Lineage for Species: Pseudomonas putida [TaxId: 303]

  1. Root: SCOPe 2.06
  2. 2078559Class c: Alpha and beta proteins (a/b) [51349] (148 folds)
  3. 2108258Fold c.36: Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding) [52517] (1 superfamily)
    3 layers: a/b/a; parallel beta-sheet of 6 strands, order 213465
  4. 2108259Superfamily c.36.1: Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding) [52518] (9 families) (S)
    there are two different functional modules of this fold: pyridine-binding (Pyr) and pyrophosphate-binding (PP) modules
    two Pyr and two PP modules assemble together in a conserved heterotetrameric core that binds two THDP coenzyme molecules
  5. 2108260Family c.36.1.5: Pyruvate oxidase and decarboxylase Pyr module [88724] (8 protein domains)
    the N-terminal, Pyr module is separated from the C-terminal, PP module by an alpha/beta domain of Rossmann-like topology
    automatically mapped to Pfam PF02776
  6. 2108284Protein Benzoylformate decarboxylase [88731] (1 species)
  7. 2108285Species Pseudomonas putida [TaxId:303] [88732] (7 PDB entries)
    Uniprot P20906

PDB entries in Species: Pseudomonas putida [TaxId: 303]:

  1. Domain(s) for 1bfd:
  2. Domain(s) for 1mcz:
    1. 2108292Domain d1mcza2: 1mcz A:2-181 [78953]
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      complexed with mg, rmn, tdp
    2. 2108293Domain d1mczb2: 1mcz B:2-181 [78956]
      Other proteins in same PDB: d1mcza1, d1mcza3, d1mczb1, d1mczb3, d1mczc1, d1mczc3, d1mczd1, d1mczd3, d1mcze1, d1mcze3, d1mczf1, d1mczf3, d1mczg1, d1mczg3, d1mczh1, d1mczh3, d1mczi1, d1mczi3, d1mczj1, d1mczj3, d1mczk1, d1mczk3, d1mczl1, d1mczl3, d1mczm1, d1mczm3, d1mczn1, d1mczn3, d1mczo1, d1mczo3, d1mczp1, d1mczp3
      complexed with mg, rmn, tdp
    3. 2108294Domain d1mczc2: 1mcz C:2-181 [78959]
      Other proteins in same PDB: d1mcza1, d1mcza3, d1mczb1, d1mczb3, d1mczc1, d1mczc3, d1mczd1, d1mczd3, d1mcze1, d1mcze3, d1mczf1, d1mczf3, d1mczg1, d1mczg3, d1mczh1, d1mczh3, d1mczi1, d1mczi3, d1mczj1, d1mczj3, d1mczk1, d1mczk3, d1mczl1, d1mczl3, d1mczm1, d1mczm3, d1mczn1, d1mczn3, d1mczo1, d1mczo3, d1mczp1, d1mczp3
      complexed with mg, rmn, tdp
    4. 2108295Domain d1mczd2: 1mcz D:2-181 [78962]
      Other proteins in same PDB: d1mcza1, d1mcza3, d1mczb1, d1mczb3, d1mczc1, d1mczc3, d1mczd1, d1mczd3, d1mcze1, d1mcze3, d1mczf1, d1mczf3, d1mczg1, d1mczg3, d1mczh1, d1mczh3, d1mczi1, d1mczi3, d1mczj1, d1mczj3, d1mczk1, d1mczk3, d1mczl1, d1mczl3, d1mczm1, d1mczm3, d1mczn1, d1mczn3, d1mczo1, d1mczo3, d1mczp1, d1mczp3
      complexed with mg, rmn, tdp
    5. 2108296Domain d1mcze2: 1mcz E:2-181 [78965]
      Other proteins in same PDB: d1mcza1, d1mcza3, d1mczb1, d1mczb3, d1mczc1, d1mczc3, d1mczd1, d1mczd3, d1mcze1, d1mcze3, d1mczf1, d1mczf3, d1mczg1, d1mczg3, d1mczh1, d1mczh3, d1mczi1, d1mczi3, d1mczj1, d1mczj3, d1mczk1, d1mczk3, d1mczl1, d1mczl3, d1mczm1, d1mczm3, d1mczn1, d1mczn3, d1mczo1, d1mczo3, d1mczp1, d1mczp3
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    6. 2108297Domain d1mczf2: 1mcz F:2-181 [78968]
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    7. 2108298Domain d1mczg2: 1mcz G:2-181 [78971]
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    8. 2108299Domain d1mczh2: 1mcz H:2-181 [78974]
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    9. 2108300Domain d1mczi2: 1mcz I:2-181 [78977]
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    10. 2108301Domain d1mczj2: 1mcz J:2-181 [78980]
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    11. 2108302Domain d1mczk2: 1mcz K:2-181 [78983]
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    12. 2108303Domain d1mczl2: 1mcz L:2-181 [78986]
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    13. 2108304Domain d1mczm2: 1mcz M:2-181 [78989]
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      complexed with mg, rmn, tdp
  3. Domain(s) for 1pi3:
  4. Domain(s) for 1po7:
  5. Domain(s) for 1q6z:
  6. Domain(s) for 2fwn:
  7. Domain(s) for 3fsj:

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