SCOP 1.75: Species: Pseudomonas putida [TaxId: 303]

Lineage for Species: Pseudomonas putida [TaxId: 303]

Root: SCOP 1.75
Class c: Alpha and beta proteins (a/b) [51349] (147 folds)
Fold c.36: Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding) [52517] (1 superfamily)
3 layers: a/b/a; parallel beta-sheet of 6 strands, order 213465

Superfamily c.36.1: Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding) [52518] (8 families)

(S)

there are two different functional modules of this fold: pyridine-binding (Pyr) and pyrophosphate-binding (PP) modules
two Pyr and two PP modules assemble together in a conserved heterotetrameric core that binds two THDP coenzyme molecules

Family c.36.1.5: Pyruvate oxidase and decarboxylase Pyr module [88724] (8 proteins)
the N-terminal, Pyr module is separated from the C-terminal, PP module by an alpha/beta domain of Rossmann-like topology

Protein Benzoylformate decarboxylase [88731] (1 species)
Species Pseudomonas putida [TaxId:303] [88732] (9 PDB entries)
Uniprot P20906

PDB entries in Species: Pseudomonas putida [TaxId: 303]:

Domain(s) for 1bfd:
- Domain d1bfda2: 1bfd A:2-181 [31801]
  Other proteins in same PDB: d1bfda1, d1bfda3
  complexed with ca, mg, tpp

Domain(s) for 1mcz:

Domain d1mcza2: 1mcz A:2-181 [78953]
Other proteins in same PDB: d1mcza1, d1mcza3, d1mczb1, d1mczb3, d1mczc1, d1mczc3, d1mczd1, d1mczd3, d1mcze1, d1mcze3, d1mczf1, d1mczf3, d1mczg1, d1mczg3, d1mczh1, d1mczh3, d1mczi1, d1mczi3, d1mczj1, d1mczj3, d1mczk1, d1mczk3, d1mczl1, d1mczl3, d1mczm1, d1mczm3, d1mczn1, d1mczn3, d1mczo1, d1mczo3, d1mczp1, d1mczp3

Domain d1mczb2: 1mcz B:2-181 [78956]
Other proteins in same PDB: d1mcza1, d1mcza3, d1mczb1, d1mczb3, d1mczc1, d1mczc3, d1mczd1, d1mczd3, d1mcze1, d1mcze3, d1mczf1, d1mczf3, d1mczg1, d1mczg3, d1mczh1, d1mczh3, d1mczi1, d1mczi3, d1mczj1, d1mczj3, d1mczk1, d1mczk3, d1mczl1, d1mczl3, d1mczm1, d1mczm3, d1mczn1, d1mczn3, d1mczo1, d1mczo3, d1mczp1, d1mczp3

Domain d1mczc2: 1mcz C:2-181 [78959]
Other proteins in same PDB: d1mcza1, d1mcza3, d1mczb1, d1mczb3, d1mczc1, d1mczc3, d1mczd1, d1mczd3, d1mcze1, d1mcze3, d1mczf1, d1mczf3, d1mczg1, d1mczg3, d1mczh1, d1mczh3, d1mczi1, d1mczi3, d1mczj1, d1mczj3, d1mczk1, d1mczk3, d1mczl1, d1mczl3, d1mczm1, d1mczm3, d1mczn1, d1mczn3, d1mczo1, d1mczo3, d1mczp1, d1mczp3

Domain d1mczd2: 1mcz D:2-181 [78962]
Other proteins in same PDB: d1mcza1, d1mcza3, d1mczb1, d1mczb3, d1mczc1, d1mczc3, d1mczd1, d1mczd3, d1mcze1, d1mcze3, d1mczf1, d1mczf3, d1mczg1, d1mczg3, d1mczh1, d1mczh3, d1mczi1, d1mczi3, d1mczj1, d1mczj3, d1mczk1, d1mczk3, d1mczl1, d1mczl3, d1mczm1, d1mczm3, d1mczn1, d1mczn3, d1mczo1, d1mczo3, d1mczp1, d1mczp3

Domain d1mcze2: 1mcz E:2-181 [78965]
Other proteins in same PDB: d1mcza1, d1mcza3, d1mczb1, d1mczb3, d1mczc1, d1mczc3, d1mczd1, d1mczd3, d1mcze1, d1mcze3, d1mczf1, d1mczf3, d1mczg1, d1mczg3, d1mczh1, d1mczh3, d1mczi1, d1mczi3, d1mczj1, d1mczj3, d1mczk1, d1mczk3, d1mczl1, d1mczl3, d1mczm1, d1mczm3, d1mczn1, d1mczn3, d1mczo1, d1mczo3, d1mczp1, d1mczp3

Domain d1mczf2: 1mcz F:2-181 [78968]
Other proteins in same PDB: d1mcza1, d1mcza3, d1mczb1, d1mczb3, d1mczc1, d1mczc3, d1mczd1, d1mczd3, d1mcze1, d1mcze3, d1mczf1, d1mczf3, d1mczg1, d1mczg3, d1mczh1, d1mczh3, d1mczi1, d1mczi3, d1mczj1, d1mczj3, d1mczk1, d1mczk3, d1mczl1, d1mczl3, d1mczm1, d1mczm3, d1mczn1, d1mczn3, d1mczo1, d1mczo3, d1mczp1, d1mczp3

Domain d1mczg2: 1mcz G:2-181 [78971]
Other proteins in same PDB: d1mcza1, d1mcza3, d1mczb1, d1mczb3, d1mczc1, d1mczc3, d1mczd1, d1mczd3, d1mcze1, d1mcze3, d1mczf1, d1mczf3, d1mczg1, d1mczg3, d1mczh1, d1mczh3, d1mczi1, d1mczi3, d1mczj1, d1mczj3, d1mczk1, d1mczk3, d1mczl1, d1mczl3, d1mczm1, d1mczm3, d1mczn1, d1mczn3, d1mczo1, d1mczo3, d1mczp1, d1mczp3

Domain d1mczh2: 1mcz H:2-181 [78974]
Other proteins in same PDB: d1mcza1, d1mcza3, d1mczb1, d1mczb3, d1mczc1, d1mczc3, d1mczd1, d1mczd3, d1mcze1, d1mcze3, d1mczf1, d1mczf3, d1mczg1, d1mczg3, d1mczh1, d1mczh3, d1mczi1, d1mczi3, d1mczj1, d1mczj3, d1mczk1, d1mczk3, d1mczl1, d1mczl3, d1mczm1, d1mczm3, d1mczn1, d1mczn3, d1mczo1, d1mczo3, d1mczp1, d1mczp3

Domain d1mczi2: 1mcz I:2-181 [78977]
Other proteins in same PDB: d1mcza1, d1mcza3, d1mczb1, d1mczb3, d1mczc1, d1mczc3, d1mczd1, d1mczd3, d1mcze1, d1mcze3, d1mczf1, d1mczf3, d1mczg1, d1mczg3, d1mczh1, d1mczh3, d1mczi1, d1mczi3, d1mczj1, d1mczj3, d1mczk1, d1mczk3, d1mczl1, d1mczl3, d1mczm1, d1mczm3, d1mczn1, d1mczn3, d1mczo1, d1mczo3, d1mczp1, d1mczp3

Domain d1mczj2: 1mcz J:2-181 [78980]
Other proteins in same PDB: d1mcza1, d1mcza3, d1mczb1, d1mczb3, d1mczc1, d1mczc3, d1mczd1, d1mczd3, d1mcze1, d1mcze3, d1mczf1, d1mczf3, d1mczg1, d1mczg3, d1mczh1, d1mczh3, d1mczi1, d1mczi3, d1mczj1, d1mczj3, d1mczk1, d1mczk3, d1mczl1, d1mczl3, d1mczm1, d1mczm3, d1mczn1, d1mczn3, d1mczo1, d1mczo3, d1mczp1, d1mczp3

Domain d1mczk2: 1mcz K:2-181 [78983]
Other proteins in same PDB: d1mcza1, d1mcza3, d1mczb1, d1mczb3, d1mczc1, d1mczc3, d1mczd1, d1mczd3, d1mcze1, d1mcze3, d1mczf1, d1mczf3, d1mczg1, d1mczg3, d1mczh1, d1mczh3, d1mczi1, d1mczi3, d1mczj1, d1mczj3, d1mczk1, d1mczk3, d1mczl1, d1mczl3, d1mczm1, d1mczm3, d1mczn1, d1mczn3, d1mczo1, d1mczo3, d1mczp1, d1mczp3

Domain d1mczl2: 1mcz L:2-181 [78986]
Other proteins in same PDB: d1mcza1, d1mcza3, d1mczb1, d1mczb3, d1mczc1, d1mczc3, d1mczd1, d1mczd3, d1mcze1, d1mcze3, d1mczf1, d1mczf3, d1mczg1, d1mczg3, d1mczh1, d1mczh3, d1mczi1, d1mczi3, d1mczj1, d1mczj3, d1mczk1, d1mczk3, d1mczl1, d1mczl3, d1mczm1, d1mczm3, d1mczn1, d1mczn3, d1mczo1, d1mczo3, d1mczp1, d1mczp3

Domain d1mczm2: 1mcz M:2-181 [78989]
Other proteins in same PDB: d1mcza1, d1mcza3, d1mczb1, d1mczb3, d1mczc1, d1mczc3, d1mczd1, d1mczd3, d1mcze1, d1mcze3, d1mczf1, d1mczf3, d1mczg1, d1mczg3, d1mczh1, d1mczh3, d1mczi1, d1mczi3, d1mczj1, d1mczj3, d1mczk1, d1mczk3, d1mczl1, d1mczl3, d1mczm1, d1mczm3, d1mczn1, d1mczn3, d1mczo1, d1mczo3, d1mczp1, d1mczp3

Domain d1mczn2: 1mcz N:2-181 [78992]
Other proteins in same PDB: d1mcza1, d1mcza3, d1mczb1, d1mczb3, d1mczc1, d1mczc3, d1mczd1, d1mczd3, d1mcze1, d1mcze3, d1mczf1, d1mczf3, d1mczg1, d1mczg3, d1mczh1, d1mczh3, d1mczi1, d1mczi3, d1mczj1, d1mczj3, d1mczk1, d1mczk3, d1mczl1, d1mczl3, d1mczm1, d1mczm3, d1mczn1, d1mczn3, d1mczo1, d1mczo3, d1mczp1, d1mczp3

Domain d1mczo2: 1mcz O:2-181 [78995]
Other proteins in same PDB: d1mcza1, d1mcza3, d1mczb1, d1mczb3, d1mczc1, d1mczc3, d1mczd1, d1mczd3, d1mcze1, d1mcze3, d1mczf1, d1mczf3, d1mczg1, d1mczg3, d1mczh1, d1mczh3, d1mczi1, d1mczi3, d1mczj1, d1mczj3, d1mczk1, d1mczk3, d1mczl1, d1mczl3, d1mczm1, d1mczm3, d1mczn1, d1mczn3, d1mczo1, d1mczo3, d1mczp1, d1mczp3

Domain d1mczp2: 1mcz P:2-181 [78998]
Other proteins in same PDB: d1mcza1, d1mcza3, d1mczb1, d1mczb3, d1mczc1, d1mczc3, d1mczd1, d1mczd3, d1mcze1, d1mcze3, d1mczf1, d1mczf3, d1mczg1, d1mczg3, d1mczh1, d1mczh3, d1mczi1, d1mczi3, d1mczj1, d1mczj3, d1mczk1, d1mczk3, d1mczl1, d1mczl3, d1mczm1, d1mczm3, d1mczn1, d1mczn3, d1mczo1, d1mczo3, d1mczp1, d1mczp3
complexed with mg, rmn, tdp

Domain(s) for 1pi3:
- Domain d1pi3a2: 1pi3 A:2-181 [111634]
  Other proteins in same PDB: d1pi3a1, d1pi3a3
  complexed with ca, mg, tdp; mutant
Domain(s) for 1po7:
- Domain d1po7a2: 1po7 A:2-181 [111637]
  Other proteins in same PDB: d1po7a1, d1po7a3
  complexed with ca, mg, tdp; mutant
Domain(s) for 1q6z:
- Domain d1q6za2: 1q6z A:2-181 [111656]
  Other proteins in same PDB: d1q6za1, d1q6za3
  complexed with ca, mg, tdp; mutant
Domain(s) for 1yno:
- Domain d1ynoa2: 1yno A:2-181 [123748]
  Other proteins in same PDB: d1ynoa1, d1ynoa3
  automatically matched to d1bfd_2
  complexed with ca, mg, tzd
Domain(s) for 2fn3:
- Domain d2fn3a2: 2fn3 A:2-181 [133804]
  Other proteins in same PDB: d2fn3a1, d2fn3a3
  automatically matched to d1bfd_2
  complexed with ca, mg, tzd; mutant
Domain(s) for 2fwn:
- Domain d2fwna2: 2fwn A:2-181 [134250]
  Other proteins in same PDB: d2fwna1, d2fwna3
  automatically matched to d1bfd_2
  complexed with ca, mg, tdp

Domain(s) for 2v3w:

Domain d2v3wa2: 2v3w A:2-181 [152466]
Other proteins in same PDB: d2v3wa1, d2v3wa3, d2v3wb1, d2v3wb3, d2v3wc1, d2v3wc3, d2v3wd1, d2v3wd3
automatically matched to d1bfda2
complexed with mg, so4, tpp; mutant

Domain d2v3wb2: 2v3w B:2-181 [152469]
Other proteins in same PDB: d2v3wa1, d2v3wa3, d2v3wb1, d2v3wb3, d2v3wc1, d2v3wc3, d2v3wd1, d2v3wd3
automatically matched to d1bfda2
complexed with mg, so4, tpp; mutant

Domain d2v3wc2: 2v3w C:2-181 [152472]
Other proteins in same PDB: d2v3wa1, d2v3wa3, d2v3wb1, d2v3wb3, d2v3wc1, d2v3wc3, d2v3wd1, d2v3wd3
automatically matched to d1bfda2
complexed with mg, so4, tpp; mutant

Domain d2v3wd2: 2v3w D:2-181 [152475]
Other proteins in same PDB: d2v3wa1, d2v3wa3, d2v3wb1, d2v3wb3, d2v3wc1, d2v3wc3, d2v3wd1, d2v3wd3
automatically matched to d1bfda2
complexed with mg, so4, tpp; mutant

More info for Species Pseudomonas putida [TaxId:303] from c.36.1.5 Benzoylformate decarboxylase

Timeline for Species Pseudomonas putida [TaxId:303] from c.36.1.5 Benzoylformate decarboxylase:

Species Pseudomonas putida [TaxId:303] from c.36.1.5 Benzoylformate decarboxylase first appeared in SCOP 1.65
Species Pseudomonas putida [TaxId:303] from c.36.1.5 Benzoylformate decarboxylase appears in SCOP 1.73
Species Pseudomonas putida [TaxId:303] from c.36.1.5 Benzoylformate decarboxylase appears in SCOPe 2.01
Species Pseudomonas putida [TaxId:303] from c.36.1.5 Benzoylformate decarboxylase appears in the current release, SCOPe 2.08