Lineage for Species: Baker's yeast (Saccharomyces cerevisiae)

  1. Root: SCOP 1.71
  2. 595667Class d: Alpha and beta proteins (a+b) [53931] (286 folds)
  3. 612721Fold d.153: Ntn hydrolase-like [56234] (2 superfamilies)
    4 layers: alpha/beta/beta/alpha; has an unusual sheet-to-sheet packing
  4. 612722Superfamily d.153.1: N-terminal nucleophile aminohydrolases (Ntn hydrolases) [56235] (5 families) (S)
    N-terminal residue provides two catalytic groups, nucleophile and proton donor
  5. 612861Family d.153.1.4: Proteasome subunits [56251] (3 proteins)
  6. 613064Protein Proteasome beta subunit (catalytic) [56252] (5 species)
  7. 613088Species Baker's yeast (Saccharomyces cerevisiae) [TaxId:4932] [56254] (4 PDB entries)
    The structure of yeast proteasome complexed with the proteasome activator pa26 is available from PDB (1fnt). The 1FNT entry designates protein chains by both upper case and lower case letters creating problems with its processing and presentation in SCOP; the proteasome activator pa26 structure is classified elsewhere in SCOP (a.24.8)

PDB entries in Species: Baker's yeast (Saccharomyces cerevisiae):

  1. Domain(s) for 1g0u:
    1. 613103Domain d1g0u1_: 1g0u 1: [41902]
      Other proteins in same PDB: d1g0ua_, d1g0ub_, d1g0uc_, d1g0ud_, d1g0ue_, d1g0uf_, d1g0ug_, d1g0uo_, d1g0up_, d1g0uq_, d1g0ur_, d1g0us_, d1g0ut_, d1g0uu_
    2. 613104Domain d1g0u2_: 1g0u 2: [41903]
      Other proteins in same PDB: d1g0ua_, d1g0ub_, d1g0uc_, d1g0ud_, d1g0ue_, d1g0uf_, d1g0ug_, d1g0uo_, d1g0up_, d1g0uq_, d1g0ur_, d1g0us_, d1g0ut_, d1g0uu_
      different sequences
      complexed with mg
    3. 613105Domain d1g0uh_: 1g0u H: [41890]
      Other proteins in same PDB: d1g0ua_, d1g0ub_, d1g0uc_, d1g0ud_, d1g0ue_, d1g0uf_, d1g0ug_, d1g0uo_, d1g0up_, d1g0uq_, d1g0ur_, d1g0us_, d1g0ut_, d1g0uu_
    4. 613106Domain d1g0ui_: 1g0u I: [41891]
      Other proteins in same PDB: d1g0ua_, d1g0ub_, d1g0uc_, d1g0ud_, d1g0ue_, d1g0uf_, d1g0ug_, d1g0uo_, d1g0up_, d1g0uq_, d1g0ur_, d1g0us_, d1g0ut_, d1g0uu_
    5. 613107Domain d1g0uj_: 1g0u J: [41892]
      Other proteins in same PDB: d1g0ua_, d1g0ub_, d1g0uc_, d1g0ud_, d1g0ue_, d1g0uf_, d1g0ug_, d1g0uo_, d1g0up_, d1g0uq_, d1g0ur_, d1g0us_, d1g0ut_, d1g0uu_
    6. 613108Domain d1g0uk_: 1g0u K: [41893]
      Other proteins in same PDB: d1g0ua_, d1g0ub_, d1g0uc_, d1g0ud_, d1g0ue_, d1g0uf_, d1g0ug_, d1g0uo_, d1g0up_, d1g0uq_, d1g0ur_, d1g0us_, d1g0ut_, d1g0uu_
    7. 613109Domain d1g0ul_: 1g0u L: [41894]
      Other proteins in same PDB: d1g0ua_, d1g0ub_, d1g0uc_, d1g0ud_, d1g0ue_, d1g0uf_, d1g0ug_, d1g0uo_, d1g0up_, d1g0uq_, d1g0ur_, d1g0us_, d1g0ut_, d1g0uu_
    8. 613110Domain d1g0um_: 1g0u M: [41895]
      Other proteins in same PDB: d1g0ua_, d1g0ub_, d1g0uc_, d1g0ud_, d1g0ue_, d1g0uf_, d1g0ug_, d1g0uo_, d1g0up_, d1g0uq_, d1g0ur_, d1g0us_, d1g0ut_, d1g0uu_
    9. 613111Domain d1g0un_: 1g0u N: [41896]
      Other proteins in same PDB: d1g0ua_, d1g0ub_, d1g0uc_, d1g0ud_, d1g0ue_, d1g0uf_, d1g0ug_, d1g0uo_, d1g0up_, d1g0uq_, d1g0ur_, d1g0us_, d1g0ut_, d1g0uu_
    10. 613112Domain d1g0uv_: 1g0u V: [41897]
      Other proteins in same PDB: d1g0ua_, d1g0ub_, d1g0uc_, d1g0ud_, d1g0ue_, d1g0uf_, d1g0ug_, d1g0uo_, d1g0up_, d1g0uq_, d1g0ur_, d1g0us_, d1g0ut_, d1g0uu_
    11. 613113Domain d1g0uw_: 1g0u W: [41898]
      Other proteins in same PDB: d1g0ua_, d1g0ub_, d1g0uc_, d1g0ud_, d1g0ue_, d1g0uf_, d1g0ug_, d1g0uo_, d1g0up_, d1g0uq_, d1g0ur_, d1g0us_, d1g0ut_, d1g0uu_
    12. 613114Domain d1g0ux_: 1g0u X: [41899]
      Other proteins in same PDB: d1g0ua_, d1g0ub_, d1g0uc_, d1g0ud_, d1g0ue_, d1g0uf_, d1g0ug_, d1g0uo_, d1g0up_, d1g0uq_, d1g0ur_, d1g0us_, d1g0ut_, d1g0uu_
    13. 613115Domain d1g0uy_: 1g0u Y: [41900]
      Other proteins in same PDB: d1g0ua_, d1g0ub_, d1g0uc_, d1g0ud_, d1g0ue_, d1g0uf_, d1g0ug_, d1g0uo_, d1g0up_, d1g0uq_, d1g0ur_, d1g0us_, d1g0ut_, d1g0uu_
    14. 613116Domain d1g0uz_: 1g0u Z: [41901]
      Other proteins in same PDB: d1g0ua_, d1g0ub_, d1g0uc_, d1g0ud_, d1g0ue_, d1g0uf_, d1g0ug_, d1g0uo_, d1g0up_, d1g0uq_, d1g0ur_, d1g0us_, d1g0ut_, d1g0uu_
  2. Domain(s) for 1g65:
    1. 613131Domain d1g651_: 1g65 1: [41916]
      Other proteins in same PDB: d1g65a_, d1g65b_, d1g65c_, d1g65d_, d1g65e_, d1g65f_, d1g65g_, d1g65o_, d1g65p_, d1g65q_, d1g65r_, d1g65s_, d1g65t_, d1g65u_
    2. 613132Domain d1g652_: 1g65 2: [41917]
      Other proteins in same PDB: d1g65a_, d1g65b_, d1g65c_, d1g65d_, d1g65e_, d1g65f_, d1g65g_, d1g65o_, d1g65p_, d1g65q_, d1g65r_, d1g65s_, d1g65t_, d1g65u_
      different sequences
      complexed with epx, mg
    3. 613133Domain d1g65h_: 1g65 H: [41904]
      Other proteins in same PDB: d1g65a_, d1g65b_, d1g65c_, d1g65d_, d1g65e_, d1g65f_, d1g65g_, d1g65o_, d1g65p_, d1g65q_, d1g65r_, d1g65s_, d1g65t_, d1g65u_
    4. 613134Domain d1g65i_: 1g65 I: [41905]
      Other proteins in same PDB: d1g65a_, d1g65b_, d1g65c_, d1g65d_, d1g65e_, d1g65f_, d1g65g_, d1g65o_, d1g65p_, d1g65q_, d1g65r_, d1g65s_, d1g65t_, d1g65u_
    5. 613135Domain d1g65j_: 1g65 J: [41906]
      Other proteins in same PDB: d1g65a_, d1g65b_, d1g65c_, d1g65d_, d1g65e_, d1g65f_, d1g65g_, d1g65o_, d1g65p_, d1g65q_, d1g65r_, d1g65s_, d1g65t_, d1g65u_
    6. 613136Domain d1g65k_: 1g65 K: [41907]
      Other proteins in same PDB: d1g65a_, d1g65b_, d1g65c_, d1g65d_, d1g65e_, d1g65f_, d1g65g_, d1g65o_, d1g65p_, d1g65q_, d1g65r_, d1g65s_, d1g65t_, d1g65u_
    7. 613137Domain d1g65l_: 1g65 L: [41908]
      Other proteins in same PDB: d1g65a_, d1g65b_, d1g65c_, d1g65d_, d1g65e_, d1g65f_, d1g65g_, d1g65o_, d1g65p_, d1g65q_, d1g65r_, d1g65s_, d1g65t_, d1g65u_
    8. 613138Domain d1g65m_: 1g65 M: [41909]
      Other proteins in same PDB: d1g65a_, d1g65b_, d1g65c_, d1g65d_, d1g65e_, d1g65f_, d1g65g_, d1g65o_, d1g65p_, d1g65q_, d1g65r_, d1g65s_, d1g65t_, d1g65u_
    9. 613139Domain d1g65n_: 1g65 N: [41910]
      Other proteins in same PDB: d1g65a_, d1g65b_, d1g65c_, d1g65d_, d1g65e_, d1g65f_, d1g65g_, d1g65o_, d1g65p_, d1g65q_, d1g65r_, d1g65s_, d1g65t_, d1g65u_
    10. 613140Domain d1g65v_: 1g65 V: [41911]
      Other proteins in same PDB: d1g65a_, d1g65b_, d1g65c_, d1g65d_, d1g65e_, d1g65f_, d1g65g_, d1g65o_, d1g65p_, d1g65q_, d1g65r_, d1g65s_, d1g65t_, d1g65u_
    11. 613141Domain d1g65w_: 1g65 W: [41912]
      Other proteins in same PDB: d1g65a_, d1g65b_, d1g65c_, d1g65d_, d1g65e_, d1g65f_, d1g65g_, d1g65o_, d1g65p_, d1g65q_, d1g65r_, d1g65s_, d1g65t_, d1g65u_
    12. 613142Domain d1g65x_: 1g65 X: [41913]
      Other proteins in same PDB: d1g65a_, d1g65b_, d1g65c_, d1g65d_, d1g65e_, d1g65f_, d1g65g_, d1g65o_, d1g65p_, d1g65q_, d1g65r_, d1g65s_, d1g65t_, d1g65u_
    13. 613143Domain d1g65y_: 1g65 Y: [41914]
      Other proteins in same PDB: d1g65a_, d1g65b_, d1g65c_, d1g65d_, d1g65e_, d1g65f_, d1g65g_, d1g65o_, d1g65p_, d1g65q_, d1g65r_, d1g65s_, d1g65t_, d1g65u_
    14. 613144Domain d1g65z_: 1g65 Z: [41915]
      Other proteins in same PDB: d1g65a_, d1g65b_, d1g65c_, d1g65d_, d1g65e_, d1g65f_, d1g65g_, d1g65o_, d1g65p_, d1g65q_, d1g65r_, d1g65s_, d1g65t_, d1g65u_
  3. Domain(s) for 1jd2:
    1. 613117Domain d1jd21_: 1jd2 1: [66514]
      Other proteins in same PDB: d1jd2a_, d1jd2b_, d1jd2c_, d1jd2d_, d1jd2e_, d1jd2f_, d1jd2g_, d1jd2o_, d1jd2p_, d1jd2q_, d1jd2r_, d1jd2s_, d1jd2t_, d1jd2u_
    2. 613118Domain d1jd22_: 1jd2 2: [66515]
      Other proteins in same PDB: d1jd2a_, d1jd2b_, d1jd2c_, d1jd2d_, d1jd2e_, d1jd2f_, d1jd2g_, d1jd2o_, d1jd2p_, d1jd2q_, d1jd2r_, d1jd2s_, d1jd2t_, d1jd2u_
      complexed with 95a, mg
    3. 613119Domain d1jd2h_: 1jd2 H: [66523]
      Other proteins in same PDB: d1jd2a_, d1jd2b_, d1jd2c_, d1jd2d_, d1jd2e_, d1jd2f_, d1jd2g_, d1jd2o_, d1jd2p_, d1jd2q_, d1jd2r_, d1jd2s_, d1jd2t_, d1jd2u_
    4. 613120Domain d1jd2i_: 1jd2 I: [66524]
      Other proteins in same PDB: d1jd2a_, d1jd2b_, d1jd2c_, d1jd2d_, d1jd2e_, d1jd2f_, d1jd2g_, d1jd2o_, d1jd2p_, d1jd2q_, d1jd2r_, d1jd2s_, d1jd2t_, d1jd2u_
    5. 613121Domain d1jd2j_: 1jd2 J: [66525]
      Other proteins in same PDB: d1jd2a_, d1jd2b_, d1jd2c_, d1jd2d_, d1jd2e_, d1jd2f_, d1jd2g_, d1jd2o_, d1jd2p_, d1jd2q_, d1jd2r_, d1jd2s_, d1jd2t_, d1jd2u_
    6. 613122Domain d1jd2k_: 1jd2 K: [66526]
      Other proteins in same PDB: d1jd2a_, d1jd2b_, d1jd2c_, d1jd2d_, d1jd2e_, d1jd2f_, d1jd2g_, d1jd2o_, d1jd2p_, d1jd2q_, d1jd2r_, d1jd2s_, d1jd2t_, d1jd2u_
    7. 613123Domain d1jd2l_: 1jd2 L: [66527]
      Other proteins in same PDB: d1jd2a_, d1jd2b_, d1jd2c_, d1jd2d_, d1jd2e_, d1jd2f_, d1jd2g_, d1jd2o_, d1jd2p_, d1jd2q_, d1jd2r_, d1jd2s_, d1jd2t_, d1jd2u_
    8. 613124Domain d1jd2m_: 1jd2 M: [66528]
      Other proteins in same PDB: d1jd2a_, d1jd2b_, d1jd2c_, d1jd2d_, d1jd2e_, d1jd2f_, d1jd2g_, d1jd2o_, d1jd2p_, d1jd2q_, d1jd2r_, d1jd2s_, d1jd2t_, d1jd2u_
    9. 613125Domain d1jd2n_: 1jd2 N: [66529]
      Other proteins in same PDB: d1jd2a_, d1jd2b_, d1jd2c_, d1jd2d_, d1jd2e_, d1jd2f_, d1jd2g_, d1jd2o_, d1jd2p_, d1jd2q_, d1jd2r_, d1jd2s_, d1jd2t_, d1jd2u_
    10. 613126Domain d1jd2v_: 1jd2 V: [66537]
      Other proteins in same PDB: d1jd2a_, d1jd2b_, d1jd2c_, d1jd2d_, d1jd2e_, d1jd2f_, d1jd2g_, d1jd2o_, d1jd2p_, d1jd2q_, d1jd2r_, d1jd2s_, d1jd2t_, d1jd2u_
    11. 613127Domain d1jd2w_: 1jd2 W: [66538]
      Other proteins in same PDB: d1jd2a_, d1jd2b_, d1jd2c_, d1jd2d_, d1jd2e_, d1jd2f_, d1jd2g_, d1jd2o_, d1jd2p_, d1jd2q_, d1jd2r_, d1jd2s_, d1jd2t_, d1jd2u_
    12. 613128Domain d1jd2x_: 1jd2 X: [66539]
      Other proteins in same PDB: d1jd2a_, d1jd2b_, d1jd2c_, d1jd2d_, d1jd2e_, d1jd2f_, d1jd2g_, d1jd2o_, d1jd2p_, d1jd2q_, d1jd2r_, d1jd2s_, d1jd2t_, d1jd2u_
    13. 613129Domain d1jd2y_: 1jd2 Y: [66540]
      Other proteins in same PDB: d1jd2a_, d1jd2b_, d1jd2c_, d1jd2d_, d1jd2e_, d1jd2f_, d1jd2g_, d1jd2o_, d1jd2p_, d1jd2q_, d1jd2r_, d1jd2s_, d1jd2t_, d1jd2u_
    14. 613130Domain d1jd2z_: 1jd2 Z: [66541]
      Other proteins in same PDB: d1jd2a_, d1jd2b_, d1jd2c_, d1jd2d_, d1jd2e_, d1jd2f_, d1jd2g_, d1jd2o_, d1jd2p_, d1jd2q_, d1jd2r_, d1jd2s_, d1jd2t_, d1jd2u_
  4. Domain(s) for 1ryp:
    1. 613089Domain d1ryp1_: 1ryp 1: [41888]
      Other proteins in same PDB: d1rypa_, d1rypb_, d1rypc_, d1rypd_, d1rype_, d1rypf_, d1rypg_, d1rypo_, d1rypp_, d1rypq_, d1rypr_, d1ryps_, d1rypt_, d1rypu_
    2. 613090Domain d1ryp2_: 1ryp 2: [41889]
      Other proteins in same PDB: d1rypa_, d1rypb_, d1rypc_, d1rypd_, d1rype_, d1rypf_, d1rypg_, d1rypo_, d1rypp_, d1rypq_, d1rypr_, d1ryps_, d1rypt_, d1rypu_
      different sequences
      complexed with mg; mutant
    3. 613091Domain d1ryph_: 1ryp H: [41876]
      Other proteins in same PDB: d1rypa_, d1rypb_, d1rypc_, d1rypd_, d1rype_, d1rypf_, d1rypg_, d1rypo_, d1rypp_, d1rypq_, d1rypr_, d1ryps_, d1rypt_, d1rypu_
    4. 613092Domain d1rypi_: 1ryp I: [41877]
      Other proteins in same PDB: d1rypa_, d1rypb_, d1rypc_, d1rypd_, d1rype_, d1rypf_, d1rypg_, d1rypo_, d1rypp_, d1rypq_, d1rypr_, d1ryps_, d1rypt_, d1rypu_
    5. 613093Domain d1rypj_: 1ryp J: [41878]
      Other proteins in same PDB: d1rypa_, d1rypb_, d1rypc_, d1rypd_, d1rype_, d1rypf_, d1rypg_, d1rypo_, d1rypp_, d1rypq_, d1rypr_, d1ryps_, d1rypt_, d1rypu_
    6. 613094Domain d1rypk_: 1ryp K: [41879]
      Other proteins in same PDB: d1rypa_, d1rypb_, d1rypc_, d1rypd_, d1rype_, d1rypf_, d1rypg_, d1rypo_, d1rypp_, d1rypq_, d1rypr_, d1ryps_, d1rypt_, d1rypu_
    7. 613095Domain d1rypl_: 1ryp L: [41880]
      Other proteins in same PDB: d1rypa_, d1rypb_, d1rypc_, d1rypd_, d1rype_, d1rypf_, d1rypg_, d1rypo_, d1rypp_, d1rypq_, d1rypr_, d1ryps_, d1rypt_, d1rypu_
    8. 613096Domain d1rypm_: 1ryp M: [41881]
      Other proteins in same PDB: d1rypa_, d1rypb_, d1rypc_, d1rypd_, d1rype_, d1rypf_, d1rypg_, d1rypo_, d1rypp_, d1rypq_, d1rypr_, d1ryps_, d1rypt_, d1rypu_
    9. 613097Domain d1rypn_: 1ryp N: [41882]
      Other proteins in same PDB: d1rypa_, d1rypb_, d1rypc_, d1rypd_, d1rype_, d1rypf_, d1rypg_, d1rypo_, d1rypp_, d1rypq_, d1rypr_, d1ryps_, d1rypt_, d1rypu_
    10. 613098Domain d1rypv_: 1ryp V: [41883]
      Other proteins in same PDB: d1rypa_, d1rypb_, d1rypc_, d1rypd_, d1rype_, d1rypf_, d1rypg_, d1rypo_, d1rypp_, d1rypq_, d1rypr_, d1ryps_, d1rypt_, d1rypu_
    11. 613099Domain d1rypw_: 1ryp W: [41884]
      Other proteins in same PDB: d1rypa_, d1rypb_, d1rypc_, d1rypd_, d1rype_, d1rypf_, d1rypg_, d1rypo_, d1rypp_, d1rypq_, d1rypr_, d1ryps_, d1rypt_, d1rypu_
    12. 613100Domain d1rypx_: 1ryp X: [41885]
      Other proteins in same PDB: d1rypa_, d1rypb_, d1rypc_, d1rypd_, d1rype_, d1rypf_, d1rypg_, d1rypo_, d1rypp_, d1rypq_, d1rypr_, d1ryps_, d1rypt_, d1rypu_
    13. 613101Domain d1rypy_: 1ryp Y: [41886]
      Other proteins in same PDB: d1rypa_, d1rypb_, d1rypc_, d1rypd_, d1rype_, d1rypf_, d1rypg_, d1rypo_, d1rypp_, d1rypq_, d1rypr_, d1ryps_, d1rypt_, d1rypu_
    14. 613102Domain d1rypz_: 1ryp Z: [41887]
      Other proteins in same PDB: d1rypa_, d1rypb_, d1rypc_, d1rypd_, d1rype_, d1rypf_, d1rypg_, d1rypo_, d1rypp_, d1rypq_, d1rypr_, d1ryps_, d1rypt_, d1rypu_

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