Lineage for Protein: RNA-polymerase beta-prime

  1. Root: SCOPe 2.08
  2. 3012399Class e: Multi-domain proteins (alpha and beta) [56572] (74 folds)
  3. 3019956Fold e.29: beta and beta-prime subunits of DNA dependent RNA-polymerase [64483] (1 superfamily)
    Multidomain subunits of complex domain organization
  4. 3019957Superfamily e.29.1: beta and beta-prime subunits of DNA dependent RNA-polymerase [64484] (3 families) (S)
    The catalytic site is formed by the association of two double-psi beta-barrel domains, one from each subunit
  5. 3020053Family e.29.1.2: RNA-polymerase beta-prime [64490] (4 proteins)
  6. 3020088Protein RNA-polymerase beta-prime [64493] (2 species)

Species:

  1. 3020089Thermus aquaticus [TaxId:271] [64494] (4 PDB entries)
    1. Domain for 1i6v:
    2. Domain for 1ynj:
    3. Domain for 1ynn:
    4. Domain for 2gho:
  2. 3020094Thermus thermophilus [TaxId:274] [75610] (15 PDB entries)
    Uniprot Q8RQE8; part of multichain biological unit
    1. Domains for 1iw7:
      1. 3020111Domain d1iw7d_: 1iw7 D: [71475]
        Other proteins in same PDB: d1iw7a1, d1iw7a2, d1iw7b1, d1iw7b2, d1iw7c_, d1iw7e_, d1iw7f1, d1iw7f2, d1iw7f3, d1iw7k1, d1iw7k2, d1iw7l1, d1iw7l2, d1iw7m_, d1iw7o_, d1iw7p1, d1iw7p2, d1iw7p3
        complexed with mg, pb
      2. 3020112Domain d1iw7n_: 1iw7 N: [71483]
        Other proteins in same PDB: d1iw7a1, d1iw7a2, d1iw7b1, d1iw7b2, d1iw7c_, d1iw7e_, d1iw7f1, d1iw7f2, d1iw7f3, d1iw7k1, d1iw7k2, d1iw7l1, d1iw7l2, d1iw7m_, d1iw7o_, d1iw7p1, d1iw7p2, d1iw7p3
        complexed with mg, pb
    2. Domains for 1smy:
      1. 3020097Domain d1smyd_: 1smy D: [105779]
        Other proteins in same PDB: d1smya1, d1smya2, d1smyb1, d1smyb2, d1smyc_, d1smye_, d1smyf1, d1smyf2, d1smyf3, d1smyk1, d1smyk2, d1smyl1, d1smyl2, d1smym_, d1smyo_, d1smyp1, d1smyp2, d1smyp3
        complexed with g4p, mg, zn
      2. 3020098Domain d1smyn_: 1smy N: [105789]
        Other proteins in same PDB: d1smya1, d1smya2, d1smyb1, d1smyb2, d1smyc_, d1smye_, d1smyf1, d1smyf2, d1smyf3, d1smyk1, d1smyk2, d1smyl1, d1smyl2, d1smym_, d1smyo_, d1smyp1, d1smyp2, d1smyp3
        complexed with g4p, mg, zn
    3. Domains for 2a68:
      1. 3020105Domain d2a68d_: 2a68 D: [126196]
        Other proteins in same PDB: d2a68a1, d2a68a2, d2a68b1, d2a68b2, d2a68c_, d2a68e_, d2a68f1, d2a68f2, d2a68f3, d2a68k1, d2a68k2, d2a68l1, d2a68l2, d2a68m_, d2a68o_, d2a68p1, d2a68p2, d2a68p3
        automated match to d1smyd_
        protein/RNA complex; complexed with mg, rbt, zn
      2. 3020106Domain d2a68n_: 2a68 N: [126206]
        Other proteins in same PDB: d2a68a1, d2a68a2, d2a68b1, d2a68b2, d2a68c_, d2a68e_, d2a68f1, d2a68f2, d2a68f3, d2a68k1, d2a68k2, d2a68l1, d2a68l2, d2a68m_, d2a68o_, d2a68p1, d2a68p2, d2a68p3
        automated match to d1smyd_
        protein/RNA complex; complexed with mg, rbt, zn
    4. Domains for 2a69:
      1. 3020109Domain d2a69d_: 2a69 D: [126216]
        Other proteins in same PDB: d2a69a1, d2a69a2, d2a69b1, d2a69b2, d2a69c_, d2a69e_, d2a69f1, d2a69f2, d2a69f3, d2a69k1, d2a69k2, d2a69l1, d2a69l2, d2a69m_, d2a69o_, d2a69p1, d2a69p2, d2a69p3
