SCOP 1.71: Protein: Class II MHC beta chain, C-terminal domain

Lineage for Protein: Class II MHC beta chain, C-terminal domain

Root: SCOP 1.71
Class b: All beta proteins [48724] (149 folds)
Fold b.1: Immunoglobulin-like beta-sandwich [48725] (25 superfamilies)
sandwich; 7 strands in 2 sheets; greek-key
some members of the fold have additional strands
Superfamily b.1.1: Immunoglobulin [48726] (4 families)
Family b.1.1.2: C1 set domains (antibody constant domain-like) [48942] (23 proteins)
Protein Class II MHC beta chain, C-terminal domain [88625] (6 species)

Species:

Human (Homo sapiens), HLA-DM [TaxId:9606] [88626] (1 PDB entry)
probably orthologous to the mouse H2-DM
- Domain for 1hdm:
  - Domain d1hdmb1: 1hdm B:88-185 [21584]
    Other proteins in same PDB: d1hdma1, d1hdma2, d1hdmb2
Human (Homo sapiens), HLA-DQ group [TaxId:9606] [88630] (3 PDB entries)
probably orthologous to the mouse I-A group
1. Domain for 1jk8:
  - Domain d1jk8b1: 1jk8 B:95-192 [63147]
    Other proteins in same PDB: d1jk8a1, d1jk8a2, d1jk8b2
    complexed with a human insulin peptide
    complexed with nag
2. Domains for 1s9v:
  1. Domain d1s9vb1: 1s9v B:95-190 [98762]
    Other proteins in same PDB: d1s9va1, d1s9va2, d1s9vb2, d1s9vd1, d1s9vd2, d1s9ve2
  2. Domain d1s9ve1: 1s9v E:95-190 [98766]
    Other proteins in same PDB: d1s9va1, d1s9va2, d1s9vb2, d1s9vd1, d1s9vd2, d1s9ve2
    complexed with deamidated gliadin peptide
    complexed with edo
3. Domain for 1uvq:
  - Domain d1uvqb1: 1uvq B:95-191 [100064]
    Other proteins in same PDB: d1uvqa1, d1uvqa2, d1uvqb2
    complexed with a hypocretin peptide
    complexed with acy, bma, fuc, gly, nag, zn
Human (Homo sapiens), HLA-DR group [TaxId:9606] [88628] (29 PDB entries)
probably orthologous to the mouse I-E group
1. Domain for 1a6a:
  - Domain d1a6ab1: 1a6a B:93-191 [21616]
    Other proteins in same PDB: d1a6aa1, d1a6aa2, d1a6ab2
    complexed with nag
2. Domains for 1aqd:
  1. Domain d1aqdb1: 1aqd B:93-190 [21586]
    Other proteins in same PDB: d1aqda1, d1aqda2, d1aqdb2, d1aqdd1, d1aqdd2, d1aqde2, d1aqdg1, d1aqdg2, d1aqdh2, d1aqdj1, d1aqdj2, d1aqdk2
  2. Domain d1aqde1: 1aqd E:93-190 [21588]
    Other proteins in same PDB: d1aqda1, d1aqda2, d1aqdb2, d1aqdd1, d1aqdd2, d1aqde2, d1aqdg1, d1aqdg2, d1aqdh2, d1aqdj1, d1aqdj2, d1aqdk2
  3. Domain d1aqdh1: 1aqd H:93-190 [21590]
    Other proteins in same PDB: d1aqda1, d1aqda2, d1aqdb2, d1aqdd1, d1aqdd2, d1aqde2, d1aqdg1, d1aqdg2, d1aqdh2, d1aqdj1, d1aqdj2, d1aqdk2
  4. Domain d1aqdk1: 1aqd K:93-191 [21592]
    Other proteins in same PDB: d1aqda1, d1aqda2, d1aqdb2, d1aqdd1, d1aqdd2, d1aqde2, d1aqdg1, d1aqdg2, d1aqdh2, d1aqdj1, d1aqdj2, d1aqdk2
3. Domains for 1bx2:
  1. Domain d1bx2b1: 1bx2 B:93-193 [21610]
    Other proteins in same PDB: d1bx2a1, d1bx2a2, d1bx2b2, d1bx2d1, d1bx2d2, d1bx2e2
  2. Domain d1bx2e1: 1bx2 E:93-191 [21612]
    Other proteins in same PDB: d1bx2a1, d1bx2a2, d1bx2b2, d1bx2d1, d1bx2d2, d1bx2e2
    complexed with nag
4. Domain for 1d5m:
  - Domain d1d5mb1: 1d5m B:93-190 [21618]
    Other proteins in same PDB: d1d5ma1, d1d5ma2, d1d5mb2, d1d5mc1, d1d5mc2
    complexed with ace, nag
5. Domain for 1d5x:
  - Domain d1d5xb1: 1d5x B:93-190 [21624]
    Other proteins in same PDB: d1d5xa1, d1d5xa2, d1d5xb2, d1d5xc1, d1d5xc2
    complexed with ace, haq
6. Domain for 1d5z:
  - Domain d1d5zb1: 1d5z B:93-190 [21620]
    Other proteins in same PDB: d1d5za1, d1d5za2, d1d5zb2, d1d5zc1, d1d5zc2
    complexed with ace, oda
7. Domain for 1d6e:
  - Domain d1d6eb1: 1d6e B:93-190 [21622]
    Other proteins in same PDB: d1d6ea1, d1d6ea2, d1d6eb2, d1d6ec1, d1d6ec2
    complexed with ace
8. Domains for 1dlh:
  1. Domain d1dlhb1: 1dlh B:93-190 [21598]
    Other proteins in same PDB: d1dlha1, d1dlha2, d1dlhb2, d1dlhd1, d1dlhd2, d1dlhe2
  2. Domain d1dlhe1: 1dlh E:93-190 [21600]
    Other proteins in same PDB: d1dlha1, d1dlha2, d1dlhb2, d1dlhd1, d1dlhd2, d1dlhe2
    complexed with nag
9. Domains for 1fv1:
  1. Domain d1fv1b1: 1fv1 B:93-190 [21606]
    Other proteins in same PDB: d1fv1a1, d1fv1a2, d1fv1b2, d1fv1d1, d1fv1d2, d1fv1e2
  2. Domain d1fv1e1: 1fv1 E:93-190 [21608]
    Other proteins in same PDB: d1fv1a1, d1fv1a2, d1fv1b2, d1fv1d1, d1fv1d2, d1fv1e2
    complexed with cry, so4
10. Domain for 1fyt:
  - Domain d1fytb1: 1fyt B:93-190 [21596]
    Other proteins in same PDB: d1fyta1, d1fyta2, d1fytb2, d1fytd1, d1fytd2, d1fyte1, d1fyte2
    complexed with nag; mutant
11. Domains for 1h15:
  1. Domain d1h15b1: 1h15 B:93-190 [76456]
    Other proteins in same PDB: d1h15a1, d1h15a2, d1h15b2, d1h15d1, d1h15d2, d1h15e2
  2. Domain d1h15e1: 1h15 E:93-190 [76460]
    Other proteins in same PDB: d1h15a1, d1h15a2, d1h15b2, d1h15d1, d1h15d2, d1h15e2
    complexed with nag, ndg
12. Domain for 1hqr:
  - Domain d1hqrb1: 1hqr B:293-390 [21614]
    Other proteins in same PDB: d1hqra1, d1hqra2, d1hqrb2, d1hqrd1, d1hqrd2
    complexed with zn
13. Domain for 1hxy:
  - Domain d1hxyb1: 1hxy B:93-190 [61388]
    Other proteins in same PDB: d1hxya1, d1hxya2, d1hxyb2, d1hxyd1, d1hxyd2
    complexed with zn
14. Domain for 1j8h:
  - Domain d1j8hb1: 1j8h B:93-190 [71604]
    Other proteins in same PDB: d1j8ha1, d1j8ha2, d1j8hb2, d1j8hd1, d1j8hd2, d1j8he1, d1j8he2
    complexed with nag; mutant
15. Domain for 1jwm:
  - Domain d1jwmb1: 1jwm B:93-190 [84238]
    Other proteins in same PDB: d1jwma1, d1jwma2, d1jwmb2, d1jwmd1, d1jwmd2
16. Domain for 1jws:
  - Domain d1jwsb1: 1jws B:93-190 [84244]
    Other proteins in same PDB: d1jwsa1, d1jwsa2, d1jwsb2, d1jwsd1, d1jwsd2
    mutant
17. Domain for 1jwu:
  - Domain d1jwub1: 1jwu B:93-190 [84250]
    Other proteins in same PDB: d1jwua1, d1jwua2, d1jwub2, d1jwud1, d1jwud2
    mutant
18. Domain for 1kg0:
  - Domain d1kg0b1: 1kg0 B:93-190 [72443]
    Other proteins in same PDB: d1kg0a1, d1kg0a2, d1kg0b2, d1kg0c_
19. Domain for 1klg:
  - Domain d1klgb1: 1klg B:93-190 [72716]
    Other proteins in same PDB: d1klga1, d1klga2, d1klgb2, d1klgd1, d1klgd2
    mutant
20. Domain for 1klu:
  - Domain d1klub1: 1klu B:93-190 [72726]
    Other proteins in same PDB: d1klua1, d1klua2, d1klub2, d1klud1, d1klud2
21. Domain for 1lo5:
  - Domain d1lo5b1: 1lo5 B:93-190 [78118]
    Other proteins in same PDB: d1lo5a1, d1lo5a2, d1lo5b2, d1lo5d1, d1lo5d2
    mutant
22. Domain for 1pyw:
  - Domain d1pywb1: 1pyw B:93-190 [95379]
    Other proteins in same PDB: d1pywa1, d1pywa2, d1pywb2, d1pywd1, d1pywd2
    complexed with ace; mutant
23. Domains for 1r5i:
  1. Domain d1r5ib1: 1r5i B:93-190 [97089]
    Other proteins in same PDB: d1r5ia1, d1r5ia2, d1r5ib2, d1r5id_, d1r5ie1, d1r5ie2, d1r5if2, d1r5ih_
  2. Domain d1r5if1: 1r5i F:93-190 [97094]
    Other proteins in same PDB: d1r5ia1, d1r5ia2, d1r5ib2, d1r5id_, d1r5ie1, d1r5ie2, d1r5if2, d1r5ih_
    complexed with po4
24. Domains for 1seb:
  1. Domain d1sebb1: 1seb B:93-192 [21602]
    Other proteins in same PDB: d1seba1, d1seba2, d1sebb2, d1sebd1, d1sebd2, d1sebe1, d1sebe2, d1sebf2, d1sebh1, d1sebh2
  2. Domain d1sebf1: 1seb F:93-192 [21604]
    Other proteins in same PDB: d1seba1, d1seba2, d1sebb2, d1sebd1, d1sebd2, d1sebe1, d1sebe2, d1sebf2, d1sebh1, d1sebh2
25. Domain for 1sje:
  - Domain d1sjeb1: 1sje B:93-190 [105642]
    Other proteins in same PDB: d1sjea1, d1sjea2, d1sjeb2, d1sjed1, d1sjed2
    mutant
26. Domain for 1sjh:
  - Domain d1sjhb1: 1sjh B:93-190 [105650]
    Other proteins in same PDB: d1sjha1, d1sjha2, d1sjhb2, d1sjhd1, d1sjhd2
    mutant
27. Domains for 1t5w:
  1. Domain d1t5wb1: 1t5w B:93-190 [106483]
    Other proteins in same PDB: d1t5wa1, d1t5wa2, d1t5wb2, d1t5wd1, d1t5wd2, d1t5we2
  2. Domain d1t5we1: 1t5w E:93-190 [106487]
    Other proteins in same PDB: d1t5wa1, d1t5wa2, d1t5wb2, d1t5wd1, d1t5wd2, d1t5we2
28. Domain for 1t5x:
  - Domain d1t5xb1: 1t5x B:93-190 [106491]
    Other proteins in same PDB: d1t5xa1, d1t5xa2, d1t5xb2, d1t5xd1, d1t5xd2
    mutant
29. Domain for 2seb:
  - Domain d2sebb1: 2seb B:93-190 [21594]
    Other proteins in same PDB: d2seba1, d2seba2, d2sebb2, d2sebd1, d2sebd2
    complexed with nag
Mouse (Mus musculus), H2-DM [TaxId:10090] [88627] (1 PDB entry)
probably orthologous to the human HLA-DM
- Domain for 1k8i:
  - Domain d1k8ib1: 1k8i B:95-190 [68303]
    Other proteins in same PDB: d1k8ia1, d1k8ia2, d1k8ib2
    complexed with nag

Mouse (Mus musculus), I-A group [TaxId:10090] [88631] (10 PDB entries)
probably orthologous to the human HLA-DQ group

Domains for 1d9k:
1. Domain d1d9kd1: 1d9k D:93-190 [21628]
  Other proteins in same PDB: d1d9ka_, d1d9kb_, d1d9kc1, d1d9kc2, d1d9kd2, d1d9ke_, d1d9kf_, d1d9kg1, d1d9kg2, d1d9kh2
2. Domain d1d9kh1: 1d9k H:93-190 [21630]
  Other proteins in same PDB: d1d9ka_, d1d9kb_, d1d9kc1, d1d9kc2, d1d9kd2, d1d9ke_, d1d9kf_, d1d9kg1, d1d9kg2, d1d9kh2
Domain for 1es0:
- Domain d1es0b1: 1es0 B:94-189 [21644]
  Other proteins in same PDB: d1es0a1, d1es0a2, d1es0b2
  contains covalently bound peptides
Domains for 1f3j:
1. Domain d1f3jb1: 1f3j B:94-191 [21646]
  Other proteins in same PDB: d1f3ja1, d1f3ja2, d1f3jb2, d1f3jd1, d1f3jd2, d1f3je2
2. Domain d1f3je1: 1f3j E:94-191 [21648]
  Other proteins in same PDB: d1f3ja1, d1f3ja2, d1f3jb2, d1f3jd1, d1f3jd2, d1f3je2
  complexed with nag
Domain for 1iak:
- Domain d1iakb1: 1iak B:93-190 [21626]
  Other proteins in same PDB: d1iaka1, d1iaka2, d1iakb2
  complexed with nag
Domain for 1iao:
- Domain d1iaob1: 1iao B:94-188 [21642]
  Other proteins in same PDB: d1iaoa1, d1iaoa2, d1iaob2
  complexed with nag
Domain for 1jl4:
- Domain d1jl4b1: 1jl4 B:93-190 [63159]
  Other proteins in same PDB: d1jl4a1, d1jl4a2, d1jl4b2, d1jl4d1, d1jl4d2
Domain for 1k2d:
- Domain d1k2db1: 1k2d B:93-190 [84293]
  Other proteins in same PDB: d1k2da1, d1k2da2, d1k2db2
  complexed with nag

Domains for 1lnu:

Domain d1lnub1: 1lnu B:121-217 [74099]
Other proteins in same PDB: d1lnua1, d1lnua2, d1lnub2, d1lnuc1, d1lnuc2, d1lnud2, d1lnue1, d1lnue2, d1lnuf2, d1lnug1, d1lnug2, d1lnuh2
Domain d1lnud1: 1lnu D:121-217 [74103]
Other proteins in same PDB: d1lnua1, d1lnua2, d1lnub2, d1lnuc1, d1lnuc2, d1lnud2, d1lnue1, d1lnue2, d1lnuf2, d1lnug1, d1lnug2, d1lnuh2
Domain d1lnuf1: 1lnu F:121-217 [74107]
Other proteins in same PDB: d1lnua1, d1lnua2, d1lnub2, d1lnuc1, d1lnuc2, d1lnud2, d1lnue1, d1lnue2, d1lnuf2, d1lnug1, d1lnug2, d1lnuh2

Domain d1lnuh1: 1lnu H:121-217 [74111]
Other proteins in same PDB: d1lnua1, d1lnua2, d1lnub2, d1lnuc1, d1lnuc2, d1lnud2, d1lnue1, d1lnue2, d1lnuf2, d1lnug1, d1lnug2, d1lnuh2
contains covalently bound peptides at the N-termini of chains B, D, F and H
complexed with nag

Domain for 1muj:
- Domain d1mujb1: 1muj B:94-192 [79490]
  Other proteins in same PDB: d1muja1, d1muja2, d1mujb2
  complexed with nag
Domain for 2iad:
- Domain d2iadb1: 2iad B:94-190 [21640]
  Other proteins in same PDB: d2iada1, d2iada2, d2iadb2
  contains covalently bound peptides

Mouse (Mus musculus), I-E group [TaxId:10090] [88629] (9 PDB entries)
probably orthologous to the human HLA-DR group

Domains for 1fne:

Domain d1fneb1: 1fne B:93-188 [59898]
Other proteins in same PDB: d1fnea1, d1fnea2, d1fneb2, d1fnec1, d1fnec2, d1fned2

Domain d1fned1: 1fne D:93-188 [59902]
Other proteins in same PDB: d1fnea1, d1fnea2, d1fneb2, d1fnec1, d1fnec2, d1fned2
contains covalently bound peptides at the N-termini of chains B and D
complexed with nag; mutant

Domains for 1fng:

Domain d1fngb1: 1fng B:93-188 [59906]
Other proteins in same PDB: d1fnga1, d1fnga2, d1fngb2, d1fngc1, d1fngc2, d1fngd2

Domain d1fngd1: 1fng D:93-188 [59910]
Other proteins in same PDB: d1fnga1, d1fnga2, d1fngb2, d1fngc1, d1fngc2, d1fngd2
contains covalently bound peptides at the N-termini of chains B and D
complexed with nag

Domains for 1i3r:

Domain d1i3rb1: 1i3r B:121-216 [61622]
Other proteins in same PDB: d1i3ra1, d1i3ra2, d1i3rb2, d1i3rc1, d1i3rc2, d1i3rd2, d1i3re1, d1i3re2, d1i3rf2, d1i3rg1, d1i3rg2, d1i3rh2
Domain d1i3rd1: 1i3r D:121-216 [61626]
Other proteins in same PDB: d1i3ra1, d1i3ra2, d1i3rb2, d1i3rc1, d1i3rc2, d1i3rd2, d1i3re1, d1i3re2, d1i3rf2, d1i3rg1, d1i3rg2, d1i3rh2
Domain d1i3rf1: 1i3r F:121-216 [61630]
Other proteins in same PDB: d1i3ra1, d1i3ra2, d1i3rb2, d1i3rc1, d1i3rc2, d1i3rd2, d1i3re1, d1i3re2, d1i3rf2, d1i3rg1, d1i3rg2, d1i3rh2

Domain d1i3rh1: 1i3r H:121-216 [61634]
Other proteins in same PDB: d1i3ra1, d1i3ra2, d1i3rb2, d1i3rc1, d1i3rc2, d1i3rd2, d1i3re1, d1i3re2, d1i3rf2, d1i3rg1, d1i3rg2, d1i3rh2
contains covalently bound peptides at the N-termini of chains B, D, F and H
complexed with nag; mutant

Domains for 1iea:

Domain d1ieab1: 1iea B:93-188 [21632]
Other proteins in same PDB: d1ieaa1, d1ieaa2, d1ieab2, d1ieac1, d1ieac2, d1iead2

Domain d1iead1: 1iea D:93-188 [21634]
Other proteins in same PDB: d1ieaa1, d1ieaa2, d1ieab2, d1ieac1, d1ieac2, d1iead2
contains covalently bound peptides at the N-termini of chains B and D
complexed with nag

Domains for 1ieb:

Domain d1iebb1: 1ieb B:93-188 [21636]
Other proteins in same PDB: d1ieba1, d1ieba2, d1iebb2, d1iebc1, d1iebc2, d1iebd2

Domain d1iebd1: 1ieb D:93-188 [21638]
Other proteins in same PDB: d1ieba1, d1ieba2, d1iebb2, d1iebc1, d1iebc2, d1iebd2
contains covalently bound peptides at the N-termini of chains B and D
complexed with nag, so4

Domains for 1kt2:

Domain d1kt2b1: 1kt2 B:121-215 [72953]
Other proteins in same PDB: d1kt2a1, d1kt2a2, d1kt2b2, d1kt2c1, d1kt2c2, d1kt2d2

Domain d1kt2d1: 1kt2 D:121-215 [72957]
Other proteins in same PDB: d1kt2a1, d1kt2a2, d1kt2b2, d1kt2c1, d1kt2c2, d1kt2d2
contains covalently bound peptides at the N-termini of chains B and D
complexed with nag

Domains for 1ktd:

Domain d1ktdb1: 1ktd B:121-215 [72966]
Other proteins in same PDB: d1ktda1, d1ktda2, d1ktdb2, d1ktdc1, d1ktdc2, d1ktdd2

Domain d1ktdd1: 1ktd D:121-215 [72970]
Other proteins in same PDB: d1ktda1, d1ktda2, d1ktdb2, d1ktdc1, d1ktdc2, d1ktdd2
contains covalently bound peptides at the N-termini of chains B and D
complexed with nag, so4; mutant

Domains for 1r5v:
1. Domain d1r5vb1: 1r5v B:121-215 [97118]
  Other proteins in same PDB: d1r5va1, d1r5va2, d1r5vb2, d1r5vc1, d1r5vc2, d1r5vd2
2. Domain d1r5vd1: 1r5v D:121-215 [97122]
  Other proteins in same PDB: d1r5va1, d1r5va2, d1r5vb2, d1r5vc1, d1r5vc2, d1r5vd2
Domains for 1r5w:
1. Domain d1r5wb1: 1r5w B:121-215 [97126]
  Other proteins in same PDB: d1r5wa1, d1r5wa2, d1r5wb2, d1r5wc1, d1r5wc2, d1r5wd2
2. Domain d1r5wd1: 1r5w D:121-215 [97130]
  Other proteins in same PDB: d1r5wa1, d1r5wa2, d1r5wb2, d1r5wc1, d1r5wc2, d1r5wd2
  mutant

More info for Protein Class II MHC beta chain, C-terminal domain from b.1.1.2: C1 set domains (antibody constant domain-like)

Timeline for Protein Class II MHC beta chain, C-terminal domain from b.1.1.2: C1 set domains (antibody constant domain-like):

Protein Class II MHC beta chain, C-terminal domain from b.1.1.2: C1 set domains (antibody constant domain-like) first appeared in SCOP 1.65
Protein Class II MHC beta chain, C-terminal domain from b.1.1.2: C1 set domains (antibody constant domain-like) appears in SCOP 1.69
Protein Class II MHC beta chain, C-terminal domain from b.1.1.2: C1 set domains (antibody constant domain-like) appears in SCOP 1.73
Protein Class II MHC beta chain, C-terminal domain from b.1.1.2: C1 set domains (antibody constant domain-like) appears in the current release, SCOPe 2.08