SCOPe 2.02: Protein: automated matches

Lineage for Protein: automated matches

Root: SCOPe 2.02
Class b: All beta proteins [48724] (174 folds)
Fold b.21: Virus attachment protein globular domain [49834] (1 superfamily)
sandwich, 10 strands in 2 sheets; greek-key
Superfamily b.21.1: Virus attachment protein globular domain [49835] (4 families)
Family b.21.1.1: Adenovirus fiber protein "knob" domain [49836] (2 proteins)
Protein automated matches [190333] (3 species)
not a true protein

Species:

Canine adenovirus 2 [TaxId:10514] [187888] (3 PDB entries)

Domains for 2j1k:

Domain d2j1kd_: 2j1k D: [145611]
Other proteins in same PDB: d2j1ka_, d2j1kb_, d2j1kc1, d2j1kg_, d2j1kj_, d2j1kk_, d2j1ko_, d2j1kp_, d2j1kt_, d2j1kv_, d2j1kx_, d2j1ky_, d2j1kz_
automated match to d2j1kc1

Domain d2j1ke_: 2j1k E: [145612]
Other proteins in same PDB: d2j1ka_, d2j1kb_, d2j1kc1, d2j1kg_, d2j1kj_, d2j1kk_, d2j1ko_, d2j1kp_, d2j1kt_, d2j1kv_, d2j1kx_, d2j1ky_, d2j1kz_
automated match to d2j1kc1

Domain d2j1kf_: 2j1k F: [145613]
Other proteins in same PDB: d2j1ka_, d2j1kb_, d2j1kc1, d2j1kg_, d2j1kj_, d2j1kk_, d2j1ko_, d2j1kp_, d2j1kt_, d2j1kv_, d2j1kx_, d2j1ky_, d2j1kz_
automated match to d2j1kc1

Domain d2j1kh_: 2j1k H: [145614]
Other proteins in same PDB: d2j1ka_, d2j1kb_, d2j1kc1, d2j1kg_, d2j1kj_, d2j1kk_, d2j1ko_, d2j1kp_, d2j1kt_, d2j1kv_, d2j1kx_, d2j1ky_, d2j1kz_
automated match to d2j1kc1

Domain d2j1ki_: 2j1k I: [145615]
Other proteins in same PDB: d2j1ka_, d2j1kb_, d2j1kc1, d2j1kg_, d2j1kj_, d2j1kk_, d2j1ko_, d2j1kp_, d2j1kt_, d2j1kv_, d2j1kx_, d2j1ky_, d2j1kz_
automated match to d2j1kc1

Domain d2j1kl_: 2j1k L: [145616]
Other proteins in same PDB: d2j1ka_, d2j1kb_, d2j1kc1, d2j1kg_, d2j1kj_, d2j1kk_, d2j1ko_, d2j1kp_, d2j1kt_, d2j1kv_, d2j1kx_, d2j1ky_, d2j1kz_
automated match to d2j1kc1

Domain d2j1km_: 2j1k M: [145617]
Other proteins in same PDB: d2j1ka_, d2j1kb_, d2j1kc1, d2j1kg_, d2j1kj_, d2j1kk_, d2j1ko_, d2j1kp_, d2j1kt_, d2j1kv_, d2j1kx_, d2j1ky_, d2j1kz_
automated match to d2j1kc1

Domain d2j1kn_: 2j1k N: [145618]
Other proteins in same PDB: d2j1ka_, d2j1kb_, d2j1kc1, d2j1kg_, d2j1kj_, d2j1kk_, d2j1ko_, d2j1kp_, d2j1kt_, d2j1kv_, d2j1kx_, d2j1ky_, d2j1kz_
automated match to d2j1kc1

Domain d2j1kq_: 2j1k Q: [145619]
Other proteins in same PDB: d2j1ka_, d2j1kb_, d2j1kc1, d2j1kg_, d2j1kj_, d2j1kk_, d2j1ko_, d2j1kp_, d2j1kt_, d2j1kv_, d2j1kx_, d2j1ky_, d2j1kz_
automated match to d2j1kc1

Domain d2j1kr_: 2j1k R: [145620]
Other proteins in same PDB: d2j1ka_, d2j1kb_, d2j1kc1, d2j1kg_, d2j1kj_, d2j1kk_, d2j1ko_, d2j1kp_, d2j1kt_, d2j1kv_, d2j1kx_, d2j1ky_, d2j1kz_
automated match to d2j1kc1

Domain d2j1ks_: 2j1k S: [145621]
Other proteins in same PDB: d2j1ka_, d2j1kb_, d2j1kc1, d2j1kg_, d2j1kj_, d2j1kk_, d2j1ko_, d2j1kp_, d2j1kt_, d2j1kv_, d2j1kx_, d2j1ky_, d2j1kz_
automated match to d2j1kc1

Domains for 2w9l:
1. Domain d2w9lc_: 2w9l C: [169122]
  Other proteins in same PDB: d2w9la_, d2w9lb_, d2w9lg_, d2w9lj_, d2w9lk_, d2w9lo_, d2w9lp_, d2w9lt_, d2w9lv_, d2w9lx_, d2w9ly_, d2w9lz_
  automated match to d2j1kc1
2. Domain d2w9ld_: 2w9l D: [169123]
  Other proteins in same PDB: d2w9la_, d2w9lb_, d2w9lg_, d2w9lj_, d2w9lk_, d2w9lo_, d2w9lp_, d2w9lt_, d2w9lv_, d2w9lx_, d2w9ly_, d2w9lz_
  automated match to d2j1kc1
3. Domain d2w9le_: 2w9l E: [169124]
  Other proteins in same PDB: d2w9la_, d2w9lb_, d2w9lg_, d2w9lj_, d2w9lk_, d2w9lo_, d2w9lp_, d2w9lt_, d2w9lv_, d2w9lx_, d2w9ly_, d2w9lz_
  automated match to d2j1kc1
4. Domain d2w9lf_: 2w9l F: [169125]
  Other proteins in same PDB: d2w9la_, d2w9lb_, d2w9lg_, d2w9lj_, d2w9lk_, d2w9lo_, d2w9lp_, d2w9lt_, d2w9lv_, d2w9lx_, d2w9ly_, d2w9lz_
  automated match to d2j1kc1
5. Domain d2w9lh_: 2w9l H: [169127]
  Other proteins in same PDB: d2w9la_, d2w9lb_, d2w9lg_, d2w9lj_, d2w9lk_, d2w9lo_, d2w9lp_, d2w9lt_, d2w9lv_, d2w9lx_, d2w9ly_, d2w9lz_
  automated match to d2j1kc1
6. Domain d2w9li_: 2w9l I: [169128]
  Other proteins in same PDB: d2w9la_, d2w9lb_, d2w9lg_, d2w9lj_, d2w9lk_, d2w9lo_, d2w9lp_, d2w9lt_, d2w9lv_, d2w9lx_, d2w9ly_, d2w9lz_
  automated match to d2j1kc1
7. Domain d2w9ll_: 2w9l L: [169131]
  Other proteins in same PDB: d2w9la_, d2w9lb_, d2w9lg_, d2w9lj_, d2w9lk_, d2w9lo_, d2w9lp_, d2w9lt_, d2w9lv_, d2w9lx_, d2w9ly_, d2w9lz_
  automated match to d2j1kc1
8. Domain d2w9lm_: 2w9l M: [169132]
  Other proteins in same PDB: d2w9la_, d2w9lb_, d2w9lg_, d2w9lj_, d2w9lk_, d2w9lo_, d2w9lp_, d2w9lt_, d2w9lv_, d2w9lx_, d2w9ly_, d2w9lz_
  automated match to d2j1kc1
9. Domain d2w9ln_: 2w9l N: [169133]
  Other proteins in same PDB: d2w9la_, d2w9lb_, d2w9lg_, d2w9lj_, d2w9lk_, d2w9lo_, d2w9lp_, d2w9lt_, d2w9lv_, d2w9lx_, d2w9ly_, d2w9lz_
  automated match to d2j1kc1
10. Domain d2w9lq_: 2w9l Q: [169136]
  Other proteins in same PDB: d2w9la_, d2w9lb_, d2w9lg_, d2w9lj_, d2w9lk_, d2w9lo_, d2w9lp_, d2w9lt_, d2w9lv_, d2w9lx_, d2w9ly_, d2w9lz_
  automated match to d2j1kc1
11. Domain d2w9lr_: 2w9l R: [169137]
  Other proteins in same PDB: d2w9la_, d2w9lb_, d2w9lg_, d2w9lj_, d2w9lk_, d2w9lo_, d2w9lp_, d2w9lt_, d2w9lv_, d2w9lx_, d2w9ly_, d2w9lz_
  automated match to d2j1kc1
12. Domain d2w9ls_: 2w9l S: [169138]
  Other proteins in same PDB: d2w9la_, d2w9lb_, d2w9lg_, d2w9lj_, d2w9lk_, d2w9lo_, d2w9lp_, d2w9lt_, d2w9lv_, d2w9lx_, d2w9ly_, d2w9lz_
  automated match to d2j1kc1
Domains for 2wbv:
1. Domain d2wbva_: 2wbv A: [169189]
  automated match to d2j1kc1
  complexed with gol, sia
2. Domain d2wbvb_: 2wbv B: [169190]
  automated match to d2j1kc1
  complexed with gol, sia
3. Domain d2wbvc_: 2wbv C: [169191]
  automated match to d2j1kc1
  complexed with gol, sia
4. Domain d2wbvd_: 2wbv D: [169192]
  automated match to d2j1kc1
  complexed with gol, sia
5. Domain d2wbve_: 2wbv E: [169193]
  automated match to d2j1kc1
  complexed with gol, sia
6. Domain d2wbvf_: 2wbv F: [169194]
  automated match to d2j1kc1
  complexed with gol, sia

