SCOP 1.71: Protein: Class II MHC alpha chain, C-terminal domain

Lineage for Protein: Class II MHC alpha chain, C-terminal domain

Root: SCOP 1.71
Class b: All beta proteins [48724] (149 folds)
Fold b.1: Immunoglobulin-like beta-sandwich [48725] (25 superfamilies)
sandwich; 7 strands in 2 sheets; greek-key
some members of the fold have additional strands
Superfamily b.1.1: Immunoglobulin [48726] (4 families)
Family b.1.1.2: C1 set domains (antibody constant domain-like) [48942] (23 proteins)
Protein Class II MHC alpha chain, C-terminal domain [88618] (6 species)

Species:

Human (Homo sapiens), HLA-DM [TaxId:9606] [88619] (1 PDB entry)
probably orthologous to the mouse H2-DM
- Domain for 1hdm:
  - Domain d1hdma1: 1hdm A:94-196 [21583]
    Other proteins in same PDB: d1hdma2, d1hdmb1, d1hdmb2
Human (Homo sapiens), HLA-DQ group [TaxId:9606] [88623] (3 PDB entries)
probably orthologous to the mouse I-A group
1. Domain for 1jk8:
  - Domain d1jk8a1: 1jk8 A:85-181 [63145]
    Other proteins in same PDB: d1jk8a2, d1jk8b1, d1jk8b2
    complexed with a human insulin peptide
    complexed with nag
2. Domains for 1s9v:
  1. Domain d1s9va1: 1s9v A:85-180 [98760]
    Other proteins in same PDB: d1s9va2, d1s9vb1, d1s9vb2, d1s9vd2, d1s9ve1, d1s9ve2
  2. Domain d1s9vd1: 1s9v D:85-178 [98764]
    Other proteins in same PDB: d1s9va2, d1s9vb1, d1s9vb2, d1s9vd2, d1s9ve1, d1s9ve2
    complexed with deamidated gliadin peptide
    complexed with edo
3. Domain for 1uvq:
  - Domain d1uvqa1: 1uvq A:85-183 [100062]
    Other proteins in same PDB: d1uvqa2, d1uvqb1, d1uvqb2
    complexed with a hypocretin peptide
    complexed with acy, bma, fuc, gly, nag, zn
Human (Homo sapiens), HLA-DR group [TaxId:9606] [88621] (29 PDB entries)
probably orthologous to the mouse I-E group
1. Domain for 1a6a:
  - Domain d1a6aa1: 1a6a A:82-180 [21615]
    Other proteins in same PDB: d1a6aa2, d1a6ab1, d1a6ab2
    complexed with nag
2. Domains for 1aqd:
  1. Domain d1aqda1: 1aqd A:82-181 [21585]
    Other proteins in same PDB: d1aqda2, d1aqdb1, d1aqdb2, d1aqdd2, d1aqde1, d1aqde2, d1aqdg2, d1aqdh1, d1aqdh2, d1aqdj2, d1aqdk1, d1aqdk2
  2. Domain d1aqdd1: 1aqd D:82-179 [21587]
    Other proteins in same PDB: d1aqda2, d1aqdb1, d1aqdb2, d1aqdd2, d1aqde1, d1aqde2, d1aqdg2, d1aqdh1, d1aqdh2, d1aqdj2, d1aqdk1, d1aqdk2
  3. Domain d1aqdg1: 1aqd G:82-179 [21589]
    Other proteins in same PDB: d1aqda2, d1aqdb1, d1aqdb2, d1aqdd2, d1aqde1, d1aqde2, d1aqdg2, d1aqdh1, d1aqdh2, d1aqdj2, d1aqdk1, d1aqdk2
  4. Domain d1aqdj1: 1aqd J:82-179 [21591]
    Other proteins in same PDB: d1aqda2, d1aqdb1, d1aqdb2, d1aqdd2, d1aqde1, d1aqde2, d1aqdg2, d1aqdh1, d1aqdh2, d1aqdj2, d1aqdk1, d1aqdk2
3. Domains for 1bx2:
  1. Domain d1bx2a1: 1bx2 A:82-181 [21609]
    Other proteins in same PDB: d1bx2a2, d1bx2b1, d1bx2b2, d1bx2d2, d1bx2e1, d1bx2e2
  2. Domain d1bx2d1: 1bx2 D:82-181 [21611]
    Other proteins in same PDB: d1bx2a2, d1bx2b1, d1bx2b2, d1bx2d2, d1bx2e1, d1bx2e2
    complexed with nag
4. Domain for 1d5m:
  - Domain d1d5ma1: 1d5m A:82-181 [21617]
    Other proteins in same PDB: d1d5ma2, d1d5mb1, d1d5mb2, d1d5mc1, d1d5mc2
    complexed with ace, nag
5. Domain for 1d5x:
  - Domain d1d5xa1: 1d5x A:82-181 [21623]
    Other proteins in same PDB: d1d5xa2, d1d5xb1, d1d5xb2, d1d5xc1, d1d5xc2
    complexed with ace, haq
6. Domain for 1d5z:
  - Domain d1d5za1: 1d5z A:82-180 [21619]
    Other proteins in same PDB: d1d5za2, d1d5zb1, d1d5zb2, d1d5zc1, d1d5zc2
    complexed with ace, oda
7. Domain for 1d6e:
  - Domain d1d6ea1: 1d6e A:82-180 [21621]
    Other proteins in same PDB: d1d6ea2, d1d6eb1, d1d6eb2, d1d6ec1, d1d6ec2
    complexed with ace
8. Domains for 1dlh:
  1. Domain d1dlha1: 1dlh A:82-182 [21597]
    Other proteins in same PDB: d1dlha2, d1dlhb1, d1dlhb2, d1dlhd2, d1dlhe1, d1dlhe2
  2. Domain d1dlhd1: 1dlh D:82-182 [21599]
    Other proteins in same PDB: d1dlha2, d1dlhb1, d1dlhb2, d1dlhd2, d1dlhe1, d1dlhe2
    complexed with nag
9. Domains for 1fv1:
  1. Domain d1fv1a1: 1fv1 A:82-181 [21605]
    Other proteins in same PDB: d1fv1a2, d1fv1b1, d1fv1b2, d1fv1d2, d1fv1e1, d1fv1e2
  2. Domain d1fv1d1: 1fv1 D:82-181 [21607]
    Other proteins in same PDB: d1fv1a2, d1fv1b1, d1fv1b2, d1fv1d2, d1fv1e1, d1fv1e2
    complexed with cry, so4
10. Domain for 1fyt:
  - Domain d1fyta1: 1fyt A:82-181 [21595]
    Other proteins in same PDB: d1fyta2, d1fytb1, d1fytb2, d1fytd1, d1fytd2, d1fyte1, d1fyte2
    complexed with nag; mutant
11. Domains for 1h15:
  1. Domain d1h15a1: 1h15 A:82-182 [76454]
    Other proteins in same PDB: d1h15a2, d1h15b1, d1h15b2, d1h15d2, d1h15e1, d1h15e2
  2. Domain d1h15d1: 1h15 D:82-182 [76458]
    Other proteins in same PDB: d1h15a2, d1h15b1, d1h15b2, d1h15d2, d1h15e1, d1h15e2
    complexed with nag, ndg
12. Domain for 1hqr:
  - Domain d1hqra1: 1hqr A:82-181 [21613]
    Other proteins in same PDB: d1hqra2, d1hqrb1, d1hqrb2, d1hqrd1, d1hqrd2
    complexed with zn
13. Domain for 1hxy:
  - Domain d1hxya1: 1hxy A:82-182 [61386]
    Other proteins in same PDB: d1hxya2, d1hxyb1, d1hxyb2, d1hxyd1, d1hxyd2
    complexed with zn
14. Domain for 1j8h:
  - Domain d1j8ha1: 1j8h A:82-181 [71602]
    Other proteins in same PDB: d1j8ha2, d1j8hb1, d1j8hb2, d1j8hd1, d1j8hd2, d1j8he1, d1j8he2
    complexed with nag; mutant
15. Domain for 1jwm:
  - Domain d1jwma1: 1jwm A:82-182 [84236]
    Other proteins in same PDB: d1jwma2, d1jwmb1, d1jwmb2, d1jwmd1, d1jwmd2
16. Domain for 1jws:
  - Domain d1jwsa1: 1jws A:82-182 [84242]
    Other proteins in same PDB: d1jwsa2, d1jwsb1, d1jwsb2, d1jwsd1, d1jwsd2
    mutant
17. Domain for 1jwu:
  - Domain d1jwua1: 1jwu A:82-182 [84248]
    Other proteins in same PDB: d1jwua2, d1jwub1, d1jwub2, d1jwud1, d1jwud2
    mutant
18. Domain for 1kg0:
  - Domain d1kg0a1: 1kg0 A:82-182 [72441]
    Other proteins in same PDB: d1kg0a2, d1kg0b1, d1kg0b2, d1kg0c_
19. Domain for 1klg:
  - Domain d1klga1: 1klg A:82-180 [72714]
    Other proteins in same PDB: d1klga2, d1klgb1, d1klgb2, d1klgd1, d1klgd2
    mutant
20. Domain for 1klu:
  - Domain d1klua1: 1klu A:82-182 [72724]
    Other proteins in same PDB: d1klua2, d1klub1, d1klub2, d1klud1, d1klud2
21. Domain for 1lo5:
  - Domain d1lo5a1: 1lo5 A:82-182 [78116]
    Other proteins in same PDB: d1lo5a2, d1lo5b1, d1lo5b2, d1lo5d1, d1lo5d2
    mutant
22. Domain for 1pyw:
  - Domain d1pywa1: 1pyw A:82-182 [95377]
    Other proteins in same PDB: d1pywa2, d1pywb1, d1pywb2, d1pywd1, d1pywd2
    complexed with ace; mutant
23. Domains for 1r5i:
  1. Domain d1r5ia1: 1r5i A:82-181 [97087]
    Other proteins in same PDB: d1r5ia2, d1r5ib1, d1r5ib2, d1r5id_, d1r5ie2, d1r5if1, d1r5if2, d1r5ih_
  2. Domain d1r5ie1: 1r5i E:82-181 [97092]
    Other proteins in same PDB: d1r5ia2, d1r5ib1, d1r5ib2, d1r5id_, d1r5ie2, d1r5if1, d1r5if2, d1r5ih_
    complexed with po4
24. Domains for 1seb:
  1. Domain d1seba1: 1seb A:82-181 [21601]
    Other proteins in same PDB: d1seba2, d1sebb1, d1sebb2, d1sebd1, d1sebd2, d1sebe2, d1sebf1, d1sebf2, d1sebh1, d1sebh2
  2. Domain d1sebe1: 1seb E:82-181 [21603]
    Other proteins in same PDB: d1seba2, d1sebb1, d1sebb2, d1sebd1, d1sebd2, d1sebe2, d1sebf1, d1sebf2, d1sebh1, d1sebh2
25. Domain for 1sje:
  - Domain d1sjea1: 1sje A:82-181 [105640]
    Other proteins in same PDB: d1sjea2, d1sjeb1, d1sjeb2, d1sjed1, d1sjed2
    mutant
26. Domain for 1sjh:
  - Domain d1sjha1: 1sjh A:82-181 [105648]
    Other proteins in same PDB: d1sjha2, d1sjhb1, d1sjhb2, d1sjhd1, d1sjhd2
    mutant
27. Domains for 1t5w:
  1. Domain d1t5wa1: 1t5w A:82-181 [106481]
    Other proteins in same PDB: d1t5wa2, d1t5wb1, d1t5wb2, d1t5wd2, d1t5we1, d1t5we2
  2. Domain d1t5wd1: 1t5w D:82-181 [106485]
    Other proteins in same PDB: d1t5wa2, d1t5wb1, d1t5wb2, d1t5wd2, d1t5we1, d1t5we2
28. Domain for 1t5x:
  - Domain d1t5xa1: 1t5x A:82-181 [106489]
    Other proteins in same PDB: d1t5xa2, d1t5xb1, d1t5xb2, d1t5xd1, d1t5xd2
    mutant
29. Domain for 2seb:
  - Domain d2seba1: 2seb A:82-180 [21593]
    Other proteins in same PDB: d2seba2, d2sebb1, d2sebb2, d2sebd1, d2sebd2
    complexed with nag
Mouse (Mus musculus), H2-DM [TaxId:10090] [88620] (1 PDB entry)
probably orthologous to the human HLA-DM
- Domain for 1k8i:
  - Domain d1k8ia1: 1k8i A:93-191 [68301]
    Other proteins in same PDB: d1k8ia2, d1k8ib1, d1k8ib2
    complexed with nag
Mouse (Mus musculus), I-A group [TaxId:10090] [88624] (10 PDB entries)
probably orthologous to the human HLA-DQ group
1. Domains for 1d9k:
  1. Domain d1d9kc1: 1d9k C:82-182 [21627]
    Other proteins in same PDB: d1d9ka_, d1d9kb_, d1d9kc2, d1d9kd1, d1d9kd2, d1d9ke_, d1d9kf_, d1d9kg2, d1d9kh1, d1d9kh2
  2. Domain d1d9kg1: 1d9k G:82-182 [21629]
    Other proteins in same PDB: d1d9ka_, d1d9kb_, d1d9kc2, d1d9kd1, d1d9kd2, d1d9ke_, d1d9kf_, d1d9kg2, d1d9kh1, d1d9kh2
2. Domain for 1es0:
  - Domain d1es0a1: 1es0 A:83-180 [21643]
    Other proteins in same PDB: d1es0a2, d1es0b1, d1es0b2
    contains covalently bound peptides
3. Domains for 1f3j:
  1. Domain d1f3ja1: 1f3j A:83-181 [21645]
    Other proteins in same PDB: d1f3ja2, d1f3jb1, d1f3jb2, d1f3jd2, d1f3je1, d1f3je2
  2. Domain d1f3jd1: 1f3j D:83-181 [21647]
    Other proteins in same PDB: d1f3ja2, d1f3jb1, d1f3jb2, d1f3jd2, d1f3je1, d1f3je2
    complexed with nag
4. Domain for 1iak:
  - Domain d1iaka1: 1iak A:82-181 [21625]
    Other proteins in same PDB: d1iaka2, d1iakb1, d1iakb2
    complexed with nag
5. Domain for 1iao:
  - Domain d1iaoa1: 1iao A:83-178 [21641]
    Other proteins in same PDB: d1iaoa2, d1iaob1, d1iaob2
    complexed with nag
6. Domain for 1jl4:
  - Domain d1jl4a1: 1jl4 A:82-181 [63157]
    Other proteins in same PDB: d1jl4a2, d1jl4b1, d1jl4b2, d1jl4d1, d1jl4d2
7. Domain for 1k2d:
  - Domain d1k2da1: 1k2d A:82-181 [84291]
    Other proteins in same PDB: d1k2da2, d1k2db1, d1k2db2
    complexed with nag
8. Domains for 1lnu:
  1. Domain d1lnua1: 1lnu A:84-182 [74097]
    Other proteins in same PDB: d1lnua2, d1lnub1, d1lnub2, d1lnuc2, d1lnud1, d1lnud2, d1lnue2, d1lnuf1, d1lnuf2, d1lnug2, d1lnuh1, d1lnuh2
  2. Domain d1lnuc1: 1lnu C:84-182 [74101]
    Other proteins in same PDB: d1lnua2, d1lnub1, d1lnub2, d1lnuc2, d1lnud1, d1lnud2, d1lnue2, d1lnuf1, d1lnuf2, d1lnug2, d1lnuh1, d1lnuh2
  3. Domain d1lnue1: 1lnu E:84-182 [74105]
    Other proteins in same PDB: d1lnua2, d1lnub1, d1lnub2, d1lnuc2, d1lnud1, d1lnud2, d1lnue2, d1lnuf1, d1lnuf2, d1lnug2, d1lnuh1, d1lnuh2
  4. Domain d1lnug1: 1lnu G:84-182 [74109]
    Other proteins in same PDB: d1lnua2, d1lnub1, d1lnub2, d1lnuc2, d1lnud1, d1lnud2, d1lnue2, d1lnuf1, d1lnuf2, d1lnug2, d1lnuh1, d1lnuh2
    complexed with nag
9. Domain for 1muj:
  - Domain d1muja1: 1muj A:84-183 [79488]
    Other proteins in same PDB: d1muja2, d1mujb1, d1mujb2
    complexed with nag
10. Domain for 2iad:
  - Domain d2iada1: 2iad A:83-186 [21639]
    Other proteins in same PDB: d2iada2, d2iadb1, d2iadb2
    contains covalently bound peptides
Mouse (Mus musculus), I-E group [TaxId:10090] [88622] (9 PDB entries)
probably orthologous to the human HLA-DR group
1. Domains for 1fne:
  1. Domain d1fnea1: 1fne A:82-182 [59896]
    Other proteins in same PDB: d1fnea2, d1fneb1, d1fneb2, d1fnec2, d1fned1, d1fned2
  2. Domain d1fnec1: 1fne C:82-182 [59900]
    Other proteins in same PDB: d1fnea2, d1fneb1, d1fneb2, d1fnec2, d1fned1, d1fned2
    complexed with nag; mutant
2. Domains for 1fng:
  1. Domain d1fnga1: 1fng A:82-182 [59904]
    Other proteins in same PDB: d1fnga2, d1fngb1, d1fngb2, d1fngc2, d1fngd1, d1fngd2
  2. Domain d1fngc1: 1fng C:82-182 [59908]
    Other proteins in same PDB: d1fnga2, d1fngb1, d1fngb2, d1fngc2, d1fngd1, d1fngd2
    complexed with nag
3. Domains for 1i3r:
  1. Domain d1i3ra1: 1i3r A:82-182 [61620]
    Other proteins in same PDB: d1i3ra2, d1i3rb1, d1i3rb2, d1i3rc2, d1i3rd1, d1i3rd2, d1i3re2, d1i3rf1, d1i3rf2, d1i3rg2, d1i3rh1, d1i3rh2
  2. Domain d1i3rc1: 1i3r C:82-182 [61624]
    Other proteins in same PDB: d1i3ra2, d1i3rb1, d1i3rb2, d1i3rc2, d1i3rd1, d1i3rd2, d1i3re2, d1i3rf1, d1i3rf2, d1i3rg2, d1i3rh1, d1i3rh2
  3. Domain d1i3re1: 1i3r E:82-182 [61628]
    Other proteins in same PDB: d1i3ra2, d1i3rb1, d1i3rb2, d1i3rc2, d1i3rd1, d1i3rd2, d1i3re2, d1i3rf1, d1i3rf2, d1i3rg2, d1i3rh1, d1i3rh2
  4. Domain d1i3rg1: 1i3r G:82-182 [61632]
    Other proteins in same PDB: d1i3ra2, d1i3rb1, d1i3rb2, d1i3rc2, d1i3rd1, d1i3rd2, d1i3re2, d1i3rf1, d1i3rf2, d1i3rg2, d1i3rh1, d1i3rh2
    complexed with nag; mutant
4. Domains for 1iea:
  1. Domain d1ieaa1: 1iea A:82-182 [21631]
    Other proteins in same PDB: d1ieaa2, d1ieab1, d1ieab2, d1ieac2, d1iead1, d1iead2
  2. Domain d1ieac1: 1iea C:82-182 [21633]
    Other proteins in same PDB: d1ieaa2, d1ieab1, d1ieab2, d1ieac2, d1iead1, d1iead2
    complexed with nag
5. Domains for 1ieb:
  1. Domain d1ieba1: 1ieb A:82-182 [21635]
    Other proteins in same PDB: d1ieba2, d1iebb1, d1iebb2, d1iebc2, d1iebd1, d1iebd2
  2. Domain d1iebc1: 1ieb C:82-182 [21637]
    Other proteins in same PDB: d1ieba2, d1iebb1, d1iebb2, d1iebc2, d1iebd1, d1iebd2
    complexed with nag, so4
6. Domains for 1kt2:
  1. Domain d1kt2a1: 1kt2 A:82-182 [72951]
    Other proteins in same PDB: d1kt2a2, d1kt2b1, d1kt2b2, d1kt2c2, d1kt2d1, d1kt2d2
  2. Domain d1kt2c1: 1kt2 C:82-182 [72955]
    Other proteins in same PDB: d1kt2a2, d1kt2b1, d1kt2b2, d1kt2c2, d1kt2d1, d1kt2d2
    complexed with nag
7. Domains for 1ktd:
  1. Domain d1ktda1: 1ktd A:82-182 [72964]
    Other proteins in same PDB: d1ktda2, d1ktdb1, d1ktdb2, d1ktdc2, d1ktdd1, d1ktdd2
  2. Domain d1ktdc1: 1ktd C:82-182 [72968]
    Other proteins in same PDB: d1ktda2, d1ktdb1, d1ktdb2, d1ktdc2, d1ktdd1, d1ktdd2
    complexed with nag, so4; mutant
8. Domains for 1r5v:
  1. Domain d1r5va1: 1r5v A:82-182 [97116]
    Other proteins in same PDB: d1r5va2, d1r5vb1, d1r5vb2, d1r5vc2, d1r5vd1, d1r5vd2
  2. Domain d1r5vc1: 1r5v C:82-182 [97120]
    Other proteins in same PDB: d1r5va2, d1r5vb1, d1r5vb2, d1r5vc2, d1r5vd1, d1r5vd2
9. Domains for 1r5w:
  1. Domain d1r5wa1: 1r5w A:82-182 [97124]
    Other proteins in same PDB: d1r5wa2, d1r5wb1, d1r5wb2, d1r5wc2, d1r5wd1, d1r5wd2
  2. Domain d1r5wc1: 1r5w C:82-182 [97128]
    Other proteins in same PDB: d1r5wa2, d1r5wb1, d1r5wb2, d1r5wc2, d1r5wd1, d1r5wd2
    mutant

More info for Protein Class II MHC alpha chain, C-terminal domain from b.1.1.2: C1 set domains (antibody constant domain-like)

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Protein Class II MHC alpha chain, C-terminal domain from b.1.1.2: C1 set domains (antibody constant domain-like) first appeared in SCOP 1.65
Protein Class II MHC alpha chain, C-terminal domain from b.1.1.2: C1 set domains (antibody constant domain-like) appears in SCOP 1.69
Protein Class II MHC alpha chain, C-terminal domain from b.1.1.2: C1 set domains (antibody constant domain-like) appears in SCOP 1.73
Protein Class II MHC alpha chain, C-terminal domain from b.1.1.2: C1 set domains (antibody constant domain-like) appears in the current release, SCOPe 2.08