Lineage for Species: Human (Homo sapiens), cluster 1

  1. Root: SCOP 1.67
  2. 362614Class b: All beta proteins [48724] (141 folds)
  3. 362615Fold b.1: Immunoglobulin-like beta-sandwich [48725] (22 superfamilies)
    sandwich; 7 strands in 2 sheets; greek-key
    some members of the fold have additional strands
  4. 362616Superfamily b.1.1: Immunoglobulin [48726] (4 families) (S)
  5. 362617Family b.1.1.1: V set domains (antibody variable domain-like) [48727] (24 proteins)
  6. 363425Protein Immunoglobulin light chain kappa variable domain, VL-kappa [88519] (14 species)
    VL-kappa domains of human and mouse antibodies are clustered by the sequence similarity within the germline encoded segment and then by the size of the complementarity determining regions CDR1 and CDR2, so the clusters may correspond to putative germline families in the species genomes; VL-kappa domains with artificial or grafted exogenous CDRs are listed as engineered species
  7. 363471Species Human (Homo sapiens), cluster 1 [TaxId:9606] [88520] (19 PDB entries)

PDB entries in Species: Human (Homo sapiens), cluster 1:

  1. Domain(s) for 1ar2:
    • 363514Domain d1ar2__: 1ar2 - [20522]
      VL of Bence-Jones protein REI; disulfide-free mutant
  2. Domain(s) for 1b0w:
    1. 363476Domain d1b0wa_: 1b0w A: [20532]
    2. 363477Domain d1b0wb_: 1b0w B: [20533]
    3. 363478Domain d1b0wc_: 1b0w C: [20534]
      VL dimer of Bence-Jones protein BRE
  3. Domain(s) for 1b6d:
    1. 363498Domain d1b6da1: 1b6d A:1-107 [20603]
      Other proteins in same PDB: d1b6da2, d1b6db2
    2. 363499Domain d1b6db1: 1b6d B:1-107 [20604]
      Other proteins in same PDB: d1b6da2, d1b6db2
      part of Bence-Jones protein DEL
  4. Domain(s) for 1bre:
    1. 363487Domain d1brea_: 1bre A: [20538]
    2. 363488Domain d1breb_: 1bre B: [20539]
    3. 363489Domain d1brec_: 1bre C: [20540]
    4. 363490Domain d1bred_: 1bre D: [20541]
    5. 363491Domain d1bree_: 1bre E: [20542]
    6. 363492Domain d1bref_: 1bre F: [20543]
      VL dimer of Bence-Jones protein BRE
  5. Domain(s) for 1bww:
    1. 363472Domain d1bwwa_: 1bww A: [20518]
    2. 363473Domain d1bwwb_: 1bww B: [20519]
      VL dimer of Bence-Jones protein REI
      mutant
  6. Domain(s) for 1dee:
    1. 363500Domain d1deea1: 1dee A:1-107 [20442]
      Other proteins in same PDB: d1deea2, d1deeb1, d1deeb2, d1deec2, d1deed1, d1deed2, d1deee2, d1deef1, d1deef2, d1deeg_, d1deeh_
    2. 363501Domain d1deec1: 1dee C:1001-1107 [20444]
      Other proteins in same PDB: d1deea2, d1deeb1, d1deeb2, d1deec2, d1deed1, d1deed2, d1deee2, d1deef1, d1deef2, d1deeg_, d1deeh_
    3. 363502Domain d1deee1: 1dee E:2001-2107 [20446]
      Other proteins in same PDB: d1deea2, d1deeb1, d1deeb2, d1deec2, d1deed1, d1deed2, d1deee2, d1deef1, d1deef2, d1deeg_, d1deeh_
      part of IgM RF 2A2
  7. Domain(s) for 1dfb:
  8. Domain(s) for 1dql:
  9. Domain(s) for 1f6l:
  10. Domain(s) for 1hez:
    1. 363504Domain d1heza1: 1hez A:1-107 [60983]
      Other proteins in same PDB: d1heza2, d1hezb1, d1hezb2, d1hezc2, d1hezd1, d1hezd2, d1heze_
    2. 363505Domain d1hezc1: 1hez C:1-107 [60987]
      Other proteins in same PDB: d1heza2, d1hezb1, d1hezb2, d1hezc2, d1hezd1, d1hezd2, d1heze_
      part of IgM RF 2A2
      complexed with imd
  11. Domain(s) for 1igm:
  12. Domain(s) for 1jv5:
  13. Domain(s) for 1qp1:
    1. 363483Domain d1qp1a_: 1qp1 A: [20535]
    2. 363484Domain d1qp1b_: 1qp1 B: [20536]
    3. 363485Domain d1qp1c_: 1qp1 C: [20537]
      VL dimer of Bence-Jones protein BRE
  14. Domain(s) for 1rei:
    1. 363493Domain d1reia_: 1rei A: [20520]
    2. 363494Domain d1reib_: 1rei B: [20521]
      VL dimer of Bence-Jones protein REI
  15. Domain(s) for 1rz7:
  16. Domain(s) for 1rzg:
    1. 363480Domain d1rzgb1: 1rzg B:1-107 [98156]
      Other proteins in same PDB: d1rzga1, d1rzga2, d1rzgb2, d1rzgc1, d1rzgc2, d1rzgd2
    2. 363481Domain d1rzgd1: 1rzg D:1-107 [98160]
      Other proteins in same PDB: d1rzga1, d1rzga2, d1rzgb2, d1rzgc1, d1rzgc2, d1rzgd2
      part of anti HIV-1 gp120-reactive Fab 412D
      complexed with suc
  17. Domain(s) for 1rzi:
    1. 363506Domain d1rzia1: 1rzi A:2-107 [98166]
      Other proteins in same PDB: d1rzia2, d1rzib1, d1rzib2, d1rzic2, d1rzid1, d1rzid2, d1rzie2, d1rzif1, d1rzif2, d1rzig2, d1rzih1, d1rzih2, d1rzii2, d1rzij1, d1rzij2, d1rzik2, d1rzil1, d1rzil2, d1rzim2, d1rzin1, d1rzin2, d1rzio2, d1rzip1, d1rzip2
    2. 363507Domain d1rzic1: 1rzi C:1-107 [98170]
      Other proteins in same PDB: d1rzia2, d1rzib1, d1rzib2, d1rzic2, d1rzid1, d1rzid2, d1rzie2, d1rzif1, d1rzif2, d1rzig2, d1rzih1, d1rzih2, d1rzii2, d1rzij1, d1rzij2, d1rzik2, d1rzil1, d1rzil2, d1rzim2, d1rzin1, d1rzin2, d1rzio2, d1rzip1, d1rzip2
    3. 363508Domain d1rzie1: 1rzi E:2-107 [98174]
      Other proteins in same PDB: d1rzia2, d1rzib1, d1rzib2, d1rzic2, d1rzid1, d1rzid2, d1rzie2, d1rzif1, d1rzif2, d1rzig2, d1rzih1, d1rzih2, d1rzii2, d1rzij1, d1rzij2, d1rzik2, d1rzil1, d1rzil2, d1rzim2, d1rzin1, d1rzin2, d1rzio2, d1rzip1, d1rzip2
    4. 363509Domain d1rzig1: 1rzi G:2-107 [98178]
      Other proteins in same PDB: d1rzia2, d1rzib1, d1rzib2, d1rzic2, d1rzid1, d1rzid2, d1rzie2, d1rzif1, d1rzif2, d1rzig2, d1rzih1, d1rzih2, d1rzii2, d1rzij1, d1rzij2, d1rzik2, d1rzil1, d1rzil2, d1rzim2, d1rzin1, d1rzin2, d1rzio2, d1rzip1, d1rzip2
    5. 363510Domain d1rzii1: 1rzi I:2-107 [98182]
      Other proteins in same PDB: d1rzia2, d1rzib1, d1rzib2, d1rzic2, d1rzid1, d1rzid2, d1rzie2, d1rzif1, d1rzif2, d1rzig2, d1rzih1, d1rzih2, d1rzii2, d1rzij1, d1rzij2, d1rzik2, d1rzil1, d1rzil2, d1rzim2, d1rzin1, d1rzin2, d1rzio2, d1rzip1, d1rzip2
    6. 363511Domain d1rzik1: 1rzi K:2-107 [98186]
      Other proteins in same PDB: d1rzia2, d1rzib1, d1rzib2, d1rzic2, d1rzid1, d1rzid2, d1rzie2, d1rzif1, d1rzif2, d1rzig2, d1rzih1, d1rzih2, d1rzii2, d1rzij1, d1rzij2, d1rzik2, d1rzil1, d1rzil2, d1rzim2, d1rzin1, d1rzin2, d1rzio2, d1rzip1, d1rzip2
    7. 363512Domain d1rzim1: 1rzi M:2-107 [98190]
      Other proteins in same PDB: d1rzia2, d1rzib1, d1rzib2, d1rzic2, d1rzid1, d1rzid2, d1rzie2, d1rzif1, d1rzif2, d1rzig2, d1rzih1, d1rzih2, d1rzii2, d1rzij1, d1rzij2, d1rzik2, d1rzil1, d1rzil2, d1rzim2, d1rzin1, d1rzin2, d1rzio2, d1rzip1, d1rzip2
    8. 363513Domain d1rzio1: 1rzi O:2-107 [98194]
      Other proteins in same PDB: d1rzia2, d1rzib1, d1rzib2, d1rzic2, d1rzid1, d1rzid2, d1rzie2, d1rzif1, d1rzif2, d1rzig2, d1rzih1, d1rzih2, d1rzii2, d1rzij1, d1rzij2, d1rzik2, d1rzil1, d1rzil2, d1rzim2, d1rzin1, d1rzin2, d1rzio2, d1rzip1, d1rzip2
      part of anti HIV-1 gp120-reactive Fab 47E
  18. Domain(s) for 1vge:
  19. Domain(s) for 1wtl:
    1. 363474Domain d1wtla_: 1wtl A: [20530]
    2. 363475Domain d1wtlb_: 1wtl B: [20531]
      VL dimer of Bence-Jones protein WAT

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