SCOPe 2.02: Protein: Mitochondrial NAD(P)-dependent malic enzyme

Lineage for Protein: Mitochondrial NAD(P)-dependent malic enzyme

Root: SCOPe 2.02
Class c: Alpha and beta proteins (a/b) [51349] (147 folds)

Fold c.2: NAD(P)-binding Rossmann-fold domains [51734] (1 superfamily)
core: 3 layers, a/b/a; parallel beta-sheet of 6 strands, order 321456
The nucleotide-binding modes of this and the next two folds/superfamilies are similar

Superfamily c.2.1: NAD(P)-binding Rossmann-fold domains [51735] (13 families)

Family c.2.1.7: Aminoacid dehydrogenase-like, C-terminal domain [51883] (11 proteins)
extra N-terminal helix displaces the C-terminal helix (following strand 6) from its usual position creating a family nicotineamide-binding site

Protein Mitochondrial NAD(P)-dependent malic enzyme [51898] (3 species)
includes C-terminal additional subdomains

Species:

Domestic pigeon (Columba livia) [TaxId:8932] [75116] (1 PDB entry)

Domains for 1gq2:

Domain d1gq2a1: 1gq2 A:280-580 [70308]
Other proteins in same PDB: d1gq2a2, d1gq2b2, d1gq2c2, d1gq2d2, d1gq2e2, d1gq2f2, d1gq2g2, d1gq2h2, d1gq2i2, d1gq2j2, d1gq2k2, d1gq2l2, d1gq2m2, d1gq2n2, d1gq2o2, d1gq2p2
complexed with cl, mn, na, nap, oxl

Domain d1gq2b1: 1gq2 B:280-580 [70310]
Other proteins in same PDB: d1gq2a2, d1gq2b2, d1gq2c2, d1gq2d2, d1gq2e2, d1gq2f2, d1gq2g2, d1gq2h2, d1gq2i2, d1gq2j2, d1gq2k2, d1gq2l2, d1gq2m2, d1gq2n2, d1gq2o2, d1gq2p2
complexed with cl, mn, na, nap, oxl

Domain d1gq2c1: 1gq2 C:280-580 [70312]
Other proteins in same PDB: d1gq2a2, d1gq2b2, d1gq2c2, d1gq2d2, d1gq2e2, d1gq2f2, d1gq2g2, d1gq2h2, d1gq2i2, d1gq2j2, d1gq2k2, d1gq2l2, d1gq2m2, d1gq2n2, d1gq2o2, d1gq2p2
complexed with cl, mn, na, nap, oxl

Domain d1gq2d1: 1gq2 D:280-580 [70314]
Other proteins in same PDB: d1gq2a2, d1gq2b2, d1gq2c2, d1gq2d2, d1gq2e2, d1gq2f2, d1gq2g2, d1gq2h2, d1gq2i2, d1gq2j2, d1gq2k2, d1gq2l2, d1gq2m2, d1gq2n2, d1gq2o2, d1gq2p2
complexed with cl, mn, na, nap, oxl

Domain d1gq2e1: 1gq2 E:280-580 [70316]
Other proteins in same PDB: d1gq2a2, d1gq2b2, d1gq2c2, d1gq2d2, d1gq2e2, d1gq2f2, d1gq2g2, d1gq2h2, d1gq2i2, d1gq2j2, d1gq2k2, d1gq2l2, d1gq2m2, d1gq2n2, d1gq2o2, d1gq2p2
complexed with cl, mn, na, nap, oxl

Domain d1gq2f1: 1gq2 F:280-580 [70318]
Other proteins in same PDB: d1gq2a2, d1gq2b2, d1gq2c2, d1gq2d2, d1gq2e2, d1gq2f2, d1gq2g2, d1gq2h2, d1gq2i2, d1gq2j2, d1gq2k2, d1gq2l2, d1gq2m2, d1gq2n2, d1gq2o2, d1gq2p2
complexed with cl, mn, na, nap, oxl

Domain d1gq2g1: 1gq2 G:280-580 [70320]
Other proteins in same PDB: d1gq2a2, d1gq2b2, d1gq2c2, d1gq2d2, d1gq2e2, d1gq2f2, d1gq2g2, d1gq2h2, d1gq2i2, d1gq2j2, d1gq2k2, d1gq2l2, d1gq2m2, d1gq2n2, d1gq2o2, d1gq2p2
complexed with cl, mn, na, nap, oxl

