Lineage for Species: Pseudomonas putida

  1. Root: SCOP 1.65
  2. 305035Class c: Alpha and beta proteins (a/b) [51349] (121 folds)
  3. 312976Fold c.36: Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding) [52517] (1 superfamily)
    3 layers: a/b/a; parallel beta-sheet of 6 strands, order 213465
  4. 312977Superfamily c.36.1: Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding) [52518] (8 families) (S)
    there are two different functional modules of this fold: pyridine-binding (Pyr) and pyrophosphate-binding (PP) modules
    two Pyr and two PP modules assemble together in a conserved heterotetrameric core that binds two THDP coenzyme molecules
  5. 312978Family c.36.1.5: Pyruvate oxidase and decarboxylase Pyr module [88724] (5 proteins)
    the N-terminal, Pyr module is separated from the C-terminal, PP module by an alpa/beta domain of Rossmann-like topology
  6. 312985Protein Benzoylformate decarboxylase [88731] (1 species)
  7. 312986Species Pseudomonas putida [TaxId:303] [88732] (2 PDB entries)

PDB entries in Species: Pseudomonas putida:

  1. Domain(s) for 1bfd:
  2. Domain(s) for 1mcz:
    1. 312988Domain d1mcza2: 1mcz A:2-181 [78953]
      Other proteins in same PDB: d1mcza1, d1mcza3, d1mczb1, d1mczb3, d1mczc1, d1mczc3, d1mczd1, d1mczd3, d1mcze1, d1mcze3, d1mczf1, d1mczf3, d1mczg1, d1mczg3, d1mczh1, d1mczh3, d1mczi1, d1mczi3, d1mczj1, d1mczj3, d1mczk1, d1mczk3, d1mczl1, d1mczl3, d1mczm1, d1mczm3, d1mczn1, d1mczn3, d1mczo1, d1mczo3, d1mczp1, d1mczp3
    2. 312989Domain d1mczb2: 1mcz B:2-181 [78956]
      Other proteins in same PDB: d1mcza1, d1mcza3, d1mczb1, d1mczb3, d1mczc1, d1mczc3, d1mczd1, d1mczd3, d1mcze1, d1mcze3, d1mczf1, d1mczf3, d1mczg1, d1mczg3, d1mczh1, d1mczh3, d1mczi1, d1mczi3, d1mczj1, d1mczj3, d1mczk1, d1mczk3, d1mczl1, d1mczl3, d1mczm1, d1mczm3, d1mczn1, d1mczn3, d1mczo1, d1mczo3, d1mczp1, d1mczp3
    3. 312990Domain d1mczc2: 1mcz C:2-181 [78959]
      Other proteins in same PDB: d1mcza1, d1mcza3, d1mczb1, d1mczb3, d1mczc1, d1mczc3, d1mczd1, d1mczd3, d1mcze1, d1mcze3, d1mczf1, d1mczf3, d1mczg1, d1mczg3, d1mczh1, d1mczh3, d1mczi1, d1mczi3, d1mczj1, d1mczj3, d1mczk1, d1mczk3, d1mczl1, d1mczl3, d1mczm1, d1mczm3, d1mczn1, d1mczn3, d1mczo1, d1mczo3, d1mczp1, d1mczp3
    4. 312991Domain d1mczd2: 1mcz D:2-181 [78962]
      Other proteins in same PDB: d1mcza1, d1mcza3, d1mczb1, d1mczb3, d1mczc1, d1mczc3, d1mczd1, d1mczd3, d1mcze1, d1mcze3, d1mczf1, d1mczf3, d1mczg1, d1mczg3, d1mczh1, d1mczh3, d1mczi1, d1mczi3, d1mczj1, d1mczj3, d1mczk1, d1mczk3, d1mczl1, d1mczl3, d1mczm1, d1mczm3, d1mczn1, d1mczn3, d1mczo1, d1mczo3, d1mczp1, d1mczp3
    5. 312992Domain d1mcze2: 1mcz E:2-181 [78965]
      Other proteins in same PDB: d1mcza1, d1mcza3, d1mczb1, d1mczb3, d1mczc1, d1mczc3, d1mczd1, d1mczd3, d1mcze1, d1mcze3, d1mczf1, d1mczf3, d1mczg1, d1mczg3, d1mczh1, d1mczh3, d1mczi1, d1mczi3, d1mczj1, d1mczj3, d1mczk1, d1mczk3, d1mczl1, d1mczl3, d1mczm1, d1mczm3, d1mczn1, d1mczn3, d1mczo1, d1mczo3, d1mczp1, d1mczp3
    6. 312993Domain d1mczf2: 1mcz F:2-181 [78968]
      Other proteins in same PDB: d1mcza1, d1mcza3, d1mczb1, d1mczb3, d1mczc1, d1mczc3, d1mczd1, d1mczd3, d1mcze1, d1mcze3, d1mczf1, d1mczf3, d1mczg1, d1mczg3, d1mczh1, d1mczh3, d1mczi1, d1mczi3, d1mczj1, d1mczj3, d1mczk1, d1mczk3, d1mczl1, d1mczl3, d1mczm1, d1mczm3, d1mczn1, d1mczn3, d1mczo1, d1mczo3, d1mczp1, d1mczp3
    7. 312994Domain d1mczg2: 1mcz G:2-181 [78971]
      Other proteins in same PDB: d1mcza1, d1mcza3, d1mczb1, d1mczb3, d1mczc1, d1mczc3, d1mczd1, d1mczd3, d1mcze1, d1mcze3, d1mczf1, d1mczf3, d1mczg1, d1mczg3, d1mczh1, d1mczh3, d1mczi1, d1mczi3, d1mczj1, d1mczj3, d1mczk1, d1mczk3, d1mczl1, d1mczl3, d1mczm1, d1mczm3, d1mczn1, d1mczn3, d1mczo1, d1mczo3, d1mczp1, d1mczp3
    8. 312995Domain d1mczh2: 1mcz H:2-181 [78974]
      Other proteins in same PDB: d1mcza1, d1mcza3, d1mczb1, d1mczb3, d1mczc1, d1mczc3, d1mczd1, d1mczd3, d1mcze1, d1mcze3, d1mczf1, d1mczf3, d1mczg1, d1mczg3, d1mczh1, d1mczh3, d1mczi1, d1mczi3, d1mczj1, d1mczj3, d1mczk1, d1mczk3, d1mczl1, d1mczl3, d1mczm1, d1mczm3, d1mczn1, d1mczn3, d1mczo1, d1mczo3, d1mczp1, d1mczp3
    9. 312996Domain d1mczi2: 1mcz I:2-181 [78977]
      Other proteins in same PDB: d1mcza1, d1mcza3, d1mczb1, d1mczb3, d1mczc1, d1mczc3, d1mczd1, d1mczd3, d1mcze1, d1mcze3, d1mczf1, d1mczf3, d1mczg1, d1mczg3, d1mczh1, d1mczh3, d1mczi1, d1mczi3, d1mczj1, d1mczj3, d1mczk1, d1mczk3, d1mczl1, d1mczl3, d1mczm1, d1mczm3, d1mczn1, d1mczn3, d1mczo1, d1mczo3, d1mczp1, d1mczp3
    10. 312997Domain d1mczj2: 1mcz J:2-181 [78980]
      Other proteins in same PDB: d1mcza1, d1mcza3, d1mczb1, d1mczb3, d1mczc1, d1mczc3, d1mczd1, d1mczd3, d1mcze1, d1mcze3, d1mczf1, d1mczf3, d1mczg1, d1mczg3, d1mczh1, d1mczh3, d1mczi1, d1mczi3, d1mczj1, d1mczj3, d1mczk1, d1mczk3, d1mczl1, d1mczl3, d1mczm1, d1mczm3, d1mczn1, d1mczn3, d1mczo1, d1mczo3, d1mczp1, d1mczp3
    11. 312998Domain d1mczk2: 1mcz K:2-181 [78983]
      Other proteins in same PDB: d1mcza1, d1mcza3, d1mczb1, d1mczb3, d1mczc1, d1mczc3, d1mczd1, d1mczd3, d1mcze1, d1mcze3, d1mczf1, d1mczf3, d1mczg1, d1mczg3, d1mczh1, d1mczh3, d1mczi1, d1mczi3, d1mczj1, d1mczj3, d1mczk1, d1mczk3, d1mczl1, d1mczl3, d1mczm1, d1mczm3, d1mczn1, d1mczn3, d1mczo1, d1mczo3, d1mczp1, d1mczp3
    12. 312999Domain d1mczl2: 1mcz L:2-181 [78986]
      Other proteins in same PDB: d1mcza1, d1mcza3, d1mczb1, d1mczb3, d1mczc1, d1mczc3, d1mczd1, d1mczd3, d1mcze1, d1mcze3, d1mczf1, d1mczf3, d1mczg1, d1mczg3, d1mczh1, d1mczh3, d1mczi1, d1mczi3, d1mczj1, d1mczj3, d1mczk1, d1mczk3, d1mczl1, d1mczl3, d1mczm1, d1mczm3, d1mczn1, d1mczn3, d1mczo1, d1mczo3, d1mczp1, d1mczp3
    13. 313000Domain d1mczm2: 1mcz M:2-181 [78989]
      Other proteins in same PDB: d1mcza1, d1mcza3, d1mczb1, d1mczb3, d1mczc1, d1mczc3, d1mczd1, d1mczd3, d1mcze1, d1mcze3, d1mczf1, d1mczf3, d1mczg1, d1mczg3, d1mczh1, d1mczh3, d1mczi1, d1mczi3, d1mczj1, d1mczj3, d1mczk1, d1mczk3, d1mczl1, d1mczl3, d1mczm1, d1mczm3, d1mczn1, d1mczn3, d1mczo1, d1mczo3, d1mczp1, d1mczp3
    14. 313001Domain d1mczn2: 1mcz N:2-181 [78992]
      Other proteins in same PDB: d1mcza1, d1mcza3, d1mczb1, d1mczb3, d1mczc1, d1mczc3, d1mczd1, d1mczd3, d1mcze1, d1mcze3, d1mczf1, d1mczf3, d1mczg1, d1mczg3, d1mczh1, d1mczh3, d1mczi1, d1mczi3, d1mczj1, d1mczj3, d1mczk1, d1mczk3, d1mczl1, d1mczl3, d1mczm1, d1mczm3, d1mczn1, d1mczn3, d1mczo1, d1mczo3, d1mczp1, d1mczp3
    15. 313002Domain d1mczo2: 1mcz O:2-181 [78995]
      Other proteins in same PDB: d1mcza1, d1mcza3, d1mczb1, d1mczb3, d1mczc1, d1mczc3, d1mczd1, d1mczd3, d1mcze1, d1mcze3, d1mczf1, d1mczf3, d1mczg1, d1mczg3, d1mczh1, d1mczh3, d1mczi1, d1mczi3, d1mczj1, d1mczj3, d1mczk1, d1mczk3, d1mczl1, d1mczl3, d1mczm1, d1mczm3, d1mczn1, d1mczn3, d1mczo1, d1mczo3, d1mczp1, d1mczp3
    16. 313003Domain d1mczp2: 1mcz P:2-181 [78998]
      Other proteins in same PDB: d1mcza1, d1mcza3, d1mczb1, d1mczb3, d1mczc1, d1mczc3, d1mczd1, d1mczd3, d1mcze1, d1mcze3, d1mczf1, d1mczf3, d1mczg1, d1mczg3, d1mczh1, d1mczh3, d1mczi1, d1mczi3, d1mczj1, d1mczj3, d1mczk1, d1mczk3, d1mczl1, d1mczl3, d1mczm1, d1mczm3, d1mczn1, d1mczn3, d1mczo1, d1mczo3, d1mczp1, d1mczp3
      complexed with mg, rmn, tdp

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