Lineage for Species: Baker's yeast (Saccharomyces cerevisiae)

  1. Root: SCOP 1.71
  2. 595667Class d: Alpha and beta proteins (a+b) [53931] (286 folds)
  3. 612721Fold d.153: Ntn hydrolase-like [56234] (2 superfamilies)
    4 layers: alpha/beta/beta/alpha; has an unusual sheet-to-sheet packing
  4. 612722Superfamily d.153.1: N-terminal nucleophile aminohydrolases (Ntn hydrolases) [56235] (5 families) (S)
    N-terminal residue provides two catalytic groups, nucleophile and proton donor
  5. 612861Family d.153.1.4: Proteasome subunits [56251] (3 proteins)
  6. 612946Protein Proteasome alpha subunit (non-catalytic) [56255] (5 species)
    contains an extension to the common fold at the N-terminus
  7. 612977Species Baker's yeast (Saccharomyces cerevisiae) [TaxId:4932] [56257] (4 PDB entries)
    The structure of yeast proteasome complexed with the proteasome activator pa26 is available from PDB (1fnt). The 1FNT entry designates protein chains by both upper case and lower case letters creating problems with its processing and presentation in SCOP; the proteasome activator pa26 structure is classified elsewhere in SCOP (a.24.8)

PDB entries in Species: Baker's yeast (Saccharomyces cerevisiae):

  1. Domain(s) for 1g0u:
    1. 612992Domain d1g0ua_: 1g0u A: [41946]
      Other proteins in same PDB: d1g0u1_, d1g0u2_, d1g0uh_, d1g0ui_, d1g0uj_, d1g0uk_, d1g0ul_, d1g0um_, d1g0un_, d1g0uv_, d1g0uw_, d1g0ux_, d1g0uy_, d1g0uz_
    2. 612993Domain d1g0ub_: 1g0u B: [41947]
      Other proteins in same PDB: d1g0u1_, d1g0u2_, d1g0uh_, d1g0ui_, d1g0uj_, d1g0uk_, d1g0ul_, d1g0um_, d1g0un_, d1g0uv_, d1g0uw_, d1g0ux_, d1g0uy_, d1g0uz_
    3. 612994Domain d1g0uc_: 1g0u C: [41948]
      Other proteins in same PDB: d1g0u1_, d1g0u2_, d1g0uh_, d1g0ui_, d1g0uj_, d1g0uk_, d1g0ul_, d1g0um_, d1g0un_, d1g0uv_, d1g0uw_, d1g0ux_, d1g0uy_, d1g0uz_
    4. 612995Domain d1g0ud_: 1g0u D: [41949]
      Other proteins in same PDB: d1g0u1_, d1g0u2_, d1g0uh_, d1g0ui_, d1g0uj_, d1g0uk_, d1g0ul_, d1g0um_, d1g0un_, d1g0uv_, d1g0uw_, d1g0ux_, d1g0uy_, d1g0uz_
    5. 612996Domain d1g0ue_: 1g0u E: [41950]
      Other proteins in same PDB: d1g0u1_, d1g0u2_, d1g0uh_, d1g0ui_, d1g0uj_, d1g0uk_, d1g0ul_, d1g0um_, d1g0un_, d1g0uv_, d1g0uw_, d1g0ux_, d1g0uy_, d1g0uz_
    6. 612997Domain d1g0uf_: 1g0u F: [41951]
      Other proteins in same PDB: d1g0u1_, d1g0u2_, d1g0uh_, d1g0ui_, d1g0uj_, d1g0uk_, d1g0ul_, d1g0um_, d1g0un_, d1g0uv_, d1g0uw_, d1g0ux_, d1g0uy_, d1g0uz_
    7. 612998Domain d1g0ug_: 1g0u G: [41952]
      Other proteins in same PDB: d1g0u1_, d1g0u2_, d1g0uh_, d1g0ui_, d1g0uj_, d1g0uk_, d1g0ul_, d1g0um_, d1g0un_, d1g0uv_, d1g0uw_, d1g0ux_, d1g0uy_, d1g0uz_
    8. 612999Domain d1g0uo_: 1g0u O: [41953]
      Other proteins in same PDB: d1g0u1_, d1g0u2_, d1g0uh_, d1g0ui_, d1g0uj_, d1g0uk_, d1g0ul_, d1g0um_, d1g0un_, d1g0uv_, d1g0uw_, d1g0ux_, d1g0uy_, d1g0uz_
    9. 613000Domain d1g0up_: 1g0u P: [41954]
      Other proteins in same PDB: d1g0u1_, d1g0u2_, d1g0uh_, d1g0ui_, d1g0uj_, d1g0uk_, d1g0ul_, d1g0um_, d1g0un_, d1g0uv_, d1g0uw_, d1g0ux_, d1g0uy_, d1g0uz_
    10. 613001Domain d1g0uq_: 1g0u Q: [41955]
      Other proteins in same PDB: d1g0u1_, d1g0u2_, d1g0uh_, d1g0ui_, d1g0uj_, d1g0uk_, d1g0ul_, d1g0um_, d1g0un_, d1g0uv_, d1g0uw_, d1g0ux_, d1g0uy_, d1g0uz_
    11. 613002Domain d1g0ur_: 1g0u R: [41956]
      Other proteins in same PDB: d1g0u1_, d1g0u2_, d1g0uh_, d1g0ui_, d1g0uj_, d1g0uk_, d1g0ul_, d1g0um_, d1g0un_, d1g0uv_, d1g0uw_, d1g0ux_, d1g0uy_, d1g0uz_
    12. 613003Domain d1g0us_: 1g0u S: [41957]
      Other proteins in same PDB: d1g0u1_, d1g0u2_, d1g0uh_, d1g0ui_, d1g0uj_, d1g0uk_, d1g0ul_, d1g0um_, d1g0un_, d1g0uv_, d1g0uw_, d1g0ux_, d1g0uy_, d1g0uz_
    13. 613004Domain d1g0ut_: 1g0u T: [41958]
      Other proteins in same PDB: d1g0u1_, d1g0u2_, d1g0uh_, d1g0ui_, d1g0uj_, d1g0uk_, d1g0ul_, d1g0um_, d1g0un_, d1g0uv_, d1g0uw_, d1g0ux_, d1g0uy_, d1g0uz_
    14. 613005Domain d1g0uu_: 1g0u U: [41959]
      Other proteins in same PDB: d1g0u1_, d1g0u2_, d1g0uh_, d1g0ui_, d1g0uj_, d1g0uk_, d1g0ul_, d1g0um_, d1g0un_, d1g0uv_, d1g0uw_, d1g0ux_, d1g0uy_, d1g0uz_
      different sequences
      complexed with mg
  2. Domain(s) for 1g65:
    1. 613020Domain d1g65a_: 1g65 A: [41960]
      Other proteins in same PDB: d1g651_, d1g652_, d1g65h_, d1g65i_, d1g65j_, d1g65k_, d1g65l_, d1g65m_, d1g65n_, d1g65v_, d1g65w_, d1g65x_, d1g65y_, d1g65z_
    2. 613021Domain d1g65b_: 1g65 B: [41961]
      Other proteins in same PDB: d1g651_, d1g652_, d1g65h_, d1g65i_, d1g65j_, d1g65k_, d1g65l_, d1g65m_, d1g65n_, d1g65v_, d1g65w_, d1g65x_, d1g65y_, d1g65z_
    3. 613022Domain d1g65c_: 1g65 C: [41962]
      Other proteins in same PDB: d1g651_, d1g652_, d1g65h_, d1g65i_, d1g65j_, d1g65k_, d1g65l_, d1g65m_, d1g65n_, d1g65v_, d1g65w_, d1g65x_, d1g65y_, d1g65z_
    4. 613023Domain d1g65d_: 1g65 D: [41963]
      Other proteins in same PDB: d1g651_, d1g652_, d1g65h_, d1g65i_, d1g65j_, d1g65k_, d1g65l_, d1g65m_, d1g65n_, d1g65v_, d1g65w_, d1g65x_, d1g65y_, d1g65z_
    5. 613024Domain d1g65e_: 1g65 E: [41964]
      Other proteins in same PDB: d1g651_, d1g652_, d1g65h_, d1g65i_, d1g65j_, d1g65k_, d1g65l_, d1g65m_, d1g65n_, d1g65v_, d1g65w_, d1g65x_, d1g65y_, d1g65z_
    6. 613025Domain d1g65f_: 1g65 F: [41965]
      Other proteins in same PDB: d1g651_, d1g652_, d1g65h_, d1g65i_, d1g65j_, d1g65k_, d1g65l_, d1g65m_, d1g65n_, d1g65v_, d1g65w_, d1g65x_, d1g65y_, d1g65z_
    7. 613026Domain d1g65g_: 1g65 G: [41966]
      Other proteins in same PDB: d1g651_, d1g652_, d1g65h_, d1g65i_, d1g65j_, d1g65k_, d1g65l_, d1g65m_, d1g65n_, d1g65v_, d1g65w_, d1g65x_, d1g65y_, d1g65z_
    8. 613027Domain d1g65o_: 1g65 O: [41967]
      Other proteins in same PDB: d1g651_, d1g652_, d1g65h_, d1g65i_, d1g65j_, d1g65k_, d1g65l_, d1g65m_, d1g65n_, d1g65v_, d1g65w_, d1g65x_, d1g65y_, d1g65z_
    9. 613028Domain d1g65p_: 1g65 P: [41968]
      Other proteins in same PDB: d1g651_, d1g652_, d1g65h_, d1g65i_, d1g65j_, d1g65k_, d1g65l_, d1g65m_, d1g65n_, d1g65v_, d1g65w_, d1g65x_, d1g65y_, d1g65z_
    10. 613029Domain d1g65q_: 1g65 Q: [41969]
      Other proteins in same PDB: d1g651_, d1g652_, d1g65h_, d1g65i_, d1g65j_, d1g65k_, d1g65l_, d1g65m_, d1g65n_, d1g65v_, d1g65w_, d1g65x_, d1g65y_, d1g65z_
    11. 613030Domain d1g65r_: 1g65 R: [41970]
      Other proteins in same PDB: d1g651_, d1g652_, d1g65h_, d1g65i_, d1g65j_, d1g65k_, d1g65l_, d1g65m_, d1g65n_, d1g65v_, d1g65w_, d1g65x_, d1g65y_, d1g65z_
    12. 613031Domain d1g65s_: 1g65 S: [41971]
      Other proteins in same PDB: d1g651_, d1g652_, d1g65h_, d1g65i_, d1g65j_, d1g65k_, d1g65l_, d1g65m_, d1g65n_, d1g65v_, d1g65w_, d1g65x_, d1g65y_, d1g65z_
    13. 613032Domain d1g65t_: 1g65 T: [41972]
      Other proteins in same PDB: d1g651_, d1g652_, d1g65h_, d1g65i_, d1g65j_, d1g65k_, d1g65l_, d1g65m_, d1g65n_, d1g65v_, d1g65w_, d1g65x_, d1g65y_, d1g65z_
    14. 613033Domain d1g65u_: 1g65 U: [41973]
      Other proteins in same PDB: d1g651_, d1g652_, d1g65h_, d1g65i_, d1g65j_, d1g65k_, d1g65l_, d1g65m_, d1g65n_, d1g65v_, d1g65w_, d1g65x_, d1g65y_, d1g65z_
      different sequences
      complexed with epx, mg
  3. Domain(s) for 1jd2:
    1. 613006Domain d1jd2a_: 1jd2 A: [66516]
      Other proteins in same PDB: d1jd21_, d1jd22_, d1jd2h_, d1jd2i_, d1jd2j_, d1jd2k_, d1jd2l_, d1jd2m_, d1jd2n_, d1jd2v_, d1jd2w_, d1jd2x_, d1jd2y_, d1jd2z_
    2. 613007Domain d1jd2b_: 1jd2 B: [66517]
      Other proteins in same PDB: d1jd21_, d1jd22_, d1jd2h_, d1jd2i_, d1jd2j_, d1jd2k_, d1jd2l_, d1jd2m_, d1jd2n_, d1jd2v_, d1jd2w_, d1jd2x_, d1jd2y_, d1jd2z_
    3. 613008Domain d1jd2c_: 1jd2 C: [66518]
      Other proteins in same PDB: d1jd21_, d1jd22_, d1jd2h_, d1jd2i_, d1jd2j_, d1jd2k_, d1jd2l_, d1jd2m_, d1jd2n_, d1jd2v_, d1jd2w_, d1jd2x_, d1jd2y_, d1jd2z_
    4. 613009Domain d1jd2d_: 1jd2 D: [66519]
      Other proteins in same PDB: d1jd21_, d1jd22_, d1jd2h_, d1jd2i_, d1jd2j_, d1jd2k_, d1jd2l_, d1jd2m_, d1jd2n_, d1jd2v_, d1jd2w_, d1jd2x_, d1jd2y_, d1jd2z_
    5. 613010Domain d1jd2e_: 1jd2 E: [66520]
      Other proteins in same PDB: d1jd21_, d1jd22_, d1jd2h_, d1jd2i_, d1jd2j_, d1jd2k_, d1jd2l_, d1jd2m_, d1jd2n_, d1jd2v_, d1jd2w_, d1jd2x_, d1jd2y_, d1jd2z_
    6. 613011Domain d1jd2f_: 1jd2 F: [66521]
      Other proteins in same PDB: d1jd21_, d1jd22_, d1jd2h_, d1jd2i_, d1jd2j_, d1jd2k_, d1jd2l_, d1jd2m_, d1jd2n_, d1jd2v_, d1jd2w_, d1jd2x_, d1jd2y_, d1jd2z_
    7. 613012Domain d1jd2g_: 1jd2 G: [66522]
      Other proteins in same PDB: d1jd21_, d1jd22_, d1jd2h_, d1jd2i_, d1jd2j_, d1jd2k_, d1jd2l_, d1jd2m_, d1jd2n_, d1jd2v_, d1jd2w_, d1jd2x_, d1jd2y_, d1jd2z_
    8. 613013Domain d1jd2o_: 1jd2 O: [66530]
      Other proteins in same PDB: d1jd21_, d1jd22_, d1jd2h_, d1jd2i_, d1jd2j_, d1jd2k_, d1jd2l_, d1jd2m_, d1jd2n_, d1jd2v_, d1jd2w_, d1jd2x_, d1jd2y_, d1jd2z_
    9. 613014Domain d1jd2p_: 1jd2 P: [66531]
      Other proteins in same PDB: d1jd21_, d1jd22_, d1jd2h_, d1jd2i_, d1jd2j_, d1jd2k_, d1jd2l_, d1jd2m_, d1jd2n_, d1jd2v_, d1jd2w_, d1jd2x_, d1jd2y_, d1jd2z_
    10. 613015Domain d1jd2q_: 1jd2 Q: [66532]
      Other proteins in same PDB: d1jd21_, d1jd22_, d1jd2h_, d1jd2i_, d1jd2j_, d1jd2k_, d1jd2l_, d1jd2m_, d1jd2n_, d1jd2v_, d1jd2w_, d1jd2x_, d1jd2y_, d1jd2z_
    11. 613016Domain d1jd2r_: 1jd2 R: [66533]
      Other proteins in same PDB: d1jd21_, d1jd22_, d1jd2h_, d1jd2i_, d1jd2j_, d1jd2k_, d1jd2l_, d1jd2m_, d1jd2n_, d1jd2v_, d1jd2w_, d1jd2x_, d1jd2y_, d1jd2z_
    12. 613017Domain d1jd2s_: 1jd2 S: [66534]
      Other proteins in same PDB: d1jd21_, d1jd22_, d1jd2h_, d1jd2i_, d1jd2j_, d1jd2k_, d1jd2l_, d1jd2m_, d1jd2n_, d1jd2v_, d1jd2w_, d1jd2x_, d1jd2y_, d1jd2z_
    13. 613018Domain d1jd2t_: 1jd2 T: [66535]
      Other proteins in same PDB: d1jd21_, d1jd22_, d1jd2h_, d1jd2i_, d1jd2j_, d1jd2k_, d1jd2l_, d1jd2m_, d1jd2n_, d1jd2v_, d1jd2w_, d1jd2x_, d1jd2y_, d1jd2z_
    14. 613019Domain d1jd2u_: 1jd2 U: [66536]
      Other proteins in same PDB: d1jd21_, d1jd22_, d1jd2h_, d1jd2i_, d1jd2j_, d1jd2k_, d1jd2l_, d1jd2m_, d1jd2n_, d1jd2v_, d1jd2w_, d1jd2x_, d1jd2y_, d1jd2z_
      complexed with 95a, mg
  4. Domain(s) for 1ryp:
    1. 612978Domain d1rypa_: 1ryp A: [41932]
      Other proteins in same PDB: d1ryp1_, d1ryp2_, d1ryph_, d1rypi_, d1rypj_, d1rypk_, d1rypl_, d1rypm_, d1rypn_, d1rypv_, d1rypw_, d1rypx_, d1rypy_, d1rypz_
    2. 612979Domain d1rypb_: 1ryp B: [41933]
      Other proteins in same PDB: d1ryp1_, d1ryp2_, d1ryph_, d1rypi_, d1rypj_, d1rypk_, d1rypl_, d1rypm_, d1rypn_, d1rypv_, d1rypw_, d1rypx_, d1rypy_, d1rypz_
    3. 612980Domain d1rypc_: 1ryp C: [41934]
      Other proteins in same PDB: d1ryp1_, d1ryp2_, d1ryph_, d1rypi_, d1rypj_, d1rypk_, d1rypl_, d1rypm_, d1rypn_, d1rypv_, d1rypw_, d1rypx_, d1rypy_, d1rypz_
    4. 612981Domain d1rypd_: 1ryp D: [41935]
      Other proteins in same PDB: d1ryp1_, d1ryp2_, d1ryph_, d1rypi_, d1rypj_, d1rypk_, d1rypl_, d1rypm_, d1rypn_, d1rypv_, d1rypw_, d1rypx_, d1rypy_, d1rypz_
    5. 612982Domain d1rype_: 1ryp E: [41936]
      Other proteins in same PDB: d1ryp1_, d1ryp2_, d1ryph_, d1rypi_, d1rypj_, d1rypk_, d1rypl_, d1rypm_, d1rypn_, d1rypv_, d1rypw_, d1rypx_, d1rypy_, d1rypz_
    6. 612983Domain d1rypf_: 1ryp F: [41937]
      Other proteins in same PDB: d1ryp1_, d1ryp2_, d1ryph_, d1rypi_, d1rypj_, d1rypk_, d1rypl_, d1rypm_, d1rypn_, d1rypv_, d1rypw_, d1rypx_, d1rypy_, d1rypz_
    7. 612984Domain d1rypg_: 1ryp G: [41938]
      Other proteins in same PDB: d1ryp1_, d1ryp2_, d1ryph_, d1rypi_, d1rypj_, d1rypk_, d1rypl_, d1rypm_, d1rypn_, d1rypv_, d1rypw_, d1rypx_, d1rypy_, d1rypz_
    8. 612985Domain d1rypo_: 1ryp O: [41939]
      Other proteins in same PDB: d1ryp1_, d1ryp2_, d1ryph_, d1rypi_, d1rypj_, d1rypk_, d1rypl_, d1rypm_, d1rypn_, d1rypv_, d1rypw_, d1rypx_, d1rypy_, d1rypz_
    9. 612986Domain d1rypp_: 1ryp P: [41940]
      Other proteins in same PDB: d1ryp1_, d1ryp2_, d1ryph_, d1rypi_, d1rypj_, d1rypk_, d1rypl_, d1rypm_, d1rypn_, d1rypv_, d1rypw_, d1rypx_, d1rypy_, d1rypz_
    10. 612987Domain d1rypq_: 1ryp Q: [41941]
      Other proteins in same PDB: d1ryp1_, d1ryp2_, d1ryph_, d1rypi_, d1rypj_, d1rypk_, d1rypl_, d1rypm_, d1rypn_, d1rypv_, d1rypw_, d1rypx_, d1rypy_, d1rypz_
    11. 612988Domain d1rypr_: 1ryp R: [41942]
      Other proteins in same PDB: d1ryp1_, d1ryp2_, d1ryph_, d1rypi_, d1rypj_, d1rypk_, d1rypl_, d1rypm_, d1rypn_, d1rypv_, d1rypw_, d1rypx_, d1rypy_, d1rypz_
    12. 612989Domain d1ryps_: 1ryp S: [41943]
      Other proteins in same PDB: d1ryp1_, d1ryp2_, d1ryph_, d1rypi_, d1rypj_, d1rypk_, d1rypl_, d1rypm_, d1rypn_, d1rypv_, d1rypw_, d1rypx_, d1rypy_, d1rypz_
    13. 612990Domain d1rypt_: 1ryp T: [41944]
      Other proteins in same PDB: d1ryp1_, d1ryp2_, d1ryph_, d1rypi_, d1rypj_, d1rypk_, d1rypl_, d1rypm_, d1rypn_, d1rypv_, d1rypw_, d1rypx_, d1rypy_, d1rypz_
    14. 612991Domain d1rypu_: 1ryp U: [41945]
      Other proteins in same PDB: d1ryp1_, d1ryp2_, d1ryph_, d1rypi_, d1rypj_, d1rypk_, d1rypl_, d1rypm_, d1rypn_, d1rypv_, d1rypw_, d1rypx_, d1rypy_, d1rypz_
      different sequences
      complexed with mg; mutant

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