Domain d1gq2h1: 1gq2 H:280-580 [70322]
Other proteins in same PDB: d1gq2a2, d1gq2b2, d1gq2c2, d1gq2d2, d1gq2e2, d1gq2f2, d1gq2g2, d1gq2h2, d1gq2i2, d1gq2j2, d1gq2k2, d1gq2l2, d1gq2m2, d1gq2n2, d1gq2o2, d1gq2p2
complexed with cl, mn, na, nap, oxl

Domain d1gq2i1: 1gq2 I:280-580 [70324]
Other proteins in same PDB: d1gq2a2, d1gq2b2, d1gq2c2, d1gq2d2, d1gq2e2, d1gq2f2, d1gq2g2, d1gq2h2, d1gq2i2, d1gq2j2, d1gq2k2, d1gq2l2, d1gq2m2, d1gq2n2, d1gq2o2, d1gq2p2
complexed with cl, mn, na, nap, oxl

Domain d1gq2j1: 1gq2 J:280-580 [70326]
Other proteins in same PDB: d1gq2a2, d1gq2b2, d1gq2c2, d1gq2d2, d1gq2e2, d1gq2f2, d1gq2g2, d1gq2h2, d1gq2i2, d1gq2j2, d1gq2k2, d1gq2l2, d1gq2m2, d1gq2n2, d1gq2o2, d1gq2p2
complexed with cl, mn, na, nap, oxl

Domain d1gq2k1: 1gq2 K:280-580 [70328]
Other proteins in same PDB: d1gq2a2, d1gq2b2, d1gq2c2, d1gq2d2, d1gq2e2, d1gq2f2, d1gq2g2, d1gq2h2, d1gq2i2, d1gq2j2, d1gq2k2, d1gq2l2, d1gq2m2, d1gq2n2, d1gq2o2, d1gq2p2
complexed with cl, mn, na, nap, oxl

Domain d1gq2l1: 1gq2 L:280-580 [70330]
Other proteins in same PDB: d1gq2a2, d1gq2b2, d1gq2c2, d1gq2d2, d1gq2e2, d1gq2f2, d1gq2g2, d1gq2h2, d1gq2i2, d1gq2j2, d1gq2k2, d1gq2l2, d1gq2m2, d1gq2n2, d1gq2o2, d1gq2p2
complexed with cl, mn, na, nap, oxl

Domain d1gq2m1: 1gq2 M:280-580 [70332]
Other proteins in same PDB: d1gq2a2, d1gq2b2, d1gq2c2, d1gq2d2, d1gq2e2, d1gq2f2, d1gq2g2, d1gq2h2, d1gq2i2, d1gq2j2, d1gq2k2, d1gq2l2, d1gq2m2, d1gq2n2, d1gq2o2, d1gq2p2
complexed with cl, mn, na, nap, oxl

Domain d1gq2n1: 1gq2 N:280-580 [70334]
Other proteins in same PDB: d1gq2a2, d1gq2b2, d1gq2c2, d1gq2d2, d1gq2e2, d1gq2f2, d1gq2g2, d1gq2h2, d1gq2i2, d1gq2j2, d1gq2k2, d1gq2l2, d1gq2m2, d1gq2n2, d1gq2o2, d1gq2p2
complexed with cl, mn, na, nap, oxl

Domain d1gq2o1: 1gq2 O:280-580 [70336]
Other proteins in same PDB: d1gq2a2, d1gq2b2, d1gq2c2, d1gq2d2, d1gq2e2, d1gq2f2, d1gq2g2, d1gq2h2, d1gq2i2, d1gq2j2, d1gq2k2, d1gq2l2, d1gq2m2, d1gq2n2, d1gq2o2, d1gq2p2
complexed with cl, mn, na, nap, oxl

