Lineage for Species: Human (Homo sapiens), cluster 3.2 [TaxId: 9606]

  1. Root: SCOPe 2.04
  2. 1510239Class b: All beta proteins [48724] (176 folds)
  3. 1510240Fold b.1: Immunoglobulin-like beta-sandwich [48725] (31 superfamilies)
    sandwich; 7 strands in 2 sheets; greek-key
    some members of the fold have additional strands
  4. 1510241Superfamily b.1.1: Immunoglobulin [48726] (5 families) (S)
  5. 1510242Family b.1.1.1: V set domains (antibody variable domain-like) [48727] (33 proteins)
  6. 1511401Protein Immunoglobulin light chain kappa variable domain, VL-kappa [88519] (16 species)
    VL-kappa domains of human and mouse antibodies are clustered by the sequence similarity within the germline encoded segment and then by the size of the complementarity determining regions CDR1 and CDR2, so the clusters may correspond to putative germline families in the species genomes; VL-kappa domains with artificial or grafted exogenous CDRs are listed as engineered species
  7. 1511561Species Human (Homo sapiens), cluster 3.2 [TaxId:9606] [88523] (31 PDB entries)

PDB entries in Species: Human (Homo sapiens), cluster 3.2 [TaxId: 9606]:

  1. Domain(s) for 1g9m:
  2. Domain(s) for 1g9n:
  3. Domain(s) for 1gc1:
  4. Domain(s) for 1rhh:
    1. 1511567Domain d1rhha1: 1rhh A:1-106A [97473]
      Other proteins in same PDB: d1rhha2, d1rhhb1, d1rhhb2, d1rhhc2, d1rhhd1, d1rhhd2
      part of HIV-1 neutralizing Fab x5
    2. 1511568Domain d1rhhc1: 1rhh C:1-106A [97477]
      Other proteins in same PDB: d1rhha2, d1rhhb1, d1rhhb2, d1rhhc2, d1rhhd1, d1rhhd2
      part of HIV-1 neutralizing Fab x5
  5. Domain(s) for 1rz8:
    1. 1511578Domain d1rz8a1: 1rz8 A:1-109 [98137]
      Other proteins in same PDB: d1rz8a2, d1rz8b1, d1rz8b2, d1rz8c2, d1rz8d1, d1rz8d2
      part of anti HIV-1 gp120 Fab 17B
    2. 1511579Domain d1rz8c1: 1rz8 C:1-109 [98141]
      Other proteins in same PDB: d1rz8a2, d1rz8b1, d1rz8b2, d1rz8c2, d1rz8d1, d1rz8d2
      part of anti HIV-1 gp120 Fab 17B
  6. Domain(s) for 1rzj:
  7. Domain(s) for 1rzk:
  8. Domain(s) for 1y0l:
    1. 1511580Domain d1y0la1: 1y0l A:1-107 [122486]
      Other proteins in same PDB: d1y0la2, d1y0lb1, d1y0lb2, d1y0lc2, d1y0ld1, d1y0ld2, d1y0le2, d1y0lf1, d1y0lf2, d1y0lh1, d1y0lh2, d1y0ll2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with cl, han
    2. 1511581Domain d1y0lc1: 1y0l C:1-107 [122490]
      Other proteins in same PDB: d1y0la2, d1y0lb1, d1y0lb2, d1y0lc2, d1y0ld1, d1y0ld2, d1y0le2, d1y0lf1, d1y0lf2, d1y0lh1, d1y0lh2, d1y0ll2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with cl, han
    3. 1511582Domain d1y0le1: 1y0l E:1-107 [122494]
      Other proteins in same PDB: d1y0la2, d1y0lb1, d1y0lb2, d1y0lc2, d1y0ld1, d1y0ld2, d1y0le2, d1y0lf1, d1y0lf2, d1y0lh1, d1y0lh2, d1y0ll2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with cl, han
    4. 1511583Domain d1y0ll1: 1y0l L:1-107 [122500]
      Other proteins in same PDB: d1y0la2, d1y0lb1, d1y0lb2, d1y0lc2, d1y0ld1, d1y0ld2, d1y0le2, d1y0lf1, d1y0lf2, d1y0lh1, d1y0lh2, d1y0ll2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with cl, han
