, std, zn
    4. Domains for 2a68:
      1. 2013142Domain d2a68e_: 2a68 E: [126197]
        Other proteins in same PDB: d2a68a1, d2a68a2, d2a68b1, d2a68b2, d2a68c_, d2a68d_, d2a68f1, d2a68f2, d2a68f3, d2a68k1, d2a68k2, d2a68l1, d2a68l2, d2a68m_, d2a68n_, d2a68p1, d2a68p2, d2a68p3
        automated match to d1iw7e_
        protein/RNA complex; complexed with mg, rbt, zn
      2. 2013143Domain d2a68o_: 2a68 O: [126207]
        Other proteins in same PDB: d2a68a1, d2a68a2, d2a68b1, d2a68b2, d2a68c_, d2a68d_, d2a68f1, d2a68f2, d2a68f3, d2a68k1, d2a68k2, d2a68l1, d2a68l2, d2a68m_, d2a68n_, d2a68p1, d2a68p2, d2a68p3
        automated match to d1iw7e_
        protein/RNA complex; complexed with mg, rbt, zn
    5. Domains for 2a69:
      1. 2013144Domain d2a69e_: 2a69 E: [126217]
        Other proteins in same PDB: d2a69a1, d2a69a2, d2a69b1, d2a69b2, d2a69c_, d2a69d_, d2a69f1, d2a69f2, d2a69f3, d2a69k1, d2a69k2, d2a69l1, d2a69l2, d2a69m_, d2a69n_, d2a69p1, d2a69p2, d2a69p3
        automated match to d1iw7e_
        protein/RNA complex; complexed with mg, rpt, zn
      2. 2013145Domain d2a69o_: 2a69 O: [126227]
        Other proteins in same PDB: d2a69a1, d2a69a2, d2a69b1, d2a69b2, d2a69c_, d2a69d_, d2a69f1, d2a69f2, d2a69f3, d2a69k1, d2a69k2, d2a69l1, d2a69l2, d2a69m_, d2a69n_, d2a69p1, d2a69p2, d2a69p3
        automated match to d1iw7e_
        protein/RNA complex; complexed with mg, rpt, zn
    6. Domains for 2a6e:
      1. 2013150Domain d2a6ee_: 2a6e E: [126246]
        Other proteins in same PDB: d2a6ea1, d2a6ea2, d2a6eb1, d2a6eb2, d2a6ec_, d2a6ed_, d2a6ef1, d2a6ef2, d2a6ef3, d2a6ek1, d2a6ek2, d2a6el1, d2a6el2, d2a6em_, d2a6en_, d2a6ep1, d2a6ep2, d2a6ep3
        automated match to d1iw7e_
        complexed with mg, zn
      2. 2013151Domain d2a6eo_: 2a6e O: [126256]
        Other proteins in same PDB: d2a6ea1, d2a6ea2, d2a6eb1, d2a6eb2, d2a6ec_, d2a6ed_, d2a6ef1, d2a6ef2, d2a6ef3, d2a6ek1, d2a6ek2, d2a6el1, d2a6el2, d2a6em_, d2a6en_, d2a6ep1, d2a6ep2, d2a6ep3
        automated match to d1iw7e_
        complexed with mg, zn
    7. Domains for 2a6h:
      1. 2013138Domain d2a6he_: 2a6h E: [126266]
        Other proteins in same PDB: d2a6ha1, d2a6ha2, d2a6hb1, d2a6hb2, d2a6hc_, d2a6hd_, d2a6hf1, d2a6hf2, d2a6hf3, d2a6hk1, d2a6hk2, d2a6hl1, d2a6hl2, d2a6hm_, d2a6hn_, d2a6hp1, d2a6hp2, d2a6hp3
        automated match to d1iw7e_
        protein/RNA complex; complexed with mg, std, zn
      2. 2013139Domain d2a6ho_: 2a6h O: [126276]
        Other proteins in same PDB: d2a6ha1, d2a6ha2, d2a6hb1, d2a6hb2, d2a6hc_, d2a6hd_, d2a6hf1, d2a6hf2, d2a6hf3, d2a6hk1, d2a6hk2, d2a6hl1, d2a6hl2, d2a6hm_, d2a6hn_, d2a6hp1, d2a6hp2, d2a6hp3
        automated match to d1iw7e_
        protein/RNA complex; complexed with mg, std, zn
    8. Domains for 2be5:
      1. 2013140Domain d2be5e_: 2be5 E: [128357]
        Other proteins in same PDB: d2be5a1, d2be5a2, d2be5b1, d2be5b2, d2be5c_, d2be5d_, d2be5f1, d2be5f2, d2be5f3, d2be5k1, d2be5k2, d2be5l1, d2be5l2, d2be5m_, d2be5n_, d2be5p1, d2be5p2, d2be5p3
        automated match to d1iw7e_
        protein/RNA complex; complexed with mg, tgt, zn
      2. 2013141Domain d2be5o_: 2be5 O: [128367]
        Other proteins in same PDB: d2be5a1, d2be5a2, d2be5b1, d2be5b2, d2be5c_, d2be5d_, d2be5f1, d2be5f2, d2be5f3, d2be5k1, d2be5k2, d2be5l1, d2be5l2, d2be5m_, d2be5n_, d2be5p1, d2be5p2, d2be5p3
        automated match to d1iw7e_
        protein/RNA complex; complexed with mg, tgt, zn
    9. Domains for 2cw0:
      1. 2013154Domain d2cw0e1: 2cw0 E:2-96 [130904]
        Other proteins in same PDB: d2cw0a1, d2cw0a2, d2cw0b1, d2cw0b2, d2cw0c1, d2cw0d1, d2cw0f1, d2cw0f2, d2cw0f3, d2cw0k1, d2cw0k2, d2cw0l1, d2cw0l2, d2cw0m1, d2cw0n1, d2cw0p1, d2cw0p2, d2cw0p3
        automatically matched to d1iw7e_
        complexed with mg, zn
      2. 2013155Domain d2cw0o1: 2cw0 O:2-96 [130914]
        Other proteins in same PDB: d2cw0a1, d2cw0a2, d2cw0b1, d2cw0b2, d2cw0c1, d2cw0d1, d2cw0f1, d2cw0f2, d2cw0f3, d2cw0k1, d2cw0k2, d2cw0l1, d2cw0l2, d2cw0m1, d2cw0n1, d2cw0p1, d2cw0p2, d2cw0p3
        automatically matched to d1iw7e_
        complexed with mg, zn
    10. Domains for 3eql:
      1. 2013148Domain d3eqle_: 3eql E: [175157]
        Other proteins in same PDB: d3eqla1, d3eqla2, d3eqlb1, d3eqlb2, d3eqlc_, d3eqld_, d3eqlf1, d3eqlf2, d3eqlf3, d3eqlk1, d3eqlk2, d3eqll1, d3eqll2, d3eqlm_, d3eqln_, d3eqlp1, d3eqlp2, d3eqlp3
        automated match to d1i6ve_
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, mxp, zn
      2. 2013149Domain d3eqlo_: 3eql O: [175159]
        Other proteins in same PDB: d3eqla1, d3eqla2, d3eqlb1, d3eqlb2, d3eqlc_, d3eqld_, d3eqlf1, d3eqlf2, d3eqlf3, d3eqlk1, d3eqlk2, d3eqll1, d3eqll2, d3eqlm_, d3eqln_, d3eqlp1, d3eqlp2, d3eqlp3
        automated match to d1i6ve_
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, mxp, zn
    11. Domain for 5tmc:

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