Domain d1gq2p1: 1gq2 P:280-580 [70338]
Other proteins in same PDB: d1gq2a2, d1gq2b2, d1gq2c2, d1gq2d2, d1gq2e2, d1gq2f2, d1gq2g2, d1gq2h2, d1gq2i2, d1gq2j2, d1gq2k2, d1gq2l2, d1gq2m2, d1gq2n2, d1gq2o2, d1gq2p2
complexed with cl, mn, na, nap, oxl

Human (Homo sapiens) [TaxId:9606] [51899] (10 PDB entries)
1. Domains for 1do8:
  1. Domain d1do8a1: 1do8 A:280-573 [30289]
    Other proteins in same PDB: d1do8a2, d1do8b2, d1do8c2, d1do8d2
    complexed with mn, nad, oxl
  2. Domain d1do8b1: 1do8 B:280-573 [30290]
    Other proteins in same PDB: d1do8a2, d1do8b2, d1do8c2, d1do8d2
    complexed with mn, nad, oxl
  3. Domain d1do8c1: 1do8 C:280-573 [30291]
    Other proteins in same PDB: d1do8a2, d1do8b2, d1do8c2, d1do8d2
    complexed with mn, nad, oxl
  4. Domain d1do8d1: 1do8 D:280-573 [30292]
    Other proteins in same PDB: d1do8a2, d1do8b2, d1do8c2, d1do8d2
    complexed with mn, nad, oxl
2. Domains for 1efk:
  1. Domain d1efka1: 1efk A:280-573 [30299]
    Other proteins in same PDB: d1efka2, d1efkb2, d1efkc2, d1efkd2
    complexed with mak, mg, nad
  2. Domain d1efkb1: 1efk B:280-573 [30300]
    Other proteins in same PDB: d1efka2, d1efkb2, d1efkc2, d1efkd2
    complexed with mak, mg, nad
  3. Domain d1efkc1: 1efk C:280-573 [30301]
    Other proteins in same PDB: d1efka2, d1efkb2, d1efkc2, d1efkd2
    complexed with mak, mg, nad
  4. Domain d1efkd1: 1efk D:280-573 [30302]
    Other proteins in same PDB: d1efka2, d1efkb2, d1efkc2, d1efkd2
    complexed with mak, mg, nad
3. Domains for 1efl:
  1. Domain d1efla1: 1efl A:280-573 [30295]
    Other proteins in same PDB: d1efla2, d1eflb2, d1eflc2, d1efld2
    complexed with mg, nad, ttn
  2. Domain d1eflb1: 1efl B:280-573 [30296]
    Other proteins in same PDB: d1efla2, d1eflb2, d1eflc2, d1efld2
    complexed with mg, nad, ttn
  3. Domain d1eflc1: 1efl C:280-573 [30297]
    Other proteins in same PDB: d1efla2, d1eflb2, d1eflc2, d1efld2
    complexed with mg, nad, ttn
  4. Domain d1efld1: 1efl D:280-573 [30298]
    Other proteins in same PDB: d1efla2, d1eflb2, d1eflc2, d1efld2
    complexed with mg, nad, ttn
4. Domains for 1gz3:
  1. Domain d1gz3a1: 1gz3 A:280-573 [83393]
    Other proteins in same PDB: d1gz3a2, d1gz3b2, d1gz3c2, d1gz3d2
    complexed with atp, fum, mn, oxl
  2. Domain d1gz3b1: 1gz3 B:280-573 [83395]
    Other proteins in same PDB: d1gz3a2, d1gz3b2, d1gz3c2, d1gz3d2
    complexed with atp, fum, mn, oxl
  3. Domain d1gz3c1: 1gz3 C:280-573 [83397]
    Other proteins in same PDB: d1gz3a2, d1gz3b2, d1gz3c2, d1gz3d2
    complexed with atp, fum, mn, oxl
  4. Domain d1gz3d1: 1gz3 D:280-573 [83399]
    Other proteins in same PDB: d1gz3a2, d1gz3b2, d1gz3c2, d1gz3d2
    complexed with atp, fum, mn, oxl
5. Domains for 1gz4:
  1. Domain d1gz4a1: 1gz4 A:280-573 [70794]
    Other proteins in same PDB: d1gz4a2, d1gz4b2, d1gz4c2, d1gz4d2
    complexed with atp, fum, mn, ttn
  2. Domain d1gz4b1: 1gz4 B:280-573 [70796]
    Other proteins in same PDB: d1gz4a2, d1gz4b2, d1gz4c2, d1gz4d2
    complexed with atp, fum, mn, ttn
  3. Domain d1gz4c1: 1gz4 C:280-573 [70798]
    Other proteins in same PDB: d1gz4a2, d1gz4b2, d1gz4c2, d1gz4d2
    complexed with atp, fum, mn, ttn
  4. Domain d1gz4d1: 1gz4 D:280-573 [70800]
    Other proteins in same PDB: d1gz4a2, d1gz4b2, d1gz4c2, d1gz4d2
    complexed with atp, fum, mn, ttn
6. Domains for 1pj2:
  1. Domain d1pj2a1: 1pj2 A:280-573 [94718]
    Other proteins in same PDB: d1pj2a2, d1pj2b2, d1pj2c2, d1pj2d2
    complexed with fum, mlt, mn, nai
  2. Domain d1pj2b1: 1pj2 B:1280-1573 [94720]
    Other proteins in same PDB: d1pj2a2, d1pj2b2, d1pj2c2, d1pj2d2
    complexed with fum, mlt, mn, nai
  3. Domain d1pj2c1: 1pj2 C:2280-2573 [94722]
    Other proteins in same PDB: d1pj2a2, d1pj2b2, d1pj2c2, d1pj2d2
    complexed with fum, mlt, mn, nai
  4. Domain d1pj2d1: 1pj2 D:3280-3573 [94724]
    Other proteins in same PDB: d1pj2a2, d1pj2b2, d1pj2c2, d1pj2d2
    complexed with fum, mlt, mn, nai
7. Domains for 1pj3:
  1. Domain d1pj3a1: 1pj3 A:280-573 [94726]
    Other proteins in same PDB: d1pj3a2, d1pj3b2, d1pj3c2, d1pj3d2
    complexed with fum, mn, nad, pyr
  2. Domain d1pj3b1: 1pj3 B:1280-1573 [94728]
    Other proteins in same PDB: d1pj3a2, d1pj3b2, d1pj3c2, d1pj3d2
    complexed with fum, mn, nad, pyr
  3. Domain d1pj3c1: 1pj3 C:2280-2573 [94730]
    Other proteins in same PDB: d1pj3a2, d1pj3b2, d1pj3c2, d1pj3d2
    complexed with fum, mn, nad, pyr
  4. Domain d1pj3d1: 1pj3 D:3280-3573 [94732]
    Other proteins in same PDB: d1pj3a2, d1pj3b2, d1pj3c2, d1pj3d2
    complexed with fum, mn, nad, pyr
8. Domains for 1pj4:
  1. Domain d1pj4a1: 1pj4 A:280-573 [94734]
    Other proteins in same PDB: d1pj4a2, d1pj4b2, d1pj4c2, d1pj4d2
    complexed with atp, fum, mlt, mn
  2. Domain d1pj4b1: 1pj4 B:1280-1573 [94736]
    Other proteins in same PDB: d1pj4a2, d1pj4b2, d1pj4c2, d1pj4d2
    complexed with atp, fum, mlt, mn
  3. Domain d1pj4c1: 1pj4 C:2280-2573 [94738]
    Other proteins in same PDB: d1pj4a2, d1pj4b2, d1pj4c2, d1pj4d2
    complexed with atp, fum, mlt, mn
  4. Domain d1pj4d1: 1pj4 D:3280-3573 [94740]
    Other proteins in same PDB: d1pj4a2, d1pj4b2, d1pj4c2, d1pj4d2
    complexed with atp, fum, mlt, mn
9. Domains for 1pjl:
  1. Domain d1pjla1: 1pjl A:280-573 [88123]
    Other proteins in same PDB: d1pjla2, d1pjlb2, d1pjlc2, d1pjld2, d1pjle2, d1pjlf2, d1pjlg2, d1pjlh2
    complexed with lu, nad
  2. Domain d1pjlb1: 1pjl B:1280-1573 [88125]
    Other proteins in same PDB: d1pjla2, d1pjlb2, d1pjlc2, d1pjld2, d1pjle2, d1pjlf2, d1pjlg2, d1pjlh2
    complexed with lu, nad
  3. Domain d1pjlc1: 1pjl C:2280-2573 [88127]
    Other proteins in same PDB: d1pjla2, d1pjlb2, d1pjlc2, d1pjld2, d1pjle2, d1pjlf2, d1pjlg2, d1pjlh2
    complexed with lu, nad
  4. Domain d1pjld1: 1pjl D:3280-3573 [88129]
    Other proteins in same PDB: d1pjla2, d1pjlb2, d1pjlc2, d1pjld2, d1pjle2, d1pjlf2, d1pjlg2, d1pjlh2
    complexed with lu, nad
  5. Domain d1pjle1: 1pjl E:4280-4573 [88131]
    Other proteins in same PDB: d1pjla2, d1pjlb2, d1pjlc2, d1pjld2, d1pjle2, d1pjlf2, d1pjlg2, d1pjlh2
    complexed with lu, nad
  6. Domain d1pjlf1: 1pjl F:5280-5573 [88133]
    Other proteins in same PDB: d1pjla2, d1pjlb2, d1pjlc2, d1pjld2, d1pjle2, d1pjlf2, d1pjlg2, d1pjlh2
    complexed with lu, nad
  7. Domain d1pjlg1: 1pjl G:6280-6573 [88135]
    Other proteins in same PDB: d1pjla2, d1pjlb2, d1pjlc2, d1pjld2, d1pjle2, d1pjlf2, d1pjlg2, d1pjlh2
    complexed with lu, nad
  8. Domain d1pjlh1: 1pjl H:7280-7573 [88137]
    Other proteins in same PDB: d1pjla2, d1pjlb2, d1pjlc2, d1pjld2, d1pjle2, d1pjlf2, d1pjlg2, d1pjlh2
    complexed with lu, nad
10. Domains for 1qr6:
  1. Domain d1qr6a1: 1qr6 A:280-573 [30293]
    Other proteins in same PDB: d1qr6a2, d1qr6b2
    complexed with nad
  2. Domain d1qr6b1: 1qr6 B:1280-1573 [30294]
    Other proteins in same PDB: d1qr6a2, d1qr6b2
    complexed with nad
Pig roundworm (Ascaris suum) [TaxId:6253] [75117] (2 PDB entries)
1. Domains for 1llq:
  1. Domain d1llqa1: 1llq A:296-600 [74008]
    Other proteins in same PDB: d1llqa2, d1llqb2
    complexed with nad
  2. Domain d1llqb1: 1llq B:296-593 [74010]
    Other proteins in same PDB: d1llqa2, d1llqb2
    complexed with nad
2. Domains for 1o0s:
  1. Domain d1o0sa1: 1o0s A:296-603 [86540]
    Other proteins in same PDB: d1o0sa2, d1o0sb2
    complexed with nai, ttn
  2. Domain d1o0sb1: 1o0s B:296-593 [86542]
    Other proteins in same PDB: d1o0sa2, d1o0sb2
    complexed with nai, ttn

More info for Protein Mitochondrial NAD(P)-dependent malic enzyme from c.2.1.7: Aminoacid dehydrogenase-like, C-terminal domain

Timeline for Protein Mitochondrial NAD(P)-dependent malic enzyme from c.2.1.7: Aminoacid dehydrogenase-like, C-terminal domain:

Protein Mitochondrial NAD(P)-dependent malic enzyme from c.2.1.7: Aminoacid dehydrogenase-like, C-terminal domain first appeared (with stable ids) in SCOP 1.55, called Protein Mitochondrial NAD(P)-dependenent malic enzyme from c.2.1.7: Amino-acid dehydrogenase-like, C-terminal domain
Protein Mitochondrial NAD(P)-dependent malic enzyme from c.2.1.7: Aminoacid dehydrogenase-like, C-terminal domain appears in SCOPe 2.01
Protein Mitochondrial NAD(P)-dependent malic enzyme from c.2.1.7: Aminoacid dehydrogenase-like, C-terminal domain appears in SCOPe 2.03
Protein Mitochondrial NAD(P)-dependent malic enzyme from c.2.1.7: Aminoacid dehydrogenase-like, C-terminal domain appears in the current release, SCOPe 2.08