SCOP 1.73: Protein: RNA polymerase alpha subunit

Lineage for Protein: RNA polymerase alpha subunit

Root: SCOP 1.73
Class d: Alpha and beta proteins (a+b) [53931] (334 folds)
Fold d.181: Insert subdomain of RNA polymerase alpha subunit [56552] (1 superfamily)
unusual fold; contains a left-handed beta-alpha-beta unit
Superfamily d.181.1: Insert subdomain of RNA polymerase alpha subunit [56553] (1 family)
Family d.181.1.1: Insert subdomain of RNA polymerase alpha subunit [56554] (2 proteins)
Protein RNA polymerase alpha subunit [56555] (3 species)

Species:

Escherichia coli [TaxId:562] [56556] (1 PDB entry)
- Domains for 1bdf:
  1. Domain d1bdfa2: 1bdf A:53-178 [42602]
    Other proteins in same PDB: d1bdfa1, d1bdfb1, d1bdfc1, d1bdfd1
  2. Domain d1bdfb2: 1bdf B:53-178 [42603]
    Other proteins in same PDB: d1bdfa1, d1bdfb1, d1bdfc1, d1bdfd1
  3. Domain d1bdfc2: 1bdf C:53-178 [42604]
    Other proteins in same PDB: d1bdfa1, d1bdfb1, d1bdfc1, d1bdfd1
  4. Domain d1bdfd2: 1bdf D:53-178 [42605]
    Other proteins in same PDB: d1bdfa1, d1bdfb1, d1bdfc1, d1bdfd1
    mutant
Thermus aquaticus [TaxId:271] [64461] (4 PDB entries)
1. Domains for 1i6v:
  1. Domain d1i6va2: 1i6v A:50-172 [61853]
    Other proteins in same PDB: d1i6va1, d1i6vb1, d1i6vc_, d1i6vd_, d1i6ve_
  2. Domain d1i6vb2: 1i6v B:50-172 [61855]
    Other proteins in same PDB: d1i6va1, d1i6vb1, d1i6vc_, d1i6vd_, d1i6ve_
    complexed with mg, rfp, zn
2. Domains for 1ynj:
  1. Domain d1ynja2: 1ynj A:50-172 [123738]
    Other proteins in same PDB: d1ynja1, d1ynjb1, d1ynjk1
    automatically matched to d1i6va2
    complexed with srn, zn
  2. Domain d1ynjb2: 1ynj B:50-172 [123740]
    Other proteins in same PDB: d1ynja1, d1ynjb1, d1ynjk1
    automatically matched to d1i6va2
    complexed with srn, zn
3. Domains for 1ynn:
  1. Domain d1ynna2: 1ynn A:50-172 [123743]
    Other proteins in same PDB: d1ynna1, d1ynnb1, d1ynnk1
    automatically matched to d1i6va2
    complexed with rfp, zn
  2. Domain d1ynnb2: 1ynn B:50-172 [123745]
    Other proteins in same PDB: d1ynna1, d1ynnb1, d1ynnk1
    automatically matched to d1i6va2
    complexed with rfp, zn
4. Domains for 2gho:
  1. Domain d2ghoa2: 2gho A:50-172 [135181]
    Other proteins in same PDB: d2ghoa1, d2ghob1
    automatically matched to d1i6va2
  2. Domain d2ghob2: 2gho B:50-172 [135183]
    Other proteins in same PDB: d2ghoa1, d2ghob1
    automatically matched to d1i6va2

Thermus thermophilus [TaxId:274] [75595] (9 PDB entries)

Domains for 1iw7:

Domain d1iw7a2: 1iw7 A:50-172 [71471]
Other proteins in same PDB: d1iw7a1, d1iw7b1, d1iw7c_, d1iw7d_, d1iw7e_, d1iw7f1, d1iw7f2, d1iw7f3, d1iw7k1, d1iw7l1, d1iw7m_, d1iw7n_, d1iw7o_, d1iw7p1, d1iw7p2, d1iw7p3

Domain d1iw7b2: 1iw7 B:50-172 [71473]
Other proteins in same PDB: d1iw7a1, d1iw7b1, d1iw7c_, d1iw7d_, d1iw7e_, d1iw7f1, d1iw7f2, d1iw7f3, d1iw7k1, d1iw7l1, d1iw7m_, d1iw7n_, d1iw7o_, d1iw7p1, d1iw7p2, d1iw7p3

Domain d1iw7k2: 1iw7 K:50-172 [71479]
Other proteins in same PDB: d1iw7a1, d1iw7b1, d1iw7c_, d1iw7d_, d1iw7e_, d1iw7f1, d1iw7f2, d1iw7f3, d1iw7k1, d1iw7l1, d1iw7m_, d1iw7n_, d1iw7o_, d1iw7p1, d1iw7p2, d1iw7p3

Domain d1iw7l2: 1iw7 L:50-172 [71481]
Other proteins in same PDB: d1iw7a1, d1iw7b1, d1iw7c_, d1iw7d_, d1iw7e_, d1iw7f1, d1iw7f2, d1iw7f3, d1iw7k1, d1iw7l1, d1iw7m_, d1iw7n_, d1iw7o_, d1iw7p1, d1iw7p2, d1iw7p3
complexed with mg, pb

Domains for 1smy:

Domain d1smya2: 1smy A:50-172 [105775]
Other proteins in same PDB: d1smya1, d1smyb1, d1smyc_, d1smyd_, d1smye_, d1smyf1, d1smyf2, d1smyf3, d1smyk1, d1smyl1, d1smym_, d1smyn_, d1smyo_, d1smyp1, d1smyp2, d1smyp3

Domain d1smyb2: 1smy B:50-172 [105777]
Other proteins in same PDB: d1smya1, d1smyb1, d1smyc_, d1smyd_, d1smye_, d1smyf1, d1smyf2, d1smyf3, d1smyk1, d1smyl1, d1smym_, d1smyn_, d1smyo_, d1smyp1, d1smyp2, d1smyp3

Domain d1smyk2: 1smy K:50-172 [105785]
Other proteins in same PDB: d1smya1, d1smyb1, d1smyc_, d1smyd_, d1smye_, d1smyf1, d1smyf2, d1smyf3, d1smyk1, d1smyl1, d1smym_, d1smyn_, d1smyo_, d1smyp1, d1smyp2, d1smyp3

Domain d1smyl2: 1smy L:50-172 [105787]
Other proteins in same PDB: d1smya1, d1smyb1, d1smyc_, d1smyd_, d1smye_, d1smyf1, d1smyf2, d1smyf3, d1smyk1, d1smyl1, d1smym_, d1smyn_, d1smyo_, d1smyp1, d1smyp2, d1smyp3
complexed with g4p, mg, zn

Domains for 1zyr:

Domain d1zyra2: 1zyr A:50-172 [125850]
Other proteins in same PDB: d1zyra1, d1zyrb1, d1zyrc1, d1zyrd1, d1zyre1, d1zyrf1, d1zyrf2, d1zyrf3, d1zyrk1, d1zyrl1, d1zyrm1, d1zyrn1, d1zyro1, d1zyrp1, d1zyrp2, d1zyrp3
automatically matched to d1iw7a2
complexed with mg, std, zn

Domain d1zyrb2: 1zyr B:50-172 [125852]
Other proteins in same PDB: d1zyra1, d1zyrb1, d1zyrc1, d1zyrd1, d1zyre1, d1zyrf1, d1zyrf2, d1zyrf3, d1zyrk1, d1zyrl1, d1zyrm1, d1zyrn1, d1zyro1, d1zyrp1, d1zyrp2, d1zyrp3
automatically matched to d1iw7a2
complexed with mg, std, zn

Domain d1zyrk2: 1zyr K:50-172 [125860]
Other proteins in same PDB: d1zyra1, d1zyrb1, d1zyrc1, d1zyrd1, d1zyre1, d1zyrf1, d1zyrf2, d1zyrf3, d1zyrk1, d1zyrl1, d1zyrm1, d1zyrn1, d1zyro1, d1zyrp1, d1zyrp2, d1zyrp3
automatically matched to d1iw7a2
complexed with mg, std, zn

