SCOPe 2.08: Protein: Thermosome, E domain

Lineage for Protein: Thermosome, E domain

Root: SCOPe 2.08
Class a: All alpha proteins [46456] (290 folds)
Fold a.129: GroEL equatorial domain-like [48591] (1 superfamily)
multihelical; 8 helices arranged in 2 parallel layers
Superfamily a.129.1: GroEL equatorial domain-like [48592] (2 families)
duplication: two 4-helical subdomains are related by a pseudo dyad passing through the ATP-binding site
Family a.129.1.2: Group II chaperonin (CCT, TRIC), ATPase domain [48596] (1 protein)
Protein Thermosome, E domain [48597] (3 species)

Species:

Thermococcus sp. ks-1, alpha chain [TaxId:79679] [101457] (4 PDB entries)

Domains for 1q2v:
1. Domain d1q2va1: 1q2v A:9-145,A:406-526 [95643]
  Other proteins in same PDB: d1q2va2, d1q2va3, d1q2vb2, d1q2vb3, d1q2vc2, d1q2vc3, d1q2vd2, d1q2vd3
  complexed with so4
2. Domain d1q2vb1: 1q2v B:9-145,B:406-526 [95646]
  Other proteins in same PDB: d1q2va2, d1q2va3, d1q2vb2, d1q2vb3, d1q2vc2, d1q2vc3, d1q2vd2, d1q2vd3
  complexed with so4
3. Domain d1q2vc1: 1q2v C:9-145,C:406-526 [95649]
  Other proteins in same PDB: d1q2va2, d1q2va3, d1q2vb2, d1q2vb3, d1q2vc2, d1q2vc3, d1q2vd2, d1q2vd3
  complexed with so4
4. Domain d1q2vd1: 1q2v D:9-145,D:406-526 [95652]
  Other proteins in same PDB: d1q2va2, d1q2va3, d1q2vb2, d1q2vb3, d1q2vc2, d1q2vc3, d1q2vd2, d1q2vd3
  complexed with so4
Domains for 1q3q:
1. Domain d1q3qa1: 1q3q A:9-145,A:406-526 [95704]
  Other proteins in same PDB: d1q3qa2, d1q3qa3, d1q3qb2, d1q3qb3, d1q3qc2, d1q3qc3, d1q3qd2, d1q3qd3
  complexed with anp, mg; mutant
2. Domain d1q3qb1: 1q3q B:9-145,B:406-526 [95707]
  Other proteins in same PDB: d1q3qa2, d1q3qa3, d1q3qb2, d1q3qb3, d1q3qc2, d1q3qc3, d1q3qd2, d1q3qd3
  complexed with anp, mg; mutant
3. Domain d1q3qc1: 1q3q C:9-145,C:406-526 [95710]
  Other proteins in same PDB: d1q3qa2, d1q3qa3, d1q3qb2, d1q3qb3, d1q3qc2, d1q3qc3, d1q3qd2, d1q3qd3
  complexed with anp, mg; mutant
4. Domain d1q3qd1: 1q3q D:9-145,D:406-526 [95713]
  Other proteins in same PDB: d1q3qa2, d1q3qa3, d1q3qb2, d1q3qb3, d1q3qc2, d1q3qc3, d1q3qd2, d1q3qd3
  complexed with anp, mg; mutant
Domains for 1q3r:
1. Domain d1q3ra1: 1q3r A:9-145,A:406-526 [95716]
  Other proteins in same PDB: d1q3ra2, d1q3ra3, d1q3rb2, d1q3rb3, d1q3rc2, d1q3rc3, d1q3rd2, d1q3rd3
  complexed with so4; mutant
2. Domain d1q3rb1: 1q3r B:9-145,B:406-526 [95719]
  Other proteins in same PDB: d1q3ra2, d1q3ra3, d1q3rb2, d1q3rb3, d1q3rc2, d1q3rc3, d1q3rd2, d1q3rd3
  complexed with so4; mutant
3. Domain d1q3rc1: 1q3r C:9-145,C:406-526 [95722]
  Other proteins in same PDB: d1q3ra2, d1q3ra3, d1q3rb2, d1q3rb3, d1q3rc2, d1q3rc3, d1q3rd2, d1q3rd3
  complexed with so4; mutant
4. Domain d1q3rd1: 1q3r D:9-145,D:406-526 [95725]
  Other proteins in same PDB: d1q3ra2, d1q3ra3, d1q3rb2, d1q3rb3, d1q3rc2, d1q3rc3, d1q3rd2, d1q3rd3
  complexed with so4; mutant

Domains for 1q3s:

Domain d1q3sa1: 1q3s A:10-145,A:406-526 [95728]
Other proteins in same PDB: d1q3sa2, d1q3sa3, d1q3sb2, d1q3sb3, d1q3sc2, d1q3sc3, d1q3sd2, d1q3sd3, d1q3se2, d1q3se3, d1q3sf2, d1q3sf3, d1q3sg2, d1q3sg3, d1q3sh2, d1q3sh3
complexed with adp, mg

Domain d1q3sb1: 1q3s B:10-145,B:406-526 [95731]
Other proteins in same PDB: d1q3sa2, d1q3sa3, d1q3sb2, d1q3sb3, d1q3sc2, d1q3sc3, d1q3sd2, d1q3sd3, d1q3se2, d1q3se3, d1q3sf2, d1q3sf3, d1q3sg2, d1q3sg3, d1q3sh2, d1q3sh3
complexed with adp, mg

Domain d1q3sc1: 1q3s C:10-145,C:406-526 [95734]
Other proteins in same PDB: d1q3sa2, d1q3sa3, d1q3sb2, d1q3sb3, d1q3sc2, d1q3sc3, d1q3sd2, d1q3sd3, d1q3se2, d1q3se3, d1q3sf2, d1q3sf3, d1q3sg2, d1q3sg3, d1q3sh2, d1q3sh3
complexed with adp, mg

Domain d1q3sd1: 1q3s D:10-145,D:406-526 [95737]
Other proteins in same PDB: d1q3sa2, d1q3sa3, d1q3sb2, d1q3sb3, d1q3sc2, d1q3sc3, d1q3sd2, d1q3sd3, d1q3se2, d1q3se3, d1q3sf2, d1q3sf3, d1q3sg2, d1q3sg3, d1q3sh2, d1q3sh3
complexed with adp, mg

Domain d1q3se1: 1q3s E:10-145,E:406-526 [95740]
Other proteins in same PDB: d1q3sa2, d1q3sa3, d1q3sb2, d1q3sb3, d1q3sc2, d1q3sc3, d1q3sd2, d1q3sd3, d1q3se2, d1q3se3, d1q3sf2, d1q3sf3, d1q3sg2, d1q3sg3, d1q3sh2, d1q3sh3
complexed with adp, mg

Domain d1q3sf1: 1q3s F:10-145,F:406-526 [95743]
Other proteins in same PDB: d1q3sa2, d1q3sa3, d1q3sb2, d1q3sb3, d1q3sc2, d1q3sc3, d1q3sd2, d1q3sd3, d1q3se2, d1q3se3, d1q3sf2, d1q3sf3, d1q3sg2, d1q3sg3, d1q3sh2, d1q3sh3
complexed with adp, mg

Domain d1q3sg1: 1q3s G:10-145,G:406-526 [95746]
Other proteins in same PDB: d1q3sa2, d1q3sa3, d1q3sb2, d1q3sb3, d1q3sc2, d1q3sc3, d1q3sd2, d1q3sd3, d1q3se2, d1q3se3, d1q3sf2, d1q3sf3, d1q3sg2, d1q3sg3, d1q3sh2, d1q3sh3
complexed with adp, mg

Domain d1q3sh1: 1q3s H:10-145,H:406-526 [95749]
Other proteins in same PDB: d1q3sa2, d1q3sa3, d1q3sb2, d1q3sb3, d1q3sc2, d1q3sc3, d1q3sd2, d1q3sd3, d1q3se2, d1q3se3, d1q3sf2, d1q3sf3, d1q3sg2, d1q3sg3, d1q3sh2, d1q3sh3
complexed with adp, mg

Thermoplasma acidophilum, alpha chain [TaxId:2303] [100916] (2 PDB entries)
1. Domain for 1a6d:
  - Domain d1a6da1: 1a6d A:17-145,A:404-519 [19488]
    Other proteins in same PDB: d1a6da2, d1a6da3, d1a6db2, d1a6db3
2. Domain for 1a6e:
  - Domain d1a6ea1: 1a6e A:17-145,A:404-519 [19490]
    Other proteins in same PDB: d1a6ea2, d1a6ea3, d1a6eb2, d1a6eb3
    complexed with adp, af3, mg
Thermoplasma acidophilum, beta chain [TaxId:2303] [100917] (2 PDB entries)
1. Domain for 1a6d:
  - Domain d1a6db1: 1a6d B:20-144,B:404-521 [19489]
    Other proteins in same PDB: d1a6da2, d1a6da3, d1a6db2, d1a6db3
2. Domain for 1a6e:
  - Domain d1a6eb1: 1a6e B:20-144,B:404-521 [19491]
    Other proteins in same PDB: d1a6ea2, d1a6ea3, d1a6eb2, d1a6eb3
    complexed with adp, af3, mg

More info for Protein Thermosome, E domain from a.129.1.2: Group II chaperonin (CCT, TRIC), ATPase domain

Timeline for Protein Thermosome, E domain from a.129.1.2: Group II chaperonin (CCT, TRIC), ATPase domain:

Protein Thermosome, E domain from a.129.1.2: Group II chaperonin (CCT, TRIC), ATPase domain first appeared (with stable ids) in SCOP 1.55, called Protein Thermosome from a.129.1.2: Group II chaperonin (CCT, TRIC)
Protein Thermosome, E domain from a.129.1.2: Group II chaperonin (CCT, TRIC), ATPase domain appears in SCOPe 2.07