        automated match to d1smyd_
        protein/RNA complex; complexed with mg, rpt, zn
      2. 3020110Domain d2a69n_: 2a69 N: [126226]
        Other proteins in same PDB: d2a69a1, d2a69a2, d2a69b1, d2a69b2, d2a69c_, d2a69e_, d2a69f1, d2a69f2, d2a69f3, d2a69k1, d2a69k2, d2a69l1, d2a69l2, d2a69m_, d2a69o_, d2a69p1, d2a69p2, d2a69p3
        automated match to d1smyd_
        protein/RNA complex; complexed with mg, rpt, zn
    5. Domains for 2a6e:
      1. 3020115Domain d2a6ed_: 2a6e D: [126245]
        Other proteins in same PDB: d2a6ea1, d2a6ea2, d2a6eb1, d2a6eb2, d2a6ec_, d2a6ee_, d2a6ef1, d2a6ef2, d2a6ef3, d2a6ek1, d2a6ek2, d2a6el1, d2a6el2, d2a6em_, d2a6eo_, d2a6ep1, d2a6ep2, d2a6ep3
        automated match to d1smyd_
        complexed with mg, zn
      2. 3020116Domain d2a6en_: 2a6e N: [126255]
        Other proteins in same PDB: d2a6ea1, d2a6ea2, d2a6eb1, d2a6eb2, d2a6ec_, d2a6ee_, d2a6ef1, d2a6ef2, d2a6ef3, d2a6ek1, d2a6ek2, d2a6el1, d2a6el2, d2a6em_, d2a6eo_, d2a6ep1, d2a6ep2, d2a6ep3
        automated match to d1smyd_
        complexed with mg, zn
    6. Domains for 2a6h:
      1. 3020101Domain d2a6hd_: 2a6h D: [126265]
        Other proteins in same PDB: d2a6ha1, d2a6ha2, d2a6hb1, d2a6hb2, d2a6hc_, d2a6he_, d2a6hf1, d2a6hf2, d2a6hf3, d2a6hk1, d2a6hk2, d2a6hl1, d2a6hl2, d2a6hm_, d2a6ho_, d2a6hp1, d2a6hp2, d2a6hp3
        automated match to d1smyd_
        protein/RNA complex; complexed with mg, std, zn
      2. 3020102Domain d2a6hn_: 2a6h N: [126275]
        Other proteins in same PDB: d2a6ha1, d2a6ha2, d2a6hb1, d2a6hb2, d2a6hc_, d2a6he_, d2a6hf1, d2a6hf2, d2a6hf3, d2a6hk1, d2a6hk2, d2a6hl1, d2a6hl2, d2a6hm_, d2a6ho_, d2a6hp1, d2a6hp2, d2a6hp3
        automated match to d1smyd_
        protein/RNA complex; complexed with mg, std, zn
    7. Domains for 2be5:
      1. 3020103Domain d2be5d_: 2be5 D: [128356]
        Other proteins in same PDB: d2be5a1, d2be5a2, d2be5b1, d2be5b2, d2be5c_, d2be5e_, d2be5f1, d2be5f2, d2be5f3, d2be5k1, d2be5k2, d2be5l1, d2be5l2, d2be5m_, d2be5o_, d2be5p1, d2be5p2, d2be5p3
        automated match to d1smyd_
        protein/RNA complex; complexed with mg, tgt, zn
      2. 3020104Domain d2be5n_: 2be5 N: [128366]
        Other proteins in same PDB: d2be5a1, d2be5a2, d2be5b1, d2be5b2, d2be5c_, d2be5e_, d2be5f1, d2be5f2, d2be5f3, d2be5k1, d2be5k2, d2be5l1, d2be5l2, d2be5m_, d2be5o_, d2be5p1, d2be5p2, d2be5p3
        automated match to d1smyd_
        protein/RNA complex; complexed with mg, tgt, zn
    8. Domains for 2cw0:
      1. 3020120Domain d2cw0d1: 2cw0 D:2-1505 [130903]
        Other proteins in same PDB: d2cw0a1, d2cw0a2, d2cw0b1, d2cw0b2, d2cw0c1, d2cw0e1, d2cw0f1, d2cw0f2, d2cw0f3, d2cw0k1, d2cw0k2, d2cw0l1, d2cw0l2, d2cw0m1, d2cw0o1, d2cw0p1, d2cw0p2, d2cw0p3
        automatically matched to d1iw7d_
        complexed with mg, zn
      2. 3020121Domain d2cw0n1: 2cw0 N:2-1505 [130913]
        Other proteins in same PDB: d2cw0a1, d2cw0a2, d2cw0b1, d2cw0b2, d2cw0c1, d2cw0e1, d2cw0f1, d2cw0f2, d2cw0f3, d2cw0k1, d2cw0k2, d2cw0l1, d2cw0l2, d2cw0m1, d2cw0o1, d2cw0p1, d2cw0p2, d2cw0p3
        automatically matched to d1iw7d_
        complexed with mg, zn
    9. Domains for 2o5i:
      1. 3020107Domain d2o5id_: 2o5i D: [148601]
        Other proteins in same PDB: d2o5ia1, d2o5ia2, d2o5ib1, d2o5ib2, d2o5ic_, d2o5ie_, d2o5ik1, d2o5ik2, d2o5il1, d2o5il2, d2o5im_, d2o5io_
        automated match to d1smyd_
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, zn
      2. 3020108Domain d2o5in_: 2o5i N: [148604]
        Other proteins in same PDB: d2o5ia1, d2o5ia2, d2o5ib1, d2o5ib2, d2o5ic_, d2o5ie_, d2o5ik1, d2o5ik2, d2o5il1, d2o5il2, d2o5im_, d2o5io_
        automated match to d1smyd_
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, zn
    10. Domains for 3eql:
      1. 3020113Domain d3eqld_: 3eql D: [199362]
        Other proteins in same PDB: d3eqla1, d3eqla2, d3eqlb1, d3eqlb2, d3eqlc_, d3eqle_, d3eqlf1, d3eqlf2, d3eqlf3, d3eqlk1, d3eqlk2, d3eqll1, d3eqll2, d3eqlm_, d3eqlo_, d3eqlp1, d3eqlp2, d3eqlp3
        automated match to d1smyd_
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, mxp, zn
      2. 3020114Domain d3eqln_: 3eql N: [199370]
        Other proteins in same PDB: d3eqla1, d3eqla2, d3eqlb1, d3eqlb2, d3eqlc_, d3eqle_, d3eqlf1, d3eqlf2, d3eqlf3, d3eqlk1, d3eqlk2, d3eqll1, d3eqll2, d3eqlm_, d3eqlo_, d3eqlp1, d3eqlp2, d3eqlp3
        automated match to d1smyd_
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, mxp, zn
    11. Domains for 4g7h:
      1. 3020095Domain d4g7hd_: 4g7h D: [202198]
        Other proteins in same PDB: d4g7ha1, d4g7ha2, d4g7hb1, d4g7hb2, d4g7hc_, d4g7he_, d4g7hf1, d4g7hf2, d4g7hf3, d4g7hk1, d4g7hk2, d4g7hl1, d4g7hl2, d4g7hm_, d4g7ho_, d4g7hp1, d4g7hp2, d4g7hp3
        automated match to d1smyd_
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, zn
      2. 3020096Domain d4g7hn_: 4g7h N: [202204]
        Other proteins in same PDB: d4g7ha1, d4g7ha2, d4g7hb1, d4g7hb2, d4g7hc_, d4g7he_, d4g7hf1, d4g7hf2, d4g7hf3, d4g7hk1, d4g7hk2, d4g7hl1, d4g7hl2, d4g7hm_, d4g7ho_, d4g7hp1, d4g7hp2, d4g7hp3
        automated match to d1smyd_
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, zn
    12. Domains for 4g7o:
      1. 3020099Domain d4g7od_: 4g7o D: [202209]
        Other proteins in same PDB: d4g7oa1, d4g7oa2, d4g7ob1, d4g7ob2, d4g7oc_, d4g7oe_, d4g7of1, d4g7of2, d4g7of3, d4g7ok1, d4g7ok2, d4g7ol1, d4g7ol2, d4g7om_, d4g7oo_, d4g7op1, d4g7op2, d4g7op3
        automated match to d1smyd_
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, zn
      2. 3020100Domain d4g7on_: 4g7o N: [202215]
        Other proteins in same PDB: d4g7oa1, d4g7oa2, d4g7ob1, d4g7ob2, d4g7oc_, d4g7oe_, d4g7of1, d4g7of2, d4g7of3, d4g7ok1, d4g7ok2, d4g7ol1, d4g7ol2, d4g7om_, d4g7oo_, d4g7op1, d4g7op2, d4g7op3
        automated match to d1smyd_
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, zn
    13. Domain for 4q4z:
    14. Domain for 5tmc:
    15. Domain for 6cuu:

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