Lineage for Species: Human (Homo sapiens), cluster 3.2 [TaxId: 9606]

  1. Root: SCOPe 2.05
  2. 1755445Class b: All beta proteins [48724] (176 folds)
  3. 1755446Fold b.1: Immunoglobulin-like beta-sandwich [48725] (31 superfamilies)
    sandwich; 7 strands in 2 sheets; greek-key
    some members of the fold have additional strands
  4. 1755447Superfamily b.1.1: Immunoglobulin [48726] (5 families) (S)
  5. 1755448Family b.1.1.1: V set domains (antibody variable domain-like) [48727] (33 proteins)
  6. 1756616Protein Immunoglobulin light chain kappa variable domain, VL-kappa [88519] (16 species)
    VL-kappa domains of human and mouse antibodies are clustered by the sequence similarity within the germline encoded segment and then by the size of the complementarity determining regions CDR1 and CDR2, so the clusters may correspond to putative germline families in the species genomes; VL-kappa domains with artificial or grafted exogenous CDRs are listed as engineered species
  7. 1756776Species Human (Homo sapiens), cluster 3.2 [TaxId:9606] [88523] (31 PDB entries)

PDB entries in Species: Human (Homo sapiens), cluster 3.2 [TaxId: 9606]:

  1. Domain(s) for 1g9m:
  2. Domain(s) for 1g9n:
  3. Domain(s) for 1gc1:
  4. Domain(s) for 1rhh:
    1. 1756782Domain d1rhha1: 1rhh A:1-106A [97473]
      Other proteins in same PDB: d1rhha2, d1rhhb1, d1rhhb2, d1rhhc2, d1rhhd1, d1rhhd2
      part of HIV-1 neutralizing Fab x5
    2. 1756783Domain d1rhhc1: 1rhh C:1-106A [97477]
      Other proteins in same PDB: d1rhha2, d1rhhb1, d1rhhb2, d1rhhc2, d1rhhd1, d1rhhd2
      part of HIV-1 neutralizing Fab x5
  5. Domain(s) for 1rz8:
    1. 1756793Domain d1rz8a1: 1rz8 A:1-109 [98137]
      Other proteins in same PDB: d1rz8a2, d1rz8b1, d1rz8b2, d1rz8c2, d1rz8d1, d1rz8d2
      part of anti HIV-1 gp120 Fab 17B
    2. 1756794Domain d1rz8c1: 1rz8 C:1-109 [98141]
      Other proteins in same PDB: d1rz8a2, d1rz8b1, d1rz8b2, d1rz8c2, d1rz8d1, d1rz8d2
      part of anti HIV-1 gp120 Fab 17B
  6. Domain(s) for 1rzj:
  7. Domain(s) for 1rzk:
  8. Domain(s) for 1y0l:
    1. 1756795Domain d1y0la1: 1y0l A:1-107 [122486]
      Other proteins in same PDB: d1y0la2, d1y0lb1, d1y0lb2, d1y0lc2, d1y0ld1, d1y0ld2, d1y0le2, d1y0lf1, d1y0lf2, d1y0lh1, d1y0lh2, d1y0ll2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with cl, han
    2. 1756796Domain d1y0lc1: 1y0l C:1-107 [122490]
      Other proteins in same PDB: d1y0la2, d1y0lb1, d1y0lb2, d1y0lc2, d1y0ld1, d1y0ld2, d1y0le2, d1y0lf1, d1y0lf2, d1y0lh1, d1y0lh2, d1y0ll2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with cl, han
    3. 1756797Domain d1y0le1: 1y0l E:1-107 [122494]
      Other proteins in same PDB: d1y0la2, d1y0lb1, d1y0lb2, d1y0lc2, d1y0ld1, d1y0ld2, d1y0le2, d1y0lf1, d1y0lf2, d1y0lh1, d1y0lh2, d1y0ll2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with cl, han
    4. 1756798Domain d1y0ll1: 1y0l L:1-107 [122500]
      Other proteins in same PDB: d1y0la2, d1y0lb1, d1y0lb2, d1y0lc2, d1y0ld1, d1y0ld2, d1y0le2, d1y0lf1, d1y0lf2, d1y0lh1, d1y0lh2, d1y0ll2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with cl, han
  9. Domain(s) for 1y18:
    1. 1756824Domain d1y18a1: 1y18 A:1-107 [122521]
      Other proteins in same PDB: d1y18a2, d1y18b1, d1y18b2, d1y18c2, d1y18d1, d1y18d2, d1y18e2, d1y18f1, d1y18f2, d1y18h1, d1y18h2, d1y18l2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with cl, han; mutant
    2. 1756825Domain d1y18c1: 1y18 C:1-107 [122525]
      Other proteins in same PDB: d1y18a2, d1y18b1, d1y18b2, d1y18c2, d1y18d1, d1y18d2, d1y18e2, d1y18f1, d1y18f2, d1y18h1, d1y18h2, d1y18l2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with cl, han; mutant
    3. 1756826Domain d1y18e1: 1y18 E:1-107 [122529]
      Other proteins in same PDB: d1y18a2, d1y18b1, d1y18b2, d1y18c2, d1y18d1, d1y18d2, d1y18e2, d1y18f1, d1y18f2, d1y18h1, d1y18h2, d1y18l2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with cl, han; mutant
    4. 1756827Domain d1y18l1: 1y18 L:1-107 [122535]
      Other proteins in same PDB: d1y18a2, d1y18b1, d1y18b2, d1y18c2, d1y18d1, d1y18d2, d1y18e2, d1y18f1, d1y18f2, d1y18h1, d1y18h2, d1y18l2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with cl, han; mutant
  10. Domain(s) for 1yyl:
    1. 1756814Domain d1yyll1: 1yyl L:1-107 [124225]
      Other proteins in same PDB: d1yylg_, d1yylh1, d1yylh2, d1yyll2, d1yylm1, d1yylp_, d1yylq2, d1yylr1, d1yylr2, d1yyls1
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with nag, ndg
    2. 1756815Domain d1yylq1: 1yyl Q:1001-1107 [124228]
      Other proteins in same PDB: d1yylg_, d1yylh1, d1yylh2, d1yyll2, d1yylm1, d1yylp_, d1yylq2, d1yylr1, d1yylr2, d1yyls1
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with nag, ndg
  11. Domain(s) for 1yym:
    1. 1756789Domain d1yyml1: 1yym L:1-107 [124235]
      Other proteins in same PDB: d1yymg_, d1yymh1, d1yymh2, d1yyml2, d1yymm1, d1yymp_, d1yymq2, d1yymr1, d1yymr2, d1yyms1
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with edo, ipa, nag, ndg
    2. 1756790Domain d1yymq1: 1yym Q:1001-1107 [124238]
      Other proteins in same PDB: d1yymg_, d1yymh1, d1yymh2, d1yyml2, d1yymm1, d1yymp_, d1yymq2, d1yymr1, d1yymr2, d1yyms1
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with edo, ipa, nag, ndg
  12. Domain(s) for 2b4c:
  13. Domain(s) for 2fx7:
  14. Domain(s) for 2fx8:
    1. 1756816Domain d2fx8l1: 2fx8 L:1-107 [134288]
      Other proteins in same PDB: d2fx8h1, d2fx8h2, d2fx8i1, d2fx8i2, d2fx8j1, d2fx8j2, d2fx8k1, d2fx8k2, d2fx8l2, d2fx8m2, d2fx8n2, d2fx8o2
      automatically matched to d1rhha1
    2. 1756817Domain d2fx8m1: 2fx8 M:1-107 [134290]
      Other proteins in same PDB: d2fx8h1, d2fx8h2, d2fx8i1, d2fx8i2, d2fx8j1, d2fx8j2, d2fx8k1, d2fx8k2, d2fx8l2, d2fx8m2, d2fx8n2, d2fx8o2
      automatically matched to d1rhha1
    3. 1756818Domain d2fx8n1: 2fx8 N:1-107 [134292]
      Other proteins in same PDB: d2fx8h1, d2fx8h2, d2fx8i1, d2fx8i2, d2fx8j1, d2fx8j2, d2fx8k1, d2fx8k2, d2fx8l2, d2fx8m2, d2fx8n2, d2fx8o2
      automatically matched to d1rhha1
    4. 1756819Domain d2fx8o1: 2fx8 O:1-107 [134294]
      Other proteins in same PDB: d2fx8h1, d2fx8h2, d2fx8i1, d2fx8i2, d2fx8j1, d2fx8j2, d2fx8k1, d2fx8k2, d2fx8l2, d2fx8m2, d2fx8n2, d2fx8o2
      automatically matched to d1rhha1
  15. Domain(s) for 2fx9:
    1. 1756786Domain d2fx9l1: 2fx9 L:1-107 [134300]
      Other proteins in same PDB: d2fx9h1, d2fx9h2, d2fx9i1, d2fx9i2, d2fx9l2, d2fx9m2
      automatically matched to d1rhha1
    2. 1756787Domain d2fx9m1: 2fx9 M:1-107 [134302]
      Other proteins in same PDB: d2fx9h1, d2fx9h2, d2fx9i1, d2fx9i2, d2fx9l2, d2fx9m2
      automatically matched to d1rhha1
  16. Domain(s) for 2i5y:
    1. 1756791Domain d2i5yl1: 2i5y L:1-107 [137074]
      Other proteins in same PDB: d2i5yg_, d2i5yh1, d2i5yh2, d2i5yl2, d2i5ym1, d2i5yp_, d2i5yq2, d2i5yr1, d2i5yr2, d2i5ys1
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with nag, ndg
    2. 1756792Domain d2i5yq1: 2i5y Q:1-107 [137077]
      Other proteins in same PDB: d2i5yg_, d2i5yh1, d2i5yh2, d2i5yl2, d2i5ym1, d2i5yp_, d2i5yq2, d2i5yr1, d2i5yr2, d2i5ys1
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with nag, ndg
  17. Domain(s) for 2i60:
    1. 1756799Domain d2i60l1: 2i60 L:1-107 [137084]
      Other proteins in same PDB: d2i60g_, d2i60h1, d2i60h2, d2i60l2, d2i60m1, d2i60p_, d2i60q2, d2i60r1, d2i60r2, d2i60s1
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with ipa, nag, ndg
    2. 1756800Domain d2i60q1: 2i60 Q:1-107 [137087]
      Other proteins in same PDB: d2i60g_, d2i60h1, d2i60h2, d2i60l2, d2i60m1, d2i60p_, d2i60q2, d2i60r1, d2i60r2, d2i60s1
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with ipa, nag, ndg
  18. Domain(s) for 2nxy:
  19. Domain(s) for 2nxz:
  20. Domain(s) for 2ny0:
  21. Domain(s) for 2ny1:
  22. Domain(s) for 2ny2:
  23. Domain(s) for 2ny3:
  24. Domain(s) for 2ny4:
  25. Domain(s) for 2ny5:
  26. Domain(s) for 2ny6:
  27. Domain(s) for 2qr0:
    1. 1756830Domain d2qr0a1: 2qr0 A:1-107 [151234]
      Other proteins in same PDB: d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0c1, d2qr0d1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0i1, d2qr0j1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0o1, d2qr0p1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0u1, d2qr0v1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2
      automatically matched to d1g9ml1
    2. 1756831Domain d2qr0e1: 2qr0 E:1-107 [151240]
      Other proteins in same PDB: d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0c1, d2qr0d1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0i1, d2qr0j1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0o1, d2qr0p1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0u1, d2qr0v1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2
      automatically matched to d1g9ml1
    3. 1756832Domain d2qr0g1: 2qr0 G:1-107 [151244]
      Other proteins in same PDB: d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0c1, d2qr0d1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0i1, d2qr0j1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0o1, d2qr0p1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0u1, d2qr0v1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2
      automatically matched to d1g9ml1
    4. 1756833Domain d2qr0k1: 2qr0 K:1-107 [151250]
      Other proteins in same PDB: d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0c1, d2qr0d1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0i1, d2qr0j1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0o1, d2qr0p1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0u1, d2qr0v1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2
      automatically matched to d1g9ml1
    5. 1756834Domain d2qr0m1: 2qr0 M:1-107 [151254]
      Other proteins in same PDB: d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0c1, d2qr0d1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0i1, d2qr0j1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0o1, d2qr0p1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0u1, d2qr0v1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2
      automatically matched to d1g9ml1
    6. 1756835Domain d2qr0q1: 2qr0 Q:1-107 [151260]
      Other proteins in same PDB: d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0c1, d2qr0d1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0i1, d2qr0j1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0o1, d2qr0p1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0u1, d2qr0v1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2
      automatically matched to d1g9ml1
    7. 1756836Domain d2qr0s1: 2qr0 S:1-107 [151264]
      Other proteins in same PDB: d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0c1, d2qr0d1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0i1, d2qr0j1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0o1, d2qr0p1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0u1, d2qr0v1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2
      automatically matched to d1g9ml1
    8. 1756837Domain d2qr0w1: 2qr0 W:1-107 [151270]
      Other proteins in same PDB: d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0c1, d2qr0d1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0i1, d2qr0j1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0o1, d2qr0p1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0u1, d2qr0v1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2
      automatically matched to d1g9ml1
  28. Domain(s) for 2qsc:
  29. Domain(s) for 3cfk:
    1. 1756803Domain d3cfka1: 3cfk A:1-107 [156581]
      Other proteins in same PDB: d3cfka2, d3cfkb1, d3cfkb2, d3cfkc2, d3cfkd1, d3cfkd2, d3cfke2, d3cfkf1, d3cfkf2, d3cfkg2, d3cfkh1, d3cfkh2, d3cfki1, d3cfki2, d3cfkj2, d3cfkk1, d3cfkk2, d3cfkl2, d3cfkm2, d3cfkn1, d3cfkn2, d3cfko2, d3cfkp1, d3cfkp2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with b3p, cd, gol
    2. 1756804Domain d3cfkc1: 3cfk C:1-107 [156585]
      Other proteins in same PDB: d3cfka2, d3cfkb1, d3cfkb2, d3cfkc2, d3cfkd1, d3cfkd2, d3cfke2, d3cfkf1, d3cfkf2, d3cfkg2, d3cfkh1, d3cfkh2, d3cfki1, d3cfki2, d3cfkj2, d3cfkk1, d3cfkk2, d3cfkl2, d3cfkm2, d3cfkn1, d3cfkn2, d3cfko2, d3cfkp1, d3cfkp2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with b3p, cd, gol
    3. 1756805Domain d3cfke1: 3cfk E:1-107 [156589]
      Other proteins in same PDB: d3cfka2, d3cfkb1, d3cfkb2, d3cfkc2, d3cfkd1, d3cfkd2, d3cfke2, d3cfkf1, d3cfkf2, d3cfkg2, d3cfkh1, d3cfkh2, d3cfki1, d3cfki2, d3cfkj2, d3cfkk1, d3cfkk2, d3cfkl2, d3cfkm2, d3cfkn1, d3cfkn2, d3cfko2, d3cfkp1, d3cfkp2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with b3p, cd, gol
    4. 1756806Domain d3cfkg1: 3cfk G:1-107 [156593]
      Other proteins in same PDB: d3cfka2, d3cfkb1, d3cfkb2, d3cfkc2, d3cfkd1, d3cfkd2, d3cfke2, d3cfkf1, d3cfkf2, d3cfkg2, d3cfkh1, d3cfkh2, d3cfki1, d3cfki2, d3cfkj2, d3cfkk1, d3cfkk2, d3cfkl2, d3cfkm2, d3cfkn1, d3cfkn2, d3cfko2, d3cfkp1, d3cfkp2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with b3p, cd, gol
    5. 1756807Domain d3cfkj1: 3cfk J:1-107 [156599]
      Other proteins in same PDB: d3cfka2, d3cfkb1, d3cfkb2, d3cfkc2, d3cfkd1, d3cfkd2, d3cfke2, d3cfkf1, d3cfkf2, d3cfkg2, d3cfkh1, d3cfkh2, d3cfki1, d3cfki2, d3cfkj2, d3cfkk1, d3cfkk2, d3cfkl2, d3cfkm2, d3cfkn1, d3cfkn2, d3cfko2, d3cfkp1, d3cfkp2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with b3p, cd, gol
    6. 1756808Domain d3cfkl1: 3cfk L:1-107 [156603]
      Other proteins in same PDB: d3cfka2, d3cfkb1, d3cfkb2, d3cfkc2, d3cfkd1, d3cfkd2, d3cfke2, d3cfkf1, d3cfkf2, d3cfkg2, d3cfkh1, d3cfkh2, d3cfki1, d3cfki2, d3cfkj2, d3cfkk1, d3cfkk2, d3cfkl2, d3cfkm2, d3cfkn1, d3cfkn2, d3cfko2, d3cfkp1, d3cfkp2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with b3p, cd, gol
    7. 1756809Domain d3cfkm1: 3cfk M:1-107 [156605]
      Other proteins in same PDB: d3cfka2, d3cfkb1, d3cfkb2, d3cfkc2, d3cfkd1, d3cfkd2, d3cfke2, d3cfkf1, d3cfkf2, d3cfkg2, d3cfkh1, d3cfkh2, d3cfki1, d3cfki2, d3cfkj2, d3cfkk1, d3cfkk2, d3cfkl2, d3cfkm2, d3cfkn1, d3cfkn2, d3cfko2, d3cfkp1, d3cfkp2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with b3p, cd, gol
    8. 1756810Domain d3cfko1: 3cfk O:1-107 [156609]
      Other proteins in same PDB: d3cfka2, d3cfkb1, d3cfkb2, d3cfkc2, d3cfkd1, d3cfkd2, d3cfke2, d3cfkf1, d3cfkf2, d3cfkg2, d3cfkh1, d3cfkh2, d3cfki1, d3cfki2, d3cfkj2, d3cfkk1, d3cfkk2, d3cfkl2, d3cfkm2, d3cfkn1, d3cfkn2, d3cfko2, d3cfkp1, d3cfkp2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with b3p, cd, gol
  30. Domain(s) for 3dvg:
  31. Domain(s) for 3dvn:
    1. 1756820Domain d3dvna1: 3dvn A:5-109 [157894]
      Other proteins in same PDB: d3dvna2, d3dvnb1, d3dvnb2, d3dvnh1, d3dvnh2, d3dvnl2, d3dvnu_, d3dvnv_, d3dvnx_, d3dvny_
      automatically matched to d1g9ml1
    2. 1756821Domain d3dvnl1: 3dvn L:5-109 [157900]
      Other proteins in same PDB: d3dvna2, d3dvnb1, d3dvnb2, d3dvnh1, d3dvnh2, d3dvnl2, d3dvnu_, d3dvnv_, d3dvnx_, d3dvny_
      automatically matched to d1g9ml1

More info for Species Human (Homo sapiens), cluster 3.2 [TaxId:9606] from b.1.1.1 Immunoglobulin light chain kappa variable domain, VL-kappa

Timeline for Species Human (Homo sapiens), cluster 3.2 [TaxId:9606] from b.1.1.1 Immunoglobulin light chain kappa variable domain, VL-kappa: