SCOPe 2.01: Protein: RNA polymerase alpha

Lineage for Protein: RNA polymerase alpha

Root: SCOPe 2.01
Class d: Alpha and beta proteins (a+b) [53931] (376 folds)
Fold d.74: DCoH-like [55247] (5 superfamilies)
beta(2)-alpha-beta(2)-alpha; 2 layers, alpha/beta
Superfamily d.74.3: RBP11-like subunits of RNA polymerase [55257] (2 families)
form homo and heterodimers
Family d.74.3.1: RNA polymerase alpha subunit dimerisation domain [55258] (2 proteins)
Protein RNA polymerase alpha [55259] (3 species)

Species:

Escherichia coli [TaxId:562] [55260] (1 PDB entry)
- Domains for 1bdf:
  1. Domain d1bdfa1: 1bdf A:2-52,A:179-232 [39727]
    Other proteins in same PDB: d1bdfa2, d1bdfb2, d1bdfc2, d1bdfd2
  2. Domain d1bdfb1: 1bdf B:1-52,B:179-235 [39728]
    Other proteins in same PDB: d1bdfa2, d1bdfb2, d1bdfc2, d1bdfd2
  3. Domain d1bdfc1: 1bdf C:1-52,C:179-235 [39729]
    Other proteins in same PDB: d1bdfa2, d1bdfb2, d1bdfc2, d1bdfd2
  4. Domain d1bdfd1: 1bdf D:1-52,D:179-235 [39730]
    Other proteins in same PDB: d1bdfa2, d1bdfb2, d1bdfc2, d1bdfd2
Thermus aquaticus [TaxId:271] [64314] (4 PDB entries)
1. Domains for 1i6v:
  1. Domain d1i6va1: 1i6v A:6-49,A:173-229 [61852]
    Other proteins in same PDB: d1i6va2, d1i6vb2, d1i6vc_, d1i6vd_, d1i6ve_
    protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, rfp, zn
  2. Domain d1i6vb1: 1i6v B:3-49,B:173-232 [61854]
    Other proteins in same PDB: d1i6va2, d1i6vb2, d1i6vc_, d1i6vd_, d1i6ve_
    protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, rfp, zn
2. Domains for 1ynj:
  1. Domain d1ynja1: 1ynj A:6-49,A:173-231 [123737]
    Other proteins in same PDB: d1ynja2, d1ynjb2, d1ynjc1, d1ynjd1, d1ynjk1
    automatically matched to d1i6vb1
    protein/RNA complex; complexed with srn, zn
  2. Domain d1ynjb1: 1ynj B:6-49,B:173-228 [123739]
    Other proteins in same PDB: d1ynja2, d1ynjb2, d1ynjc1, d1ynjd1, d1ynjk1
    automatically matched to d1i6vb1
    protein/RNA complex; complexed with srn, zn
3. Domains for 1ynn:
  1. Domain d1ynna1: 1ynn A:6-49,A:173-231 [123742]
    Other proteins in same PDB: d1ynna2, d1ynnb2, d1ynnc1, d1ynnd1, d1ynnk1
    automatically matched to d1i6vb1
    protein/RNA complex; complexed with rfp, zn
  2. Domain d1ynnb1: 1ynn B:6-49,B:173-228 [123744]
    Other proteins in same PDB: d1ynna2, d1ynnb2, d1ynnc1, d1ynnd1, d1ynnk1
    automatically matched to d1i6vb1
    protein/RNA complex; complexed with rfp, zn
4. Domains for 2gho:
  1. Domain d2ghoa1: 2gho A:6-49,A:173-231 [135180]
    Other proteins in same PDB: d2ghoa2, d2ghob2, d2ghoc1, d2ghod1
    automatically matched to d1i6vb1
    protein/RNA complex
  2. Domain d2ghob1: 2gho B:6-49,B:173-228 [135182]
    Other proteins in same PDB: d2ghoa2, d2ghob2, d2ghoc1, d2ghod1
    automatically matched to d1i6vb1
    protein/RNA complex

Thermus thermophilus [TaxId:274] [75478] (9 PDB entries)
Uniprot Q9Z9H6; part of multichain biological unit

Domains for 1iw7:

Domain d1iw7a1: 1iw7 A:1-49,A:173-229 [71470]
Other proteins in same PDB: d1iw7a2, d1iw7b2, d1iw7c_, d1iw7d_, d1iw7e_, d1iw7f1, d1iw7f2, d1iw7f3, d1iw7k2, d1iw7l2, d1iw7m_, d1iw7n_, d1iw7o_, d1iw7p1, d1iw7p2, d1iw7p3
complexed with mg, pb

Domain d1iw7b1: 1iw7 B:1-49,B:173-229 [71472]
Other proteins in same PDB: d1iw7a2, d1iw7b2, d1iw7c_, d1iw7d_, d1iw7e_, d1iw7f1, d1iw7f2, d1iw7f3, d1iw7k2, d1iw7l2, d1iw7m_, d1iw7n_, d1iw7o_, d1iw7p1, d1iw7p2, d1iw7p3
complexed with mg, pb

Domain d1iw7k1: 1iw7 K:1-49,K:173-229 [71478]
Other proteins in same PDB: d1iw7a2, d1iw7b2, d1iw7c_, d1iw7d_, d1iw7e_, d1iw7f1, d1iw7f2, d1iw7f3, d1iw7k2, d1iw7l2, d1iw7m_, d1iw7n_, d1iw7o_, d1iw7p1, d1iw7p2, d1iw7p3
complexed with mg, pb

Domain d1iw7l1: 1iw7 L:1-49,L:173-229 [71480]
Other proteins in same PDB: d1iw7a2, d1iw7b2, d1iw7c_, d1iw7d_, d1iw7e_, d1iw7f1, d1iw7f2, d1iw7f3, d1iw7k2, d1iw7l2, d1iw7m_, d1iw7n_, d1iw7o_, d1iw7p1, d1iw7p2, d1iw7p3
complexed with mg, pb

Domains for 1smy:

Domain d1smya1: 1smy A:1-49,A:173-229 [105774]
Other proteins in same PDB: d1smya2, d1smyb2, d1smyc_, d1smyd_, d1smye_, d1smyf1, d1smyf2, d1smyf3, d1smyk2, d1smyl2, d1smym_, d1smyn_, d1smyo_, d1smyp1, d1smyp2, d1smyp3
complexed with g4p, mg, zn

Domain d1smyb1: 1smy B:1-49,B:173-229 [105776]
Other proteins in same PDB: d1smya2, d1smyb2, d1smyc_, d1smyd_, d1smye_, d1smyf1, d1smyf2, d1smyf3, d1smyk2, d1smyl2, d1smym_, d1smyn_, d1smyo_, d1smyp1, d1smyp2, d1smyp3
complexed with g4p, mg, zn

Domain d1smyk1: 1smy K:1-49,K:173-229 [105784]
Other proteins in same PDB: d1smya2, d1smyb2, d1smyc_, d1smyd_, d1smye_, d1smyf1, d1smyf2, d1smyf3, d1smyk2, d1smyl2, d1smym_, d1smyn_, d1smyo_, d1smyp1, d1smyp2, d1smyp3
complexed with g4p, mg, zn

Domain d1smyl1: 1smy L:1-49,L:173-229 [105786]
Other proteins in same PDB: d1smya2, d1smyb2, d1smyc_, d1smyd_, d1smye_, d1smyf1, d1smyf2, d1smyf3, d1smyk2, d1smyl2, d1smym_, d1smyn_, d1smyo_, d1smyp1, d1smyp2, d1smyp3
complexed with g4p, mg, zn

Domains for 1zyr:

Domain d1zyra1: 1zyr A:1-49,A:173-229 [125849]
Other proteins in same PDB: d1zyra2, d1zyrb2, d1zyrc1, d1zyrd1, d1zyre1, d1zyrf1, d1zyrf2, d1zyrf3, d1zyrk2, d1zyrl2, d1zyrm1, d1zyrn1, d1zyro1, d1zyrp1, d1zyrp2, d1zyrp3
automatically matched to d1iw7a1
protein/RNA complex; complexed with mg, std, zn

Domain d1zyrb1: 1zyr B:1-49,B:173-229 [125851]
Other proteins in same PDB: d1zyra2, d1zyrb2, d1zyrc1, d1zyrd1, d1zyre1, d1zyrf1, d1zyrf2, d1zyrf3, d1zyrk2, d1zyrl2, d1zyrm1, d1zyrn1, d1zyro1, d1zyrp1, d1zyrp2, d1zyrp3
automatically matched to d1iw7a1
protein/RNA complex; complexed with mg, std, zn

Domain d1zyrk1: 1zyr K:1-49,K:173-229 [125859]
Other proteins in same PDB: d1zyra2, d1zyrb2, d1zyrc1, d1zyrd1, d1zyre1, d1zyrf1, d1zyrf2, d1zyrf3, d1zyrk2, d1zyrl2, d1zyrm1, d1zyrn1, d1zyro1, d1zyrp1, d1zyrp2, d1zyrp3
automatically matched to d1iw7a1
protein/RNA complex; complexed with mg, std, zn

Domain d1zyrl1: 1zyr L:1-49,L:173-229 [125861]
Other proteins in same PDB: d1zyra2, d1zyrb2, d1zyrc1, d1zyrd1, d1zyre1, d1zyrf1, d1zyrf2, d1zyrf3, d1zyrk2, d1zyrl2, d1zyrm1, d1zyrn1, d1zyro1, d1zyrp1, d1zyrp2, d1zyrp3
automatically matched to d1iw7a1
protein/RNA complex; complexed with mg, std, zn

Domains for 2a68:

Domain d2a68a1: 2a68 A:1-49,A:173-229 [126191]
Other proteins in same PDB: d2a68a2, d2a68b2, d2a68c_, d2a68d1, d2a68e_, d2a68f1, d2a68f2, d2a68f3, d2a68k2, d2a68l2, d2a68m_, d2a68n1, d2a68o_, d2a68p1, d2a68p2, d2a68p3
automatically matched to d1iw7a1
protein/RNA complex; complexed with mg, rbt, zn

Domain d2a68b1: 2a68 B:1-49,B:173-229 [126193]
Other proteins in same PDB: d2a68a2, d2a68b2, d2a68c_, d2a68d1, d2a68e_, d2a68f1, d2a68f2, d2a68f3, d2a68k2, d2a68l2, d2a68m_, d2a68n1, d2a68o_, d2a68p1, d2a68p2, d2a68p3
automatically matched to d1iw7a1
protein/RNA complex; complexed with mg, rbt, zn

Domain d2a68k1: 2a68 K:1-49,K:173-229 [126201]
Other proteins in same PDB: d2a68a2, d2a68b2, d2a68c_, d2a68d1, d2a68e_, d2a68f1, d2a68f2, d2a68f3, d2a68k2, d2a68l2, d2a68m_, d2a68n1, d2a68o_, d2a68p1, d2a68p2, d2a68p3
automatically matched to d1iw7a1
protein/RNA complex; complexed with mg, rbt, zn

Domain d2a68l1: 2a68 L:1-49,L:173-229 [126203]
Other proteins in same PDB: d2a68a2, d2a68b2, d2a68c_, d2a68d1, d2a68e_, d2a68f1, d2a68f2, d2a68f3, d2a68k2, d2a68l2, d2a68m_, d2a68n1, d2a68o_, d2a68p1, d2a68p2, d2a68p3
automatically matched to d1iw7a1
protein/RNA complex; complexed with mg, rbt, zn

Domains for 2a69:

Domain d2a69a1: 2a69 A:1-49,A:173-229 [126211]
Other proteins in same PDB: d2a69a2, d2a69b2, d2a69c_, d2a69d1, d2a69e_, d2a69f1, d2a69f2, d2a69f3, d2a69k2, d2a69l2, d2a69m_, d2a69n1, d2a69o_, d2a69p1, d2a69p2, d2a69p3
automatically matched to d1iw7a1
protein/RNA complex; complexed with mg, rpt, zn

Domain d2a69b1: 2a69 B:1-49,B:173-229 [126213]
Other proteins in same PDB: d2a69a2, d2a69b2, d2a69c_, d2a69d1, d2a69e_, d2a69f1, d2a69f2, d2a69f3, d2a69k2, d2a69l2, d2a69m_, d2a69n1, d2a69o_, d2a69p1, d2a69p2, d2a69p3
automatically matched to d1iw7a1
protein/RNA complex; complexed with mg, rpt, zn

Domain d2a69k1: 2a69 K:1-49,K:173-229 [126221]
Other proteins in same PDB: d2a69a2, d2a69b2, d2a69c_, d2a69d1, d2a69e_, d2a69f1, d2a69f2, d2a69f3, d2a69k2, d2a69l2, d2a69m_, d2a69n1, d2a69o_, d2a69p1, d2a69p2, d2a69p3
automatically matched to d1iw7a1
protein/RNA complex; complexed with mg, rpt, zn

Domain d2a69l1: 2a69 L:1-49,L:173-229 [126223]
Other proteins in same PDB: d2a69a2, d2a69b2, d2a69c_, d2a69d1, d2a69e_, d2a69f1, d2a69f2, d2a69f3, d2a69k2, d2a69l2, d2a69m_, d2a69n1, d2a69o_, d2a69p1, d2a69p2, d2a69p3
automatically matched to d1iw7a1
protein/RNA complex; complexed with mg, rpt, zn

Domains for 2a6e:

Domain d2a6ea1: 2a6e A:1-49,A:173-229 [126240]
Other proteins in same PDB: d2a6ea2, d2a6eb2, d2a6ec_, d2a6ed1, d2a6ee_, d2a6ef1, d2a6ef2, d2a6ef3, d2a6ek2, d2a6el2, d2a6em_, d2a6en1, d2a6eo_, d2a6ep1, d2a6ep2, d2a6ep3
automatically matched to d1iw7a1
complexed with mg, zn

Domain d2a6eb1: 2a6e B:1-49,B:173-229 [126242]
Other proteins in same PDB: d2a6ea2, d2a6eb2, d2a6ec_, d2a6ed1, d2a6ee_, d2a6ef1, d2a6ef2, d2a6ef3, d2a6ek2, d2a6el2, d2a6em_, d2a6en1, d2a6eo_, d2a6ep1, d2a6ep2, d2a6ep3
automatically matched to d1iw7a1
complexed with mg, zn

Domain d2a6ek1: 2a6e K:1-49,K:173-229 [126250]
Other proteins in same PDB: d2a6ea2, d2a6eb2, d2a6ec_, d2a6ed1, d2a6ee_, d2a6ef1, d2a6ef2, d2a6ef3, d2a6ek2, d2a6el2, d2a6em_, d2a6en1, d2a6eo_, d2a6ep1, d2a6ep2, d2a6ep3
automatically matched to d1iw7a1
complexed with mg, zn

Domain d2a6el1: 2a6e L:1-49,L:173-229 [126252]
Other proteins in same PDB: d2a6ea2, d2a6eb2, d2a6ec_, d2a6ed1, d2a6ee_, d2a6ef1, d2a6ef2, d2a6ef3, d2a6ek2, d2a6el2, d2a6em_, d2a6en1, d2a6eo_, d2a6ep1, d2a6ep2, d2a6ep3
automatically matched to d1iw7a1
complexed with mg, zn

Domains for 2a6h:

Domain d2a6ha1: 2a6h A:1-49,A:173-229 [126260]
Other proteins in same PDB: d2a6ha2, d2a6hb2, d2a6hc_, d2a6hd1, d2a6he_, d2a6hf1, d2a6hf2, d2a6hf3, d2a6hk2, d2a6hl2, d2a6hm_, d2a6hn1, d2a6ho_, d2a6hp1, d2a6hp2, d2a6hp3
automatically matched to d1iw7a1
protein/RNA complex; complexed with mg, std, zn