  9. Domain(s) for 1y18:
    1. 1511609Domain d1y18a1: 1y18 A:1-107 [122521]
      Other proteins in same PDB: d1y18a2, d1y18b1, d1y18b2, d1y18c2, d1y18d1, d1y18d2, d1y18e2, d1y18f1, d1y18f2, d1y18h1, d1y18h2, d1y18l2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with cl, han; mutant
    2. 1511610Domain d1y18c1: 1y18 C:1-107 [122525]
      Other proteins in same PDB: d1y18a2, d1y18b1, d1y18b2, d1y18c2, d1y18d1, d1y18d2, d1y18e2, d1y18f1, d1y18f2, d1y18h1, d1y18h2, d1y18l2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with cl, han; mutant
    3. 1511611Domain d1y18e1: 1y18 E:1-107 [122529]
      Other proteins in same PDB: d1y18a2, d1y18b1, d1y18b2, d1y18c2, d1y18d1, d1y18d2, d1y18e2, d1y18f1, d1y18f2, d1y18h1, d1y18h2, d1y18l2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with cl, han; mutant
    4. 1511612Domain d1y18l1: 1y18 L:1-107 [122535]
      Other proteins in same PDB: d1y18a2, d1y18b1, d1y18b2, d1y18c2, d1y18d1, d1y18d2, d1y18e2, d1y18f1, d1y18f2, d1y18h1, d1y18h2, d1y18l2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with cl, han; mutant
  10. Domain(s) for 1yyl:
    1. 1511599Domain d1yyll1: 1yyl L:1-107 [124225]
      Other proteins in same PDB: d1yylg_, d1yylh1, d1yylh2, d1yyll2, d1yylm1, d1yylp_, d1yylq2, d1yylr1, d1yylr2, d1yyls1
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with nag, ndg
    2. 1511600Domain d1yylq1: 1yyl Q:1001-1107 [124228]
      Other proteins in same PDB: d1yylg_, d1yylh1, d1yylh2, d1yyll2, d1yylm1, d1yylp_, d1yylq2, d1yylr1, d1yylr2, d1yyls1
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with nag, ndg
  11. Domain(s) for 1yym:
    1. 1511574Domain d1yyml1: 1yym L:1-107 [124235]
      Other proteins in same PDB: d1yymg_, d1yymh1, d1yymh2, d1yyml2, d1yymm1, d1yymp_, d1yymq2, d1yymr1, d1yymr2, d1yyms1
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with edo, ipa, nag, ndg
    2. 1511575Domain d1yymq1: 1yym Q:1001-1107 [124238]
      Other proteins in same PDB: d1yymg_, d1yymh1, d1yymh2, d1yyml2, d1yymm1, d1yymp_, d1yymq2, d1yymr1, d1yymr2, d1yyms1
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with edo, ipa, nag, ndg
  12. Domain(s) for 2b4c:
  13. Domain(s) for 2fx7:
  14. Domain(s) for 2fx8:
    1. 1511601Domain d2fx8l1: 2fx8 L:1-107 [134288]
      Other proteins in same PDB: d2fx8h1, d2fx8h2, d2fx8i1, d2fx8i2, d2fx8j1, d2fx8j2, d2fx8k1, d2fx8k2, d2fx8l2, d2fx8m2, d2fx8n2, d2fx8o2
      automatically matched to d1rhha1
    2. 1511602Domain d2fx8m1: 2fx8 M:1-107 [134290]
      Other proteins in same PDB: d2fx8h1, d2fx8h2, d2fx8i1, d2fx8i2, d2fx8j1, d2fx8j2, d2fx8k1, d2fx8k2, d2fx8l2, d2fx8m2, d2fx8n2, d2fx8o2
      automatically matched to d1rhha1
    3. 1511603Domain d2fx8n1: 2fx8 N:1-107 [134292]
      Other proteins in same PDB: d2fx8h1, d2fx8h2, d2fx8i1, d2fx8i2, d2fx8j1, d2fx8j2, d2fx8k1, d2fx8k2, d2fx8l2, d2fx8m2, d2fx8n2, d2fx8o2
      automatically matched to d1rhha1
    4. 1511604Domain d2fx8o1: 2fx8 O:1-107 [134294]
      Other proteins in same PDB: d2fx8h1, d2fx8h2, d2fx8i1, d2fx8i2, d2fx8j1, d2fx8j2, d2fx8k1, d2fx8k2, d2fx8l2, d2fx8m2, d2fx8n2, d2fx8o2
      automatically matched to d1rhha1
  15. Domain(s) for 2fx9:
    1. 1511571Domain d2fx9l1: 2fx9 L:1-107 [134300]
      Other proteins in same PDB: d2fx9h1, d2fx9h2, d2fx9i1, d2fx9i2, d2fx9l2, d2fx9m2
      automatically matched to d1rhha1
    2. 1511572Domain d2fx9m1: 2fx9 M:1-107 [134302]
      Other proteins in same PDB: d2fx9h1, d2fx9h2, d2fx9i1, d2fx9i2, d2fx9l2, d2fx9m2
      automatically matched to d1rhha1
  16. Domain(s) for 2i5y:
    1. 1511576Domain d2i5yl1: 2i5y L:1-107 [137074]
      Other proteins in same PDB: d2i5yg_, d2i5yh1, d2i5yh2, d2i5yl2, d2i5ym1, d2i5yp_, d2i5yq2, d2i5yr1, d2i5yr2, d2i5ys1
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with nag, ndg
    2. 1511577Domain d2i5yq1: 2i5y Q:1-107 [137077]
      Other proteins in same PDB: d2i5yg_, d2i5yh1, d2i5yh2, d2i5yl2, d2i5ym1, d2i5yp_, d2i5yq2, d2i5yr1, d2i5yr2, d2i5ys1
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with nag, ndg
  17. Domain(s) for 2i60:
    1. 1511584Domain d2i60l1: 2i60 L:1-107 [137084]
      Other proteins in same PDB: d2i60g_, d2i60h1, d2i60h2, d2i60l2, d2i60m1, d2i60p_, d2i60q2, d2i60r1, d2i60r2, d2i60s1
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with ipa, nag, ndg
    2. 1511585Domain d2i60q1: 2i60 Q:1-107 [137087]
      Other proteins in same PDB: d2i60g_, d2i60h1, d2i60h2, d2i60l2, d2i60m1, d2i60p_, d2i60q2, d2i60r1, d2i60r2, d2i60s1
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with ipa, nag, ndg
  18. Domain(s) for 2nxy:
  19. Domain(s) for 2nxz:
  20. Domain(s) for 2ny0:
  21. Domain(s) for 2ny1:
  22. Domain(s) for 2ny2:
  23. Domain(s) for 2ny3:
  24. Domain(s) for 2ny4:
  25. Domain(s) for 2ny5:
  26. Domain(s) for 2ny6:
  27. Domain(s) for 2qr0:
    1. 1511615Domain d2qr0a1: 2qr0 A:1-107 [151234]
      Other proteins in same PDB: d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0c1, d2qr0d1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0i1, d2qr0j1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0o1, d2qr0p1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0u1, d2qr0v1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2
      automatically matched to d1g9ml1
    2. 1511616Domain d2qr0e1: 2qr0 E:1-107 [151240]
      Other proteins in same PDB: d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0c1, d2qr0d1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0i1, d2qr0j1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0o1, d2qr0p1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0u1, d2qr0v1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2
      automatically matched to d1g9ml1
    3. 1511617Domain d2qr0g1: 2qr0 G:1-107 [151244]
      Other proteins in same PDB: d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0c1, d2qr0d1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0i1, d2qr0j1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0o1, d2qr0p1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0u1, d2qr0v1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2
      automatically matched to d1g9ml1
    4. 1511618Domain d2qr0k1: 2qr0 K:1-107 [151250]
      Other proteins in same PDB: d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0c1, d2qr0d1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0i1, d2qr0j1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0o1, d2qr0p1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0u1, d2qr0v1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2
      automatically matched to d1g9ml1
    5. 1511619Domain d2qr0m1: 2qr0 M:1-107 [151254]
      Other proteins in same PDB: d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0c1, d2qr0d1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0i1, d2qr0j1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0o1, d2qr0p1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0u1, d2qr0v1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2
      automatically matched to d1g9ml1
    6. 1511620Domain d2qr0q1: 2qr0 Q:1-107 [151260]
      Other proteins in same PDB: d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0c1, d2qr0d1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0i1, d2qr0j1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0o1, d2qr0p1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0u1, d2qr0v1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2
      automatically matched to d1g9ml1
    7. 1511621Domain d2qr0s1: 2qr0 S:1-107 [151264]
      Other proteins in same PDB: d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0c1, d2qr0d1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0i1, d2qr0j1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0o1, d2qr0p1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0u1, d2qr0v1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2
      automatically matched to d1g9ml1
    8. 1511622Domain d2qr0w1: 2qr0 W:1-107 [151270]
      Other proteins in same PDB: d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0c1, d2qr0d1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0i1, d2qr0j1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0o1, d2qr0p1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0u1, d2qr0v1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2
      automatically matched to d1g9ml1
  28. Domain(s) for 2qsc:
  29. Domain(s) for 3cfk:
    1. 1511588Domain d3cfka1: 3cfk A:1-107 [156581]
      Other proteins in same PDB: d3cfka2, d3cfkb1, d3cfkb2, d3cfkc2, d3cfkd1, d3cfkd2, d3cfke2, d3cfkf1, d3cfkf2, d3cfkg2, d3cfkh1, d3cfkh2, d3cfki1, d3cfki2, d3cfkj2, d3cfkk1, d3cfkk2, d3cfkl2, d3cfkm2, d3cfkn1, d3cfkn2, d3cfko2, d3cfkp1, d3cfkp2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with b3p, cd, gol
    2. 1511589Domain d3cfkc1: 3cfk C:1-107 [156585]
      Other proteins in same PDB: d3cfka2, d3cfkb1, d3cfkb2, d3cfkc2, d3cfkd1, d3cfkd2, d3cfke2, d3cfkf1, d3cfkf2, d3cfkg2, d3cfkh1, d3cfkh2, d3cfki1, d3cfki2, d3cfkj2, d3cfkk1, d3cfkk2, d3cfkl2, d3cfkm2, d3cfkn1, d3cfkn2, d3cfko2, d3cfkp1, d3cfkp2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with b3p, cd, gol
    3. 1511590Domain d3cfke1: 3cfk E:1-107 [156589]
      Other proteins in same PDB: d3cfka2, d3cfkb1, d3cfkb2, d3cfkc2, d3cfkd1, d3cfkd2, d3cfke2, d3cfkf1, d3cfkf2, d3cfkg2, d3cfkh1, d3cfkh2, d3cfki1, d3cfki2, d3cfkj2, d3cfkk1, d3cfkk2, d3cfkl2, d3cfkm2, d3cfkn1, d3cfkn2, d3cfko2, d3cfkp1, d3cfkp2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with b3p, cd, gol
    4. 1511591Domain d3cfkg1: 3cfk G:1-107 [156593]
      Other proteins in same PDB: d3cfka2, d3cfkb1, d3cfkb2, d3cfkc2, d3cfkd1, d3cfkd2, d3cfke2, d3cfkf1, d3cfkf2, d3cfkg2, d3cfkh1, d3cfkh2, d3cfki1, d3cfki2, d3cfkj2, d3cfkk1, d3cfkk2, d3cfkl2, d3cfkm2, d3cfkn1, d3cfkn2, d3cfko2, d3cfkp1, d3cfkp2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with b3p, cd, gol
    5. 1511592Domain d3cfkj1: 3cfk J:1-107 [156599]
      Other proteins in same PDB: d3cfka2, d3cfkb1, d3cfkb2, d3cfkc2, d3cfkd1, d3cfkd2, d3cfke2, d3cfkf1, d3cfkf2, d3cfkg2, d3cfkh1, d3cfkh2, d3cfki1, d3cfki2, d3cfkj2, d3cfkk1, d3cfkk2, d3cfkl2, d3cfkm2, d3cfkn1, d3cfkn2, d3cfko2, d3cfkp1, d3cfkp2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with b3p, cd, gol
    6. 1511593Domain d3cfkl1: 3cfk L:1-107 [156603]
      Other proteins in same PDB: d3cfka2, d3cfkb1, d3cfkb2, d3cfkc2, d3cfkd1, d3cfkd2, d3cfke2, d3cfkf1, d3cfkf2, d3cfkg2, d3cfkh1, d3cfkh2, d3cfki1, d3cfki2, d3cfkj2, d3cfkk1, d3cfkk2, d3cfkl2, d3cfkm2, d3cfkn1, d3cfkn2, d3cfko2, d3cfkp1, d3cfkp2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with b3p, cd, gol
    7. 1511594Domain d3cfkm1: 3cfk M:1-107 [156605]
      Other proteins in same PDB: d3cfka2, d3cfkb1, d3cfkb2, d3cfkc2, d3cfkd1, d3cfkd2, d3cfke2, d3cfkf1, d3cfkf2, d3cfkg2, d3cfkh1, d3cfkh2, d3cfki1, d3cfki2, d3cfkj2, d3cfkk1, d3cfkk2, d3cfkl2, d3cfkm2, d3cfkn1, d3cfkn2, d3cfko2, d3cfkp1, d3cfkp2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with b3p, cd, gol
    8. 1511595Domain d3cfko1: 3cfk O:1-107 [156609]
      Other proteins in same PDB: d3cfka2, d3cfkb1, d3cfkb2, d3cfkc2, d3cfkd1, d3cfkd2, d3cfke2, d3cfkf1, d3cfkf2, d3cfkg2, d3cfkh1, d3cfkh2, d3cfki1, d3cfki2, d3cfkj2, d3cfkk1, d3cfkk2, d3cfkl2, d3cfkm2, d3cfkn1, d3cfkn2, d3cfko2, d3cfkp1, d3cfkp2
      automatically matched to d1g9ml1
      complexed with b3p, cd, gol
  30. Domain(s) for 3dvg:
  31. Domain(s) for 3dvn:
    1. 1511605Domain d3dvna1: 3dvn A:5-109 [157894]
      Other proteins in same PDB: d3dvna2, d3dvnb1, d3dvnb2, d3dvnh1, d3dvnh2, d3dvnl2, d3dvnu_, d3dvnv_, d3dvnx_, d3dvny_
      automatically matched to d1g9ml1
    2. 1511606Domain d3dvnl1: 3dvn L:5-109 [157900]
      Other proteins in same PDB: d3dvna2, d3dvnb1, d3dvnb2, d3dvnh1, d3dvnh2, d3dvnl2, d3dvnu_, d3dvnv_, d3dvnx_, d3dvny_
      automatically matched to d1g9ml1

More info for Species Human (Homo sapiens), cluster 3.2 [TaxId:9606] from b.1.1.1 Immunoglobulin light chain kappa variable domain, VL-kappa

Timeline for Species Human (Homo sapiens), cluster 3.2 [TaxId:9606] from b.1.1.1 Immunoglobulin light chain kappa variable domain, VL-kappa: