Lineage for Protein: Class II MHC beta chain, C-terminal domain

  1. Root: SCOP 1.73
  2. 651986Class b: All beta proteins [48724] (165 folds)
  3. 651987Fold b.1: Immunoglobulin-like beta-sandwich [48725] (27 superfamilies)
    sandwich; 7 strands in 2 sheets; greek-key
    some members of the fold have additional strands
  4. 651988Superfamily b.1.1: Immunoglobulin [48726] (4 families) (S)
  5. 654118Family b.1.1.2: C1 set domains (antibody constant domain-like) [48942] (23 proteins)
  6. 654956Protein Class II MHC beta chain, C-terminal domain [88625] (6 species)

Species:

  1. 654957Human (Homo sapiens), HLA-DM [TaxId:9606] [88626] (1 PDB entry)
    probably orthologous to the mouse H2-DM
  2. 654959Human (Homo sapiens), HLA-DQ group [TaxId:9606] [88630] (3 PDB entries)
    probably orthologous to the mouse I-A group
    1. Domain for 1jk8:
    2. Domains for 1s9v:
      1. 654961Domain d1s9vb1: 1s9v B:95-190 [98762]
        Other proteins in same PDB: d1s9va1, d1s9va2, d1s9vb2, d1s9vd1, d1s9vd2, d1s9ve2
      2. 654962Domain d1s9ve1: 1s9v E:95-190 [98766]
        Other proteins in same PDB: d1s9va1, d1s9va2, d1s9vb2, d1s9vd1, d1s9vd2, d1s9ve2
        complexed with deamidated gliadin peptide
        complexed with edo
    3. Domain for 1uvq:
  3. 654964Human (Homo sapiens), HLA-DR group [TaxId:9606] [88628] (38 PDB entries)
    probably orthologous to the mouse I-E group
    1. Domain for 1a6a:
    2. Domains for 1aqd:
      1. 654979Domain d1aqdb1: 1aqd B:93-190 [21586]
        Other proteins in same PDB: d1aqda1, d1aqda2, d1aqdb2, d1aqdd1, d1aqdd2, d1aqde2, d1aqdg1, d1aqdg2, d1aqdh2, d1aqdj1, d1aqdj2, d1aqdk2
      2. 654980Domain d1aqde1: 1aqd E:93-190 [21588]
        Other proteins in same PDB: d1aqda1, d1aqda2, d1aqdb2, d1aqdd1, d1aqdd2, d1aqde2, d1aqdg1, d1aqdg2, d1aqdh2, d1aqdj1, d1aqdj2, d1aqdk2
      3. 654981Domain d1aqdh1: 1aqd H:93-190 [21590]
        Other proteins in same PDB: d1aqda1, d1aqda2, d1aqdb2, d1aqdd1, d1aqdd2, d1aqde2, d1aqdg1, d1aqdg2, d1aqdh2, d1aqdj1, d1aqdj2, d1aqdk2
      4. 654982Domain d1aqdk1: 1aqd K:93-191 [21592]
        Other proteins in same PDB: d1aqda1, d1aqda2, d1aqdb2, d1aqdd1, d1aqdd2, d1aqde2, d1aqdg1, d1aqdg2, d1aqdh2, d1aqdj1, d1aqdj2, d1aqdk2
    3. Domains for 1bx2:
      1. 655006Domain d1bx2b1: 1bx2 B:93-193 [21610]
        Other proteins in same PDB: d1bx2a1, d1bx2a2, d1bx2b2, d1bx2d1, d1bx2d2, d1bx2e2
      2. 655007Domain d1bx2e1: 1bx2 E:93-191 [21612]
        Other proteins in same PDB: d1bx2a1, d1bx2a2, d1bx2b2, d1bx2d1, d1bx2d2, d1bx2e2
        complexed with nag
    4. Domain for 1d5m:
    5. Domain for 1d5x:
    6. Domain for 1d5z:
    7. Domain for 1d6e:
    8. Domains for 1dlh:
      1. 654997Domain d1dlhb1: 1dlh B:93-190 [21598]
        Other proteins in same PDB: d1dlha1, d1dlha2, d1dlhb2, d1dlhd1, d1dlhd2, d1dlhe2
      2. 654998Domain d1dlhe1: 1dlh E:93-190 [21600]
        Other proteins in same PDB: d1dlha1, d1dlha2, d1dlhb2, d1dlhd1, d1dlhd2, d1dlhe2
        complexed with nag
    9. Domains for 1fv1:
      1. 654965Domain d1fv1b1: 1fv1 B:93-190 [21606]
        Other proteins in same PDB: d1fv1a1, d1fv1a2, d1fv1b2, d1fv1d1, d1fv1d2, d1fv1e2
      2. 654966Domain d1fv1e1: 1fv1 E:93-190 [21608]
        Other proteins in same PDB: d1fv1a1, d1fv1a2, d1fv1b2, d1fv1d1, d1fv1d2, d1fv1e2
        complexed with cry, so4
    10. Domain for 1fyt:
    11. Domains for 1h15:
      1. 655013Domain d1h15b1: 1h15 B:93-190 [76456]
        Other proteins in same PDB: d1h15a1, d1h15a2, d1h15b2, d1h15d1, d1h15d2, d1h15e2
      2. 655014Domain d1h15e1: 1h15 E:93-190 [76460]
        Other proteins in same PDB: d1h15a1, d1h15a2, d1h15b2, d1h15d1, d1h15d2, d1h15e2
        complexed with nag, ndg
    12. Domain for 1hqr:
    13. Domain for 1hxy:
    14. Domain for 1j8h:
    15. Domain for 1jwm:
    16. Domain for 1jws:
    17. Domain for 1jwu:
    18. Domain for 1kg0:
    19. Domain for 1klg:
    20. Domain for 1klu:
    21. Domain for 1lo5:
    22. Domain for 1pyw:
    23. Domains for 1r5i:
      1. 654994Domain d1r5ib1: 1r5i B:93-190 [97089]
        Other proteins in same PDB: d1r5ia1, d1r5ia2, d1r5ib2, d1r5id_, d1r5ie1, d1r5ie2, d1r5if2, d1r5ih_
      2. 654995Domain d1r5if1: 1r5i F:93-190 [97094]
        Other proteins in same PDB: d1r5ia1, d1r5ia2, d1r5ib2, d1r5id_, d1r5ie1, d1r5ie2, d1r5if2, d1r5ih_
        complexed with po4
    24. Domains for 1seb:
      1. 655008Domain d1sebb1: 1seb B:93-192 [21602]
        Other proteins in same PDB: d1seba1, d1seba2, d1sebb2, d1sebd1, d1sebd2, d1sebe1, d1sebe2, d1sebf2, d1sebh1, d1sebh2
      2. 655009Domain d1sebf1: 1seb F:93-192 [21604]
        Other proteins in same PDB: d1seba1, d1seba2, d1sebb2, d1sebd1, d1sebd2, d1sebe1, d1sebe2, d1sebf2, d1sebh1, d1sebh2
    25. Domain for 1sje:
    26. Domain for 1sjh:
    27. Domains for 1t5w:
      1. 654983Domain d1t5wb1: 1t5w B:93-190 [106483]
        Other proteins in same PDB: d1t5wa1, d1t5wa2, d1t5wb2, d1t5wd1, d1t5wd2, d1t5we2
      2. 654984Domain d1t5we1: 1t5w E:93-190 [106487]
        Other proteins in same PDB: d1t5wa1, d1t5wa2, d1t5wb2, d1t5wd1, d1t5wd2, d1t5we2
    28. Domain for 1t5x:
    29. Domain for 1ymm:
    30. Domains for 1zgl:
      1. 655017Domain d1zglb1: 1zgl B:93-189 [125033]
        Other proteins in same PDB: d1zgla1, d1zgla2, d1zglb2, d1zgld1, d1zgld2, d1zgle2, d1zglg1, d1zglg2, d1zglh2, d1zglj1, d1zglj2, d1zglk2, d1zglp1, d1zglp2, d1zglr1, d1zglr2, d1zglt1, d1zglt2, d1zglv1, d1zglv2
        automatically matched to d1fv1b1
      2. 655018Domain d1zgle1: 1zgl E:93-189 [125037]
        Other proteins in same PDB: d1zgla1, d1zgla2, d1zglb2, d1zgld1, d1zgld2, d1zgle2, d1zglg1, d1zglg2, d1zglh2, d1zglj1, d1zglj2, d1zglk2, d1zglp1, d1zglp2, d1zglr1, d1zglr2, d1zglt1, d1zglt2, d1zglv1, d1zglv2
        automatically matched to d1fv1b1
      3. 655019Domain d1zglh1: 1zgl H:93-189 [125041]
        Other proteins in same PDB: d1zgla1, d1zgla2, d1zglb2, d1zgld1, d1zgld2, d1zgle2, d1zglg1, d1zglg2, d1zglh2, d1zglj1, d1zglj2, d1zglk2, d1zglp1, d1zglp2, d1zglr1, d1zglr2, d1zglt1, d1zglt2, d1zglv1, d1zglv2
        automatically matched to d1fv1b1
      4. 655020Domain d1zglk1: 1zgl K:93-189 [125045]
        Other proteins in same PDB: d1zgla1, d1zgla2, d1zglb2, d1zgld1, d1zgld2, d1zgle2, d1zglg1, d1zglg2, d1zglh2, d1zglj1, d1zglj2, d1zglk2, d1zglp1, d1zglp2, d1zglr1, d1zglr2, d1zglt1, d1zglt2, d1zglv1, d1zglv2
        automatically matched to d1fv1b1
    31. Domains for 2fse:
      1. 655011Domain d2fseb1: 2fse B:93-190 [134019]
        Other proteins in same PDB: d2fsea1, d2fsea2, d2fseb2, d2fsec1, d2fsec2, d2fsed2
        automatically matched to d1d5xb1
      2. 655012Domain d2fsed1: 2fse D:93-189 [134023]
        Other proteins in same PDB: d2fsea1, d2fsea2, d2fseb2, d2fsec1, d2fsec2, d2fsed2
        automatically matched to d1d5xb1
    32. Domain for 2g9h:
    33. Domain for 2iam:
    34. Domains for 2ian:
      1. 654999Domain d2ianb1: 2ian B:93-190 [137164]
        Other proteins in same PDB: d2iana1, d2iana2, d2ianb2, d2ianf1, d2ianf2, d2iang2, d2iank1, d2iank2, d2ianl2, d2ianp1, d2ianp2, d2ianq2
        automatically matched to d1d5xb1
        mutant
      2. 655000Domain d2iang1: 2ian G:93-190 [137168]
        Other proteins in same PDB: d2iana1, d2iana2, d2ianb2, d2ianf1, d2ianf2, d2iang2, d2iank1, d2iank2, d2ianl2, d2ianp1, d2ianp2, d2ianq2
        automatically matched to d1d5xb1
        mutant
      3. 655001Domain d2ianl1: 2ian L:93-190 [137172]
        Other proteins in same PDB: d2iana1, d2iana2, d2ianb2, d2ianf1, d2ianf2, d2iang2, d2iank1, d2iank2, d2ianl2, d2ianp1, d2ianp2, d2ianq2
        automatically matched to d1d5xb1
        mutant
      4. 655002Domain d2ianq1: 2ian Q:93-190 [137176]
        Other proteins in same PDB: d2iana1, d2iana2, d2ianb2, d2ianf1, d2ianf2, d2iang2, d2iank1, d2iank2, d2ianl2, d2ianp1, d2ianp2, d2ianq2
        automatically matched to d1d5xb1
        mutant
    35. Domains for 2icw:
      1. 654988Domain d2icwb1: 2icw B:93-190 [137245]
        Other proteins in same PDB: d2icwa1, d2icwa2, d2icwb2, d2icwd1, d2icwd2, d2icwe2, d2icwg1, d2icwh1
        automatically matched to d1d5xb1
        mutant
      2. 654989Domain d2icwe1: 2icw E:93-190 [137249]
        Other proteins in same PDB: d2icwa1, d2icwa2, d2icwb2, d2icwd1, d2icwd2, d2icwe2, d2icwg1, d2icwh1
        automatically matched to d1d5xb1
        mutant
    36. Domain for 2ipk:
    37. Domains for 2oje:
      1. 655003Domain d2ojeb1: 2oje B:93-190 [139105]
        Other proteins in same PDB: d2ojea1, d2ojea2, d2ojeb2, d2ojed1, d2ojee1, d2ojee2, d2ojef2, d2ojeh1
        automatically matched to d1d5xb1
        complexed with po4
      2. 655004Domain d2ojef1: 2oje F:93-190 [139110]
        Other proteins in same PDB: d2ojea1, d2ojea2, d2ojeb2, d2ojed1, d2ojee1, d2ojee2, d2ojef2, d2ojeh1
        automatically matched to d1d5xb1
        complexed with po4
    38. Domain for 2seb:
  4. 655022Mouse (Mus musculus), H2-DM [TaxId:10090] [88627] (1 PDB entry)
    probably orthologous to the human HLA-DM
  5. 655024Mouse (Mus musculus), I-A group [TaxId:10090] [88631] (11 PDB entries)
    probably orthologous to the human HLA-DQ group
    1. Domains for 1d9k:
      1. 655039Domain d1d9kd1: 1d9k D:93-190 [21628]
        Other proteins in same PDB: d1d9ka_, d1d9kb_, d1d9kc1, d1d9kc2, d1d9kd2, d1d9ke_, d1d9kf_, d1d9kg1, d1d9kg2, d1d9kh2
      2. 655040Domain d1d9kh1: 1d9k H:93-190 [21630]
        Other proteins in same PDB: d1d9ka_, d1d9kb_, d1d9kc1, d1d9kc2, d1d9kd2, d1d9ke_, d1d9kf_, d1d9kg1, d1d9kg2, d1d9kh2
    2. Domain for 1es0:
    3. Domains for 1f3j:
      1. 655037Domain d1f3jb1: 1f3j B:94-191 [21646]
        Other proteins in same PDB: d1f3ja1, d1f3ja2, d1f3jb2, d1f3jd1, d1f3jd2, d1f3je2
      2. 655038Domain d1f3je1: 1f3j E:94-191 [21648]
        Other proteins in same PDB: d1f3ja1, d1f3ja2, d1f3jb2, d1f3jd1, d1f3jd2, d1f3je2
        complexed with nag
    4. Domain for 1iak:
    5. Domain for 1iao:
    6. Domain for 1jl4:
    7. Domain for 1k2d:
    8. Domains for 1lnu:
      1. 655031Domain d1lnub1: 1lnu B:121-217 [74099]
        Other proteins in same PDB: d1lnua1, d1lnua2, d1lnub2, d1lnuc1, d1lnuc2, d1lnud2, d1lnue1, d1lnue2, d1lnuf2, d1lnug1, d1lnug2, d1lnuh2
      2. 655032Domain d1lnud1: 1lnu D:121-217 [74103]
        Other proteins in same PDB: d1lnua1, d1lnua2, d1lnub2, d1lnuc1, d1lnuc2, d1lnud2, d1lnue1, d1lnue2, d1lnuf2, d1lnug1, d1lnug2, d1lnuh2
      3. 655033Domain d1lnuf1: 1lnu F:121-217 [74107]
        Other proteins in same PDB: d1lnua1, d1lnua2, d1lnub2, d1lnuc1, d1lnuc2, d1lnud2, d1lnue1, d1lnue2, d1lnuf2, d1lnug1, d1lnug2, d1lnuh2
      4. 655034Domain d1lnuh1: 1lnu H:121-217 [74111]
        Other proteins in same PDB: d1lnua1, d1lnua2, d1lnub2, d1lnuc1, d1lnuc2, d1lnud2, d1lnue1, d1lnue2, d1lnuf2, d1lnug1, d1lnug2, d1lnuh2
        contains covalently bound peptides at the N-termini of chains B, D, F and H
        complexed with nag
    9. Domain for 1muj:
    10. Domains for 1u3h:
      1. 655029Domain d1u3hd1: 1u3h D:94-190 [119512]
        Other proteins in same PDB: d1u3hc1, d1u3hc2, d1u3hd2, d1u3hg1, d1u3hg2, d1u3hh2
        automatically matched to d1f3jb1
        mutant
      2. 655030Domain d1u3hh1: 1u3h H:94-190 [119516]
        Other proteins in same PDB: d1u3hc1, d1u3hc2, d1u3hd2, d1u3hg1, d1u3hg2, d1u3hh2
        automatically matched to d1f3jb1
        mutant
    11. Domain for 2iad:
  6. 655042Mouse (Mus musculus), I-E group [TaxId:10090] [88629] (9 PDB entries)
    probably orthologous to the human HLA-DR group
    1. Domains for 1fne:
      1. 655045Domain d1fneb1: 1fne B:93-188 [59898]
        Other proteins in same PDB: d1fnea1, d1fnea2, d1fneb2, d1fnec1, d1fnec2, d1fned2
      2. 655046Domain d1fned1: 1fne D:93-188 [59902]
        Other proteins in same PDB: d1fnea1, d1fnea2, d1fneb2, d1fnec1, d1fnec2, d1fned2
        contains covalently bound peptides at the N-termini of chains B and D
        complexed with nag; mutant
    2. Domains for 1fng:
      1. 655043Domain d1fngb1: 1fng B:93-188 [59906]
        Other proteins in same PDB: d1fnga1, d1fnga2, d1fngb2, d1fngc1, d1fngc2, d1fngd2
      2. 655044Domain d1fngd1: 1fng D:93-188 [59910]
        Other proteins in same PDB: d1fnga1, d1fnga2, d1fngb2, d1fngc1, d1fngc2, d1fngd2
        contains covalently bound peptides at the N-termini of chains B and D
        complexed with nag
    3. Domains for 1i3r:
      1. 655049Domain d1i3rb1: 1i3r B:121-216 [61622]
        Other proteins in same PDB: d1i3ra1, d1i3ra2, d1i3rb2, d1i3rc1, d1i3rc2, d1i3rd2, d1i3re1, d1i3re2, d1i3rf2, d1i3rg1, d1i3rg2, d1i3rh2
      2. 655050Domain d1i3rd1: 1i3r D:121-216 [61626]
        Other proteins in same PDB: d1i3ra1, d1i3ra2, d1i3rb2, d1i3rc1, d1i3rc2, d1i3rd2, d1i3re1, d1i3re2, d1i3rf2, d1i3rg1, d1i3rg2, d1i3rh2
      3. 655051Domain d1i3rf1: 1i3r F:121-216 [61630]
        Other proteins in same PDB: d1i3ra1, d1i3ra2, d1i3rb2, d1i3rc1, d1i3rc2, d1i3rd2, d1i3re1, d1i3re2, d1i3rf2, d1i3rg1, d1i3rg2, d1i3rh2
      4. 655052Domain d1i3rh1: 1i3r H:121-216 [61634]
        Other proteins in same PDB: d1i3ra1, d1i3ra2, d1i3rb2, d1i3rc1, d1i3rc2, d1i3rd2, d1i3re1, d1i3re2, d1i3rf2, d1i3rg1, d1i3rg2, d1i3rh2
        contains covalently bound peptides at the N-termini of chains B, D, F and H
        complexed with nag; mutant
    4. Domains for 1iea:
      1. 655047Domain d1ieab1: 1iea B:93-188 [21632]
        Other proteins in same PDB: d1ieaa1, d1ieaa2, d1ieab2, d1ieac1, d1ieac2, d1iead2
      2. 655048Domain d1iead1: 1iea D:93-188 [21634]
        Other proteins in same PDB: d1ieaa1, d1ieaa2, d1ieab2, d1ieac1, d1ieac2, d1iead2
        contains covalently bound peptides at the N-termini of chains B and D
        complexed with nag
    5. Domains for 1ieb:
      1. 655057Domain d1iebb1: 1ieb B:93-188 [21636]
        Other proteins in same PDB: d1ieba1, d1ieba2, d1iebb2, d1iebc1, d1iebc2, d1iebd2
      2. 655058Domain d1iebd1: 1ieb D:93-188 [21638]
        Other proteins in same PDB: d1ieba1, d1ieba2, d1iebb2, d1iebc1, d1iebc2, d1iebd2
        contains covalently bound peptides at the N-termini of chains B and D
        complexed with nag, so4
    6. Domains for 1kt2:
      1. 655059Domain d1kt2b1: 1kt2 B:121-215 [72953]
        Other proteins in same PDB: d1kt2a1, d1kt2a2, d1kt2b2, d1kt2c1, d1kt2c2, d1kt2d2
      2. 655060Domain d1kt2d1: 1kt2 D:121-215 [72957]
        Other proteins in same PDB: d1kt2a1, d1kt2a2, d1kt2b2, d1kt2c1, d1kt2c2, d1kt2d2
        contains covalently bound peptides at the N-termini of chains B and D
        complexed with nag
    7. Domains for 1ktd:
      1. 655053Domain d1ktdb1: 1ktd B:121-215 [72966]
        Other proteins in same PDB: d1ktda1, d1ktda2, d1ktdb2, d1ktdc1, d1ktdc2, d1ktdd2
      2. 655054Domain d1ktdd1: 1ktd D:121-215 [72970]
        Other proteins in same PDB: d1ktda1, d1ktda2, d1ktdb2, d1ktdc1, d1ktdc2, d1ktdd2
        contains covalently bound peptides at the N-termini of chains B and D
        complexed with nag, so4; mutant
    8. Domains for 1r5v:
      1. 655055Domain d1r5vb1: 1r5v B:121-215 [97118]
        Other proteins in same PDB: d1r5va1, d1r5va2, d1r5vb2, d1r5vc1, d1r5vc2, d1r5vd2
      2. 655056Domain d1r5vd1: 1r5v D:121-215 [97122]
        Other proteins in same PDB: d1r5va1, d1r5va2, d1r5vb2, d1r5vc1, d1r5vc2, d1r5vd2
    9. Domains for 1r5w:
      1. 655061Domain d1r5wb1: 1r5w B:121-215 [97126]
        Other proteins in same PDB: d1r5wa1, d1r5wa2, d1r5wb2, d1r5wc1, d1r5wc2, d1r5wd2
      2. 655062Domain d1r5wd1: 1r5w D:121-215 [97130]
        Other proteins in same PDB: d1r5wa1, d1r5wa2, d1r5wb2, d1r5wc1, d1r5wc2, d1r5wd2
        mutant

More info for Protein Class II MHC beta chain, C-terminal domain from b.1.1.2: C1 set domains (antibody constant domain-like)

Timeline for Protein Class II MHC beta chain, C-terminal domain from b.1.1.2: C1 set domains (antibody constant domain-like):

  • Protein Class II MHC beta chain, C-terminal domain from b.1.1.2: C1 set domains (antibody constant domain-like) first appeared in SCOP 1.65
  • Protein Class II MHC beta chain, C-terminal domain from b.1.1.2: C1 set domains (antibody constant domain-like) appears in SCOP 1.71
  • Protein Class II MHC beta chain, C-terminal domain from b.1.1.2: C1 set domains (antibody constant domain-like) appears in SCOP 1.75
  • Protein Class II MHC beta chain, C-terminal domain from b.1.1.2: C1 set domains (antibody constant domain-like) appears in the current release, SCOPe 2.08