Lineage for Protein: Class II MHC alpha chain, N-terminal domain

  1. Root: SCOPe 2.01
  2. 1013083Class d: Alpha and beta proteins (a+b) [53931] (376 folds)
  3. 1020838Fold d.19: MHC antigen-recognition domain [54451] (1 superfamily)
    dimeric
  4. 1020839Superfamily d.19.1: MHC antigen-recognition domain [54452] (1 family) (S)
  5. 1020840Family d.19.1.1: MHC antigen-recognition domain [54453] (13 proteins)
  6. 1021292Protein Class II MHC alpha chain, N-terminal domain [88806] (15 species)

Species:

  1. 1021293Human (Homo sapiens), HLA-DM [TaxId:9606] [88807] (1 PDB entry)
  2. 1021295Human (Homo sapiens), HLA-DQ2 [TaxId:9606] [102833] (1 PDB entry)
  3. 1021298Human (Homo sapiens), HLA-DQ6 [TaxId:9606] [102834] (1 PDB entry)
  4. 1021300Human (Homo sapiens), HLA-DQ8 [TaxId:9606] [88812] (1 PDB entry)
  5. 1021302Human (Homo sapiens), HLA-DR1 [TaxId:9606] [88808] (15 PDB entries)
    Uniprot P01903 28-207
    1. Domains for 1aqd:
      1. 1021308Domain d1aqda2: 1aqd A:3-81 [38159]
        Other proteins in same PDB: d1aqda1, d1aqdb1, d1aqdb2, d1aqdd1, d1aqde1, d1aqde2, d1aqdg1, d1aqdh1, d1aqdh2, d1aqdj1, d1aqdk1, d1aqdk2
      2. 1021309Domain d1aqdd2: 1aqd D:3-81 [38161]
        Other proteins in same PDB: d1aqda1, d1aqdb1, d1aqdb2, d1aqdd1, d1aqde1, d1aqde2, d1aqdg1, d1aqdh1, d1aqdh2, d1aqdj1, d1aqdk1, d1aqdk2
      3. 1021310Domain d1aqdg2: 1aqd G:3-81 [38163]
        Other proteins in same PDB: d1aqda1, d1aqdb1, d1aqdb2, d1aqdd1, d1aqde1, d1aqde2, d1aqdg1, d1aqdh1, d1aqdh2, d1aqdj1, d1aqdk1, d1aqdk2
      4. 1021311Domain d1aqdj2: 1aqd J:3-81 [38165]
        Other proteins in same PDB: d1aqda1, d1aqdb1, d1aqdb2, d1aqdd1, d1aqde1, d1aqde2, d1aqdg1, d1aqdh1, d1aqdh2, d1aqdj1, d1aqdk1, d1aqdk2
    2. Domains for 1dlh:
      1. 1021318Domain d1dlha2: 1dlh A:3-81 [38171]
        Other proteins in same PDB: d1dlha1, d1dlhb1, d1dlhb2, d1dlhd1, d1dlhe1, d1dlhe2
        complexed with nag, ndg
      2. 1021319Domain d1dlhd2: 1dlh D:3-81 [38173]
        Other proteins in same PDB: d1dlha1, d1dlhb1, d1dlhb2, d1dlhd1, d1dlhe1, d1dlhe2
        complexed with nag, ndg
    3. Domain for 1fyt:
    4. Domains for 1h15:
      1. 1021322Domain d1h15a2: 1h15 A:3-81 [76455]
        Other proteins in same PDB: d1h15a1, d1h15b1, d1h15b2, d1h15d1, d1h15e1, d1h15e2
        complexed with a peptide from epstein barr virus dna polymerase, chains C and H
        protein/DNA complex; complexed with nag
      2. 1021323Domain d1h15d2: 1h15 D:3-81 [76459]
        Other proteins in same PDB: d1h15a1, d1h15b1, d1h15b2, d1h15d1, d1h15e1, d1h15e2
        complexed with a peptide from epstein barr virus dna polymerase, chains C and H
        protein/DNA complex; complexed with nag
    5. Domain for 1hxy:
    6. Domain for 1kg0:
    7. Domain for 1klg:
    8. Domain for 1klu:
    9. Domain for 1lo5:
    10. Domains for 1seb:
      1. 1021320Domain d1seba2: 1seb A:1-81 [38175]
        Other proteins in same PDB: d1seba1, d1sebb1, d1sebb2, d1sebd1, d1sebd2, d1sebe1, d1sebf1, d1sebf2, d1sebh1, d1sebh2
      2. 1021321Domain d1sebe2: 1seb E:1-81 [38177]
        Other proteins in same PDB: d1seba1, d1sebb1, d1sebb2, d1sebd1, d1sebd2, d1sebe1, d1sebf1, d1sebf2, d1sebh1, d1sebh2
    11. Domain for 1sje:
    12. Domain for 1sjh:
    13. Domains for 1t5w:
      1. 1021312Domain d1t5wa2: 1t5w A:4-81 [106482]
        Other proteins in same PDB: d1t5wa1, d1t5wb1, d1t5wb2, d1t5wd1, d1t5we1, d1t5we2
      2. 1021313Domain d1t5wd2: 1t5w D:4-81 [106486]
        Other proteins in same PDB: d1t5wa1, d1t5wb1, d1t5wb2, d1t5wd1, d1t5we1, d1t5we2
    14. Domain for 1t5x:
    15. Domain for 2seb:
  6. 1021325Human (Homo sapiens), HLA-DR2 [TaxId:9606] [88809] (8 PDB entries)
    1. Domains for 1bx2:
      1. 1021334Domain d1bx2a2: 1bx2 A:2-81 [38183]
        Other proteins in same PDB: d1bx2a1, d1bx2b1, d1bx2b2, d1bx2d1, d1bx2e1, d1bx2e2
        complexed with nag
      2. 1021335Domain d1bx2d2: 1bx2 D:2-81 [38185]
        Other proteins in same PDB: d1bx2a1, d1bx2b1, d1bx2b2, d1bx2d1, d1bx2e1, d1bx2e2
        complexed with nag
    2. Domains for 1fv1:
      1. 1021326Domain d1fv1a2: 1fv1 A:3-81 [38179]
        Other proteins in same PDB: d1fv1a1, d1fv1b1, d1fv1b2, d1fv1d1, d1fv1e1, d1fv1e2
        complexed with gol, so4
      2. 1021327Domain d1fv1d2: 1fv1 D:4-81 [38181]
        Other proteins in same PDB: d1fv1a1, d1fv1b1, d1fv1b2, d1fv1d1, d1fv1e1, d1fv1e2
        complexed with gol, so4
    3. Domain for 1hqr:
    4. Domain for 1jwm:
    5. Domain for 1jws:
    6. Domain for 1jwu:
    7. Domain for 1pyw:
    8. Domains for 1r5i:
      1. 1021332Domain d1r5ia2: 1r5i A:1-81 [97088]
        Other proteins in same PDB: d1r5ia1, d1r5ib1, d1r5ib2, d1r5id_, d1r5ie1, d1r5if1, d1r5if2, d1r5ih_
        complexed with po4
      2. 1021333Domain d1r5ie2: 1r5i E:1-81 [97093]
        Other proteins in same PDB: d1r5ia1, d1r5ib1, d1r5ib2, d1r5id_, d1r5ie1, d1r5if1, d1r5if2, d1r5ih_
        complexed with po4
  7. 1021337Human (Homo sapiens), HLA-DR3 [TaxId:9606] [88810] (1 PDB entry)
  8. 1021339Human (Homo sapiens), HLA-DR4 [TaxId:9606] [88811] (5 PDB entries)
    1. Domain for 1d5m:
    2. Domain for 1d5x:
    3. Domain for 1d5z:
    4. Domain for 1d6e:
    5. Domain for 1j8h:
  9. 1021345Mouse (Mus musculus), H2-DM [TaxId:10090] [88818] (1 PDB entry)
  10. 1021347Mouse (Mus musculus), I-A(G7) [TaxId:10090] [88817] (2 PDB entries)
    1. Domain for 1es0:
    2. Domains for 1f3j:
      1. 1021349Domain d1f3ja2: 1f3j A:1-82 [38219]
        Other proteins in same PDB: d1f3ja1, d1f3jb1, d1f3jb2, d1f3jd1, d1f3je1, d1f3je2
        complexed with nag
      2. 1021350Domain d1f3jd2: 1f3j D:1-82 [38221]
        Other proteins in same PDB: d1f3ja1, d1f3jb1, d1f3jb2, d1f3jd1, d1f3je1, d1f3je2
        complexed with nag
  11. 1021351Mouse (Mus musculus), I-AB [TaxId:10090] [88815] (2 PDB entries)
    1. Domains for 1lnu:
      1. 1021353Domain d1lnua2: 1lnu A:1-83 [74098]
        Other proteins in same PDB: d1lnua1, d1lnub1, d1lnub2, d1lnuc1, d1lnud1, d1lnud2, d1lnue1, d1lnuf1, d1lnuf2, d1lnug1, d1lnuh1, d1lnuh2
        complexed with nag, ndg
      2. 1021354Domain d1lnuc2: 1lnu C:1-83 [74102]
        Other proteins in same PDB: d1lnua1, d1lnub1, d1lnub2, d1lnuc1, d1lnud1, d1lnud2, d1lnue1, d1lnuf1, d1lnuf2, d1lnug1, d1lnuh1, d1lnuh2
        complexed with nag, ndg
      3. 1021355Domain d1lnue2: 1lnu E:1-83 [74106]
        Other proteins in same PDB: d1lnua1, d1lnub1, d1lnub2, d1lnuc1, d1lnud1, d1lnud2, d1lnue1, d1lnuf1, d1lnuf2, d1lnug1, d1lnuh1, d1lnuh2
        complexed with nag, ndg
      4. 1021356Domain d1lnug2: 1lnu G:1-83 [74110]
        Other proteins in same PDB: d1lnua1, d1lnub1, d1lnub2, d1lnuc1, d1lnud1, d1lnud2, d1lnue1, d1lnuf1, d1lnuf2, d1lnug1, d1lnuh1, d1lnuh2
        complexed with nag, ndg
    2. Domain for 1muj:
  12. 1021357Mouse (Mus musculus), I-AD [TaxId:10090] [88816] (2 PDB entries)
    1. Domain for 1iao:
    2. Domain for 2iad:
  13. 1021360Mouse (Mus musculus), I-AK [TaxId:10090] [88813] (3 PDB entries)
    1. Domains for 1d9k:
      1. 1021362Domain d1d9kc2: 1d9k C:1-81 [38201]
        Other proteins in same PDB: d1d9ka_, d1d9kb_, d1d9kc1, d1d9kd1, d1d9kd2, d1d9ke_, d1d9kf_, d1d9kg1, d1d9kh1, d1d9kh2
        complexed with ndg
      2. 1021363Domain d1d9kg2: 1d9k G:1-81 [38203]
        Other proteins in same PDB: d1d9ka_, d1d9kb_, d1d9kc1, d1d9kd1, d1d9kd2, d1d9ke_, d1d9kf_, d1d9kg1, d1d9kh1, d1d9kh2
        complexed with ndg
    2. Domain for 1iak:
    3. Domain for 1jl4:
  14. 1021365Mouse (Mus musculus), I-AU [TaxId:10090] [89859] (17 PDB entries)
    1. Domain for 1k2d:
    2. Domains for 1u3h:
      1. 1021371Domain d1u3hc2: 1u3h C:1-81 [119511]
        Other proteins in same PDB: d1u3ha1, d1u3hb1, d1u3hc1, d1u3hd1, d1u3hd2, d1u3he_, d1u3hf_, d1u3hg1, d1u3hh1, d1u3hh2
        automatically matched to d1k2da2
      2. 1021372Domain d1u3hg2: 1u3h G:1-81 [119515]
        Other proteins in same PDB: d1u3ha1, d1u3hb1, d1u3hc1, d1u3hd1, d1u3hd2, d1u3he_, d1u3hf_, d1u3hg1, d1u3hh1, d1u3hh2
        automatically matched to d1k2da2
    3. Domain for 1ymm:
    4. Domains for 1zgl:
      1. 1021389Domain d1zgla2: 1zgl A:13-81 [125032]
        Other proteins in same PDB: d1zgla1, d1zglb1, d1zglb2, d1zgld1, d1zgle1, d1zgle2, d1zglg1, d1zglh1, d1zglh2, d1zglj1, d1zglk1, d1zglk2, d1zglp1, d1zglp2, d1zglr1, d1zglr2, d1zglt1, d1zglt2, d1zglv1, d1zglv2
        automatically matched to d1k2da2
      2. 1021390Domain d1zgld2: 1zgl D:13-81 [125036]
        Other proteins in same PDB: d1zgla1, d1zglb1, d1zglb2, d1zgld1, d1zgle1, d1zgle2, d1zglg1, d1zglh1, d1zglh2, d1zglj1, d1zglk1, d1zglk2, d1zglp1, d1zglp2, d1zglr1, d1zglr2, d1zglt1, d1zglt2, d1zglv1, d1zglv2
        automatically matched to d1k2da2
      3. 1021391Domain d1zglg2: 1zgl G:13-81 [125040]
        Other proteins in same PDB: d1zgla1, d1zglb1, d1zglb2, d1zgld1, d1zgle1, d1zgle2, d1zglg1, d1zglh1, d1zglh2, d1zglj1, d1zglk1, d1zglk2, d1zglp1, d1zglp2, d1zglr1, d1zglr2, d1zglt1, d1zglt2, d1zglv1, d1zglv2
        automatically matched to d1k2da2
      4. 1021392Domain d1zglj2: 1zgl J:13-81 [125044]
        Other proteins in same PDB: d1zgla1, d1zglb1, d1zglb2, d1zgld1, d1zgle1, d1zgle2, d1zglg1, d1zglh1, d1zglh2, d1zglj1, d1zglk1, d1zglk2, d1zglp1, d1zglp2, d1zglr1, d1zglr2, d1zglt1, d1zglt2, d1zglv1, d1zglv2
        automatically matched to d1k2da2
    5. Domains for 2fse:
      1. 1021385Domain d2fsea2: 2fse A:13-81 [134018]
        Other proteins in same PDB: d2fsea1, d2fseb1, d2fseb2, d2fsec1, d2fsed1, d2fsed2
        automatically matched to d1k2da2
      2. 1021386Domain d2fsec2: 2fse C:13-81 [134022]
        Other proteins in same PDB: d2fsea1, d2fseb1, d2fseb2, d2fsec1, d2fsed1, d2fsed2
        automatically matched to d1k2da2
    6. Domain for 2g9h:
    7. Domain for 2iam:
    8. Domains for 2ian:
      1. 1021379Domain d2iana2: 2ian A:13-81 [137163]
        Other proteins in same PDB: d2iana1, d2ianb1, d2ianb2, d2ianf1, d2iang1, d2iang2, d2iank1, d2ianl1, d2ianl2, d2ianp1, d2ianq1, d2ianq2
        automatically matched to d1k2da2
        mutant
      2. 1021380Domain d2ianf2: 2ian F:13-81 [137167]
        Other proteins in same PDB: d2iana1, d2ianb1, d2ianb2, d2ianf1, d2iang1, d2iang2, d2iank1, d2ianl1, d2ianl2, d2ianp1, d2ianq1, d2ianq2
        automatically matched to d1k2da2
        mutant
      3. 1021381Domain d2iank2: 2ian K:13-81 [137171]
        Other proteins in same PDB: d2iana1, d2ianb1, d2ianb2, d2ianf1, d2iang1, d2iang2, d2iank1, d2ianl1, d2ianl2, d2ianp1, d2ianq1, d2ianq2
        automatically matched to d1k2da2
        mutant
      4. 1021382Domain d2ianp2: 2ian P:13-81 [137175]
        Other proteins in same PDB: d2iana1, d2ianb1, d2ianb2, d2ianf1, d2iang1, d2iang2, d2iank1, d2ianl1, d2ianl2, d2ianp1, d2ianq1, d2ianq2
        automatically matched to d1k2da2
        mutant
    9. Domains for 2icw:
      1. 1021373Domain d2icwa2: 2icw A:13-81 [137244]
        Other proteins in same PDB: d2icwa1, d2icwb1, d2icwb2, d2icwd1, d2icwe1, d2icwe2, d2icwg_, d2icwh_, d2icwj1, d2icwl_
        automatically matched to d1k2da2
      2. 1021374Domain d2icwd2: 2icw D:13-81 [137248]
        Other proteins in same PDB: d2icwa1, d2icwb1, d2icwb2, d2icwd1, d2icwe1, d2icwe2, d2icwg_, d2icwh_, d2icwj1, d2icwl_
        automatically matched to d1k2da2
    10. Domain for 2ipk:
    11. Domains for 2oje:
      1. 1021383Domain d2ojea2: 2oje A:13-81 [139104]
        Other proteins in same PDB: d2ojea1, d2ojeb1, d2ojeb2, d2ojed1, d2ojee1, d2ojef1, d2ojef2, d2ojeh1
        automatically matched to d1k2da2
        complexed with po4
      2. 1021384Domain d2ojee2: 2oje E:13-81 [139109]
        Other proteins in same PDB: d2ojea1, d2ojeb1, d2ojeb2, d2ojed1, d2ojee1, d2ojef1, d2ojef2, d2ojeh1
        automatically matched to d1k2da2
        complexed with po4
    12. Domain for 2p24:
    13. Domain for 2pxy:
    14. Domain for 2z31:
    15. Domains for 3c5z:
      1. 1021375Domain d3c5zc2: 3c5z C:1-82 [155954]
        Other proteins in same PDB: d3c5zc1, d3c5zd1, d3c5zd2, d3c5zg1, d3c5zh1, d3c5zh2
        automatically matched to d1k2da2
      2. 1021376Domain d3c5zg2: 3c5z G:1-82 [155958]
        Other proteins in same PDB: d3c5zc1, d3c5zd1, d3c5zd2, d3c5zg1, d3c5zh1, d3c5zh2
        automatically matched to d1k2da2
    16. Domains for 3c60:
      1. 1021387Domain d3c60c2: 3c60 C:1-82 [155962]
        Other proteins in same PDB: d3c60c1, d3c60d1, d3c60d2, d3c60g1, d3c60h1, d3c60h2
        automatically matched to d1k2da2
      2. 1021388Domain d3c60g2: 3c60 G:1-82 [155966]
        Other proteins in same PDB: d3c60c1, d3c60d1, d3c60d2, d3c60g1, d3c60h1, d3c60h2
        automatically matched to d1k2da2
    17. Domains for 3c6l:
      1. 1021393Domain d3c6lc2: 3c6l C:1-82 [155980]
        Other proteins in same PDB: d3c6la1, d3c6la2, d3c6lc1, d3c6ld1, d3c6ld2, d3c6le1, d3c6le2, d3c6lg1, d3c6lh1, d3c6lh2
        automatically matched to d1k2da2
        complexed with ca
      2. 1021394Domain d3c6lg2: 3c6l G:1-82 [155986]
        Other proteins in same PDB: d3c6la1, d3c6la2, d3c6lc1, d3c6ld1, d3c6ld2, d3c6le1, d3c6le2, d3c6lg1, d3c6lh1, d3c6lh2
        automatically matched to d1k2da2
        complexed with ca
  15. 1021396Mouse (Mus musculus), I-EK [TaxId:10090] [88814] (9 PDB entries)
    1. Domains for 1fne:
      1. 1021399Domain d1fnea2: 1fne A:1-81 [59897]
        Other proteins in same PDB: d1fnea1, d1fneb1, d1fneb2, d1fnec1, d1fned1, d1fned2
        complexed with nag
      2. 1021400Domain d1fnec2: 1fne C:1-81 [59901]
        Other proteins in same PDB: d1fnea1, d1fneb1, d1fneb2, d1fnec1, d1fned1, d1fned2
        complexed with nag
    2. Domains for 1fng:
      1. 1021397Domain d1fnga2: 1fng A:1-81 [59905]
        Other proteins in same PDB: d1fnga1, d1fngb1, d1fngb2, d1fngc1, d1fngd1, d1fngd2
        complexed with nag
      2. 1021398Domain d1fngc2: 1fng C:1-81 [59909]
        Other proteins in same PDB: d1fnga1, d1fngb1, d1fngb2, d1fngc1, d1fngd1, d1fngd2
        complexed with nag
    3. Domains for 1i3r:
      1. 1021405Domain d1i3ra2: 1i3r A:1-81 [61621]
        Other proteins in same PDB: d1i3ra1, d1i3rb1, d1i3rb2, d1i3rc1, d1i3rd1, d1i3rd2, d1i3re1, d1i3rf1, d1i3rf2, d1i3rg1, d1i3rh1, d1i3rh2
        complexed with nag, ndg; mutant
      2. 1021406Domain d1i3rc2: 1i3r C:1-81 [61625]
        Other proteins in same PDB: d1i3ra1, d1i3rb1, d1i3rb2, d1i3rc1, d1i3rd1, d1i3rd2, d1i3re1, d1i3rf1, d1i3rf2, d1i3rg1, d1i3rh1, d1i3rh2
        complexed with nag, ndg; mutant
      3. 1021407Domain d1i3re2: 1i3r E:1-81 [61629]
        Other proteins in same PDB: d1i3ra1, d1i3rb1, d1i3rb2, d1i3rc1, d1i3rd1, d1i3rd2, d1i3re1, d1i3rf1, d1i3rf2, d1i3rg1, d1i3rh1, d1i3rh2
        complexed with nag, ndg; mutant
      4. 1021408Domain d1i3rg2: 1i3r G:1-81 [61633]
        Other proteins in same PDB: d1i3ra1, d1i3rb1, d1i3rb2, d1i3rc1, d1i3rd1, d1i3rd2, d1i3re1, d1i3rf1, d1i3rf2, d1i3rg1, d1i3rh1, d1i3rh2
        complexed with nag, ndg; mutant
    4. Domains for 1iea:
      1. 1021401Domain d1ieaa2: 1iea A:1-81 [38205]
        Other proteins in same PDB: d1ieaa1, d1ieab1, d1ieab2, d1ieac1, d1iead1, d1iead2
        complexed with nag
      2. 1021402Domain d1ieac2: 1iea C:1-81 [38207]
        Other proteins in same PDB: d1ieaa1, d1ieab1, d1ieab2, d1ieac1, d1iead1, d1iead2
        complexed with nag
    5. Domains for 1ieb:
      1. 1021413Domain d1ieba2: 1ieb A:1-81 [38209]
        Other proteins in same PDB: d1ieba1, d1iebb1, d1iebb2, d1iebc1, d1iebd1, d1iebd2
        complexed with nag, ndg, so4
      2. 1021414Domain d1iebc2: 1ieb C:1-81 [38211]
        Other proteins in same PDB: d1ieba1, d1iebb1, d1iebb2, d1iebc1, d1iebd1, d1iebd2
        complexed with nag, ndg, so4
    6. Domains for 1kt2:
      1. 1021411Domain d1kt2a2: 1kt2 A:1-81 [72952]
        Other proteins in same PDB: d1kt2a1, d1kt2b1, d1kt2b2, d1kt2c1, d1kt2d1, d1kt2d2
        complexed with nag
      2. 1021412Domain d1kt2c2: 1kt2 C:1-81 [72956]
        Other proteins in same PDB: d1kt2a1, d1kt2b1, d1kt2b2, d1kt2c1, d1kt2d1, d1kt2d2
        complexed with nag
    7. Domains for 1ktd:
      1. 1021403Domain d1ktda2: 1ktd A:1-81 [72965]
        Other proteins in same PDB: d1ktda1, d1ktdb1, d1ktdb2, d1ktdc1, d1ktdd1, d1ktdd2
        complexed with nag, so4
      2. 1021404Domain d1ktdc2: 1ktd C:1-81 [72969]
        Other proteins in same PDB: d1ktda1, d1ktdb1, d1ktdb2, d1ktdc1, d1ktdd1, d1ktdd2
        complexed with nag, so4
    8. Domains for 1r5v:
      1. 1021409Domain d1r5va2: 1r5v A:3-81 [97117]
        Other proteins in same PDB: d1r5va1, d1r5vb1, d1r5vb2, d1r5vc1, d1r5vd1, d1r5vd2
      2. 1021410Domain d1r5vc2: 1r5v C:3-81 [97121]
        Other proteins in same PDB: d1r5va1, d1r5vb1, d1r5vb2, d1r5vc1, d1r5vd1, d1r5vd2
    9. Domains for 1r5w:
      1. 1021415Domain d1r5wa2: 1r5w A:3-81 [97125]
        Other proteins in same PDB: d1r5wa1, d1r5wb1, d1r5wb2, d1r5wc1, d1r5wd1, d1r5wd2
      2. 1021416Domain d1r5wc2: 1r5w C:3-81 [97129]
        Other proteins in same PDB: d1r5wa1, d1r5wb1, d1r5wb2, d1r5wc1, d1r5wd1, d1r5wd2

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