Class b: All beta proteins [48724] (176 folds) |
Fold b.1: Immunoglobulin-like beta-sandwich [48725] (31 superfamilies) sandwich; 7 strands in 2 sheets; greek-key some members of the fold have additional strands |
Superfamily b.1.1: Immunoglobulin [48726] (5 families) |
Family b.1.1.1: V set domains (antibody variable domain-like) [48727] (33 proteins) |
Protein Immunoglobulin light chain kappa variable domain, VL-kappa [88519] (16 species) VL-kappa domains of human and mouse antibodies are clustered by the sequence similarity within the germline encoded segment and then by the size of the complementarity determining regions CDR1 and CDR2, so the clusters may correspond to putative germline families in the species genomes; VL-kappa domains with artificial or grafted exogenous CDRs are listed as engineered species |
Species Human (Homo sapiens), cluster 3.2 [TaxId:9606] [88523] (31 PDB entries) |
Domain d1rhha1: 1rhh A:1-106A [97473] Other proteins in same PDB: d1rhha2, d1rhhb1, d1rhhb2, d1rhhc2, d1rhhd1, d1rhhd2 part of HIV-1 neutralizing Fab x5 |
Domain d1rhhc1: 1rhh C:1-106A [97477] Other proteins in same PDB: d1rhha2, d1rhhb1, d1rhhb2, d1rhhc2, d1rhhd1, d1rhhd2 part of HIV-1 neutralizing Fab x5 |
Domain d1y0la1: 1y0l A:1-107 [122486] Other proteins in same PDB: d1y0la2, d1y0lb1, d1y0lb2, d1y0lc2, d1y0ld1, d1y0ld2, d1y0le2, d1y0lf1, d1y0lf2, d1y0lh1, d1y0lh2, d1y0ll2 automatically matched to d1g9ml1 complexed with cl, han |
Domain d1y0lc1: 1y0l C:1-107 [122490] Other proteins in same PDB: d1y0la2, d1y0lb1, d1y0lb2, d1y0lc2, d1y0ld1, d1y0ld2, d1y0le2, d1y0lf1, d1y0lf2, d1y0lh1, d1y0lh2, d1y0ll2 automatically matched to d1g9ml1 complexed with cl, han |
Domain d1y0le1: 1y0l E:1-107 [122494] Other proteins in same PDB: d1y0la2, d1y0lb1, d1y0lb2, d1y0lc2, d1y0ld1, d1y0ld2, d1y0le2, d1y0lf1, d1y0lf2, d1y0lh1, d1y0lh2, d1y0ll2 automatically matched to d1g9ml1 complexed with cl, han |
Domain d1y0ll1: 1y0l L:1-107 [122500] Other proteins in same PDB: d1y0la2, d1y0lb1, d1y0lb2, d1y0lc2, d1y0ld1, d1y0ld2, d1y0le2, d1y0lf1, d1y0lf2, d1y0lh1, d1y0lh2, d1y0ll2 automatically matched to d1g9ml1 complexed with cl, han |
Domain d1y18a1: 1y18 A:1-107 [122521] Other proteins in same PDB: d1y18a2, d1y18b1, d1y18b2, d1y18c2, d1y18d1, d1y18d2, d1y18e2, d1y18f1, d1y18f2, d1y18h1, d1y18h2, d1y18l2 automatically matched to d1g9ml1 complexed with cl, han; mutant |
Domain d1y18c1: 1y18 C:1-107 [122525] Other proteins in same PDB: d1y18a2, d1y18b1, d1y18b2, d1y18c2, d1y18d1, d1y18d2, d1y18e2, d1y18f1, d1y18f2, d1y18h1, d1y18h2, d1y18l2 automatically matched to d1g9ml1 complexed with cl, han; mutant |
Domain d1y18e1: 1y18 E:1-107 [122529] Other proteins in same PDB: d1y18a2, d1y18b1, d1y18b2, d1y18c2, d1y18d1, d1y18d2, d1y18e2, d1y18f1, d1y18f2, d1y18h1, d1y18h2, d1y18l2 automatically matched to d1g9ml1 complexed with cl, han; mutant |
Domain d1y18l1: 1y18 L:1-107 [122535] Other proteins in same PDB: d1y18a2, d1y18b1, d1y18b2, d1y18c2, d1y18d1, d1y18d2, d1y18e2, d1y18f1, d1y18f2, d1y18h1, d1y18h2, d1y18l2 automatically matched to d1g9ml1 complexed with cl, han; mutant |
Domain d1yyll1: 1yyl L:1-107 [124225] Other proteins in same PDB: d1yylg_, d1yylh1, d1yylh2, d1yyll2, d1yylm1, d1yylp_, d1yylq2, d1yylr1, d1yylr2, d1yyls1 automatically matched to d1g9ml1 complexed with nag, ndg |
Domain d1yylq1: 1yyl Q:1001-1107 [124228] Other proteins in same PDB: d1yylg_, d1yylh1, d1yylh2, d1yyll2, d1yylm1, d1yylp_, d1yylq2, d1yylr1, d1yylr2, d1yyls1 automatically matched to d1g9ml1 complexed with nag, ndg |
Domain d1yyml1: 1yym L:1-107 [124235] Other proteins in same PDB: d1yymg_, d1yymh1, d1yymh2, d1yyml2, d1yymm1, d1yymp_, d1yymq2, d1yymr1, d1yymr2, d1yyms1 automatically matched to d1g9ml1 complexed with edo, ipa, nag, ndg |
Domain d1yymq1: 1yym Q:1001-1107 [124238] Other proteins in same PDB: d1yymg_, d1yymh1, d1yymh2, d1yyml2, d1yymm1, d1yymp_, d1yymq2, d1yymr1, d1yymr2, d1yyms1 automatically matched to d1g9ml1 complexed with edo, ipa, nag, ndg |
Domain d2fx7l1: 2fx7 L:1-107 [134278] Other proteins in same PDB: d2fx7h1, d2fx7h2, d2fx7l2 automatically matched to d1rhha1 complexed with gol |
Domain d2fx8l1: 2fx8 L:1-107 [134288] Other proteins in same PDB: d2fx8h1, d2fx8h2, d2fx8i1, d2fx8i2, d2fx8j1, d2fx8j2, d2fx8k1, d2fx8k2, d2fx8l2, d2fx8m2, d2fx8n2, d2fx8o2 automatically matched to d1rhha1 |
Domain d2fx8m1: 2fx8 M:1-107 [134290] Other proteins in same PDB: d2fx8h1, d2fx8h2, d2fx8i1, d2fx8i2, d2fx8j1, d2fx8j2, d2fx8k1, d2fx8k2, d2fx8l2, d2fx8m2, d2fx8n2, d2fx8o2 automatically matched to d1rhha1 |
Domain d2fx8n1: 2fx8 N:1-107 [134292] Other proteins in same PDB: d2fx8h1, d2fx8h2, d2fx8i1, d2fx8i2, d2fx8j1, d2fx8j2, d2fx8k1, d2fx8k2, d2fx8l2, d2fx8m2, d2fx8n2, d2fx8o2 automatically matched to d1rhha1 |
Domain d2fx8o1: 2fx8 O:1-107 [134294] Other proteins in same PDB: d2fx8h1, d2fx8h2, d2fx8i1, d2fx8i2, d2fx8j1, d2fx8j2, d2fx8k1, d2fx8k2, d2fx8l2, d2fx8m2, d2fx8n2, d2fx8o2 automatically matched to d1rhha1 |
Domain d2fx9l1: 2fx9 L:1-107 [134300] Other proteins in same PDB: d2fx9h1, d2fx9h2, d2fx9i1, d2fx9i2, d2fx9l2, d2fx9m2 automatically matched to d1rhha1 |
Domain d2fx9m1: 2fx9 M:1-107 [134302] Other proteins in same PDB: d2fx9h1, d2fx9h2, d2fx9i1, d2fx9i2, d2fx9l2, d2fx9m2 automatically matched to d1rhha1 |
Domain d2i5yl1: 2i5y L:1-107 [137074] Other proteins in same PDB: d2i5yg_, d2i5yh1, d2i5yh2, d2i5yl2, d2i5ym1, d2i5yp_, d2i5yq2, d2i5yr1, d2i5yr2, d2i5ys1 automatically matched to d1g9ml1 complexed with nag, ndg |
Domain d2i5yq1: 2i5y Q:1-107 [137077] Other proteins in same PDB: d2i5yg_, d2i5yh1, d2i5yh2, d2i5yl2, d2i5ym1, d2i5yp_, d2i5yq2, d2i5yr1, d2i5yr2, d2i5ys1 automatically matched to d1g9ml1 complexed with nag, ndg |
Domain d2i60l1: 2i60 L:1-107 [137084] Other proteins in same PDB: d2i60g_, d2i60h1, d2i60h2, d2i60l2, d2i60m1, d2i60p_, d2i60q2, d2i60r1, d2i60r2, d2i60s1 automatically matched to d1g9ml1 complexed with ipa, nag, ndg |
Domain d2i60q1: 2i60 Q:1-107 [137087] Other proteins in same PDB: d2i60g_, d2i60h1, d2i60h2, d2i60l2, d2i60m1, d2i60p_, d2i60q2, d2i60r1, d2i60r2, d2i60s1 automatically matched to d1g9ml1 complexed with ipa, nag, ndg |
Domain d2qr0a1: 2qr0 A:1-107 [151234] Other proteins in same PDB: d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0c1, d2qr0d1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0i1, d2qr0j1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0o1, d2qr0p1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0u1, d2qr0v1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2 automatically matched to d1g9ml1 |
Domain d2qr0e1: 2qr0 E:1-107 [151240] Other proteins in same PDB: d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0c1, d2qr0d1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0i1, d2qr0j1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0o1, d2qr0p1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0u1, d2qr0v1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2 automatically matched to d1g9ml1 |
Domain d2qr0g1: 2qr0 G:1-107 [151244] Other proteins in same PDB: d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0c1, d2qr0d1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0i1, d2qr0j1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0o1, d2qr0p1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0u1, d2qr0v1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2 automatically matched to d1g9ml1 |
Domain d2qr0k1: 2qr0 K:1-107 [151250] Other proteins in same PDB: d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0c1, d2qr0d1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0i1, d2qr0j1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0o1, d2qr0p1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0u1, d2qr0v1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2 automatically matched to d1g9ml1 |
Domain d2qr0m1: 2qr0 M:1-107 [151254] Other proteins in same PDB: d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0c1, d2qr0d1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0i1, d2qr0j1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0o1, d2qr0p1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0u1, d2qr0v1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2 automatically matched to d1g9ml1 |
Domain d2qr0q1: 2qr0 Q:1-107 [151260] Other proteins in same PDB: d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0c1, d2qr0d1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0i1, d2qr0j1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0o1, d2qr0p1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0u1, d2qr0v1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2 automatically matched to d1g9ml1 |
Domain d2qr0s1: 2qr0 S:1-107 [151264] Other proteins in same PDB: d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0c1, d2qr0d1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0i1, d2qr0j1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0o1, d2qr0p1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0u1, d2qr0v1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2 automatically matched to d1g9ml1 |
Domain d2qr0w1: 2qr0 W:1-107 [151270] Other proteins in same PDB: d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0c1, d2qr0d1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0i1, d2qr0j1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0o1, d2qr0p1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0u1, d2qr0v1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2 automatically matched to d1g9ml1 |
Domain d2qscl1: 2qsc L:3-107 [151316] Other proteins in same PDB: d2qscl2 automatically matched to d1rhha1 complexed with cl, zn |
Domain d3cfka1: 3cfk A:1-107 [156581] Other proteins in same PDB: d3cfka2, d3cfkb1, d3cfkb2, d3cfkc2, d3cfkd1, d3cfkd2, d3cfke2, d3cfkf1, d3cfkf2, d3cfkg2, d3cfkh1, d3cfkh2, d3cfki1, d3cfki2, d3cfkj2, d3cfkk1, d3cfkk2, d3cfkl2, d3cfkm2, d3cfkn1, d3cfkn2, d3cfko2, d3cfkp1, d3cfkp2 automatically matched to d1g9ml1 complexed with b3p, cd, gol |
Domain d3cfkc1: 3cfk C:1-107 [156585] Other proteins in same PDB: d3cfka2, d3cfkb1, d3cfkb2, d3cfkc2, d3cfkd1, d3cfkd2, d3cfke2, d3cfkf1, d3cfkf2, d3cfkg2, d3cfkh1, d3cfkh2, d3cfki1, d3cfki2, d3cfkj2, d3cfkk1, d3cfkk2, d3cfkl2, d3cfkm2, d3cfkn1, d3cfkn2, d3cfko2, d3cfkp1, d3cfkp2 automatically matched to d1g9ml1 complexed with b3p, cd, gol |
Domain d3cfke1: 3cfk E:1-107 [156589] Other proteins in same PDB: d3cfka2, d3cfkb1, d3cfkb2, d3cfkc2, d3cfkd1, d3cfkd2, d3cfke2, d3cfkf1, d3cfkf2, d3cfkg2, d3cfkh1, d3cfkh2, d3cfki1, d3cfki2, d3cfkj2, d3cfkk1, d3cfkk2, d3cfkl2, d3cfkm2, d3cfkn1, d3cfkn2, d3cfko2, d3cfkp1, d3cfkp2 automatically matched to d1g9ml1 complexed with b3p, cd, gol |
Domain d3cfkg1: 3cfk G:1-107 [156593] Other proteins in same PDB: d3cfka2, d3cfkb1, d3cfkb2, d3cfkc2, d3cfkd1, d3cfkd2, d3cfke2, d3cfkf1, d3cfkf2, d3cfkg2, d3cfkh1, d3cfkh2, d3cfki1, d3cfki2, d3cfkj2, d3cfkk1, d3cfkk2, d3cfkl2, d3cfkm2, d3cfkn1, d3cfkn2, d3cfko2, d3cfkp1, d3cfkp2 automatically matched to d1g9ml1 complexed with b3p, cd, gol |
Domain d3cfkj1: 3cfk J:1-107 [156599] Other proteins in same PDB: d3cfka2, d3cfkb1, d3cfkb2, d3cfkc2, d3cfkd1, d3cfkd2, d3cfke2, d3cfkf1, d3cfkf2, d3cfkg2, d3cfkh1, d3cfkh2, d3cfki1, d3cfki2, d3cfkj2, d3cfkk1, d3cfkk2, d3cfkl2, d3cfkm2, d3cfkn1, d3cfkn2, d3cfko2, d3cfkp1, d3cfkp2 automatically matched to d1g9ml1 complexed with b3p, cd, gol |
Domain d3cfkl1: 3cfk L:1-107 [156603] Other proteins in same PDB: d3cfka2, d3cfkb1, d3cfkb2, d3cfkc2, d3cfkd1, d3cfkd2, d3cfke2, d3cfkf1, d3cfkf2, d3cfkg2, d3cfkh1, d3cfkh2, d3cfki1, d3cfki2, d3cfkj2, d3cfkk1, d3cfkk2, d3cfkl2, d3cfkm2, d3cfkn1, d3cfkn2, d3cfko2, d3cfkp1, d3cfkp2 automatically matched to d1g9ml1 complexed with b3p, cd, gol |
Domain d3cfkm1: 3cfk M:1-107 [156605] Other proteins in same PDB: d3cfka2, d3cfkb1, d3cfkb2, d3cfkc2, d3cfkd1, d3cfkd2, d3cfke2, d3cfkf1, d3cfkf2, d3cfkg2, d3cfkh1, d3cfkh2, d3cfki1, d3cfki2, d3cfkj2, d3cfkk1, d3cfkk2, d3cfkl2, d3cfkm2, d3cfkn1, d3cfkn2, d3cfko2, d3cfkp1, d3cfkp2 automatically matched to d1g9ml1 complexed with b3p, cd, gol |
Domain d3cfko1: 3cfk O:1-107 [156609] Other proteins in same PDB: d3cfka2, d3cfkb1, d3cfkb2, d3cfkc2, d3cfkd1, d3cfkd2, d3cfke2, d3cfkf1, d3cfkf2, d3cfkg2, d3cfkh1, d3cfkh2, d3cfki1, d3cfki2, d3cfkj2, d3cfkk1, d3cfkk2, d3cfkl2, d3cfkm2, d3cfkn1, d3cfkn2, d3cfko2, d3cfkp1, d3cfkp2 automatically matched to d1g9ml1 complexed with b3p, cd, gol |
Domain d3dvna1: 3dvn A:5-109 [157894] Other proteins in same PDB: d3dvna2, d3dvnb1, d3dvnb2, d3dvnh1, d3dvnh2, d3dvnl2, d3dvnu_, d3dvnv_, d3dvnx_, d3dvny_ automatically matched to d1g9ml1 |
Domain d3dvnl1: 3dvn L:5-109 [157900] Other proteins in same PDB: d3dvna2, d3dvnb1, d3dvnb2, d3dvnh1, d3dvnh2, d3dvnl2, d3dvnu_, d3dvnv_, d3dvnx_, d3dvny_ automatically matched to d1g9ml1 |
Timeline for Species Human (Homo sapiens), cluster 3.2 [TaxId:9606] from b.1.1.1 Immunoglobulin light chain kappa variable domain, VL-kappa: