Class b: All beta proteins [48724] (144 folds) |
Fold b.1: Immunoglobulin-like beta-sandwich [48725] (23 superfamilies) sandwich; 7 strands in 2 sheets; greek-key some members of the fold have additional strands |
Superfamily b.1.1: Immunoglobulin [48726] (4 families) |
Family b.1.1.1: V set domains (antibody variable domain-like) [48727] (27 proteins) |
Protein Immunoglobulin heavy chain variable domain, VH [88543] (20 species) VH domains of human and mouse antibodies are clustered by the sequence similarity within the germline encoded segment and then by the size of the complementarity determining regions CDR1 and CDR2, so the clusters may correspond to putative germline families in the species genomes; VH domains with artificial or grafted exogenous CDRs are listed as engineered species |
Species Mouse (Mus musculus), cluster 2.2 [TaxId:10090] [88550] (49 PDB entries) |
Domain d1ar1c_: 1ar1 C: [20207] Other proteins in same PDB: d1ar1a_, d1ar1b1, d1ar1b2, d1ar1d_ part of Fv against Paracoccus denitrificans cytochrome c oxidase |
Domain d1bfvh_: 1bfv H: [20163] Other proteins in same PDB: d1bfvl_ part of Fv 4155 |
Domain d1bm3h1: 1bm3 H:1-125 [20067] Other proteins in same PDB: d1bm3h2, d1bm3l1, d1bm3l2 part of anti-integrin Fab OPG2 |
Domain d1bz7b1: 1bz7 B:1-122 [20403] Other proteins in same PDB: d1bz7a1, d1bz7a2, d1bz7b2 part of humanized Fab R24 from murine ascites |
Domain d1cfvh_: 1cfv H: [20161] Other proteins in same PDB: d1cfvl_ part of Fv 4155 |
Domain d1clyh1: 1cly H:1-113 [20103] Other proteins in same PDB: d1clyh2, d1clyl1, d1clyl2 part of humanized Fab CBR96 |
Domain d1clzh1: 1clz H:1-113 [20105] Other proteins in same PDB: d1clzh2, d1clzl1, d1clzl2 part of Fab MBR96 |
Domain d1dsfh_: 1dsf H: [20247] Other proteins in same PDB: d1dsfl_ part of anticancer Fv B1; disulfide-stabilized |
Domain d1ejoh1: 1ejo H:2501-2619 [20429] Other proteins in same PDB: d1ejoh2, d1ejol1, d1ejol2 part of anti-FMDV Fab 4C4 |
Domain d1f4wh1: 1f4w H:1-117 [20453] Other proteins in same PDB: d1f4wh2, d1f4wl1, d1f4wl2 part of anti-carbohydrate Fab S-20-4 |
Domain d1f4xh1: 1f4x H:1-117 [20451] Other proteins in same PDB: d1f4xh2, d1f4xl1, d1f4xl2 part of anti-carbohydrate Fab S-20-4 |
Domain d1f4yh1: 1f4y H:1-117 [20455] Other proteins in same PDB: d1f4yh2, d1f4yl1, d1f4yl2 part of anti-carbohydrate Fab S-20-4 |
Domain d1fh5h1: 1fh5 H:4-120 [20465] Other proteins in same PDB: d1fh5h2, d1fh5l1, d1fh5l2 part of Fab MAK33; conflict: annotated in PDB as human protein |
Domain d1frgh1: 1frg H:218-336 [19925] Other proteins in same PDB: d1frgh2, d1frgl1, d1frgl2 part of Fab 26/9 |
Domain d1h0db1: 1h0d B:1-113 [83427] Other proteins in same PDB: d1h0da1, d1h0da2, d1h0db2, d1h0dc_ part of anti-angiogenin FAB; conflict: annotated in PDB as human |
Domain d1h3ph1: 1h3p H:1-113 [76648] Other proteins in same PDB: d1h3ph2, d1h3pl1, d1h3pl2 part of anti-hepatitis B Fab (against PRES1 region) |
Domain d1hinh1: 1hin H:1-112 [19797] Other proteins in same PDB: d1hinh2, d1hinl1, d1hinl2 part of Fab 17/9 |
Domain d1i8ib_: 1i8i B: [71129] Other proteins in same PDB: d1i8ia_ part of dsFv MR1; complex with a EGFR-VIII peptide |
Domain d1i8kb_: 1i8k B: [71131] Other proteins in same PDB: d1i8ka_ part of dsFv MR1; complex with a EGFR-VIII peptide |
Domain d1ifhh1: 1ifh H:1-112 [19791] Other proteins in same PDB: d1ifhh2, d1ifhl1, d1ifhl2 part of Fab 17/9 |
Domain d1igch1: 1igc H:1-119 [20047] Other proteins in same PDB: d1igca_, d1igch2, d1igcl1, d1igcl2 part of Fab MoPC21 |
Domain d1igtb1: 1igt B:1-114 [19765] Other proteins in same PDB: d1igta1, d1igta2, d1igtb2, d1igtb3, d1igtb4, d1igtc1, d1igtc2, d1igtd2, d1igtd3, d1igtd4 |
Domain d1igtd1: 1igt D:1-114 [19767] Other proteins in same PDB: d1igta1, d1igta2, d1igtb2, d1igtb3, d1igtb4, d1igtc1, d1igtc2, d1igtd2, d1igtd3, d1igtd4 part of intact IgG2a antibody Mab231 |
Domain d1ikfh1: 1ikf H:1-126 [20033] Other proteins in same PDB: d1ikfh2, d1ikfl1, d1ikfl2 part of an anti-cyclosporin A Fab |
Domain d1indh1: 1ind H:1-114 [19839] Other proteins in same PDB: d1indh2, d1indl1, d1indl2 part of Fab Cha255 |
Domain d1ineh1: 1ine H:1-114 [19841] Other proteins in same PDB: d1ineh2, d1inel1, d1inel2 part of Fab Cha255 |
Domain d1knob1: 1kno B:1-119 [20009] Other proteins in same PDB: d1knoa1, d1knoa2, d1knob2, d1knoc1, d1knoc2, d1knod2, d1knoe1, d1knoe2, d1knof2 |
Domain d1knod1: 1kno D:1-119 [20011] Other proteins in same PDB: d1knoa1, d1knoa2, d1knob2, d1knoc1, d1knoc2, d1knod2, d1knoe1, d1knoe2, d1knof2 |
Domain d1knof1: 1kno F:1-119 [20013] Other proteins in same PDB: d1knoa1, d1knoa2, d1knob2, d1knoc1, d1knoc2, d1knod2, d1knoe1, d1knoe2, d1knof2 part of Fab CNJ206 |
Domain d1mqkh_: 1mqk H: [85053] Other proteins in same PDB: d1mqkl_ part of Fv against Paracoccus denitrificans cytochrome c oxidase |
Domain d1opgh1: 1opg H:1-125 [20069] Other proteins in same PDB: d1opgh2, d1opgl1, d1opgl2 part of anti-integrin Fab OPG2 |
Domain d1otsc1: 1ots C:2-121 [87417] Other proteins in same PDB: d1otsa_, d1otsb_, d1otsc2, d1otsd1, d1otsd2, d1otse2, d1otsf1, d1otsf2 |
Domain d1otse1: 1ots E:2-121 [87421] Other proteins in same PDB: d1otsa_, d1otsb_, d1otsc2, d1otsd1, d1otsd2, d1otse2, d1otsf1, d1otsf2 part of anti-CLC chloride channel Fab |
Domain d1ottc1: 1ott C:2-121 [87427] Other proteins in same PDB: d1otta_, d1ottb_, d1ottc2, d1ottd1, d1ottd2, d1otte2, d1ottf1, d1ottf2 |
Domain d1otte1: 1ott E:2-121 [87431] Other proteins in same PDB: d1otta_, d1ottb_, d1ottc2, d1ottd1, d1ottd2, d1otte2, d1ottf1, d1ottf2 part of anti-CLC chloride channel Fab |
Domain d1otuc1: 1otu C:2-121 [87437] Other proteins in same PDB: d1otua_, d1otub_, d1otuc2, d1otud1, d1otud2, d1otue2, d1otuf1, d1otuf2 |
Domain d1otue1: 1otu E:2-121 [87441] Other proteins in same PDB: d1otua_, d1otub_, d1otuc2, d1otud1, d1otud2, d1otue2, d1otuf1, d1otuf2 part of anti-CLC chloride channel Fab |
Domain d1qfwi_: 1qfw I: [20437] Other proteins in same PDB: d1qfwa_, d1qfwb_, d1qfwl_, d1qfwm_ part of anti-[gonadotropin beta subunit] Fv |
Domain d1qkzh1: 1qkz H:1-113 [20137] Other proteins in same PDB: d1qkza_, d1qkzh2, d1qkzl1, d1qkzl2 part of Fab MN14C11.6 |
Domain d1ucbh1: 1ucb H:1-113 [20101] Other proteins in same PDB: d1ucbh2, d1ucbl1, d1ucbl2 part of humanized Fab CBR96 |
Domain d1uz6f1: 1uz6 F:1-113 [108152] Other proteins in same PDB: d1uz6e1, d1uz6e2, d1uz6f2, d1uz6h2, d1uz6l1, d1uz6l2, d1uz6m1, d1uz6m2, d1uz6p2, d1uz6v1, d1uz6v2, d1uz6w2 |
Domain d1uz6h1: 1uz6 H:1-113 [108154] Other proteins in same PDB: d1uz6e1, d1uz6e2, d1uz6f2, d1uz6h2, d1uz6l1, d1uz6l2, d1uz6m1, d1uz6m2, d1uz6p2, d1uz6v1, d1uz6v2, d1uz6w2 |
Domain d1uz6p1: 1uz6 P:1-113 [108160] Other proteins in same PDB: d1uz6e1, d1uz6e2, d1uz6f2, d1uz6h2, d1uz6l1, d1uz6l2, d1uz6m1, d1uz6m2, d1uz6p2, d1uz6v1, d1uz6v2, d1uz6w2 |
Domain d1uz6w1: 1uz6 W:1-113 [108164] Other proteins in same PDB: d1uz6e1, d1uz6e2, d1uz6f2, d1uz6h2, d1uz6l1, d1uz6l2, d1uz6m1, d1uz6m2, d1uz6p2, d1uz6v1, d1uz6v2, d1uz6w2 |
Domain d2bfvh_: 2bfv H: [20165] Other proteins in same PDB: d2bfvl_ part of Fv 4155 |
Domain d2fbjh1: 2fbj H:1-118 [19851] Other proteins in same PDB: d2fbjh2, d2fbjl1, d2fbjl2 part of Fab J539 |
Domain d2gfbb1: 2gfb B:1-119 [19993] Other proteins in same PDB: d2gfba1, d2gfba2, d2gfbb2, d2gfbc1, d2gfbc2, d2gfbd2, d2gfbe1, d2gfbe2, d2gfbf2, d2gfbg1, d2gfbg2, d2gfbh2, d2gfbi1, d2gfbi2, d2gfbj2, d2gfbk1, d2gfbk2, d2gfbl2, d2gfbm1, d2gfbm2, d2gfbn2, d2gfbo1, d2gfbo2, d2gfbp2 |
Domain d2gfbd1: 2gfb D:1-119 [19995] Other proteins in same PDB: d2gfba1, d2gfba2, d2gfbb2, d2gfbc1, d2gfbc2, d2gfbd2, d2gfbe1, d2gfbe2, d2gfbf2, d2gfbg1, d2gfbg2, d2gfbh2, d2gfbi1, d2gfbi2, d2gfbj2, d2gfbk1, d2gfbk2, d2gfbl2, d2gfbm1, d2gfbm2, d2gfbn2, d2gfbo1, d2gfbo2, d2gfbp2 |
Domain d2gfbf1: 2gfb F:1-119 [19997] Other proteins in same PDB: d2gfba1, d2gfba2, d2gfbb2, d2gfbc1, d2gfbc2, d2gfbd2, d2gfbe1, d2gfbe2, d2gfbf2, d2gfbg1, d2gfbg2, d2gfbh2, d2gfbi1, d2gfbi2, d2gfbj2, d2gfbk1, d2gfbk2, d2gfbl2, d2gfbm1, d2gfbm2, d2gfbn2, d2gfbo1, d2gfbo2, d2gfbp2 |
Domain d2gfbh1: 2gfb H:1-119 [19999] Other proteins in same PDB: d2gfba1, d2gfba2, d2gfbb2, d2gfbc1, d2gfbc2, d2gfbd2, d2gfbe1, d2gfbe2, d2gfbf2, d2gfbg1, d2gfbg2, d2gfbh2, d2gfbi1, d2gfbi2, d2gfbj2, d2gfbk1, d2gfbk2, d2gfbl2, d2gfbm1, d2gfbm2, d2gfbn2, d2gfbo1, d2gfbo2, d2gfbp2 |
Domain d2gfbj1: 2gfb J:1-119 [20001] Other proteins in same PDB: d2gfba1, d2gfba2, d2gfbb2, d2gfbc1, d2gfbc2, d2gfbd2, d2gfbe1, d2gfbe2, d2gfbf2, d2gfbg1, d2gfbg2, d2gfbh2, d2gfbi1, d2gfbi2, d2gfbj2, d2gfbk1, d2gfbk2, d2gfbl2, d2gfbm1, d2gfbm2, d2gfbn2, d2gfbo1, d2gfbo2, d2gfbp2 |
Domain d2gfbl1: 2gfb L:1-119 [20003] Other proteins in same PDB: d2gfba1, d2gfba2, d2gfbb2, d2gfbc1, d2gfbc2, d2gfbd2, d2gfbe1, d2gfbe2, d2gfbf2, d2gfbg1, d2gfbg2, d2gfbh2, d2gfbi1, d2gfbi2, d2gfbj2, d2gfbk1, d2gfbk2, d2gfbl2, d2gfbm1, d2gfbm2, d2gfbn2, d2gfbo1, d2gfbo2, d2gfbp2 |
Domain d2gfbn1: 2gfb N:1-119 [20005] Other proteins in same PDB: d2gfba1, d2gfba2, d2gfbb2, d2gfbc1, d2gfbc2, d2gfbd2, d2gfbe1, d2gfbe2, d2gfbf2, d2gfbg1, d2gfbg2, d2gfbh2, d2gfbi1, d2gfbi2, d2gfbj2, d2gfbk1, d2gfbk2, d2gfbl2, d2gfbm1, d2gfbm2, d2gfbn2, d2gfbo1, d2gfbo2, d2gfbp2 |
Domain d2gfbp1: 2gfb P:1-119 [20007] Other proteins in same PDB: d2gfba1, d2gfba2, d2gfbb2, d2gfbc1, d2gfbc2, d2gfbd2, d2gfbe1, d2gfbe2, d2gfbf2, d2gfbg1, d2gfbg2, d2gfbh2, d2gfbi1, d2gfbi2, d2gfbj2, d2gfbk1, d2gfbk2, d2gfbl2, d2gfbm1, d2gfbm2, d2gfbn2, d2gfbo1, d2gfbo2, d2gfbp2 part of Fab CNJ206; H-chains in this entry seem to be mistraced in VH region |
Domain d2h1ph1: 2h1p H:301-420 [20191] Other proteins in same PDB: d2h1ph2, d2h1pl1, d2h1pl2 part of polysaccharide binding antibody 2H1 |
Domain d2igfh1: 2igf H:1-113 [19817] Other proteins in same PDB: d2igfh2, d2igfl1, d2igfl2 part of Fab B13I2 |
Timeline for Species Mouse (Mus musculus), cluster 2.2 [TaxId:10090] from b.1.1.1 Immunoglobulin heavy chain variable domain, VH: