Lineage for Protein: Nitrogenase iron-molybdenum protein, beta chain

  1. Root: SCOP 1.63
  2. 235644Class c: Alpha and beta proteins (a/b) [51349] (117 folds)
  3. 250478Fold c.92: Chelatase-like [53799] (2 superfamilies)
    duplication: tandem repeat of two domains; 3 layers (a/b/a); parallel beta-sheet of 4 strands, order 2134
  4. 250499Superfamily c.92.2: "Helical backbone" metal receptor [53807] (3 families) (S)
    contains a long alpha helical insertion in the interdomain linker
  5. 250520Family c.92.2.3: Nitrogenase iron-molybdenum protein [53816] (2 proteins)
    contains three domains of this fold; "Helical backbone" holds domains 2 and 3
    both chains are homologous; the interchain arrangment of domains 1 is similar to the intrachain arrangement of domains 2 and 3
  6. 250560Protein Nitrogenase iron-molybdenum protein, beta chain [81401] (3 species)
    both chains are homologous; the interchain arrangment of domains 1 is similar to the intrachain arrangement of domains 2 and 3

Species:

  1. 250561Azotobacter vinelandii [TaxId:354] [81397] (10 PDB entries)
    1. Domains for 1fp4:
      1. 250576Domain d1fp4b_: 1fp4 B: [76188]
        Other proteins in same PDB: d1fp4a_, d1fp4c_
      2. 250577Domain d1fp4d_: 1fp4 D: [76190]
        Other proteins in same PDB: d1fp4a_, d1fp4c_
        complexed with ca, cfm, clp, hca; mutant
    2. Domains for 1g20:
      1. 250570Domain d1g20b_: 1g20 B: [35614]
        Other proteins in same PDB: d1g20a_, d1g20c_, d1g20e_, d1g20f_, d1g20g_, d1g20h_
      2. 250571Domain d1g20d_: 1g20 D: [35616]
        Other proteins in same PDB: d1g20a_, d1g20c_, d1g20e_, d1g20f_, d1g20g_, d1g20h_
        complexed with ca, cfm, clf, fs4, hca
    3. Domains for 1g21:
      1. 250581Domain d1g21b_: 1g21 B: [35622]
        Other proteins in same PDB: d1g21a_, d1g21c_, d1g21e_, d1g21f_, d1g21g_, d1g21h_
      2. 250582Domain d1g21d_: 1g21 D: [35624]
        Other proteins in same PDB: d1g21a_, d1g21c_, d1g21e_, d1g21f_, d1g21g_, d1g21h_
        complexed with atp, ca, cfm, clf, fs4, hca, mg
    4. Domain for 1l5h:
      • 250578Domain d1l5hb_: 1l5h B: [73591]
        Other proteins in same PDB: d1l5ha_
        FeMo-cofactor deficient
        complexed with ca, clf
    5. Domains for 1m1n:
      1. 250562Domain d1m1nb_: 1m1n B: [78418]
        Other proteins in same PDB: d1m1na_, d1m1nc_, d1m1ne_, d1m1ng_
      2. 250563Domain d1m1nd_: 1m1n D: [78420]
        Other proteins in same PDB: d1m1na_, d1m1nc_, d1m1ne_, d1m1ng_
      3. 250564Domain d1m1nf_: 1m1n F: [78422]
        Other proteins in same PDB: d1m1na_, d1m1nc_, d1m1ne_, d1m1ng_
      4. 250565Domain d1m1nh_: 1m1n H: [78424]
        Other proteins in same PDB: d1m1na_, d1m1nc_, d1m1ne_, d1m1ng_
        complexed with ca, cfn, clf, hca
    6. Domains for 1m1y:
      1. 250583Domain d1m1yb_: 1m1y B: [78442]
        Other proteins in same PDB: d1m1ya_, d1m1yc_, d1m1ye_, d1m1yf_, d1m1yg_, d1m1yh_, d1m1yi_, d1m1yk_, d1m1ym_, d1m1yn_, d1m1yo_, d1m1yp_
      2. 250584Domain d1m1yd_: 1m1y D: [78444]
        Other proteins in same PDB: d1m1ya_, d1m1yc_, d1m1ye_, d1m1yf_, d1m1yg_, d1m1yh_, d1m1yi_, d1m1yk_, d1m1ym_, d1m1yn_, d1m1yo_, d1m1yp_
      3. 250585Domain d1m1yj_: 1m1y J: [78450]
        Other proteins in same PDB: d1m1ya_, d1m1yc_, d1m1ye_, d1m1yf_, d1m1yg_, d1m1yh_, d1m1yi_, d1m1yk_, d1m1ym_, d1m1yn_, d1m1yo_, d1m1yp_
      4. 250586Domain d1m1yl_: 1m1y L: [78452]
        Other proteins in same PDB: d1m1ya_, d1m1yc_, d1m1ye_, d1m1yf_, d1m1yg_, d1m1yh_, d1m1yi_, d1m1yk_, d1m1ym_, d1m1yn_, d1m1yo_, d1m1yp_
        chemically crosslinked structure
        complexed with ca, cfm, clf, fs4, hca
    7. Domains for 1m34:
      1. 250572Domain d1m34b_: 1m34 B: [78516]
        Other proteins in same PDB: d1m34a_, d1m34c_, d1m34e_, d1m34f_, d1m34g_, d1m34h_, d1m34i_, d1m34k_, d1m34m_, d1m34n_, d1m34o_, d1m34p_
      2. 250573Domain d1m34d_: 1m34 D: [78518]
        Other proteins in same PDB: d1m34a_, d1m34c_, d1m34e_, d1m34f_, d1m34g_, d1m34h_, d1m34i_, d1m34k_, d1m34m_, d1m34n_, d1m34o_, d1m34p_
      3. 250574Domain d1m34j_: 1m34 J: [78524]
        Other proteins in same PDB: d1m34a_, d1m34c_, d1m34e_, d1m34f_, d1m34g_, d1m34h_, d1m34i_, d1m34k_, d1m34m_, d1m34n_, d1m34o_, d1m34p_
      4. 250575Domain d1m34l_: 1m34 L: [78526]
        Other proteins in same PDB: d1m34a_, d1m34c_, d1m34e_, d1m34f_, d1m34g_, d1m34h_, d1m34i_, d1m34k_, d1m34m_, d1m34n_, d1m34o_, d1m34p_
        complexed with adp, alf, ca, cfm, clf, fs4, hca, mg
    8. Domains for 1n2c:
      1. 250579Domain d1n2cb_: 1n2c B: [35618]
        Other proteins in same PDB: d1n2ca_, d1n2cc_, d1n2ce_, d1n2cf_, d1n2cg_, d1n2ch_
      2. 250580Domain d1n2cd_: 1n2c D: [35620]
        Other proteins in same PDB: d1n2ca_, d1n2cc_, d1n2ce_, d1n2cf_, d1n2cg_, d1n2ch_
        complexed with adp, alf, ca, cfm, clf, fs4, hca, mg
    9. Domains for 2min:
      1. 250566Domain d2minb_: 2min B: [35610]
        Other proteins in same PDB: d2mina_, d2minc_
      2. 250567Domain d2mind_: 2min D: [35612]
        Other proteins in same PDB: d2mina_, d2minc_
        complexed with ca, cfm, clf, hca
    10. Domains for 3min:
      1. 250568Domain d3minb_: 3min B: [35606]
        Other proteins in same PDB: d3mina_, d3minc_
      2. 250569Domain d3mind_: 3min D: [35608]
        Other proteins in same PDB: d3mina_, d3minc_
        complexed with ca, cfm, clf, hca
  2. 250587Clostridium pasteurianum [TaxId:1501] [81395] (1 PDB entry)
  3. 250590Klebsiella pneumoniae [TaxId:573] [81399] (4 PDB entries)
    1. Domains for 1h1l:
      1. 250597Domain d1h1lb_: 1h1l B: [70852]
        Other proteins in same PDB: d1h1la_, d1h1lc_
      2. 250598Domain d1h1ld_: 1h1l D: [70854]
        Other proteins in same PDB: d1h1la_, d1h1lc_
        complexed with cfm, cit, cl, clf, mg; mutant
    2. Domains for 1qgu:
      1. 250591Domain d1qgub_: 1qgu B: [35626]
        Other proteins in same PDB: d1qgua_, d1qguc_
      2. 250592Domain d1qgud_: 1qgu D: [35628]
        Other proteins in same PDB: d1qgua_, d1qguc_
    3. Domains for 1qh1:
      1. 250593Domain d1qh1b_: 1qh1 B: [35630]
        Other proteins in same PDB: d1qh1a_, d1qh1c_
      2. 250594Domain d1qh1d_: 1qh1 D: [35632]
        Other proteins in same PDB: d1qh1a_, d1qh1c_
    4. Domains for 1qh8:
      1. 250595Domain d1qh8b_: 1qh8 B: [35634]
        Other proteins in same PDB: d1qh8a_, d1qh8c_
      2. 250596Domain d1qh8d_: 1qh8 D: [35636]
        Other proteins in same PDB: d1qh8a_, d1qh8c_

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