Lineage for Protein: Mitochondrial cytochrome b subunit, N-terminal domain

  1. Root: SCOP 1.75
  2. 886031Class f: Membrane and cell surface proteins and peptides [56835] (58 folds)
  3. 887002Fold f.21: Heme-binding four-helical bundle [81344] (3 superfamilies)
    core: four transmembrane helices, up-and-down bundle, binds one or two heme groups in between the helices
  4. 887003Superfamily f.21.1: Transmembrane di-heme cytochromes [81342] (2 families) (S)
    Three of the four heme-ligands are conserved between the two families; both heme groups bind similarly but not identically
  5. 887009Family f.21.1.2: Cytochrome b of cytochrome bc1 complex (Ubiquinol-cytochrome c reductase) [81642] (2 proteins)
    a part (domain) of a larger mitochondrial cytochrome b subunit, separate subunit in plants and cyanobacteria
  6. 887021Protein Mitochondrial cytochrome b subunit, N-terminal domain [81641] (3 species)
    also includes extra transmembrane (linker) helix absent in plants and cyanobacteria subunits

Species:

  1. 887022Baker's yeast (Saccharomyces cerevisiae) [TaxId:4932] [81640] (7 PDB entries)
    1. Domain for 1ezv:
    2. Domain for 1kb9:
    3. Domains for 1kyo:
      1. 887031Domain d1kyoc3: 1kyo C:1-261 [75905]
        Other proteins in same PDB: d1kyoa1, d1kyoa2, d1kyob1, d1kyob2, d1kyoc2, d1kyod1, d1kyod2, d1kyoe1, d1kyoe2, d1kyof_, d1kyog_, d1kyoh_, d1kyoi_, d1kyoj_, d1kyok_, d1kyol1, d1kyol2, d1kyom1, d1kyom2, d1kyon2, d1kyoo1, d1kyoo2, d1kyop1, d1kyop2, d1kyoq_, d1kyor_, d1kyos_, d1kyot_, d1kyou_, d1kyov_, d1kyow_
      2. 887032Domain d1kyon3: 1kyo N:1-261 [75907]
        Other proteins in same PDB: d1kyoa1, d1kyoa2, d1kyob1, d1kyob2, d1kyoc2, d1kyod1, d1kyod2, d1kyoe1, d1kyoe2, d1kyof_, d1kyog_, d1kyoh_, d1kyoi_, d1kyoj_, d1kyok_, d1kyol1, d1kyol2, d1kyom1, d1kyom2, d1kyon2, d1kyoo1, d1kyoo2, d1kyop1, d1kyop2, d1kyoq_, d1kyor_, d1kyos_, d1kyot_, d1kyou_, d1kyov_, d1kyow_
        complexed with fes, hem, m3l, sma
    4. Domain for 1p84:
    5. Domain for 2ibz:
    6. Domains for 3cx5:
      1. 887023Domain d3cx5c2: 3cx5 C:1-261 [157081]
        Other proteins in same PDB: d3cx5a1, d3cx5a2, d3cx5b1, d3cx5b2, d3cx5c1, d3cx5d1, d3cx5d2, d3cx5e1, d3cx5e2, d3cx5f1, d3cx5g1, d3cx5h1, d3cx5i1, d3cx5j1, d3cx5k1, d3cx5l1, d3cx5l2, d3cx5m1, d3cx5m2, d3cx5n1, d3cx5o1, d3cx5o2, d3cx5p1, d3cx5p2, d3cx5q1, d3cx5r1, d3cx5s1, d3cx5t1, d3cx5u1, d3cx5v1
        automatically matched to d1ezvc3
        complexed with 6ph, 7ph, 8pe, 9pe, cn3, cn5, fes, hem, m3l, sma, suc, umq
      2. 887024Domain d3cx5n2: 3cx5 N:1-261 [157097]
        Other proteins in same PDB: d3cx5a1, d3cx5a2, d3cx5b1, d3cx5b2, d3cx5c1, d3cx5d1, d3cx5d2, d3cx5e1, d3cx5e2, d3cx5f1, d3cx5g1, d3cx5h1, d3cx5i1, d3cx5j1, d3cx5k1, d3cx5l1, d3cx5l2, d3cx5m1, d3cx5m2, d3cx5n1, d3cx5o1, d3cx5o2, d3cx5p1, d3cx5p2, d3cx5q1, d3cx5r1, d3cx5s1, d3cx5t1, d3cx5u1, d3cx5v1
        automatically matched to d1ezvc3
        complexed with 6ph, 7ph, 8pe, 9pe, cn3, cn5, fes, hem, m3l, sma, suc, umq
    7. Domains for 3cxh:
      1. 887028Domain d3cxhc2: 3cxh C:1-261 [157114]
        Other proteins in same PDB: d3cxha1, d3cxha2, d3cxhb1, d3cxhb2, d3cxhc1, d3cxhd1, d3cxhd2, d3cxhe1, d3cxhe2, d3cxhf1, d3cxhg1, d3cxhh1, d3cxhi1, d3cxhj1, d3cxhk1, d3cxhl1, d3cxhl2, d3cxhm1, d3cxhm2, d3cxhn1, d3cxho1, d3cxho2, d3cxhp1, d3cxhp2, d3cxhq1, d3cxhr1, d3cxhs1, d3cxht1, d3cxhu1, d3cxhv1
        automatically matched to d1ezvc3
        complexed with 6ph, 7ph, 8pe, 9pe, cn6, fes, hem, m3l, sma, suc, umq
      2. 887029Domain d3cxhn2: 3cxh N:1-261 [157130]
        Other proteins in same PDB: d3cxha1, d3cxha2, d3cxhb1, d3cxhb2, d3cxhc1, d3cxhd1, d3cxhd2, d3cxhe1, d3cxhe2, d3cxhf1, d3cxhg1, d3cxhh1, d3cxhi1, d3cxhj1, d3cxhk1, d3cxhl1, d3cxhl2, d3cxhm1, d3cxhm2, d3cxhn1, d3cxho1, d3cxho2, d3cxhp1, d3cxhp2, d3cxhq1, d3cxhr1, d3cxhs1, d3cxht1, d3cxhu1, d3cxhv1
        automatically matched to d1ezvc3
        complexed with 6ph, 7ph, 8pe, 9pe, cn6, fes, hem, m3l, sma, suc, umq
  2. 887033Chicken (Gallus gallus) [TaxId:9031] [81639] (4 PDB entries)
    1. Domain for 1bcc:
    2. Domain for 2bcc:
    3. Domain for 3bcc:
    4. Domains for 3cwb:
      1. 887036Domain d3cwbc2: 3cwb C:2-261 [157046]
        Other proteins in same PDB: d3cwbc1, d3cwbp1
        automatically matched to d1bccc3
        complexed with azi, bog, cdl, fes, hec, hem, icx, pee, unl, uq
      2. 887037Domain d3cwbp2: 3cwb P:2-261 [157048]
        Other proteins in same PDB: d3cwbc1, d3cwbp1
        automatically matched to d1bccc3
        complexed with azi, bog, cdl, fes, hec, hem, icx, pee, unl, uq
  3. 887039Cow (Bos taurus) [TaxId:9913] [81638] (17 PDB entries)
    Uniprot P00157
    1. Domain for 1be3:
    2. Domains for 1bgy:
      1. 887057Domain d1bgyc3: 1bgy C:1-260 [75808]
        Other proteins in same PDB: d1bgya1, d1bgya2, d1bgyb1, d1bgyb2, d1bgyc2, d1bgyd2, d1bgyd3, d1bgye_, d1bgyf_, d1bgyg_, d1bgyh_, d1bgyj_, d1bgyk_, d1bgym1, d1bgym2, d1bgyn1, d1bgyn2, d1bgyo2, d1bgyp2, d1bgyp3, d1bgyq1, d1bgyq2, d1bgyr_, d1bgys_, d1bgyt_, d1bgyv_, d1bgyw_
      2. 887058Domain d1bgyo3: 1bgy O:1-260 [75810]
        Other proteins in same PDB: d1bgya1, d1bgya2, d1bgyb1, d1bgyb2, d1bgyc2, d1bgyd2, d1bgyd3, d1bgye_, d1bgyf_, d1bgyg_, d1bgyh_, d1bgyj_, d1bgyk_, d1bgym1, d1bgym2, d1bgyn1, d1bgyn2, d1bgyo2, d1bgyp2, d1bgyp3, d1bgyq1, d1bgyq2, d1bgyr_, d1bgys_, d1bgyt_, d1bgyv_, d1bgyw_
        complexed with fes, hec, hem
    3. Domain for 1l0l:
    4. Domain for 1l0n:
    5. Domain for 1ntk:
    6. Domain for 1ntm:
    7. Domain for 1ntz:
    8. Domain for 1nu1:
    9. Domains for 1pp9:
      1. 887042Domain d1pp9c2: 1pp9 C:15-260 [104227]
        Other proteins in same PDB: d1pp9a1, d1pp9a2, d1pp9b1, d1pp9b2, d1pp9c1, d1pp9d1, d1pp9d2, d1pp9e1, d1pp9e2, d1pp9f_, d1pp9g_, d1pp9h_, d1pp9i_, d1pp9j_, d1pp9n1, d1pp9n2, d1pp9o1, d1pp9o2, d1pp9p1, d1pp9q1, d1pp9q2, d1pp9r1, d1pp9r2, d1pp9s_, d1pp9t_, d1pp9u_, d1pp9v_, d1pp9w_
      2. 887043Domain d1pp9p2: 1pp9 P:15-260 [104242]
        Other proteins in same PDB: d1pp9a1, d1pp9a2, d1pp9b1, d1pp9b2, d1pp9c1, d1pp9d1, d1pp9d2, d1pp9e1, d1pp9e2, d1pp9f_, d1pp9g_, d1pp9h_, d1pp9i_, d1pp9j_, d1pp9n1, d1pp9n2, d1pp9o1, d1pp9o2, d1pp9p1, d1pp9q1, d1pp9q2, d1pp9r1, d1pp9r2, d1pp9s_, d1pp9t_, d1pp9u_, d1pp9v_, d1pp9w_
        complexed with azi, bhg, cdl, fes, gol, hec, hem, pee, po4, sma, uq
    10. Domains for 1ppj:
      1. 887040Domain d1ppjc2: 1ppj C:15-260 [104257]
        Other proteins in same PDB: d1ppja1, d1ppja2, d1ppjb1, d1ppjb2, d1ppjc1, d1ppjd1, d1ppjd2, d1ppje1, d1ppje2, d1ppjf_, d1ppjg_, d1ppjh_, d1ppji_, d1ppjj_, d1ppjn1, d1ppjn2, d1ppjo1, d1ppjo2, d1ppjp1, d1ppjq1, d1ppjq2, d1ppjr1, d1ppjr2, d1ppjs_, d1ppjt_, d1ppju_, d1ppjv_, d1ppjw_
      2. 887041Domain d1ppjp2: 1ppj P:15-260 [104272]
        Other proteins in same PDB: d1ppja1, d1ppja2, d1ppjb1, d1ppjb2, d1ppjc1, d1ppjd1, d1ppjd2, d1ppje1, d1ppje2, d1ppjf_, d1ppjg_, d1ppjh_, d1ppji_, d1ppjj_, d1ppjn1, d1ppjn2, d1ppjo1, d1ppjo2, d1ppjp1, d1ppjq1, d1ppjq2, d1ppjr1, d1ppjr2, d1ppjs_, d1ppjt_, d1ppju_, d1ppjv_, d1ppjw_
        complexed with any, azi, bhg, cdl, fes, gol, hec, hem, pee, po4, sma
    11. Domain for 1qcr:
    12. Domain for 1sqb:
    13. Domain for 1sqp:
    14. Domain for 1sqq:
    15. Domain for 1sqv:
    16. Domain for 1sqx:
    17. Domain for 2fyu:

More info for Protein Mitochondrial cytochrome b subunit, N-terminal domain from f.21.1.2: Cytochrome b of cytochrome bc1 complex (Ubiquinol-cytochrome c reductase)

Timeline for Protein Mitochondrial cytochrome b subunit, N-terminal domain from f.21.1.2: Cytochrome b of cytochrome bc1 complex (Ubiquinol-cytochrome c reductase):

  • Protein Mitochondrial cytochrome b subunit, N-terminal domain from f.21.1.2: Cytochrome b of cytochrome bc1 complex (Ubiquinol-cytochrome c reductase) first appeared in SCOP 1.63
  • Protein Mitochondrial cytochrome b subunit, N-terminal domain from f.21.1.2: Cytochrome b of cytochrome bc1 complex (Ubiquinol-cytochrome c reductase) appears in SCOP 1.73
  • Protein Mitochondrial cytochrome b subunit, N-terminal domain from f.21.1.2: Cytochrome b of cytochrome bc1 complex (Ubiquinol-cytochrome c reductase) appears in SCOPe 2.01
  • Protein Mitochondrial cytochrome b subunit, N-terminal domain from f.21.1.2: Cytochrome b of cytochrome bc1 complex (Ubiquinol-cytochrome c reductase) appears in the current release, SCOPe 2.07