SCOPe 2.08: Protein: Vascular endothelial growth factor, VEGF

Lineage for Protein: Vascular endothelial growth factor, VEGF

Root: SCOPe 2.08
Class g: Small proteins [56992] (100 folds)
Fold g.17: Cystine-knot cytokines [57500] (1 superfamily)
disulfide-rich fold; common core is all-beta
Superfamily g.17.1: Cystine-knot cytokines [57501] (8 families)
Family g.17.1.1: Platelet-derived growth factor-like [57502] (4 proteins)
Protein Vascular endothelial growth factor, VEGF [57505] (3 species)

Species:

Aspic viper (Vipera aspis aspis) [TaxId:8706] [118255] (1 PDB entry)
Uniprot P67863 1-100 # svVEGF (toxin); vammin
- Domain for 1wq8:
  - Domain d1wq8a_: 1wq8 A: [114832]
    complexed with trs

Human (Homo sapiens) [TaxId:9606] [57506] (22 PDB entries)
Uniprot P15692 40-133

Domains for 1bj1:
1. Domain d1bj1v_: 1bj1 V: [44763]
  Other proteins in same PDB: d1bj1h1, d1bj1h2, d1bj1j1, d1bj1j2, d1bj1k1, d1bj1k2, d1bj1l1, d1bj1l2
  complexed with so4
2. Domain d1bj1w_: 1bj1 W: [44764]
  Other proteins in same PDB: d1bj1h1, d1bj1h2, d1bj1j1, d1bj1j2, d1bj1k1, d1bj1k2, d1bj1l1, d1bj1l2
  complexed with so4
Domains for 1cz8:
1. Domain d1cz8v_: 1cz8 V: [44765]
  Other proteins in same PDB: d1cz8h1, d1cz8h2, d1cz8l1, d1cz8l2, d1cz8x1, d1cz8x2, d1cz8y1, d1cz8y2
  complexed with so4
2. Domain d1cz8w_: 1cz8 W: [44766]
  Other proteins in same PDB: d1cz8h1, d1cz8h2, d1cz8l1, d1cz8l2, d1cz8x1, d1cz8x2, d1cz8y1, d1cz8y2
  complexed with so4
Domains for 1flt:
1. Domain d1fltv_: 1flt V: [44751]
  Other proteins in same PDB: d1fltx_, d1flty_
2. Domain d1fltw_: 1flt W: [44752]
  Other proteins in same PDB: d1fltx_, d1flty_
Domains for 1kat:
1. Domain d1katv_: 1kat V: [77309]
  complexed with a phage-derived peptide antagonist, chains X and Y
2. Domain d1katw_: 1kat W: [77310]
  complexed with a phage-derived peptide antagonist, chains X and Y
Domains for 1mjv:
1. Domain d1mjva1: 1mjv A:14-108 [79214]
  Other proteins in same PDB: d1mjva2, d1mjvb2
  disulfide deficient mutant
  mutant
2. Domain d1mjvb1: 1mjv B:14-108 [79215]
  Other proteins in same PDB: d1mjva2, d1mjvb2
  disulfide deficient mutant
  mutant
Domains for 1mkg:
1. Domain d1mkga_: 1mkg A: [79234]
  disulfide deficient mutant
  mutant
2. Domain d1mkgb_: 1mkg B: [79235]
  disulfide deficient mutant
  mutant
3. Domain d1mkgc_: 1mkg C: [79236]
  disulfide deficient mutant
  mutant
4. Domain d1mkgd_: 1mkg D: [79237]
  disulfide deficient mutant
  mutant
Domains for 1mkk:
1. Domain d1mkka_: 1mkk A: [79240]
  Other proteins in same PDB: d1mkkb2
  disulfide deficient mutant
  mutant
2. Domain d1mkkb1: 1mkk B:14-106 [79241]
  Other proteins in same PDB: d1mkkb2
  disulfide deficient mutant
  mutant
Domains for 1qty:
1. Domain d1qtyr_: 1qty R: [44773]
  Other proteins in same PDB: d1qtyt_, d1qtyu_, d1qtyx_, d1qtyy_
2. Domain d1qtys_: 1qty S: [44774]
  Other proteins in same PDB: d1qtyt_, d1qtyu_, d1qtyx_, d1qtyy_
3. Domain d1qtyv_: 1qty V: [44771]
  Other proteins in same PDB: d1qtyt_, d1qtyu_, d1qtyx_, d1qtyy_
4. Domain d1qtyw_: 1qty W: [44772]
  Other proteins in same PDB: d1qtyt_, d1qtyu_, d1qtyx_, d1qtyy_
Domains for 1tzh:
1. Domain d1tzhv_: 1tzh V: [107485]
  Other proteins in same PDB: d1tzha1, d1tzha2, d1tzhb1, d1tzhb2, d1tzhh1, d1tzhh2, d1tzhl1, d1tzhl2
2. Domain d1tzhw_: 1tzh W: [107486]
  Other proteins in same PDB: d1tzha1, d1tzha2, d1tzhb1, d1tzhb2, d1tzhh1, d1tzhh2, d1tzhl1, d1tzhl2
Domain for 1tzi:
- Domain d1tziv_: 1tzi V: [107491]
  Other proteins in same PDB: d1tzia1, d1tzia2, d1tzib1, d1tzib2
Domains for 1vpf:
1. Domain d1vpfa_: 1vpf A: [44767]
2. Domain d1vpfb_: 1vpf B: [44768]
3. Domain d1vpfc_: 1vpf C: [44769]
4. Domain d1vpfd_: 1vpf D: [44770]
Domains for 1vpp:
1. Domain d1vppv_: 1vpp V: [44753]
2. Domain d1vppw_: 1vpp W: [44754]

Domains for 2qr0:

Domain d2qr0c1: 2qr0 C:13-107 [151238]
Other proteins in same PDB: d2qr0a1, d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0e1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g1, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0k1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m1, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0q1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s1, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0w1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2
automatically matched to d1katv_

Domain d2qr0d1: 2qr0 D:13-107 [151239]
Other proteins in same PDB: d2qr0a1, d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0e1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g1, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0k1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m1, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0q1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s1, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0w1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2
automatically matched to d1katv_

Domain d2qr0i1: 2qr0 I:13-107 [151248]
Other proteins in same PDB: d2qr0a1, d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0e1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g1, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0k1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m1, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0q1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s1, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0w1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2
automatically matched to d1katv_

Domain d2qr0j1: 2qr0 J:13-107 [151249]
Other proteins in same PDB: d2qr0a1, d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0e1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g1, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0k1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m1, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0q1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s1, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0w1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2
automatically matched to d1katv_

Domain d2qr0o1: 2qr0 O:13-107 [151258]
Other proteins in same PDB: d2qr0a1, d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0e1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g1, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0k1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m1, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0q1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s1, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0w1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2
automatically matched to d1katv_

Domain d2qr0p1: 2qr0 P:13-107 [151259]
Other proteins in same PDB: d2qr0a1, d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0e1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g1, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0k1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m1, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0q1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s1, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0w1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2
automatically matched to d1katv_

Domain d2qr0u1: 2qr0 U:13-107 [151268]
Other proteins in same PDB: d2qr0a1, d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0e1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g1, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0k1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m1, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0q1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s1, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0w1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2
automatically matched to d1katv_

Domain d2qr0v1: 2qr0 V:13-107 [151269]
Other proteins in same PDB: d2qr0a1, d2qr0a2, d2qr0b1, d2qr0b2, d2qr0e1, d2qr0e2, d2qr0f1, d2qr0f2, d2qr0g1, d2qr0g2, d2qr0h1, d2qr0h2, d2qr0k1, d2qr0k2, d2qr0l1, d2qr0l2, d2qr0m1, d2qr0m2, d2qr0n1, d2qr0n2, d2qr0q1, d2qr0q2, d2qr0r1, d2qr0r2, d2qr0s1, d2qr0s2, d2qr0t1, d2qr0t2, d2qr0w1, d2qr0w2, d2qr0x1, d2qr0x2
automatically matched to d1katv_

Domains for 2vpf:
1. Domain d2vpfa_: 2vpf A: [44755]
2. Domain d2vpfb_: 2vpf B: [44756]
3. Domain d2vpfc_: 2vpf C: [44757]
4. Domain d2vpfd_: 2vpf D: [44758]
5. Domain d2vpfe_: 2vpf E: [44759]
6. Domain d2vpff_: 2vpf F: [44760]
7. Domain d2vpfg_: 2vpf G: [44761]
8. Domain d2vpfh_: 2vpf H: [44762]
Domain for 3bdy:
- Domain d3bdyv_: 3bdy V: [172568]
  Other proteins in same PDB: d3bdyh_, d3bdyl1, d3bdyl2
  automated match to d1katv_
  complexed with gol
Domain for 3s1b:
- Domain d3s1bv_: 3s1b V: [196229]
  automated match to d1fltw_
Domain for 4kzn:
- Domain d4kzna_: 4kzn A: [256948]
  automated match to d2vpfa_
  complexed with pge, so4
Domains for 4qaf:
1. Domain d4qafc_: 4qaf C: [272367]
  automated match to d1katv_
  complexed with act, oma, so4
2. Domain d4qafd_: 4qaf D: [272368]
  automated match to d1katv_
  complexed with act, oma, so4
Domains for 4zff:
1. Domain d4zffc_: 4zff C: [274613]
  Other proteins in same PDB: d4zffa_, d4zffb1, d4zffb2, d4zffh_, d4zffl1, d4zffl2
  automated match to d1katv_
  complexed with so4
2. Domain d4zffd_: 4zff D: [274614]
  Other proteins in same PDB: d4zffa_, d4zffb1, d4zffb2, d4zffh_, d4zffl1, d4zffl2
  automated match to d1katv_
  complexed with so4
Domains for 5o4e:
1. Domain d5o4ee_: 5o4e E: [338614]
  Other proteins in same PDB: d5o4ea1, d5o4ea2, d5o4eb1, d5o4eb2, d5o4ec1, d5o4ec2, d5o4ed1, d5o4ed2
  automated match to d4zffd_
  complexed with cac, mpd, mrd, trs
2. Domain d5o4ef_: 5o4e F: [338638]
  Other proteins in same PDB: d5o4ea1, d5o4ea2, d5o4eb1, d5o4eb2, d5o4ec1, d5o4ec2, d5o4ed1, d5o4ed2
  automated match to d4zffd_
  complexed with cac, mpd, mrd, trs
Domains for 6bft:
1. Domain d6bftc_: 6bft C: [359511]
  Other proteins in same PDB: d6bftb1, d6bftb2, d6bftl1, d6bftl2
  automated match to d4zffd_
  complexed with mes, so4; mutant
2. Domain d6bftg_: 6bft G: [359489]
  Other proteins in same PDB: d6bftb1, d6bftb2, d6bftl1, d6bftl2
  automated match to d4zffd_
  complexed with mes, so4; mutant
Domains for 6zfl:
1. Domain d6zflv_: 6zfl V: [407485]
  automated match to d1vppv_
  complexed with mpd, po4
2. Domain d6zflw_: 6zfl W: [407592]
  automated match to d1vppv_
  complexed with mpd, po4

Russell's viper (Daboia russelli russelli) [TaxId:8707] [118256] (1 PDB entry)
Uniprot P67861 2-95 # svVEGF (toxin); VR-1
- Domains for 1wq9:
  1. Domain d1wq9a_: 1wq9 A: [114833]
  2. Domain d1wq9b_: 1wq9 B: [114834]

More info for Protein Vascular endothelial growth factor, VEGF from g.17.1.1: Platelet-derived growth factor-like

Timeline for Protein Vascular endothelial growth factor, VEGF from g.17.1.1: Platelet-derived growth factor-like:

Protein Vascular endothelial growth factor, VEGF from g.17.1.1: Platelet-derived growth factor-like first appeared (with stable ids) in SCOP 1.55
Protein Vascular endothelial growth factor, VEGF from g.17.1.1: Platelet-derived growth factor-like appears in SCOPe 2.07