SCOP 1.65: Protein: Class II MHC beta chain, N-terminal domain

Lineage for Protein: Class II MHC beta chain, N-terminal domain

Root: SCOP 1.65
Class d: Alpha and beta proteins (a+b) [53931] (234 folds)
Fold d.19: MHC antigen-recognition domain [54451] (1 superfamily)
dimeric
Superfamily d.19.1: MHC antigen-recognition domain [54452] (1 family)
Family d.19.1.1: MHC antigen-recognition domain [54453] (11 proteins)
Protein Class II MHC beta chain, N-terminal domain [88819] (13 species)

Species:

Human (Homo sapiens), HLA-DM [TaxId:9606] [88820] (1 PDB entry)
- Domain for 1hdm:
  - Domain d1hdmb2: 1hdm B:3-87 [38158]
    Other proteins in same PDB: d1hdma1, d1hdma2, d1hdmb1
Human (Homo sapiens), HLA-DQ8 [TaxId:9606] [88825] (1 PDB entry)
- Domain for 1jk8:
  - Domain d1jk8b2: 1jk8 B:3-94 [63148]
    Other proteins in same PDB: d1jk8a1, d1jk8a2, d1jk8b1
    complexed with a human insulin peptide
    complexed with nag

Human (Homo sapiens), HLA-DR1 [TaxId:9606] [88821] (11 PDB entries)

Domains for 1aqd:
1. Domain d1aqdb2: 1aqd B:4-92 [38160]
  Other proteins in same PDB: d1aqda1, d1aqda2, d1aqdb1, d1aqdd1, d1aqdd2, d1aqde1, d1aqdg1, d1aqdg2, d1aqdh1, d1aqdj1, d1aqdj2, d1aqdk1
2. Domain d1aqde2: 1aqd E:4-92 [38162]
  Other proteins in same PDB: d1aqda1, d1aqda2, d1aqdb1, d1aqdd1, d1aqdd2, d1aqde1, d1aqdg1, d1aqdg2, d1aqdh1, d1aqdj1, d1aqdj2, d1aqdk1
3. Domain d1aqdh2: 1aqd H:4-92 [38164]
  Other proteins in same PDB: d1aqda1, d1aqda2, d1aqdb1, d1aqdd1, d1aqdd2, d1aqde1, d1aqdg1, d1aqdg2, d1aqdh1, d1aqdj1, d1aqdj2, d1aqdk1
4. Domain d1aqdk2: 1aqd K:4-92 [38166]
  Other proteins in same PDB: d1aqda1, d1aqda2, d1aqdb1, d1aqdd1, d1aqdd2, d1aqde1, d1aqdg1, d1aqdg2, d1aqdh1, d1aqdj1, d1aqdj2, d1aqdk1
Domains for 1dlh:
1. Domain d1dlhb2: 1dlh B:3-92 [38172]
  Other proteins in same PDB: d1dlha1, d1dlha2, d1dlhb1, d1dlhd1, d1dlhd2, d1dlhe1
2. Domain d1dlhe2: 1dlh E:3-92 [38174]
  Other proteins in same PDB: d1dlha1, d1dlha2, d1dlhb1, d1dlhd1, d1dlhd2, d1dlhe1
  complexed with nag
Domain for 1fyt:
- Domain d1fytb2: 1fyt B:3-92 [38170]
  Other proteins in same PDB: d1fyta1, d1fyta2, d1fytb1, d1fytd1, d1fytd2, d1fyte1, d1fyte2
  complexed with nag; mutant

Domains for 1h15:

Domain d1h15b2: 1h15 B:2-92 [76457]
Other proteins in same PDB: d1h15a1, d1h15a2, d1h15b1, d1h15d1, d1h15d2, d1h15e1

Domain d1h15e2: 1h15 E:2-92 [76461]
Other proteins in same PDB: d1h15a1, d1h15a2, d1h15b1, d1h15d1, d1h15d2, d1h15e1
complexed with a peptide from Epstein barr virus DNA polymerase, chains C and H
complexed with nag, ndg

Domain for 1hxy:
- Domain d1hxyb2: 1hxy B:3-92 [61389]
  Other proteins in same PDB: d1hxya1, d1hxya2, d1hxyb1, d1hxyd1, d1hxyd2
  complexed with zn
Domain for 1kg0:
- Domain d1kg0b2: 1kg0 B:3-92 [72444]
  Other proteins in same PDB: d1kg0a1, d1kg0a2, d1kg0b1, d1kg0c_
Domain for 1klg:
- Domain d1klgb2: 1klg B:1-92 [72717]
  Other proteins in same PDB: d1klga1, d1klga2, d1klgb1, d1klgd1, d1klgd2
  mutant
Domain for 1klu:
- Domain d1klub2: 1klu B:1-92 [72727]
  Other proteins in same PDB: d1klua1, d1klua2, d1klub1, d1klud1, d1klud2
Domain for 1lo5:
- Domain d1lo5b2: 1lo5 B:3-92 [78119]
  Other proteins in same PDB: d1lo5a1, d1lo5a2, d1lo5b1, d1lo5d1, d1lo5d2
  complexed with a peptide from hemagglutinin
  mutant
Domains for 1seb:
1. Domain d1sebb2: 1seb B:1-92 [38176]
  Other proteins in same PDB: d1seba1, d1seba2, d1sebb1, d1sebd1, d1sebd2, d1sebe1, d1sebe2, d1sebf1, d1sebh1, d1sebh2
2. Domain d1sebf2: 1seb F:1-92 [38178]
  Other proteins in same PDB: d1seba1, d1seba2, d1sebb1, d1sebd1, d1sebd2, d1sebe1, d1sebe2, d1sebf1, d1sebh1, d1sebh2
Domain for 2seb:
- Domain d2sebb2: 2seb B:2-92 [38168]
  Other proteins in same PDB: d2seba1, d2seba2, d2sebb1, d2sebd1, d2sebd2
  complexed with nag

Human (Homo sapiens), HLA-DR2 [TaxId:9606] [88822] (6 PDB entries)
1. Domains for 1bx2:
  1. Domain d1bx2b2: 1bx2 B:3-92 [38184]
    Other proteins in same PDB: d1bx2a1, d1bx2a2, d1bx2b1, d1bx2d1, d1bx2d2, d1bx2e1
  2. Domain d1bx2e2: 1bx2 E:3-92 [38186]
    Other proteins in same PDB: d1bx2a1, d1bx2a2, d1bx2b1, d1bx2d1, d1bx2d2, d1bx2e1
    complexed with nag
2. Domains for 1fv1:
  1. Domain d1fv1b2: 1fv1 B:1-92 [38180]
    Other proteins in same PDB: d1fv1a1, d1fv1a2, d1fv1b1, d1fv1d1, d1fv1d2, d1fv1e1
  2. Domain d1fv1e2: 1fv1 E:1-92 [38182]
    Other proteins in same PDB: d1fv1a1, d1fv1a2, d1fv1b1, d1fv1d1, d1fv1d2, d1fv1e1
    complexed with cry, so4
3. Domain for 1hqr:
  - Domain d1hqrb2: 1hqr B:202-292 [38188]
    Other proteins in same PDB: d1hqra1, d1hqra2, d1hqrb1, d1hqrd1, d1hqrd2
    complexed with zn
4. Domain for 1jwm:
  - Domain d1jwmb2: 1jwm B:1-92 [84239]
    Other proteins in same PDB: d1jwma1, d1jwma2, d1jwmb1, d1jwmd1, d1jwmd2
5. Domain for 1jws:
  - Domain d1jwsb2: 1jws B:1-92 [84245]
    Other proteins in same PDB: d1jwsa1, d1jwsa2, d1jwsb1, d1jwsd1, d1jwsd2
    mutant
6. Domain for 1jwu:
  - Domain d1jwub2: 1jwu B:1-92 [84251]
    Other proteins in same PDB: d1jwua1, d1jwua2, d1jwub1, d1jwud1, d1jwud2
    mutant
Human (Homo sapiens), HLA-DR3 [TaxId:9606] [88823] (1 PDB entry)
- Domain for 1a6a:
  - Domain d1a6ab2: 1a6a B:5-92 [38190]
    Other proteins in same PDB: d1a6aa1, d1a6aa2, d1a6ab1
    complexed with nag
Human (Homo sapiens), HLA-DR4 [TaxId:9606] [88824] (5 PDB entries)
1. Domain for 1d5m:
  - Domain d1d5mb2: 1d5m B:2-92 [38192]
    Other proteins in same PDB: d1d5ma1, d1d5ma2, d1d5mb1, d1d5mc1, d1d5mc2
    complexed with ace, nag
2. Domain for 1d5x:
  - Domain d1d5xb2: 1d5x B:1-92 [38198]
    Other proteins in same PDB: d1d5xa1, d1d5xa2, d1d5xb1, d1d5xc1, d1d5xc2
    complexed with ace, haq
3. Domain for 1d5z:
  - Domain d1d5zb2: 1d5z B:1-92 [38194]
    Other proteins in same PDB: d1d5za1, d1d5za2, d1d5zb1, d1d5zc1, d1d5zc2
    complexed with ace, oda
4. Domain for 1d6e:
  - Domain d1d6eb2: 1d6e B:3-92 [38196]
    Other proteins in same PDB: d1d6ea1, d1d6ea2, d1d6eb1, d1d6ec1, d1d6ec2
    complexed with ace
5. Domain for 1j8h:
  - Domain d1j8hb2: 1j8h B:3-92 [71605]
    Other proteins in same PDB: d1j8ha1, d1j8ha2, d1j8hb1, d1j8hd1, d1j8hd2, d1j8he1, d1j8he2
    complexed with nag; mutant
Mouse (Mus musculus), H2-DM [TaxId:10090] [88831] (1 PDB entry)
- Domain for 1k8i:
  - Domain d1k8ib2: 1k8i B:1-94 [68304]
    Other proteins in same PDB: d1k8ia1, d1k8ia2, d1k8ib1
    complexed with nag
Mouse (Mus musculus), I-A(G7) [TaxId:10090] [88830] (2 PDB entries)
1. Domain for 1es0:
  - Domain d1es0b2: 1es0 B:5-93 [38218]
    Other proteins in same PDB: d1es0a1, d1es0a2, d1es0b1
2. Domains for 1f3j:
  1. Domain d1f3jb2: 1f3j B:4-93 [38220]
    Other proteins in same PDB: d1f3ja1, d1f3ja2, d1f3jb1, d1f3jd1, d1f3jd2, d1f3je1
  2. Domain d1f3je2: 1f3j E:4-93 [38222]
    Other proteins in same PDB: d1f3ja1, d1f3ja2, d1f3jb1, d1f3jd1, d1f3jd2, d1f3je1
    complexed with nag

Mouse (Mus musculus), I-AB [TaxId:10090] [88828] (2 PDB entries)

Domains for 1lnu:

Domain d1lnub2: 1lnu B:1-120 [74100]
Other proteins in same PDB: d1lnua1, d1lnua2, d1lnub1, d1lnuc1, d1lnuc2, d1lnud1, d1lnue1, d1lnue2, d1lnuf1, d1lnug1, d1lnug2, d1lnuh1
Domain d1lnud2: 1lnu D:1-120 [74104]
Other proteins in same PDB: d1lnua1, d1lnua2, d1lnub1, d1lnuc1, d1lnuc2, d1lnud1, d1lnue1, d1lnue2, d1lnuf1, d1lnug1, d1lnug2, d1lnuh1
Domain d1lnuf2: 1lnu F:1-120 [74108]
Other proteins in same PDB: d1lnua1, d1lnua2, d1lnub1, d1lnuc1, d1lnuc2, d1lnud1, d1lnue1, d1lnue2, d1lnuf1, d1lnug1, d1lnug2, d1lnuh1

Domain d1lnuh2: 1lnu H:1-120 [74112]
Other proteins in same PDB: d1lnua1, d1lnua2, d1lnub1, d1lnuc1, d1lnuc2, d1lnud1, d1lnue1, d1lnue2, d1lnuf1, d1lnug1, d1lnug2, d1lnuh1
contains covalently bound peptides at the N-termini of chains B, D, F and H
complexed with nag

Domain for 1muj:
- Domain d1mujb2: 1muj B:3-93 [79491]
  Other proteins in same PDB: d1muja1, d1muja2, d1mujb1
  complex with a human clip peptide, chain C
  complexed with nag

Mouse (Mus musculus), I-AD [TaxId:10090] [88829] (2 PDB entries)
1. Domain for 1iao:
  - Domain d1iaob2: 1iao B:6-93 [38216]
    Other proteins in same PDB: d1iaoa1, d1iaoa2, d1iaob1
    complexed with nag
2. Domain for 2iad:
  - Domain d2iadb2: 2iad B:5-93 [38214]
    Other proteins in same PDB: d2iada1, d2iada2, d2iadb1
Mouse (Mus musculus), I-AK [TaxId:10090] [88826] (3 PDB entries)
1. Domains for 1d9k:
  1. Domain d1d9kd2: 1d9k D:2-92 [38202]
    Other proteins in same PDB: d1d9ka_, d1d9kb_, d1d9kc1, d1d9kc2, d1d9kd1, d1d9ke_, d1d9kf_, d1d9kg1, d1d9kg2, d1d9kh1
  2. Domain d1d9kh2: 1d9k H:2-92 [38204]
    Other proteins in same PDB: d1d9ka_, d1d9kb_, d1d9kc1, d1d9kc2, d1d9kd1, d1d9ke_, d1d9kf_, d1d9kg1, d1d9kg2, d1d9kh1
2. Domain for 1iak:
  - Domain d1iakb2: 1iak B:5-92 [38200]
    Other proteins in same PDB: d1iaka1, d1iaka2, d1iakb1
    complexed with nag
3. Domain for 1jl4:
  - Domain d1jl4b2: 1jl4 B:5-92 [63160]
    Other proteins in same PDB: d1jl4a1, d1jl4a2, d1jl4b1, d1jl4d1, d1jl4d2
Mouse (Mus musculus), I-AU [TaxId:10090] [89860] (1 PDB entry)
- Domain for 1k2d:
  - Domain d1k2db2: 1k2d B:5-92 [84294]
    Other proteins in same PDB: d1k2da1, d1k2da2, d1k2db1
    complexed with nag

Mouse (Mus musculus), I-EK [TaxId:10090] [88827] (7 PDB entries)

Domains for 1fne:

Domain d1fneb2: 1fne B:4-92 [59899]
Other proteins in same PDB: d1fnea1, d1fnea2, d1fneb1, d1fnec1, d1fnec2, d1fned1

Domain d1fned2: 1fne D:4-92 [59903]
Other proteins in same PDB: d1fnea1, d1fnea2, d1fneb1, d1fnec1, d1fnec2, d1fned1
contains covalently bound peptides at the N-termini of chains B and D
complexed with nag; mutant

Domains for 1fng:

Domain d1fngb2: 1fng B:4-92 [59907]
Other proteins in same PDB: d1fnga1, d1fnga2, d1fngb1, d1fngc1, d1fngc2, d1fngd1

Domain d1fngd2: 1fng D:4-92 [59911]
Other proteins in same PDB: d1fnga1, d1fnga2, d1fngb1, d1fngc1, d1fngc2, d1fngd1
contains covalently bound peptides at the N-termini of chains B and D
complexed with nag

Domains for 1i3r:

Domain d1i3rb2: 1i3r B:1-120 [61623]
Other proteins in same PDB: d1i3ra1, d1i3ra2, d1i3rb1, d1i3rc1, d1i3rc2, d1i3rd1, d1i3re1, d1i3re2, d1i3rf1, d1i3rg1, d1i3rg2, d1i3rh1
Domain d1i3rd2: 1i3r D:1-120 [61627]
Other proteins in same PDB: d1i3ra1, d1i3ra2, d1i3rb1, d1i3rc1, d1i3rc2, d1i3rd1, d1i3re1, d1i3re2, d1i3rf1, d1i3rg1, d1i3rg2, d1i3rh1
Domain d1i3rf2: 1i3r F:1-120 [61631]
Other proteins in same PDB: d1i3ra1, d1i3ra2, d1i3rb1, d1i3rc1, d1i3rc2, d1i3rd1, d1i3re1, d1i3re2, d1i3rf1, d1i3rg1, d1i3rg2, d1i3rh1

Domain d1i3rh2: 1i3r H:1-120 [61635]
Other proteins in same PDB: d1i3ra1, d1i3ra2, d1i3rb1, d1i3rc1, d1i3rc2, d1i3rd1, d1i3re1, d1i3re2, d1i3rf1, d1i3rg1, d1i3rg2, d1i3rh1
contains covalently bound peptides at the N-termini of chains B, D, F and H
complexed with nag; mutant

Domains for 1iea:

Domain d1ieab2: 1iea B:4-92 [38206]
Other proteins in same PDB: d1ieaa1, d1ieaa2, d1ieab1, d1ieac1, d1ieac2, d1iead1

Domain d1iead2: 1iea D:4-92 [38208]
Other proteins in same PDB: d1ieaa1, d1ieaa2, d1ieab1, d1ieac1, d1ieac2, d1iead1
contains covalently bound peptides at the N-termini of chains B and D
complexed with nag

Domains for 1ieb:

Domain d1iebb2: 1ieb B:4-92 [38210]
Other proteins in same PDB: d1ieba1, d1ieba2, d1iebb1, d1iebc1, d1iebc2, d1iebd1

Domain d1iebd2: 1ieb D:4-92 [38212]
Other proteins in same PDB: d1ieba1, d1ieba2, d1iebb1, d1iebc1, d1iebc2, d1iebd1
contains covalently bound peptides at the N-termini of chains B and D
complexed with nag, so4

Domains for 1kt2:

Domain d1kt2b2: 1kt2 B:2-120 [72954]
Other proteins in same PDB: d1kt2a1, d1kt2a2, d1kt2b1, d1kt2c1, d1kt2c2, d1kt2d1

Domain d1kt2d2: 1kt2 D:2-120 [72958]
Other proteins in same PDB: d1kt2a1, d1kt2a2, d1kt2b1, d1kt2c1, d1kt2c2, d1kt2d1
contains covalently bound peptides at the N-termini of chains B and D
complexed with nag

Domains for 1ktd:

Domain d1ktdb2: 1ktd B:1-120 [72967]
Other proteins in same PDB: d1ktda1, d1ktda2, d1ktdb1, d1ktdc1, d1ktdc2, d1ktdd1

Domain d1ktdd2: 1ktd D:1-120 [72971]
Other proteins in same PDB: d1ktda1, d1ktda2, d1ktdb1, d1ktdc1, d1ktdc2, d1ktdd1
contains covalently bound peptides at the N-termini of chains B and D
complexed with nag, so4; mutant

More info for Protein Class II MHC beta chain, N-terminal domain from d.19.1.1: MHC antigen-recognition domain

Timeline for Protein Class II MHC beta chain, N-terminal domain from d.19.1.1: MHC antigen-recognition domain:

Protein Class II MHC beta chain, N-terminal domain from d.19.1.1: MHC antigen-recognition domain is new in SCOP 1.65
Protein Class II MHC beta chain, N-terminal domain from d.19.1.1: MHC antigen-recognition domain appears in SCOP 1.67
Protein Class II MHC beta chain, N-terminal domain from d.19.1.1: MHC antigen-recognition domain appears in the current release, SCOPe 2.08