Lineage for Species: Human (Homo sapiens), cluster 3.2 [TaxId: 9606]

  1. Root: SCOPe 2.08
  2. Class b: All beta proteins [48724] (180 folds)
  3. Fold b.1: Immunoglobulin-like beta-sandwich [48725] (33 superfamilies)
    sandwich; 7 strands in 2 sheets; greek-key
    some members of the fold have additional strands
  4. Superfamily b.1.1: Immunoglobulin [48726] (5 families) (S)
  5. Family b.1.1.1: V set domains (antibody variable domain-like) [48727] (33 proteins)
  6. Protein Immunoglobulin light chain kappa variable domain, VL-kappa [88519] (16 species)
    VL-kappa domains of human and mouse antibodies are clustered by the sequence similarity within the germline encoded segment and then by the size of the complementarity determining regions CDR1 and CDR2, so the clusters may correspond to putative germline families in the species genomes; VL-kappa domains with artificial or grafted exogenous CDRs are listed as engineered species
  7. Species Human (Homo sapiens), cluster 3.2 [TaxId:9606] [88523] (31 PDB entries)

PDB entries in Species: Human (Homo sapiens), cluster 3.2 [TaxId: 9606]:

  1. Domain(s) for 1g9m:
  2. Domain(s) for 1g9n:
  3. Domain(s) for 1gc1:
  4. Domain(s) for 1rhh:
    1. Domain d1rhha1: 1rhh A:1-106A [97473]
      Other proteins in same PDB: d1rhha2, d1rhhb1, d1rhhb2, d1rhhc2, d1rhhd1, d1rhhd2
      part of HIV-1 neutralizing Fab x5
    2. Domain d1rhhc1: 1rhh C:1-106A [97477]
      Other proteins in same PDB: d1rhha2, d1rhhb1, d1rhhb2, d1rhhc2, d1rhhd1, d1rhhd2
      part of HIV-1 neutralizing Fab x5
  5. Domain(s) for 1rz8:
    1. Domain d1rz8a1: 1rz8 A:1-109 [98137]
      Other proteins in same PDB: d1rz8a2, d1rz8b1, d1rz8b2, d1rz8c2, d1rz8d1, d1rz8d2
      part of anti HIV-1 gp120 Fab 17B
    2. Domain d1rz8c1: 1rz8 C:1-109 [98141]
      Other proteins in same PDB: d1rz8a2, d1rz8b1, d1rz8b2, d1rz8c2, d1rz8d1, d1rz8d2
      part of anti HIV-1 gp120 Fab 17B
  6. Domain(s) for 1rzj:
  7. Domain(s) for 1rzk:
  8. Domain(s) for 1y0l:
    1. Domain d1y0la1: 1y0l A:1-107 [122486]
      Other proteins in same PDB: d1y0la2, d1y0lb1, d1y0lb2, d1y0lc2, d1y0ld1, d1y0ld2, d1y0le2, d1y0lf1, d1y0lf2, d1y0lh1, d1y0lh2, d1y0ll2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with cl, han
    2. Domain d1y0lc1: 1y0l C:1-107 [122490]
      Other proteins in same PDB: d1y0la2, d1y0lb1, d1y0lb2, d1y0lc2, d1y0ld1, d1y0ld2, d1y0le2, d1y0lf1, d1y0lf2, d1y0lh1, d1y0lh2, d1y0ll2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with cl, han
    3. Domain d1y0le1: 1y0l E:1-107 [122494]
      Other proteins in same PDB: d1y0la2, d1y0lb1, d1y0lb2, d1y0lc2, d1y0ld1, d1y0ld2, d1y0le2, d1y0lf1, d1y0lf2, d1y0lh1, d1y0lh2, d1y0ll2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with cl, han
    4. Domain d1y0ll1: 1y0l L:1-107 [122500]
      Other proteins in same PDB: d1y0la2, d1y0lb1, d1y0lb2, d1y0lc2, d1y0ld1, d1y0ld2, d1y0le2, d1y0lf1, d1y0lf2, d1y0lh1, d1y0lh2, d1y0ll2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with cl, han
  9. Domain(s) for 1y18:
    1. Domain d1y18a1: 1y18 A:1-107 [122521]
      Other proteins in same PDB: d1y18a2, d1y18b1, d1y18b2, d1y18c2, d1y18d1, d1y18d2, d1y18e2, d1y18f1, d1y18f2, d1y18h1, d1y18h2, d1y18l2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with cl, han; mutant
    2. Domain d1y18c1: 1y18 C:1-107 [122525]
      Other proteins in same PDB: d1y18a2, d1y18b1, d1y18b2, d1y18c2, d1y18d1, d1y18d2, d1y18e2, d1y18f1, d1y18f2, d1y18h1, d1y18h2, d1y18l2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with cl, han; mutant
    3. Domain d1y18e1: 1y18 E:1-107 [122529]
      Other proteins in same PDB: d1y18a2, d1y18b1, d1y18b2, d1y18c2, d1y18d1, d1y18d2, d1y18e2, d1y18f1, d1y18f2, d1y18h1, d1y18h2, d1y18l2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with cl, han; mutant
    4. Domain d1y18l1: 1y18 L:1-107 [122535]
      Other proteins in same PDB: d1y18a2, d1y18b1, d1y18b2, d1y18c2, d1y18d1, d1y18d2, d1y18e2, d1y18f1, d1y18f2, d1y18h1, d1y18h2, d1y18l2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with cl, han; mutant
  10. Domain(s) for 1yyl:
    1. Domain d1yyll1: 1yyl L:1-107 [124225]
      Other proteins in same PDB: d1yylg_, d1yylh1, d1yylh2, d1yyll2, d1yylm1, d1yylp_, d1yylq2, d1yylr1, d1yylr2, d1yyls1
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with nag
    2. Domain d1yylq1: 1yyl Q:1001-1107 [124228]
      Other proteins in same PDB: d1yylg_, d1yylh1, d1yylh2, d1yyll2, d1yylm1, d1yylp_, d1yylq2, d1yylr1, d1yylr2, d1yyls1
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with nag
  11. Domain(s) for 1yym:
    1. Domain d1yyml1: 1yym L:1-107 [124235]
      Other proteins in same PDB: d1yymg_, d1yymh1, d1yymh2, d1yyml2, d1yymm1, d1yymp_, d1yymq2, d1yymr1, d1yymr2, d1yyms1
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with edo, ipa, nag
    2. Domain d1yymq1: 1yym Q:1001-1107 [124238]
      Other proteins in same PDB: d1yymg_, d1yymh1, d1yymh2, d1yyml2, d1yymm1, d1yymp_, d1yymq2, d1yymr1, d1yymr2, d1yyms1
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with edo, ipa, nag
  12. Domain(s) for 2b4c:
  13. Domain(s) for 2fx7:
  14. Domain(s) for 2fx8:
    1. Domain d2fx8l1: 2fx8 L:1-107 [134288]
      Other proteins in same PDB: d2fx8h1, d2fx8h2, d2fx8i1, d2fx8i2, d2fx8j1, d2fx8j2, d2fx8k1, d2fx8k2, d2fx8l2, d2fx8m2, d2fx8n2, d2fx8o2
      automatically matched to d1rhha1
    2. Domain d2fx8m1: 2fx8 M:1-107 [134290]
      Other proteins in same PDB: d2fx8h1, d2fx8h2, d2fx8i1, d2fx8i2, d2fx8j1, d2fx8j2, d2fx8k1, d2fx8k2, d2fx8l2, d2fx8m2, d2fx8n2, d2fx8o2
      automatically matched to d1rhha1
    3. Domain d2fx8n1: 2fx8 N:1-107 [134292]
      Other proteins in same PDB: d2fx8h1, d2fx8h2, d2fx8i1, d2fx8i2, d2fx8j1, d2fx8j2, d2fx8k1, d2fx8k2, d2fx8l2, d2fx8m2, d2fx8n2, d2fx8o2
      automatically matched to d1rhha1
    4. Domain d2fx8o1: 2fx8 O:1-107 [134294]
      Other proteins in same PDB: d2fx8h1, d2fx8h2, d2fx8i1, d2fx8i2, d2fx8j1, d2fx8j2, d2fx8k1, d2fx8k2, d2fx8l2, d2fx8m2, d2fx8n2, d2fx8o2
      automatically matched to d1rhha1
  15. Domain(s) for 2fx9:
    1. Domain d2fx9l1: 2fx9 L:1-107 [134300]
      Other proteins in same PDB: d2fx9h1, d2fx9h2, d2fx9i1, d2fx9i2, d2fx9l2, d2fx9m2
      automatically matched to d1rhha1
    2. Domain d2fx9m1: 2fx9 M:1-107 [134302]
      Other proteins in same PDB: d2fx9h1, d2fx9h2, d2fx9i1, d2fx9i2, d2fx9l2, d2fx9m2
      automatically matched to d1rhha1
  16. Domain(s) for 2i5y:
    1. Domain d2i5yl1: 2i5y L:1-107 [137074]
      Other proteins in same PDB: d2i5yg2, d2i5yg3, d2i5yh1, d2i5yh2, d2i5yl2, d2i5ym1, d2i5yp2, d2i5yp3, d2i5yq2, d2i5yr1, d2i5yr2, d2i5ys1
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with nag
    2. Domain d2i5yq1: 2i5y Q:1-107 [137077]
      Other proteins in same PDB: d2i5yg2, d2i5yg3, d2i5yh1, d2i5yh2, d2i5yl2, d2i5ym1, d2i5yp2, d2i5yp3, d2i5yq2, d2i5yr1, d2i5yr2, d2i5ys1
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with nag
  17. Domain(s) for 2i60:
    1. Domain d2i60l1: 2i60 L:1-107 [137084]
      Other proteins in same PDB: d2i60g_, d2i60h1, d2i60h2, d2i60l2, d2i60m1, d2i60p2, d2i60p3, d2i60q2, d2i60r1, d2i60r2, d2i60s1
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with ipa, nag
    2. Domain d2i60q1: 2i60 Q:1-107 [137087]
      Other proteins in same PDB: d2i60g_, d2i60h1, d2i60h2, d2i60l2, d2i60m1, d2i60p2, d2i60p3, d2i60q2, d2i60r1, d2i60r2, d2i60s1
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with ipa, nag
  18. Domain(s) for 2nxy:
  19. Domain(s) for 2nxz:
  20. Domain(s) for 2ny0:
  21. Domain(s) for 2ny1:
  22. Domain(s) for 2ny2:
  23. Domain(s) for 2ny3:
  24. Domain(s) for 2ny4:
  25. Domain(s) for 2ny5:
  26. Domain(s) for 2ny6:
  27. Domain(s) for 2qr0:
    1. Domain d2qr0a1: 2qr0 A:1-107 [151234]
      Other proteins in same PDB: d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0c1, d2qr0d1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0i1, d2qr0j1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0o1, d2qr0p1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0u1, d2qr0v1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2
      automatically matched to d1g9ml1
    2. Domain d2qr0e1: 2qr0 E:1-107 [151240]
      Other proteins in same PDB: d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0c1, d2qr0d1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0i1, d2qr0j1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0o1, d2qr0p1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0u1, d2qr0v1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2
      automatically matched to d1g9ml1
    3. Domain d2qr0g1: 2qr0 G:1-107 [151244]
      Other proteins in same PDB: d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0c1, d2qr0d1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0i1, d2qr0j1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0o1, d2qr0p1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0u1, d2qr0v1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2
      automatically matched to d1g9ml1
    4. Domain d2qr0k1: 2qr0 K:1-107 [151250]
      Other proteins in same PDB: d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0c1, d2qr0d1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0i1, d2qr0j1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0o1, d2qr0p1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0u1, d2qr0v1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2
      automatically matched to d1g9ml1
    5. Domain d2qr0m1: 2qr0 M:1-107 [151254]
      Other proteins in same PDB: d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0c1, d2qr0d1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0i1, d2qr0j1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0o1, d2qr0p1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0u1, d2qr0v1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2
      automatically matched to d1g9ml1
    6. Domain d2qr0q1: 2qr0 Q:1-107 [151260]
      Other proteins in same PDB: d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0c1, d2qr0d1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0i1, d2qr0j1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0o1, d2qr0p1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0u1, d2qr0v1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2
      automatically matched to d1g9ml1
    7. Domain d2qr0s1: 2qr0 S:1-107 [151264]
      Other proteins in same PDB: d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0c1, d2qr0d1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0i1, d2qr0j1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0o1, d2qr0p1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0u1, d2qr0v1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2
      automatically matched to d1g9ml1
    8. Domain d2qr0w1: 2qr0 W:1-107 [151270]
      Other proteins in same PDB: d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0c1, d2qr0d1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0i1, d2qr0j1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0o1, d2qr0p1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0u1, d2qr0v1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2
      automatically matched to d1g9ml1
  28. Domain(s) for 2qsc:
  29. Domain(s) for 3cfk:
    1. Domain d3cfka1: 3cfk A:1-107 [156581]
      Other proteins in same PDB: d3cfka2, d3cfkb1, d3cfkb2, d3cfkc2, d3cfkd1, d3cfkd2, d3cfke2, d3cfkf1, d3cfkf2, d3cfkg2, d3cfkh1, d3cfkh2, d3cfki1, d3cfki2, d3cfkj2, d3cfkk1, d3cfkk2, d3cfkl2, d3cfkm2, d3cfkn1, d3cfkn2, d3cfko2, d3cfkp1, d3cfkp2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with b3p, cd, gol
    2. Domain d3cfkc1: 3cfk C:1-107 [156585]
      Other proteins in same PDB: d3cfka2, d3cfkb1, d3cfkb2, d3cfkc2, d3cfkd1, d3cfkd2, d3cfke2, d3cfkf1, d3cfkf2, d3cfkg2, d3cfkh1, d3cfkh2, d3cfki1, d3cfki2, d3cfkj2, d3cfkk1, d3cfkk2, d3cfkl2, d3cfkm2, d3cfkn1, d3cfkn2, d3cfko2, d3cfkp1, d3cfkp2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with b3p, cd, gol
    3. Domain d3cfke1: 3cfk E:1-107 [156589]
      Other proteins in same PDB: d3cfka2, d3cfkb1, d3cfkb2, d3cfkc2, d3cfkd1, d3cfkd2, d3cfke2, d3cfkf1, d3cfkf2, d3cfkg2, d3cfkh1, d3cfkh2, d3cfki1, d3cfki2, d3cfkj2, d3cfkk1, d3cfkk2, d3cfkl2, d3cfkm2, d3cfkn1, d3cfkn2, d3cfko2, d3cfkp1, d3cfkp2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with b3p, cd, gol
    4. Domain d3cfkg1: 3cfk G:1-107 [156593]
      Other proteins in same PDB: d3cfka2, d3cfkb1, d3cfkb2, d3cfkc2, d3cfkd1, d3cfkd2, d3cfke2, d3cfkf1, d3cfkf2, d3cfkg2, d3cfkh1, d3cfkh2, d3cfki1, d3cfki2, d3cfkj2, d3cfkk1, d3cfkk2, d3cfkl2, d3cfkm2, d3cfkn1, d3cfkn2, d3cfko2, d3cfkp1, d3cfkp2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with b3p, cd, gol
    5. Domain d3cfkj1: 3cfk J:1-107 [156599]
      Other proteins in same PDB: d3cfka2, d3cfkb1, d3cfkb2, d3cfkc2, d3cfkd1, d3cfkd2, d3cfke2, d3cfkf1, d3cfkf2, d3cfkg2, d3cfkh1, d3cfkh2, d3cfki1, d3cfki2, d3cfkj2, d3cfkk1, d3cfkk2, d3cfkl2, d3cfkm2, d3cfkn1, d3cfkn2, d3cfko2, d3cfkp1, d3cfkp2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with b3p, cd, gol
    6. Domain d3cfkl1: 3cfk L:1-107 [156603]
      Other proteins in same PDB: d3cfka2, d3cfkb1, d3cfkb2, d3cfkc2, d3cfkd1, d3cfkd2, d3cfke2, d3cfkf1, d3cfkf2, d3cfkg2, d3cfkh1, d3cfkh2, d3cfki1, d3cfki2, d3cfkj2, d3cfkk1, d3cfkk2, d3cfkl2, d3cfkm2, d3cfkn1, d3cfkn2, d3cfko2, d3cfkp1, d3cfkp2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with b3p, cd, gol
    7. Domain d3cfkm1: 3cfk M:1-107 [156605]
      Other proteins in same PDB: d3cfka2, d3cfkb1, d3cfkb2, d3cfkc2, d3cfkd1, d3cfkd2, d3cfke2, d3cfkf1, d3cfkf2, d3cfkg2, d3cfkh1, d3cfkh2, d3cfki1, d3cfki2, d3cfkj2, d3cfkk1, d3cfkk2, d3cfkl2, d3cfkm2, d3cfkn1, d3cfkn2, d3cfko2, d3cfkp1, d3cfkp2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with b3p, cd, gol
    8. Domain d3cfko1: 3cfk O:1-107 [156609]
      Other proteins in same PDB: d3cfka2, d3cfkb1, d3cfkb2, d3cfkc2, d3cfkd1, d3cfkd2, d3cfke2, d3cfkf1, d3cfkf2, d3cfkg2, d3cfkh1, d3cfkh2, d3cfki1, d3cfki2, d3cfkj2, d3cfkk1, d3cfkk2, d3cfkl2, d3cfkm2, d3cfkn1, d3cfkn2, d3cfko2, d3cfkp1, d3cfkp2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with b3p, cd, gol
  30. Domain(s) for 3dvg:
  31. Domain(s) for 3dvn:
    1. Domain d3dvna1: 3dvn A:5-109 [157894]
      Other proteins in same PDB: d3dvna2, d3dvnb1, d3dvnb2, d3dvnh1, d3dvnh2, d3dvnl2, d3dvnu2, d3dvnu3, d3dvnv_, d3dvnx2, d3dvnx3, d3dvny_
      automatically matched to d1g9ml1
    2. Domain d3dvnl1: 3dvn L:5-109 [157900]
      Other proteins in same PDB: d3dvna2, d3dvnb1, d3dvnb2, d3dvnh1, d3dvnh2, d3dvnl2, d3dvnu2, d3dvnu3, d3dvnv_, d3dvnx2, d3dvnx3, d3dvny_
      automatically matched to d1g9ml1

More info for Species Human (Homo sapiens), cluster 3.2 [TaxId:9606] from b.1.1.1 Immunoglobulin light chain kappa variable domain, VL-kappa

Timeline for Species Human (Homo sapiens), cluster 3.2 [TaxId:9606] from b.1.1.1 Immunoglobulin light chain kappa variable domain, VL-kappa: