Lineage for Species: Human (Homo sapiens), cluster 1

  1. Root: SCOP 1.71
  2. 546417Class b: All beta proteins [48724] (149 folds)
  3. 546418Fold b.1: Immunoglobulin-like beta-sandwich [48725] (25 superfamilies)
    sandwich; 7 strands in 2 sheets; greek-key
    some members of the fold have additional strands
  4. 546419Superfamily b.1.1: Immunoglobulin [48726] (4 families) (S)
  5. 546420Family b.1.1.1: V set domains (antibody variable domain-like) [48727] (28 proteins)
  6. 546556Protein Immunoglobulin heavy chain variable domain, VH [88543] (20 species)
    VH domains of human and mouse antibodies are clustered by the sequence similarity within the germline encoded segment and then by the size of the complementarity determining regions CDR1 and CDR2, so the clusters may correspond to putative germline families in the species genomes; VH domains with artificial or grafted exogenous CDRs are listed as engineered species
  7. 546633Species Human (Homo sapiens), cluster 1 [TaxId:9606] [88544] (15 PDB entries)

PDB entries in Species: Human (Homo sapiens), cluster 1:

  1. Domain(s) for 1g9m:
  2. Domain(s) for 1g9n:
  3. Domain(s) for 1gc1:
  4. Domain(s) for 1hzh:
    1. 546649Domain d1hzhh1: 1hzh H:1-113 [61437]
      Other proteins in same PDB: d1hzhh2, d1hzhh3, d1hzhh4, d1hzhk2, d1hzhk3, d1hzhk4, d1hzhl1, d1hzhl2, d1hzhm1, d1hzhm2
    2. 546650Domain d1hzhk1: 1hzh K:1-113 [61441]
      Other proteins in same PDB: d1hzhh2, d1hzhh3, d1hzhh4, d1hzhk2, d1hzhk3, d1hzhk4, d1hzhl1, d1hzhl2, d1hzhm1, d1hzhm2
      part of intact IgG B12 antibody
      complexed with fuc, gal, man, nag
  5. Domain(s) for 1iqd:
  6. Domain(s) for 1n0x:
    1. 546635Domain d1n0xh1: 1n0x H:1-113 [91528]
      Other proteins in same PDB: d1n0xh2, d1n0xk2, d1n0xl1, d1n0xl2, d1n0xm1, d1n0xm2
    2. 546636Domain d1n0xk1: 1n0x K:1-113 [91530]
      Other proteins in same PDB: d1n0xh2, d1n0xk2, d1n0xl1, d1n0xl2, d1n0xm1, d1n0xm2
      part of an anti HIV-1 Fab
      complexed with cxs, gol, k, orn, so4
  7. Domain(s) for 1rhh:
    1. 546642Domain d1rhhb1: 1rhh B:3-113 [97475]
      Other proteins in same PDB: d1rhha1, d1rhha2, d1rhhb2, d1rhhc1, d1rhhc2, d1rhhd2
    2. 546643Domain d1rhhd1: 1rhh D:4-113 [97479]
      Other proteins in same PDB: d1rhha1, d1rhha2, d1rhhb2, d1rhhc1, d1rhhc2, d1rhhd2
      part of HIV-1 neutralizing Fab x5
  8. Domain(s) for 1rz7:
  9. Domain(s) for 1rz8:
    1. 546644Domain d1rz8b1: 1rz8 B:1-113 [98139]
      Other proteins in same PDB: d1rz8a1, d1rz8a2, d1rz8b2, d1rz8c1, d1rz8c2, d1rz8d2
    2. 546645Domain d1rz8d1: 1rz8 D:1-113 [98143]
      Other proteins in same PDB: d1rz8a1, d1rz8a2, d1rz8b2, d1rz8c1, d1rz8c2, d1rz8d2
      part of anti HIV-1 gp120-reactive Fab 17B
  10. Domain(s) for 1rzf:
  11. Domain(s) for 1rzg:
    1. 546638Domain d1rzga1: 1rzg A:1-113 [98154]
      Other proteins in same PDB: d1rzga2, d1rzgb1, d1rzgb2, d1rzgc2, d1rzgd1, d1rzgd2
    2. 546639Domain d1rzgc1: 1rzg C:2-113 [98158]
      Other proteins in same PDB: d1rzga2, d1rzgb1, d1rzgb2, d1rzgc2, d1rzgd1, d1rzgd2
      part of anti HIV-1 gp120-reactive Fab 412D
      complexed with suc
  12. Domain(s) for 1rzi:
    1. 546653Domain d1rzib1: 1rzi B:1-113 [98168]
      Other proteins in same PDB: d1rzia1, d1rzia2, d1rzib2, d1rzic1, d1rzic2, d1rzid2, d1rzie1, d1rzie2, d1rzif2, d1rzig1, d1rzig2, d1rzih2, d1rzii1, d1rzii2, d1rzij2, d1rzik1, d1rzik2, d1rzil2, d1rzim1, d1rzim2, d1rzin2, d1rzio1, d1rzio2, d1rzip2
    2. 546654Domain d1rzid1: 1rzi D:1-113 [98172]
      Other proteins in same PDB: d1rzia1, d1rzia2, d1rzib2, d1rzic1, d1rzic2, d1rzid2, d1rzie1, d1rzie2, d1rzif2, d1rzig1, d1rzig2, d1rzih2, d1rzii1, d1rzii2, d1rzij2, d1rzik1, d1rzik2, d1rzil2, d1rzim1, d1rzim2, d1rzin2, d1rzio1, d1rzio2, d1rzip2
    3. 546655Domain d1rzif1: 1rzi F:1-113 [98176]
      Other proteins in same PDB: d1rzia1, d1rzia2, d1rzib2, d1rzic1, d1rzic2, d1rzid2, d1rzie1, d1rzie2, d1rzif2, d1rzig1, d1rzig2, d1rzih2, d1rzii1, d1rzii2, d1rzij2, d1rzik1, d1rzik2, d1rzil2, d1rzim1, d1rzim2, d1rzin2, d1rzio1, d1rzio2, d1rzip2
    4. 546656Domain d1rzih1: 1rzi H:1-113 [98180]
      Other proteins in same PDB: d1rzia1, d1rzia2, d1rzib2, d1rzic1, d1rzic2, d1rzid2, d1rzie1, d1rzie2, d1rzif2, d1rzig1, d1rzig2, d1rzih2, d1rzii1, d1rzii2, d1rzij2, d1rzik1, d1rzik2, d1rzil2, d1rzim1, d1rzim2, d1rzin2, d1rzio1, d1rzio2, d1rzip2
    5. 546657Domain d1rzij1: 1rzi J:1-113 [98184]
      Other proteins in same PDB: d1rzia1, d1rzia2, d1rzib2, d1rzic1, d1rzic2, d1rzid2, d1rzie1, d1rzie2, d1rzif2, d1rzig1, d1rzig2, d1rzih2, d1rzii1, d1rzii2, d1rzij2, d1rzik1, d1rzik2, d1rzil2, d1rzim1, d1rzim2, d1rzin2, d1rzio1, d1rzio2, d1rzip2
    6. 546658Domain d1rzil1: 1rzi L:1-113 [98188]
      Other proteins in same PDB: d1rzia1, d1rzia2, d1rzib2, d1rzic1, d1rzic2, d1rzid2, d1rzie1, d1rzie2, d1rzif2, d1rzig1, d1rzig2, d1rzih2, d1rzii1, d1rzii2, d1rzij2, d1rzik1, d1rzik2, d1rzil2, d1rzim1, d1rzim2, d1rzin2, d1rzio1, d1rzio2, d1rzip2
    7. 546659Domain d1rzin1: 1rzi N:1-113 [98192]
      Other proteins in same PDB: d1rzia1, d1rzia2, d1rzib2, d1rzic1, d1rzic2, d1rzid2, d1rzie1, d1rzie2, d1rzif2, d1rzig1, d1rzig2, d1rzih2, d1rzii1, d1rzii2, d1rzij2, d1rzik1, d1rzik2, d1rzil2, d1rzim1, d1rzim2, d1rzin2, d1rzio1, d1rzio2, d1rzip2
    8. 546660Domain d1rzip1: 1rzi P:1-113 [98196]
      Other proteins in same PDB: d1rzia1, d1rzia2, d1rzib2, d1rzic1, d1rzic2, d1rzid2, d1rzie1, d1rzie2, d1rzif2, d1rzig1, d1rzig2, d1rzih2, d1rzii1, d1rzii2, d1rzij2, d1rzik1, d1rzik2, d1rzil2, d1rzim1, d1rzim2, d1rzin2, d1rzio1, d1rzio2, d1rzip2
      part of anti HIV-1 gp120-reactive Fab 47E
  13. Domain(s) for 1rzj:
  14. Domain(s) for 1rzk:
  15. Domain(s) for 1vge:

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