Lineage for Protein: Class II MHC beta chain, N-terminal domain

  1. Root: SCOP 1.65
  2. 323018Class d: Alpha and beta proteins (a+b) [53931] (234 folds)
  3. 326693Fold d.19: MHC antigen-recognition domain [54451] (1 superfamily)
    dimeric
  4. 326694Superfamily d.19.1: MHC antigen-recognition domain [54452] (1 family) (S)
  5. 326695Family d.19.1.1: MHC antigen-recognition domain [54453] (11 proteins)
  6. 326974Protein Class II MHC beta chain, N-terminal domain [88819] (13 species)

Species:

  1. 326975Human (Homo sapiens), HLA-DM [TaxId:9606] [88820] (1 PDB entry)
  2. 326977Human (Homo sapiens), HLA-DQ8 [TaxId:9606] [88825] (1 PDB entry)
  3. 326979Human (Homo sapiens), HLA-DR1 [TaxId:9606] [88821] (11 PDB entries)
    1. Domains for 1aqd:
      1. 326982Domain d1aqdb2: 1aqd B:4-92 [38160]
        Other proteins in same PDB: d1aqda1, d1aqda2, d1aqdb1, d1aqdd1, d1aqdd2, d1aqde1, d1aqdg1, d1aqdg2, d1aqdh1, d1aqdj1, d1aqdj2, d1aqdk1
      2. 326983Domain d1aqde2: 1aqd E:4-92 [38162]
        Other proteins in same PDB: d1aqda1, d1aqda2, d1aqdb1, d1aqdd1, d1aqdd2, d1aqde1, d1aqdg1, d1aqdg2, d1aqdh1, d1aqdj1, d1aqdj2, d1aqdk1
      3. 326984Domain d1aqdh2: 1aqd H:4-92 [38164]
        Other proteins in same PDB: d1aqda1, d1aqda2, d1aqdb1, d1aqdd1, d1aqdd2, d1aqde1, d1aqdg1, d1aqdg2, d1aqdh1, d1aqdj1, d1aqdj2, d1aqdk1
      4. 326985Domain d1aqdk2: 1aqd K:4-92 [38166]
        Other proteins in same PDB: d1aqda1, d1aqda2, d1aqdb1, d1aqdd1, d1aqdd2, d1aqde1, d1aqdg1, d1aqdg2, d1aqdh1, d1aqdj1, d1aqdj2, d1aqdk1
    2. Domains for 1dlh:
      1. 326988Domain d1dlhb2: 1dlh B:3-92 [38172]
        Other proteins in same PDB: d1dlha1, d1dlha2, d1dlhb1, d1dlhd1, d1dlhd2, d1dlhe1
      2. 326989Domain d1dlhe2: 1dlh E:3-92 [38174]
        Other proteins in same PDB: d1dlha1, d1dlha2, d1dlhb1, d1dlhd1, d1dlhd2, d1dlhe1
        complexed with nag
    3. Domain for 1fyt:
    4. Domains for 1h15:
      1. 326994Domain d1h15b2: 1h15 B:2-92 [76457]
        Other proteins in same PDB: d1h15a1, d1h15a2, d1h15b1, d1h15d1, d1h15d2, d1h15e1
      2. 326995Domain d1h15e2: 1h15 E:2-92 [76461]
        Other proteins in same PDB: d1h15a1, d1h15a2, d1h15b1, d1h15d1, d1h15d2, d1h15e1
        complexed with a peptide from Epstein barr virus DNA polymerase, chains C and H
        complexed with nag, ndg
    5. Domain for 1hxy:
    6. Domain for 1kg0:
    7. Domain for 1klg:
    8. Domain for 1klu:
    9. Domain for 1lo5:
    10. Domains for 1seb:
      1. 326991Domain d1sebb2: 1seb B:1-92 [38176]
        Other proteins in same PDB: d1seba1, d1seba2, d1sebb1, d1sebd1, d1sebd2, d1sebe1, d1sebe2, d1sebf1, d1sebh1, d1sebh2
      2. 326992Domain d1sebf2: 1seb F:1-92 [38178]
        Other proteins in same PDB: d1seba1, d1seba2, d1sebb1, d1sebd1, d1sebd2, d1sebe1, d1sebe2, d1sebf1, d1sebh1, d1sebh2
    11. Domain for 2seb:
  4. 326997Human (Homo sapiens), HLA-DR2 [TaxId:9606] [88822] (6 PDB entries)
    1. Domains for 1bx2:
      1. 327003Domain d1bx2b2: 1bx2 B:3-92 [38184]
        Other proteins in same PDB: d1bx2a1, d1bx2a2, d1bx2b1, d1bx2d1, d1bx2d2, d1bx2e1
      2. 327004Domain d1bx2e2: 1bx2 E:3-92 [38186]
        Other proteins in same PDB: d1bx2a1, d1bx2a2, d1bx2b1, d1bx2d1, d1bx2d2, d1bx2e1
        complexed with nag
    2. Domains for 1fv1:
      1. 326998Domain d1fv1b2: 1fv1 B:1-92 [38180]
        Other proteins in same PDB: d1fv1a1, d1fv1a2, d1fv1b1, d1fv1d1, d1fv1d2, d1fv1e1
      2. 326999Domain d1fv1e2: 1fv1 E:1-92 [38182]
        Other proteins in same PDB: d1fv1a1, d1fv1a2, d1fv1b1, d1fv1d1, d1fv1d2, d1fv1e1
        complexed with cry, so4
    3. Domain for 1hqr:
    4. Domain for 1jwm:
    5. Domain for 1jws:
    6. Domain for 1jwu:
  5. 327006Human (Homo sapiens), HLA-DR3 [TaxId:9606] [88823] (1 PDB entry)
  6. 327008Human (Homo sapiens), HLA-DR4 [TaxId:9606] [88824] (5 PDB entries)
    1. Domain for 1d5m:
    2. Domain for 1d5x:
    3. Domain for 1d5z:
    4. Domain for 1d6e:
    5. Domain for 1j8h:
  7. 327014Mouse (Mus musculus), H2-DM [TaxId:10090] [88831] (1 PDB entry)
  8. 327016Mouse (Mus musculus), I-A(G7) [TaxId:10090] [88830] (2 PDB entries)
    1. Domain for 1es0:
    2. Domains for 1f3j:
      1. 327018Domain d1f3jb2: 1f3j B:4-93 [38220]
        Other proteins in same PDB: d1f3ja1, d1f3ja2, d1f3jb1, d1f3jd1, d1f3jd2, d1f3je1
      2. 327019Domain d1f3je2: 1f3j E:4-93 [38222]
        Other proteins in same PDB: d1f3ja1, d1f3ja2, d1f3jb1, d1f3jd1, d1f3jd2, d1f3je1
        complexed with nag
  9. 327020Mouse (Mus musculus), I-AB [TaxId:10090] [88828] (2 PDB entries)
    1. Domains for 1lnu:
      1. 327022Domain d1lnub2: 1lnu B:1-120 [74100]
        Other proteins in same PDB: d1lnua1, d1lnua2, d1lnub1, d1lnuc1, d1lnuc2, d1lnud1, d1lnue1, d1lnue2, d1lnuf1, d1lnug1, d1lnug2, d1lnuh1
      2. 327023Domain d1lnud2: 1lnu D:1-120 [74104]
        Other proteins in same PDB: d1lnua1, d1lnua2, d1lnub1, d1lnuc1, d1lnuc2, d1lnud1, d1lnue1, d1lnue2, d1lnuf1, d1lnug1, d1lnug2, d1lnuh1
      3. 327024Domain d1lnuf2: 1lnu F:1-120 [74108]
        Other proteins in same PDB: d1lnua1, d1lnua2, d1lnub1, d1lnuc1, d1lnuc2, d1lnud1, d1lnue1, d1lnue2, d1lnuf1, d1lnug1, d1lnug2, d1lnuh1
      4. 327025Domain d1lnuh2: 1lnu H:1-120 [74112]
        Other proteins in same PDB: d1lnua1, d1lnua2, d1lnub1, d1lnuc1, d1lnuc2, d1lnud1, d1lnue1, d1lnue2, d1lnuf1, d1lnug1, d1lnug2, d1lnuh1
        contains covalently bound peptides at the N-termini of chains B, D, F and H
        complexed with nag
    2. Domain for 1muj:
  10. 327026Mouse (Mus musculus), I-AD [TaxId:10090] [88829] (2 PDB entries)
    1. Domain for 1iao:
    2. Domain for 2iad:
  11. 327029Mouse (Mus musculus), I-AK [TaxId:10090] [88826] (3 PDB entries)
    1. Domains for 1d9k:
      1. 327031Domain d1d9kd2: 1d9k D:2-92 [38202]
        Other proteins in same PDB: d1d9ka_, d1d9kb_, d1d9kc1, d1d9kc2, d1d9kd1, d1d9ke_, d1d9kf_, d1d9kg1, d1d9kg2, d1d9kh1
      2. 327032Domain d1d9kh2: 1d9k H:2-92 [38204]
        Other proteins in same PDB: d1d9ka_, d1d9kb_, d1d9kc1, d1d9kc2, d1d9kd1, d1d9ke_, d1d9kf_, d1d9kg1, d1d9kg2, d1d9kh1
    2. Domain for 1iak:
    3. Domain for 1jl4:
  12. 327034Mouse (Mus musculus), I-AU [TaxId:10090] [89860] (1 PDB entry)
  13. 327036Mouse (Mus musculus), I-EK [TaxId:10090] [88827] (7 PDB entries)
    1. Domains for 1fne:
      1. 327039Domain d1fneb2: 1fne B:4-92 [59899]
        Other proteins in same PDB: d1fnea1, d1fnea2, d1fneb1, d1fnec1, d1fnec2, d1fned1
      2. 327040Domain d1fned2: 1fne D:4-92 [59903]
        Other proteins in same PDB: d1fnea1, d1fnea2, d1fneb1, d1fnec1, d1fnec2, d1fned1
        contains covalently bound peptides at the N-termini of chains B and D
        complexed with nag; mutant
    2. Domains for 1fng:
      1. 327037Domain d1fngb2: 1fng B:4-92 [59907]
        Other proteins in same PDB: d1fnga1, d1fnga2, d1fngb1, d1fngc1, d1fngc2, d1fngd1
      2. 327038Domain d1fngd2: 1fng D:4-92 [59911]
        Other proteins in same PDB: d1fnga1, d1fnga2, d1fngb1, d1fngc1, d1fngc2, d1fngd1
        contains covalently bound peptides at the N-termini of chains B and D
        complexed with nag
    3. Domains for 1i3r:
      1. 327045Domain d1i3rb2: 1i3r B:1-120 [61623]
        Other proteins in same PDB: d1i3ra1, d1i3ra2, d1i3rb1, d1i3rc1, d1i3rc2, d1i3rd1, d1i3re1, d1i3re2, d1i3rf1, d1i3rg1, d1i3rg2, d1i3rh1
      2. 327046Domain d1i3rd2: 1i3r D:1-120 [61627]
        Other proteins in same PDB: d1i3ra1, d1i3ra2, d1i3rb1, d1i3rc1, d1i3rc2, d1i3rd1, d1i3re1, d1i3re2, d1i3rf1, d1i3rg1, d1i3rg2, d1i3rh1
      3. 327047Domain d1i3rf2: 1i3r F:1-120 [61631]
        Other proteins in same PDB: d1i3ra1, d1i3ra2, d1i3rb1, d1i3rc1, d1i3rc2, d1i3rd1, d1i3re1, d1i3re2, d1i3rf1, d1i3rg1, d1i3rg2, d1i3rh1
      4. 327048Domain d1i3rh2: 1i3r H:1-120 [61635]
        Other proteins in same PDB: d1i3ra1, d1i3ra2, d1i3rb1, d1i3rc1, d1i3rc2, d1i3rd1, d1i3re1, d1i3re2, d1i3rf1, d1i3rg1, d1i3rg2, d1i3rh1
        contains covalently bound peptides at the N-termini of chains B, D, F and H
        complexed with nag; mutant
    4. Domains for 1iea:
      1. 327041Domain d1ieab2: 1iea B:4-92 [38206]
        Other proteins in same PDB: d1ieaa1, d1ieaa2, d1ieab1, d1ieac1, d1ieac2, d1iead1
      2. 327042Domain d1iead2: 1iea D:4-92 [38208]
        Other proteins in same PDB: d1ieaa1, d1ieaa2, d1ieab1, d1ieac1, d1ieac2, d1iead1
        contains covalently bound peptides at the N-termini of chains B and D
        complexed with nag
    5. Domains for 1ieb:
      1. 327049Domain d1iebb2: 1ieb B:4-92 [38210]
        Other proteins in same PDB: d1ieba1, d1ieba2, d1iebb1, d1iebc1, d1iebc2, d1iebd1
      2. 327050Domain d1iebd2: 1ieb D:4-92 [38212]
        Other proteins in same PDB: d1ieba1, d1ieba2, d1iebb1, d1iebc1, d1iebc2, d1iebd1
        contains covalently bound peptides at the N-termini of chains B and D
        complexed with nag, so4
    6. Domains for 1kt2:
      1. 327051Domain d1kt2b2: 1kt2 B:2-120 [72954]
        Other proteins in same PDB: d1kt2a1, d1kt2a2, d1kt2b1, d1kt2c1, d1kt2c2, d1kt2d1
      2. 327052Domain d1kt2d2: 1kt2 D:2-120 [72958]
        Other proteins in same PDB: d1kt2a1, d1kt2a2, d1kt2b1, d1kt2c1, d1kt2c2, d1kt2d1
        contains covalently bound peptides at the N-termini of chains B and D
        complexed with nag
    7. Domains for 1ktd:
      1. 327043Domain d1ktdb2: 1ktd B:1-120 [72967]
        Other proteins in same PDB: d1ktda1, d1ktda2, d1ktdb1, d1ktdc1, d1ktdc2, d1ktdd1
      2. 327044Domain d1ktdd2: 1ktd D:1-120 [72971]
        Other proteins in same PDB: d1ktda1, d1ktda2, d1ktdb1, d1ktdc1, d1ktdc2, d1ktdd1
        contains covalently bound peptides at the N-termini of chains B and D
        complexed with nag, so4; mutant

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