Lineage for Species: Human (Homo sapiens), cluster 1 [TaxId: 9606]

  1. Root: SCOP 1.75
  2. 781541Class b: All beta proteins [48724] (174 folds)
  3. 781542Fold b.1: Immunoglobulin-like beta-sandwich [48725] (28 superfamilies)
    sandwich; 7 strands in 2 sheets; greek-key
    some members of the fold have additional strands
  4. 781543Superfamily b.1.1: Immunoglobulin [48726] (4 families) (S)
  5. 781544Family b.1.1.1: V set domains (antibody variable domain-like) [48727] (32 proteins)
  6. 782637Protein Immunoglobulin light chain kappa variable domain, VL-kappa [88519] (16 species)
    VL-kappa domains of human and mouse antibodies are clustered by the sequence similarity within the germline encoded segment and then by the size of the complementarity determining regions CDR1 and CDR2, so the clusters may correspond to putative germline families in the species genomes; VL-kappa domains with artificial or grafted exogenous CDRs are listed as engineered species
  7. 782719Species Human (Homo sapiens), cluster 1 [TaxId:9606] [88520] (18 PDB entries)

PDB entries in Species: Human (Homo sapiens), cluster 1 [TaxId: 9606]:

  1. Domain(s) for 1ar2:
    • 782761Domain d1ar2a_: 1ar2 A: [20522]
      VL of Bence-Jones protein REI; disulfide-free mutant
  2. Domain(s) for 1b0w:
    1. 782725Domain d1b0wa_: 1b0w A: [20532]
      VL dimer of Bence-Jones protein BRE
    2. 782726Domain d1b0wb_: 1b0w B: [20533]
      VL dimer of Bence-Jones protein BRE
    3. 782727Domain d1b0wc_: 1b0w C: [20534]
      VL dimer of Bence-Jones protein BRE
  3. Domain(s) for 1b6d:
    1. 782747Domain d1b6da1: 1b6d A:1-107 [20603]
      Other proteins in same PDB: d1b6da2, d1b6db2
      part of Bence-Jones protein DEL
    2. 782748Domain d1b6db1: 1b6d B:1-107 [20604]
      Other proteins in same PDB: d1b6da2, d1b6db2
      part of Bence-Jones protein DEL
  4. Domain(s) for 1bre:
    1. 782735Domain d1brea_: 1bre A: [20538]
      VL dimer of Bence-Jones protein BRE
    2. 782736Domain d1breb_: 1bre B: [20539]
      VL dimer of Bence-Jones protein BRE
    3. 782737Domain d1brec_: 1bre C: [20540]
      VL dimer of Bence-Jones protein BRE
    4. 782738Domain d1bred_: 1bre D: [20541]
      VL dimer of Bence-Jones protein BRE
    5. 782739Domain d1bree_: 1bre E: [20542]
      VL dimer of Bence-Jones protein BRE
    6. 782740Domain d1bref_: 1bre F: [20543]
      VL dimer of Bence-Jones protein BRE
  5. Domain(s) for 1bww:
    1. 782720Domain d1bwwa_: 1bww A: [20518]
      VL dimer of Bence-Jones protein REI
    2. 782721Domain d1bwwb_: 1bww B: [20519]
      VL dimer of Bence-Jones protein REI
      mutant
  6. Domain(s) for 1dee:
    1. 782744Domain d1deea1: 1dee A:1-107 [20442]
      Other proteins in same PDB: d1deea2, d1deeb1, d1deeb2, d1deec2, d1deed1, d1deed2, d1deee2, d1deef1, d1deef2, d1deeg_, d1deeh_
      part of IgM RF 2A2
    2. 782745Domain d1deec1: 1dee C:1001-1107 [20444]
      Other proteins in same PDB: d1deea2, d1deeb1, d1deeb2, d1deec2, d1deed1, d1deed2, d1deee2, d1deef1, d1deef2, d1deeg_, d1deeh_
      part of IgM RF 2A2
    3. 782746Domain d1deee1: 1dee E:2001-2107 [20446]
      Other proteins in same PDB: d1deea2, d1deeb1, d1deeb2, d1deec2, d1deed1, d1deed2, d1deee2, d1deef1, d1deef2, d1deeg_, d1deeh_
      part of IgM RF 2A2
  7. Domain(s) for 1dfb:
  8. Domain(s) for 1dql:
  9. Domain(s) for 1f6l:
  10. Domain(s) for 1hez:
    1. 782749Domain d1heza1: 1hez A:1-107 [60983]
      Other proteins in same PDB: d1heza2, d1hezb1, d1hezb2, d1hezc2, d1hezd1, d1hezd2, d1heze_
      part of IgM RF 2A2
    2. 782750Domain d1hezc1: 1hez C:1-107 [60987]
      Other proteins in same PDB: d1heza2, d1hezb1, d1hezb2, d1hezc2, d1hezd1, d1hezd2, d1heze_
      part of IgM RF 2A2
      complexed with imd
  11. Domain(s) for 1igm:
  12. Domain(s) for 1qp1:
    1. 782731Domain d1qp1a_: 1qp1 A: [20535]
      VL dimer of Bence-Jones protein BRE
    2. 782732Domain d1qp1b_: 1qp1 B: [20536]
      VL dimer of Bence-Jones protein BRE
    3. 782733Domain d1qp1c_: 1qp1 C: [20537]
      VL dimer of Bence-Jones protein BRE
  13. Domain(s) for 1rei:
    1. 782741Domain d1reia_: 1rei A: [20520]
      VL dimer of Bence-Jones protein REI
    2. 782742Domain d1reib_: 1rei B: [20521]
      VL dimer of Bence-Jones protein REI
  14. Domain(s) for 1rz7:
  15. Domain(s) for 1rzg:
    1. 782723Domain d1rzgb1: 1rzg B:1-107 [98156]
      Other proteins in same PDB: d1rzga1, d1rzga2, d1rzgb2, d1rzgc1, d1rzgc2, d1rzgd2
      part of anti HIV-1 gp120-reactive Fab 412D
    2. 782724Domain d1rzgd1: 1rzg D:1-107 [98160]
      Other proteins in same PDB: d1rzga1, d1rzga2, d1rzgb2, d1rzgc1, d1rzgc2, d1rzgd2
      part of anti HIV-1 gp120-reactive Fab 412D
      complexed with suc
  16. Domain(s) for 1rzi:
    1. 782753Domain d1rzia1: 1rzi A:2-107 [98166]
      Other proteins in same PDB: d1rzia2, d1rzib1, d1rzib2, d1rzic2, d1rzid1, d1rzid2, d1rzie2, d1rzif1, d1rzif2, d1rzig2, d1rzih1, d1rzih2, d1rzii2, d1rzij1, d1rzij2, d1rzik2, d1rzil1, d1rzil2, d1rzim2, d1rzin1, d1rzin2, d1rzio2, d1rzip1, d1rzip2
      part of anti HIV-1 gp120-reactive Fab 47E
    2. 782754Domain d1rzic1: 1rzi C:1-107 [98170]
      Other proteins in same PDB: d1rzia2, d1rzib1, d1rzib2, d1rzic2, d1rzid1, d1rzid2, d1rzie2, d1rzif1, d1rzif2, d1rzig2, d1rzih1, d1rzih2, d1rzii2, d1rzij1, d1rzij2, d1rzik2, d1rzil1, d1rzil2, d1rzim2, d1rzin1, d1rzin2, d1rzio2, d1rzip1, d1rzip2
      part of anti HIV-1 gp120-reactive Fab 47E
    3. 782755Domain d1rzie1: 1rzi E:2-107 [98174]
      Other proteins in same PDB: d1rzia2, d1rzib1, d1rzib2, d1rzic2, d1rzid1, d1rzid2, d1rzie2, d1rzif1, d1rzif2, d1rzig2, d1rzih1, d1rzih2, d1rzii2, d1rzij1, d1rzij2, d1rzik2, d1rzil1, d1rzil2, d1rzim2, d1rzin1, d1rzin2, d1rzio2, d1rzip1, d1rzip2
      part of anti HIV-1 gp120-reactive Fab 47E
    4. 782756Domain d1rzig1: 1rzi G:2-107 [98178]
      Other proteins in same PDB: d1rzia2, d1rzib1, d1rzib2, d1rzic2, d1rzid1, d1rzid2, d1rzie2, d1rzif1, d1rzif2, d1rzig2, d1rzih1, d1rzih2, d1rzii2, d1rzij1, d1rzij2, d1rzik2, d1rzil1, d1rzil2, d1rzim2, d1rzin1, d1rzin2, d1rzio2, d1rzip1, d1rzip2
      part of anti HIV-1 gp120-reactive Fab 47E
    5. 782757Domain d1rzii1: 1rzi I:2-107 [98182]
      Other proteins in same PDB: d1rzia2, d1rzib1, d1rzib2, d1rzic2, d1rzid1, d1rzid2, d1rzie2, d1rzif1, d1rzif2, d1rzig2, d1rzih1, d1rzih2, d1rzii2, d1rzij1, d1rzij2, d1rzik2, d1rzil1, d1rzil2, d1rzim2, d1rzin1, d1rzin2, d1rzio2, d1rzip1, d1rzip2
      part of anti HIV-1 gp120-reactive Fab 47E
    6. 782758Domain d1rzik1: 1rzi K:2-107 [98186]
      Other proteins in same PDB: d1rzia2, d1rzib1, d1rzib2, d1rzic2, d1rzid1, d1rzid2, d1rzie2, d1rzif1, d1rzif2, d1rzig2, d1rzih1, d1rzih2, d1rzii2, d1rzij1, d1rzij2, d1rzik2, d1rzil1, d1rzil2, d1rzim2, d1rzin1, d1rzin2, d1rzio2, d1rzip1, d1rzip2
      part of anti HIV-1 gp120-reactive Fab 47E
    7. 782759Domain d1rzim1: 1rzi M:2-107 [98190]
      Other proteins in same PDB: d1rzia2, d1rzib1, d1rzib2, d1rzic2, d1rzid1, d1rzid2, d1rzie2, d1rzif1, d1rzif2, d1rzig2, d1rzih1, d1rzih2, d1rzii2, d1rzij1, d1rzij2, d1rzik2, d1rzil1, d1rzil2, d1rzim2, d1rzin1, d1rzin2, d1rzio2, d1rzip1, d1rzip2
      part of anti HIV-1 gp120-reactive Fab 47E
    8. 782760Domain d1rzio1: 1rzi O:2-107 [98194]
      Other proteins in same PDB: d1rzia2, d1rzib1, d1rzib2, d1rzic2, d1rzid1, d1rzid2, d1rzie2, d1rzif1, d1rzif2, d1rzig2, d1rzih1, d1rzih2, d1rzii2, d1rzij1, d1rzij2, d1rzik2, d1rzil1, d1rzil2, d1rzim2, d1rzin1, d1rzin2, d1rzio2, d1rzip1, d1rzip2
      part of anti HIV-1 gp120-reactive Fab 47E
  17. Domain(s) for 1vge:
  18. Domain(s) for 1wtl:
    1. 782728Domain d1wtla_: 1wtl A: [20530]
      VL dimer of Bence-Jones protein WAT
    2. 782729Domain d1wtlb_: 1wtl B: [20531]
      VL dimer of Bence-Jones protein WAT

More info for Species Human (Homo sapiens), cluster 1 [TaxId:9606] from b.1.1.1 Immunoglobulin light chain kappa variable domain, VL-kappa

Timeline for Species Human (Homo sapiens), cluster 1 [TaxId:9606] from b.1.1.1 Immunoglobulin light chain kappa variable domain, VL-kappa: