Lineage for Species: Human (Homo sapiens), cluster 1 [TaxId: 9606]

  1. Root: SCOPe 2.06
  2. 2017114Class b: All beta proteins [48724] (177 folds)
  3. 2017115Fold b.1: Immunoglobulin-like beta-sandwich [48725] (33 superfamilies)
    sandwich; 7 strands in 2 sheets; greek-key
    some members of the fold have additional strands
  4. 2017116Superfamily b.1.1: Immunoglobulin [48726] (5 families) (S)
  5. 2017117Family b.1.1.1: V set domains (antibody variable domain-like) [48727] (33 protein domains)
  6. 2018294Protein Immunoglobulin light chain kappa variable domain, VL-kappa [88519] (16 species)
    VL-kappa domains of human and mouse antibodies are clustered by the sequence similarity within the germline encoded segment and then by the size of the complementarity determining regions CDR1 and CDR2, so the clusters may correspond to putative germline families in the species genomes; VL-kappa domains with artificial or grafted exogenous CDRs are listed as engineered species
  7. 2018379Species Human (Homo sapiens), cluster 1 [TaxId:9606] [88520] (19 PDB entries)

PDB entries in Species: Human (Homo sapiens), cluster 1 [TaxId: 9606]:

  1. Domain(s) for 1ar2:
    • 2018422Domain d1ar2a_: 1ar2 A: [20522]
      VL of Bence-Jones protein REI; disulfide-free mutant
  2. Domain(s) for 1b0w:
    1. 2018384Domain d1b0wa_: 1b0w A: [20532]
      VL dimer of Bence-Jones protein BRE
    2. 2018385Domain d1b0wb_: 1b0w B: [20533]
      VL dimer of Bence-Jones protein BRE
    3. 2018386Domain d1b0wc_: 1b0w C: [20534]
      VL dimer of Bence-Jones protein BRE
  3. Domain(s) for 1b6d:
    1. 2018406Domain d1b6da1: 1b6d A:1-107 [20603]
      Other proteins in same PDB: d1b6da2, d1b6db2
      part of Bence-Jones protein DEL
    2. 2018407Domain d1b6db1: 1b6d B:1-107 [20604]
      Other proteins in same PDB: d1b6da2, d1b6db2
      part of Bence-Jones protein DEL
  4. Domain(s) for 1bre:
    1. 2018394Domain d1brea_: 1bre A: [20538]
      VL dimer of Bence-Jones protein BRE
    2. 2018395Domain d1breb_: 1bre B: [20539]
      VL dimer of Bence-Jones protein BRE
    3. 2018396Domain d1brec_: 1bre C: [20540]
      VL dimer of Bence-Jones protein BRE
    4. 2018397Domain d1bred_: 1bre D: [20541]
      VL dimer of Bence-Jones protein BRE
    5. 2018398Domain d1bree_: 1bre E: [20542]
      VL dimer of Bence-Jones protein BRE
    6. 2018399Domain d1bref_: 1bre F: [20543]
      VL dimer of Bence-Jones protein BRE
  5. Domain(s) for 1bww:
    1. 2018380Domain d1bwwa_: 1bww A: [20518]
      VL dimer of Bence-Jones protein REI
      mutant
    2. 2018381Domain d1bwwb_: 1bww B: [20519]
      VL dimer of Bence-Jones protein REI
      mutant
  6. Domain(s) for 1dee:
    1. 2018408Domain d1deea1: 1dee A:1-107 [20442]
      Other proteins in same PDB: d1deea2, d1deeb1, d1deeb2, d1deec2, d1deed1, d1deed2, d1deee2, d1deef1, d1deef2, d1deeg_, d1deeh_
      part of IgM RF 2A2
    2. 2018409Domain d1deec1: 1dee C:1001-1107 [20444]
      Other proteins in same PDB: d1deea2, d1deeb1, d1deeb2, d1deec2, d1deed1, d1deed2, d1deee2, d1deef1, d1deef2, d1deeg_, d1deeh_
      part of IgM RF 2A2
    3. 2018410Domain d1deee1: 1dee E:2001-2107 [20446]
      Other proteins in same PDB: d1deea2, d1deeb1, d1deeb2, d1deec2, d1deed1, d1deed2, d1deee2, d1deef1, d1deef2, d1deeg_, d1deeh_
      part of IgM RF 2A2
  7. Domain(s) for 1dfb:
  8. Domain(s) for 1dql:
  9. Domain(s) for 1f6l:
  10. Domain(s) for 1hez:
    1. 2018411Domain d1heza1: 1hez A:1-107 [60983]
      Other proteins in same PDB: d1heza2, d1hezb1, d1hezb2, d1hezc2, d1hezd1, d1hezd2, d1heze_
      part of IgM RF 2A2
      complexed with imd
    2. 2018412Domain d1hezc1: 1hez C:1-107 [60987]
      Other proteins in same PDB: d1heza2, d1hezb1, d1hezb2, d1hezc2, d1hezd1, d1hezd2, d1heze_
      part of IgM RF 2A2
      complexed with imd
  11. Domain(s) for 1igm:
  12. Domain(s) for 1qp1:
    1. 2018391Domain d1qp1a_: 1qp1 A: [20535]
      VL dimer of Bence-Jones protein BRE
    2. 2018392Domain d1qp1b_: 1qp1 B: [20536]
      VL dimer of Bence-Jones protein BRE
    3. 2018393Domain d1qp1c_: 1qp1 C: [20537]
      VL dimer of Bence-Jones protein BRE
  13. Domain(s) for 1rei:
    1. 2018400Domain d1reia_: 1rei A: [20520]
      VL dimer of Bence-Jones protein REI
    2. 2018401Domain d1reib_: 1rei B: [20521]
      VL dimer of Bence-Jones protein REI
  14. Domain(s) for 1rz7:
  15. Domain(s) for 1rzg:
    1. 2018388Domain d1rzgb1: 1rzg B:1-107 [98156]
      Other proteins in same PDB: d1rzga1, d1rzga2, d1rzgb2, d1rzgc1, d1rzgc2, d1rzgd2
      part of anti HIV-1 gp120-reactive Fab 412D
      complexed with cys, suc
    2. 2018389Domain d1rzgd1: 1rzg D:1-107 [98160]
      Other proteins in same PDB: d1rzga1, d1rzga2, d1rzgb2, d1rzgc1, d1rzgc2, d1rzgd2
      part of anti HIV-1 gp120-reactive Fab 412D
      complexed with cys, suc
  16. Domain(s) for 1rzi:
    1. 2018414Domain d1rzia1: 1rzi A:2-107 [98166]
      Other proteins in same PDB: d1rzia2, d1rzib1, d1rzib2, d1rzic2, d1rzid1, d1rzid2, d1rzie2, d1rzif1, d1rzif2, d1rzig2, d1rzih1, d1rzih2, d1rzii2, d1rzij1, d1rzij2, d1rzik2, d1rzil1, d1rzil2, d1rzim2, d1rzin1, d1rzin2, d1rzio2, d1rzip1, d1rzip2
      part of anti HIV-1 gp120-reactive Fab 47E
    2. 2018415Domain d1rzic1: 1rzi C:1-107 [98170]
      Other proteins in same PDB: d1rzia2, d1rzib1, d1rzib2, d1rzic2, d1rzid1, d1rzid2, d1rzie2, d1rzif1, d1rzif2, d1rzig2, d1rzih1, d1rzih2, d1rzii2, d1rzij1, d1rzij2, d1rzik2, d1rzil1, d1rzil2, d1rzim2, d1rzin1, d1rzin2, d1rzio2, d1rzip1, d1rzip2
      part of anti HIV-1 gp120-reactive Fab 47E
    3. 2018416Domain d1rzie1: 1rzi E:2-107 [98174]
      Other proteins in same PDB: d1rzia2, d1rzib1, d1rzib2, d1rzic2, d1rzid1, d1rzid2, d1rzie2, d1rzif1, d1rzif2, d1rzig2, d1rzih1, d1rzih2, d1rzii2, d1rzij1, d1rzij2, d1rzik2, d1rzil1, d1rzil2, d1rzim2, d1rzin1, d1rzin2, d1rzio2, d1rzip1, d1rzip2
      part of anti HIV-1 gp120-reactive Fab 47E
    4. 2018417Domain d1rzig1: 1rzi G:2-107 [98178]
      Other proteins in same PDB: d1rzia2, d1rzib1, d1rzib2, d1rzic2, d1rzid1, d1rzid2, d1rzie2, d1rzif1, d1rzif2, d1rzig2, d1rzih1, d1rzih2, d1rzii2, d1rzij1, d1rzij2, d1rzik2, d1rzil1, d1rzil2, d1rzim2, d1rzin1, d1rzin2, d1rzio2, d1rzip1, d1rzip2
      part of anti HIV-1 gp120-reactive Fab 47E
    5. 2018418Domain d1rzii1: 1rzi I:2-107 [98182]
      Other proteins in same PDB: d1rzia2, d1rzib1, d1rzib2, d1rzic2, d1rzid1, d1rzid2, d1rzie2, d1rzif1, d1rzif2, d1rzig2, d1rzih1, d1rzih2, d1rzii2, d1rzij1, d1rzij2, d1rzik2, d1rzil1, d1rzil2, d1rzim2, d1rzin1, d1rzin2, d1rzio2, d1rzip1, d1rzip2
      part of anti HIV-1 gp120-reactive Fab 47E
    6. 2018419Domain d1rzik1: 1rzi K:2-107 [98186]
      Other proteins in same PDB: d1rzia2, d1rzib1, d1rzib2, d1rzic2, d1rzid1, d1rzid2, d1rzie2, d1rzif1, d1rzif2, d1rzig2, d1rzih1, d1rzih2, d1rzii2, d1rzij1, d1rzij2, d1rzik2, d1rzil1, d1rzil2, d1rzim2, d1rzin1, d1rzin2, d1rzio2, d1rzip1, d1rzip2
      part of anti HIV-1 gp120-reactive Fab 47E
    7. 2018420Domain d1rzim1: 1rzi M:2-107 [98190]
      Other proteins in same PDB: d1rzia2, d1rzib1, d1rzib2, d1rzic2, d1rzid1, d1rzid2, d1rzie2, d1rzif1, d1rzif2, d1rzig2, d1rzih1, d1rzih2, d1rzii2, d1rzij1, d1rzij2, d1rzik2, d1rzil1, d1rzil2, d1rzim2, d1rzin1, d1rzin2, d1rzio2, d1rzip1, d1rzip2
      part of anti HIV-1 gp120-reactive Fab 47E
    8. 2018421Domain d1rzio1: 1rzi O:2-107 [98194]
      Other proteins in same PDB: d1rzia2, d1rzib1, d1rzib2, d1rzic2, d1rzid1, d1rzid2, d1rzie2, d1rzif1, d1rzif2, d1rzig2, d1rzih1, d1rzih2, d1rzii2, d1rzij1, d1rzij2, d1rzik2, d1rzil1, d1rzil2, d1rzim2, d1rzin1, d1rzin2, d1rzio2, d1rzip1, d1rzip2
      part of anti HIV-1 gp120-reactive Fab 47E
  17. Domain(s) for 1vge:
  18. Domain(s) for 1wtl:
    1. 2018382Domain d1wtla_: 1wtl A: [20530]
      VL dimer of Bence-Jones protein WAT
    2. 2018383Domain d1wtlb_: 1wtl B: [20531]
      VL dimer of Bence-Jones protein WAT
  19. Domain(s) for 4dvr:

More info for Species Human (Homo sapiens), cluster 1 [TaxId:9606] from b.1.1.1 Immunoglobulin light chain kappa variable domain, VL-kappa

Timeline for Species Human (Homo sapiens), cluster 1 [TaxId:9606] from b.1.1.1 Immunoglobulin light chain kappa variable domain, VL-kappa: