Lineage for Protein: Class II MHC alpha chain, C-terminal domain

  1. Root: SCOP 1.69
  2. 450777Class b: All beta proteins [48724] (144 folds)
  3. 450778Fold b.1: Immunoglobulin-like beta-sandwich [48725] (23 superfamilies)
    sandwich; 7 strands in 2 sheets; greek-key
    some members of the fold have additional strands
  4. 450779Superfamily b.1.1: Immunoglobulin [48726] (4 families) (S)
  5. 452577Family b.1.1.2: C1 set domains (antibody constant domain-like) [48942] (23 proteins)
  6. 453045Protein Class II MHC alpha chain, C-terminal domain [88618] (6 species)

Species:

  1. 453046Human (Homo sapiens), HLA-DM [TaxId:9606] [88619] (1 PDB entry)
    probably orthologous to the mouse H2-DM
  2. 453048Human (Homo sapiens), HLA-DQ group [TaxId:9606] [88623] (3 PDB entries)
    probably orthologous to the mouse I-A group
    1. Domain for 1jk8:
    2. Domains for 1s9v:
      1. 453050Domain d1s9va1: 1s9v A:85-180 [98760]
        Other proteins in same PDB: d1s9va2, d1s9vb1, d1s9vb2, d1s9vd2, d1s9ve1, d1s9ve2
      2. 453051Domain d1s9vd1: 1s9v D:85-178 [98764]
        Other proteins in same PDB: d1s9va2, d1s9vb1, d1s9vb2, d1s9vd2, d1s9ve1, d1s9ve2
        complexed with deamidated gliadin peptide
    3. Domain for 1uvq:
  3. 453053Human (Homo sapiens), HLA-DR group [TaxId:9606] [88621] (29 PDB entries)
    probably orthologous to the mouse I-E group
    1. Domain for 1a6a:
    2. Domains for 1aqd:
      1. 453067Domain d1aqda1: 1aqd A:82-181 [21585]
        Other proteins in same PDB: d1aqda2, d1aqdb1, d1aqdb2, d1aqdd2, d1aqde1, d1aqde2, d1aqdg2, d1aqdh1, d1aqdh2, d1aqdj2, d1aqdk1, d1aqdk2
      2. 453068Domain d1aqdd1: 1aqd D:82-179 [21587]
        Other proteins in same PDB: d1aqda2, d1aqdb1, d1aqdb2, d1aqdd2, d1aqde1, d1aqde2, d1aqdg2, d1aqdh1, d1aqdh2, d1aqdj2, d1aqdk1, d1aqdk2
      3. 453069Domain d1aqdg1: 1aqd G:82-179 [21589]
        Other proteins in same PDB: d1aqda2, d1aqdb1, d1aqdb2, d1aqdd2, d1aqde1, d1aqde2, d1aqdg2, d1aqdh1, d1aqdh2, d1aqdj2, d1aqdk1, d1aqdk2
      4. 453070Domain d1aqdj1: 1aqd J:82-179 [21591]
        Other proteins in same PDB: d1aqda2, d1aqdb1, d1aqdb2, d1aqdd2, d1aqde1, d1aqde2, d1aqdg2, d1aqdh1, d1aqdh2, d1aqdj2, d1aqdk1, d1aqdk2
    3. Domains for 1bx2:
      1. 453084Domain d1bx2a1: 1bx2 A:82-181 [21609]
        Other proteins in same PDB: d1bx2a2, d1bx2b1, d1bx2b2, d1bx2d2, d1bx2e1, d1bx2e2
      2. 453085Domain d1bx2d1: 1bx2 D:82-181 [21611]
        Other proteins in same PDB: d1bx2a2, d1bx2b1, d1bx2b2, d1bx2d2, d1bx2e1, d1bx2e2
    4. Domain for 1d5m:
    5. Domain for 1d5x:
    6. Domain for 1d5z:
    7. Domain for 1d6e:
    8. Domains for 1dlh:
      1. 453082Domain d1dlha1: 1dlh A:82-182 [21597]
        Other proteins in same PDB: d1dlha2, d1dlhb1, d1dlhb2, d1dlhd2, d1dlhe1, d1dlhe2
      2. 453083Domain d1dlhd1: 1dlh D:82-182 [21599]
        Other proteins in same PDB: d1dlha2, d1dlhb1, d1dlhb2, d1dlhd2, d1dlhe1, d1dlhe2
    9. Domains for 1fv1:
      1. 453054Domain d1fv1a1: 1fv1 A:82-181 [21605]
        Other proteins in same PDB: d1fv1a2, d1fv1b1, d1fv1b2, d1fv1d2, d1fv1e1, d1fv1e2
      2. 453055Domain d1fv1d1: 1fv1 D:82-181 [21607]
        Other proteins in same PDB: d1fv1a2, d1fv1b1, d1fv1b2, d1fv1d2, d1fv1e1, d1fv1e2
    10. Domain for 1fyt:
    11. Domains for 1h15:
      1. 453089Domain d1h15a1: 1h15 A:82-182 [76454]
        Other proteins in same PDB: d1h15a2, d1h15b1, d1h15b2, d1h15d2, d1h15e1, d1h15e2
      2. 453090Domain d1h15d1: 1h15 D:82-182 [76458]
        Other proteins in same PDB: d1h15a2, d1h15b1, d1h15b2, d1h15d2, d1h15e1, d1h15e2
    12. Domain for 1hqr:
    13. Domain for 1hxy:
    14. Domain for 1j8h:
    15. Domain for 1jwm:
    16. Domain for 1jws:
    17. Domain for 1jwu:
    18. Domain for 1kg0:
    19. Domain for 1klg:
    20. Domain for 1klu:
    21. Domain for 1lo5:
    22. Domain for 1pyw:
    23. Domains for 1r5i:
      1. 453080Domain d1r5ia1: 1r5i A:82-181 [97087]
        Other proteins in same PDB: d1r5ia2, d1r5ib1, d1r5ib2, d1r5id_, d1r5ie2, d1r5if1, d1r5if2, d1r5ih_
      2. 453081Domain d1r5ie1: 1r5i E:82-181 [97092]
        Other proteins in same PDB: d1r5ia2, d1r5ib1, d1r5ib2, d1r5id_, d1r5ie2, d1r5if1, d1r5if2, d1r5ih_
    24. Domains for 1seb:
      1. 453087Domain d1seba1: 1seb A:82-181 [21601]
        Other proteins in same PDB: d1seba2, d1sebb1, d1sebb2, d1sebd1, d1sebd2, d1sebe2, d1sebf1, d1sebf2, d1sebh1, d1sebh2
      2. 453088Domain d1sebe1: 1seb E:82-181 [21603]
        Other proteins in same PDB: d1seba2, d1sebb1, d1sebb2, d1sebd1, d1sebd2, d1sebe2, d1sebf1, d1sebf2, d1sebh1, d1sebh2
    25. Domain for 1sje:
    26. Domain for 1sjh:
    27. Domains for 1t5w:
      1. 453071Domain d1t5wa1: 1t5w A:82-181 [106481]
        Other proteins in same PDB: d1t5wa2, d1t5wb1, d1t5wb2, d1t5wd2, d1t5we1, d1t5we2
      2. 453072Domain d1t5wd1: 1t5w D:82-181 [106485]
        Other proteins in same PDB: d1t5wa2, d1t5wb1, d1t5wb2, d1t5wd2, d1t5we1, d1t5we2
    28. Domain for 1t5x:
    29. Domain for 2seb:
  4. 453093Mouse (Mus musculus), H2-DM [TaxId:10090] [88620] (1 PDB entry)
    probably orthologous to the human HLA-DM
  5. 453095Mouse (Mus musculus), I-A group [TaxId:10090] [88624] (10 PDB entries)
    probably orthologous to the human HLA-DQ group
    1. Domains for 1d9k:
      1. 453109Domain d1d9kc1: 1d9k C:82-182 [21627]
        Other proteins in same PDB: d1d9ka_, d1d9kb_, d1d9kc2, d1d9kd1, d1d9kd2, d1d9ke_, d1d9kf_, d1d9kg2, d1d9kh1, d1d9kh2
      2. 453110Domain d1d9kg1: 1d9k G:82-182 [21629]
        Other proteins in same PDB: d1d9ka_, d1d9kb_, d1d9kc2, d1d9kd1, d1d9kd2, d1d9ke_, d1d9kf_, d1d9kg2, d1d9kh1, d1d9kh2
    2. Domain for 1es0:
    3. Domains for 1f3j:
      1. 453101Domain d1f3ja1: 1f3j A:83-181 [21645]
        Other proteins in same PDB: d1f3ja2, d1f3jb1, d1f3jb2, d1f3jd2, d1f3je1, d1f3je2
      2. 453102Domain d1f3jd1: 1f3j D:83-181 [21647]
        Other proteins in same PDB: d1f3ja2, d1f3jb1, d1f3jb2, d1f3jd2, d1f3je1, d1f3je2
    4. Domain for 1iak:
    5. Domain for 1iao:
    6. Domain for 1jl4:
    7. Domain for 1k2d:
    8. Domains for 1lnu:
      1. 453103Domain d1lnua1: 1lnu A:84-182 [74097]
        Other proteins in same PDB: d1lnua2, d1lnub1, d1lnub2, d1lnuc2, d1lnud1, d1lnud2, d1lnue2, d1lnuf1, d1lnuf2, d1lnug2, d1lnuh1, d1lnuh2
      2. 453104Domain d1lnuc1: 1lnu C:84-182 [74101]
        Other proteins in same PDB: d1lnua2, d1lnub1, d1lnub2, d1lnuc2, d1lnud1, d1lnud2, d1lnue2, d1lnuf1, d1lnuf2, d1lnug2, d1lnuh1, d1lnuh2
      3. 453105Domain d1lnue1: 1lnu E:84-182 [74105]
        Other proteins in same PDB: d1lnua2, d1lnub1, d1lnub2, d1lnuc2, d1lnud1, d1lnud2, d1lnue2, d1lnuf1, d1lnuf2, d1lnug2, d1lnuh1, d1lnuh2
      4. 453106Domain d1lnug1: 1lnu G:84-182 [74109]
        Other proteins in same PDB: d1lnua2, d1lnub1, d1lnub2, d1lnuc2, d1lnud1, d1lnud2, d1lnue2, d1lnuf1, d1lnuf2, d1lnug2, d1lnuh1, d1lnuh2
    9. Domain for 1muj:
    10. Domain for 2iad:
  6. 453111Mouse (Mus musculus), I-E group [TaxId:10090] [88622] (9 PDB entries)
    probably orthologous to the human HLA-DR group
    1. Domains for 1fne:
      1. 453114Domain d1fnea1: 1fne A:82-182 [59896]
        Other proteins in same PDB: d1fnea2, d1fneb1, d1fneb2, d1fnec2, d1fned1, d1fned2
      2. 453115Domain d1fnec1: 1fne C:82-182 [59900]
        Other proteins in same PDB: d1fnea2, d1fneb1, d1fneb2, d1fnec2, d1fned1, d1fned2
    2. Domains for 1fng:
      1. 453112Domain d1fnga1: 1fng A:82-182 [59904]
        Other proteins in same PDB: d1fnga2, d1fngb1, d1fngb2, d1fngc2, d1fngd1, d1fngd2
      2. 453113Domain d1fngc1: 1fng C:82-182 [59908]
        Other proteins in same PDB: d1fnga2, d1fngb1, d1fngb2, d1fngc2, d1fngd1, d1fngd2
    3. Domains for 1i3r:
      1. 453118Domain d1i3ra1: 1i3r A:82-182 [61620]
        Other proteins in same PDB: d1i3ra2, d1i3rb1, d1i3rb2, d1i3rc2, d1i3rd1, d1i3rd2, d1i3re2, d1i3rf1, d1i3rf2, d1i3rg2, d1i3rh1, d1i3rh2
      2. 453119Domain d1i3rc1: 1i3r C:82-182 [61624]
        Other proteins in same PDB: d1i3ra2, d1i3rb1, d1i3rb2, d1i3rc2, d1i3rd1, d1i3rd2, d1i3re2, d1i3rf1, d1i3rf2, d1i3rg2, d1i3rh1, d1i3rh2
      3. 453120Domain d1i3re1: 1i3r E:82-182 [61628]
        Other proteins in same PDB: d1i3ra2, d1i3rb1, d1i3rb2, d1i3rc2, d1i3rd1, d1i3rd2, d1i3re2, d1i3rf1, d1i3rf2, d1i3rg2, d1i3rh1, d1i3rh2
      4. 453121Domain d1i3rg1: 1i3r G:82-182 [61632]
        Other proteins in same PDB: d1i3ra2, d1i3rb1, d1i3rb2, d1i3rc2, d1i3rd1, d1i3rd2, d1i3re2, d1i3rf1, d1i3rf2, d1i3rg2, d1i3rh1, d1i3rh2
    4. Domains for 1iea:
      1. 453116Domain d1ieaa1: 1iea A:82-182 [21631]
        Other proteins in same PDB: d1ieaa2, d1ieab1, d1ieab2, d1ieac2, d1iead1, d1iead2
      2. 453117Domain d1ieac1: 1iea C:82-182 [21633]
        Other proteins in same PDB: d1ieaa2, d1ieab1, d1ieab2, d1ieac2, d1iead1, d1iead2
    5. Domains for 1ieb:
      1. 453126Domain d1ieba1: 1ieb A:82-182 [21635]
        Other proteins in same PDB: d1ieba2, d1iebb1, d1iebb2, d1iebc2, d1iebd1, d1iebd2
      2. 453127Domain d1iebc1: 1ieb C:82-182 [21637]
        Other proteins in same PDB: d1ieba2, d1iebb1, d1iebb2, d1iebc2, d1iebd1, d1iebd2
    6. Domains for 1kt2:
      1. 453128Domain d1kt2a1: 1kt2 A:82-182 [72951]
        Other proteins in same PDB: d1kt2a2, d1kt2b1, d1kt2b2, d1kt2c2, d1kt2d1, d1kt2d2
      2. 453129Domain d1kt2c1: 1kt2 C:82-182 [72955]
        Other proteins in same PDB: d1kt2a2, d1kt2b1, d1kt2b2, d1kt2c2, d1kt2d1, d1kt2d2
    7. Domains for 1ktd:
      1. 453122Domain d1ktda1: 1ktd A:82-182 [72964]
        Other proteins in same PDB: d1ktda2, d1ktdb1, d1ktdb2, d1ktdc2, d1ktdd1, d1ktdd2
      2. 453123Domain d1ktdc1: 1ktd C:82-182 [72968]
        Other proteins in same PDB: d1ktda2, d1ktdb1, d1ktdb2, d1ktdc2, d1ktdd1, d1ktdd2
    8. Domains for 1r5v:
      1. 453124Domain d1r5va1: 1r5v A:82-182 [97116]
        Other proteins in same PDB: d1r5va2, d1r5vb1, d1r5vb2, d1r5vc2, d1r5vd1, d1r5vd2
      2. 453125Domain d1r5vc1: 1r5v C:82-182 [97120]
        Other proteins in same PDB: d1r5va2, d1r5vb1, d1r5vb2, d1r5vc2, d1r5vd1, d1r5vd2
    9. Domains for 1r5w:
      1. 453130Domain d1r5wa1: 1r5w A:82-182 [97124]
        Other proteins in same PDB: d1r5wa2, d1r5wb1, d1r5wb2, d1r5wc2, d1r5wd1, d1r5wd2
      2. 453131Domain d1r5wc1: 1r5w C:82-182 [97128]
        Other proteins in same PDB: d1r5wa2, d1r5wb1, d1r5wb2, d1r5wc2, d1r5wd1, d1r5wd2

More info for Protein Class II MHC alpha chain, C-terminal domain from b.1.1.2: C1 set domains (antibody constant domain-like)

Timeline for Protein Class II MHC alpha chain, C-terminal domain from b.1.1.2: C1 set domains (antibody constant domain-like):

  • Protein Class II MHC alpha chain, C-terminal domain from b.1.1.2: C1 set domains (antibody constant domain-like) first appeared in SCOP 1.65
  • Protein Class II MHC alpha chain, C-terminal domain from b.1.1.2: C1 set domains (antibody constant domain-like) appears in SCOP 1.67
  • Protein Class II MHC alpha chain, C-terminal domain from b.1.1.2: C1 set domains (antibody constant domain-like) appears in SCOP 1.71
  • Protein Class II MHC alpha chain, C-terminal domain from b.1.1.2: C1 set domains (antibody constant domain-like) appears in the current release, SCOPe 2.07