Domain d1zyrl2: 1zyr L:50-172 [125862]
Other proteins in same PDB: d1zyra1, d1zyrb1, d1zyrc1, d1zyrd1, d1zyre1, d1zyrf1, d1zyrf2, d1zyrf3, d1zyrk1, d1zyrl1, d1zyrm1, d1zyrn1, d1zyro1, d1zyrp1, d1zyrp2, d1zyrp3
automatically matched to d1iw7a2
complexed with mg, std, zn

Domains for 2a68:

Domain d2a68a2: 2a68 A:50-172 [126192]
Other proteins in same PDB: d2a68a1, d2a68b1, d2a68c1, d2a68d1, d2a68e1, d2a68f1, d2a68f2, d2a68f3, d2a68k1, d2a68l1, d2a68m1, d2a68n1, d2a68o1, d2a68p1, d2a68p2, d2a68p3
automatically matched to d1iw7a2
complexed with mg, rbt, zn

Domain d2a68b2: 2a68 B:50-172 [126194]
Other proteins in same PDB: d2a68a1, d2a68b1, d2a68c1, d2a68d1, d2a68e1, d2a68f1, d2a68f2, d2a68f3, d2a68k1, d2a68l1, d2a68m1, d2a68n1, d2a68o1, d2a68p1, d2a68p2, d2a68p3
automatically matched to d1iw7a2
complexed with mg, rbt, zn

Domain d2a68k2: 2a68 K:50-172 [126202]
Other proteins in same PDB: d2a68a1, d2a68b1, d2a68c1, d2a68d1, d2a68e1, d2a68f1, d2a68f2, d2a68f3, d2a68k1, d2a68l1, d2a68m1, d2a68n1, d2a68o1, d2a68p1, d2a68p2, d2a68p3
automatically matched to d1iw7a2
complexed with mg, rbt, zn

Domain d2a68l2: 2a68 L:50-172 [126204]
Other proteins in same PDB: d2a68a1, d2a68b1, d2a68c1, d2a68d1, d2a68e1, d2a68f1, d2a68f2, d2a68f3, d2a68k1, d2a68l1, d2a68m1, d2a68n1, d2a68o1, d2a68p1, d2a68p2, d2a68p3
automatically matched to d1iw7a2
complexed with mg, rbt, zn

Domains for 2a69:

Domain d2a69a2: 2a69 A:50-172 [126212]
Other proteins in same PDB: d2a69a1, d2a69b1, d2a69c1, d2a69d1, d2a69e1, d2a69f1, d2a69f2, d2a69f3, d2a69k1, d2a69l1, d2a69m1, d2a69n1, d2a69o1, d2a69p1, d2a69p2, d2a69p3
automatically matched to d1iw7a2
complexed with mg, rpt, zn

Domain d2a69b2: 2a69 B:50-172 [126214]
Other proteins in same PDB: d2a69a1, d2a69b1, d2a69c1, d2a69d1, d2a69e1, d2a69f1, d2a69f2, d2a69f3, d2a69k1, d2a69l1, d2a69m1, d2a69n1, d2a69o1, d2a69p1, d2a69p2, d2a69p3
automatically matched to d1iw7a2
complexed with mg, rpt, zn

Domain d2a69k2: 2a69 K:50-172 [126222]
Other proteins in same PDB: d2a69a1, d2a69b1, d2a69c1, d2a69d1, d2a69e1, d2a69f1, d2a69f2, d2a69f3, d2a69k1, d2a69l1, d2a69m1, d2a69n1, d2a69o1, d2a69p1, d2a69p2, d2a69p3
automatically matched to d1iw7a2
complexed with mg, rpt, zn

Domain d2a69l2: 2a69 L:50-172 [126224]
Other proteins in same PDB: d2a69a1, d2a69b1, d2a69c1, d2a69d1, d2a69e1, d2a69f1, d2a69f2, d2a69f3, d2a69k1, d2a69l1, d2a69m1, d2a69n1, d2a69o1, d2a69p1, d2a69p2, d2a69p3
automatically matched to d1iw7a2
complexed with mg, rpt, zn

Domains for 2a6e:

Domain d2a6ea2: 2a6e A:50-172 [126241]
Other proteins in same PDB: d2a6ea1, d2a6eb1, d2a6ec1, d2a6ed1, d2a6ee1, d2a6ef1, d2a6ef2, d2a6ef3, d2a6ek1, d2a6el1, d2a6em1, d2a6en1, d2a6eo1, d2a6ep1, d2a6ep2, d2a6ep3
automatically matched to d1iw7a2
complexed with mg, zn

Domain d2a6eb2: 2a6e B:50-172 [126243]
Other proteins in same PDB: d2a6ea1, d2a6eb1, d2a6ec1, d2a6ed1, d2a6ee1, d2a6ef1, d2a6ef2, d2a6ef3, d2a6ek1, d2a6el1, d2a6em1, d2a6en1, d2a6eo1, d2a6ep1, d2a6ep2, d2a6ep3
automatically matched to d1iw7a2
complexed with mg, zn

Domain d2a6ek2: 2a6e K:50-172 [126251]
Other proteins in same PDB: d2a6ea1, d2a6eb1, d2a6ec1, d2a6ed1, d2a6ee1, d2a6ef1, d2a6ef2, d2a6ef3, d2a6ek1, d2a6el1, d2a6em1, d2a6en1, d2a6eo1, d2a6ep1, d2a6ep2, d2a6ep3
automatically matched to d1iw7a2
complexed with mg, zn

Domain d2a6el2: 2a6e L:50-172 [126253]
Other proteins in same PDB: d2a6ea1, d2a6eb1, d2a6ec1, d2a6ed1, d2a6ee1, d2a6ef1, d2a6ef2, d2a6ef3, d2a6ek1, d2a6el1, d2a6em1, d2a6en1, d2a6eo1, d2a6ep1, d2a6ep2, d2a6ep3
automatically matched to d1iw7a2
complexed with mg, zn

Domains for 2a6h:

Domain d2a6ha2: 2a6h A:50-172 [126261]
Other proteins in same PDB: d2a6ha1, d2a6hb1, d2a6hc1, d2a6hd1, d2a6he1, d2a6hf1, d2a6hf2, d2a6hf3, d2a6hk1, d2a6hl1, d2a6hm1, d2a6hn1, d2a6ho1, d2a6hp1, d2a6hp2, d2a6hp3
automatically matched to d1iw7a2
complexed with mg, std, zn

Domain d2a6hb2: 2a6h B:50-172 [126263]
Other proteins in same PDB: d2a6ha1, d2a6hb1, d2a6hc1, d2a6hd1, d2a6he1, d2a6hf1, d2a6hf2, d2a6hf3, d2a6hk1, d2a6hl1, d2a6hm1, d2a6hn1, d2a6ho1, d2a6hp1, d2a6hp2, d2a6hp3
automatically matched to d1iw7a2
complexed with mg, std, zn

Domain d2a6hk2: 2a6h K:50-172 [126271]
Other proteins in same PDB: d2a6ha1, d2a6hb1, d2a6hc1, d2a6hd1, d2a6he1, d2a6hf1, d2a6hf2, d2a6hf3, d2a6hk1, d2a6hl1, d2a6hm1, d2a6hn1, d2a6ho1, d2a6hp1, d2a6hp2, d2a6hp3
automatically matched to d1iw7a2
complexed with mg, std, zn

Domain d2a6hl2: 2a6h L:50-172 [126273]
Other proteins in same PDB: d2a6ha1, d2a6hb1, d2a6hc1, d2a6hd1, d2a6he1, d2a6hf1, d2a6hf2, d2a6hf3, d2a6hk1, d2a6hl1, d2a6hm1, d2a6hn1, d2a6ho1, d2a6hp1, d2a6hp2, d2a6hp3
automatically matched to d1iw7a2
complexed with mg, std, zn

Domains for 2be5:

Domain d2be5a2: 2be5 A:50-172 [128352]
Other proteins in same PDB: d2be5a1, d2be5b1, d2be5c1, d2be5d1, d2be5e1, d2be5f1, d2be5f2, d2be5f3, d2be5k1, d2be5l1, d2be5m1, d2be5n1, d2be5o1, d2be5p1, d2be5p2, d2be5p3
automatically matched to d1iw7a2
complexed with mg, tgt, zn

Domain d2be5b2: 2be5 B:50-172 [128354]
Other proteins in same PDB: d2be5a1, d2be5b1, d2be5c1, d2be5d1, d2be5e1, d2be5f1, d2be5f2, d2be5f3, d2be5k1, d2be5l1, d2be5m1, d2be5n1, d2be5o1, d2be5p1, d2be5p2, d2be5p3
automatically matched to d1iw7a2
complexed with mg, tgt, zn

Domain d2be5k2: 2be5 K:50-172 [128362]
Other proteins in same PDB: d2be5a1, d2be5b1, d2be5c1, d2be5d1, d2be5e1, d2be5f1, d2be5f2, d2be5f3, d2be5k1, d2be5l1, d2be5m1, d2be5n1, d2be5o1, d2be5p1, d2be5p2, d2be5p3
automatically matched to d1iw7a2
complexed with mg, tgt, zn

Domain d2be5l2: 2be5 L:50-172 [128364]
Other proteins in same PDB: d2be5a1, d2be5b1, d2be5c1, d2be5d1, d2be5e1, d2be5f1, d2be5f2, d2be5f3, d2be5k1, d2be5l1, d2be5m1, d2be5n1, d2be5o1, d2be5p1, d2be5p2, d2be5p3
automatically matched to d1iw7a2
complexed with mg, tgt, zn

Domains for 2cw0:

Domain d2cw0a2: 2cw0 A:50-172 [130899]
Other proteins in same PDB: d2cw0a1, d2cw0b1, d2cw0c1, d2cw0d1, d2cw0e1, d2cw0f1, d2cw0f2, d2cw0f3, d2cw0k1, d2cw0l1, d2cw0m1, d2cw0n1, d2cw0o1, d2cw0p1, d2cw0p2, d2cw0p3
automatically matched to d1iw7a2
complexed with mg, zn

Domain d2cw0b2: 2cw0 B:50-172 [130901]
Other proteins in same PDB: d2cw0a1, d2cw0b1, d2cw0c1, d2cw0d1, d2cw0e1, d2cw0f1, d2cw0f2, d2cw0f3, d2cw0k1, d2cw0l1, d2cw0m1, d2cw0n1, d2cw0o1, d2cw0p1, d2cw0p2, d2cw0p3
automatically matched to d1iw7a2
complexed with mg, zn

Domain d2cw0k2: 2cw0 K:50-172 [130909]
Other proteins in same PDB: d2cw0a1, d2cw0b1, d2cw0c1, d2cw0d1, d2cw0e1, d2cw0f1, d2cw0f2, d2cw0f3, d2cw0k1, d2cw0l1, d2cw0m1, d2cw0n1, d2cw0o1, d2cw0p1, d2cw0p2, d2cw0p3
automatically matched to d1iw7a2
complexed with mg, zn

Domain d2cw0l2: 2cw0 L:50-172 [130911]
Other proteins in same PDB: d2cw0a1, d2cw0b1, d2cw0c1, d2cw0d1, d2cw0e1, d2cw0f1, d2cw0f2, d2cw0f3, d2cw0k1, d2cw0l1, d2cw0m1, d2cw0n1, d2cw0o1, d2cw0p1, d2cw0p2, d2cw0p3
automatically matched to d1iw7a2
complexed with mg, zn

More info for Protein RNA polymerase alpha subunit from d.181.1.1: Insert subdomain of RNA polymerase alpha subunit

Timeline for Protein RNA polymerase alpha subunit from d.181.1.1: Insert subdomain of RNA polymerase alpha subunit:

Protein RNA polymerase alpha subunit from d.181.1.1: Insert subdomain of RNA polymerase alpha subunit first appeared (with stable ids) in SCOP 1.55, called Protein Insert subdomain of RNA polymerase alpha subunit N-terminal domain from d.181.1.1: Insert subdomain of RNA polymerase alpha subunit N-terminal domain
Protein RNA polymerase alpha subunit from d.181.1.1: Insert subdomain of RNA polymerase alpha subunit appears in SCOP 1.71
Protein RNA polymerase alpha subunit from d.181.1.1: Insert subdomain of RNA polymerase alpha subunit appears in SCOP 1.75
Protein RNA polymerase alpha subunit from d.181.1.1: Insert subdomain of RNA polymerase alpha subunit appears in the current release, SCOPe 2.08