Human adenovirus 14 [TaxId:10521] [188677] (1 PDB entry)
- Domains for 3f0y:
  1. Domain d3f0ya_: 3f0y A: [175388]
    automated match to d2o39a1
    complexed with gol, imd
  2. Domain d3f0yb_: 3f0y B: [175389]
    automated match to d2o39a1
    complexed with gol, imd
  3. Domain d3f0yc_: 3f0y C: [175390]
    automated match to d2o39a1
    complexed with gol, imd
  4. Domain d3f0yd_: 3f0y D: [175391]
    automated match to d2o39a1
    complexed with gol, imd
  5. Domain d3f0ye_: 3f0y E: [175392]
    automated match to d2o39a1
    complexed with gol, imd
  6. Domain d3f0yf_: 3f0y F: [175393]
    automated match to d2o39a1
    complexed with gol, imd
  7. Domain d3f0yg_: 3f0y G: [175394]
    automated match to d2o39a1
    complexed with gol, imd
  8. Domain d3f0yh_: 3f0y H: [175395]
    automated match to d2o39a1
    complexed with gol, imd
  9. Domain d3f0yi_: 3f0y I: [175396]
    automated match to d2o39a1
    complexed with gol, imd
Human adenovirus 37 [TaxId:52275] [188823] (6 PDB entries)
1. Domain for 2j12:
  - Domain d2j12a_: 2j12 A: [137932]
    Other proteins in same PDB: d2j12b_
    automated match to d1uxaa_
    complexed with ca
2. Domain for 2wbw:
  - Domain d2wbwa_: 2wbw A: [169195]
    Other proteins in same PDB: d2wbwb_
    automated match to d1uxaa_
    complexed with ca, sia
3. Domains for 2wgt:
  1. Domain d2wgta_: 2wgt A: [169329]
    automated match to d1uxaa_
    complexed with 18d, zn
  2. Domain d2wgtb_: 2wgt B: [169330]
    automated match to d1uxaa_
    complexed with 18d, zn
  3. Domain d2wgtc_: 2wgt C: [169331]
    automated match to d1uxaa_
    complexed with 18d, zn
4. Domains for 2wgu:
  1. Domain d2wgua_: 2wgu A: [169332]
    automated match to d1uxaa_
    complexed with 42d, zn
  2. Domain d2wgub_: 2wgu B: [169333]
    automated match to d1uxaa_
    complexed with 42d, zn
  3. Domain d2wguc_: 2wgu C: [169334]
    automated match to d1uxaa_
    complexed with 42d, zn
5. Domains for 3n0i:
  1. Domain d3n0ia_: 3n0i A: [181754]
    automated match to d1uxaa_
    complexed with zn
  2. Domain d3n0ib_: 3n0i B: [181755]
    automated match to d1uxaa_
    complexed with zn
  3. Domain d3n0ic_: 3n0i C: [181756]
    automated match to d1uxaa_
    complexed with zn
6. Domains for 3qnd:
  1. Domain d3qnda_: 3qnd A: [184536]
    automated match to d1uxaa_
    complexed with sia, zn
  2. Domain d3qndb_: 3qnd B: [184537]
    automated match to d1uxaa_
    complexed with sia, zn
  3. Domain d3qndc_: 3qnd C: [184538]
    automated match to d1uxaa_
    complexed with sia, zn
  4. Domain d3qnde_: 3qnd E: [184539]
    automated match to d1uxaa_
    complexed with sia, zn
  5. Domain d3qndf_: 3qnd F: [184540]
    automated match to d1uxaa_
    complexed with sia, zn
  6. Domain d3qndg_: 3qnd G: [184541]
    automated match to d1uxaa_
    complexed with sia, zn

More info for Protein automated matches from b.21.1.1: Adenovirus fiber protein "knob" domain

Timeline for Protein automated matches from b.21.1.1: Adenovirus fiber protein "knob" domain:

Protein automated matches from b.21.1.1: Adenovirus fiber protein "knob" domain first appeared in SCOPe 2.01
Protein automated matches from b.21.1.1: Adenovirus fiber protein "knob" domain appears in SCOPe 2.03
Protein automated matches from b.21.1.1: Adenovirus fiber protein "knob" domain appears in the current release, SCOPe 2.08, called Protein automated matches from b.21.1.1: Adenovirus fiber protein 'knob' domain