Domain d2a6hb1: 2a6h B:1-49,B:173-229 [126262]
Other proteins in same PDB: d2a6ha2, d2a6hb2, d2a6hc_, d2a6hd1, d2a6he_, d2a6hf1, d2a6hf2, d2a6hf3, d2a6hk2, d2a6hl2, d2a6hm_, d2a6hn1, d2a6ho_, d2a6hp1, d2a6hp2, d2a6hp3
automatically matched to d1iw7a1
protein/RNA complex; complexed with mg, std, zn

Domain d2a6hk1: 2a6h K:1-49,K:173-229 [126270]
Other proteins in same PDB: d2a6ha2, d2a6hb2, d2a6hc_, d2a6hd1, d2a6he_, d2a6hf1, d2a6hf2, d2a6hf3, d2a6hk2, d2a6hl2, d2a6hm_, d2a6hn1, d2a6ho_, d2a6hp1, d2a6hp2, d2a6hp3
automatically matched to d1iw7a1
protein/RNA complex; complexed with mg, std, zn

Domain d2a6hl1: 2a6h L:1-49,L:173-229 [126272]
Other proteins in same PDB: d2a6ha2, d2a6hb2, d2a6hc_, d2a6hd1, d2a6he_, d2a6hf1, d2a6hf2, d2a6hf3, d2a6hk2, d2a6hl2, d2a6hm_, d2a6hn1, d2a6ho_, d2a6hp1, d2a6hp2, d2a6hp3
automatically matched to d1iw7a1
protein/RNA complex; complexed with mg, std, zn

Domains for 2be5:

Domain d2be5a1: 2be5 A:1-49,A:173-229 [128351]
Other proteins in same PDB: d2be5a2, d2be5b2, d2be5c_, d2be5d1, d2be5e_, d2be5f1, d2be5f2, d2be5f3, d2be5k2, d2be5l2, d2be5m_, d2be5n1, d2be5o_, d2be5p1, d2be5p2, d2be5p3
automatically matched to d1iw7a1
protein/RNA complex; complexed with mg, tgt, zn

Domain d2be5b1: 2be5 B:1-49,B:173-229 [128353]
Other proteins in same PDB: d2be5a2, d2be5b2, d2be5c_, d2be5d1, d2be5e_, d2be5f1, d2be5f2, d2be5f3, d2be5k2, d2be5l2, d2be5m_, d2be5n1, d2be5o_, d2be5p1, d2be5p2, d2be5p3
automatically matched to d1iw7a1
protein/RNA complex; complexed with mg, tgt, zn

Domain d2be5k1: 2be5 K:1-49,K:173-229 [128361]
Other proteins in same PDB: d2be5a2, d2be5b2, d2be5c_, d2be5d1, d2be5e_, d2be5f1, d2be5f2, d2be5f3, d2be5k2, d2be5l2, d2be5m_, d2be5n1, d2be5o_, d2be5p1, d2be5p2, d2be5p3
automatically matched to d1iw7a1
protein/RNA complex; complexed with mg, tgt, zn

Domain d2be5l1: 2be5 L:1-49,L:173-229 [128363]
Other proteins in same PDB: d2be5a2, d2be5b2, d2be5c_, d2be5d1, d2be5e_, d2be5f1, d2be5f2, d2be5f3, d2be5k2, d2be5l2, d2be5m_, d2be5n1, d2be5o_, d2be5p1, d2be5p2, d2be5p3
automatically matched to d1iw7a1
protein/RNA complex; complexed with mg, tgt, zn

Domains for 2cw0:

Domain d2cw0a1: 2cw0 A:1-49,A:173-229 [130898]
Other proteins in same PDB: d2cw0a2, d2cw0b2, d2cw0c1, d2cw0d1, d2cw0e1, d2cw0f1, d2cw0f2, d2cw0f3, d2cw0k2, d2cw0l2, d2cw0m1, d2cw0n1, d2cw0o1, d2cw0p1, d2cw0p2, d2cw0p3
automatically matched to d1iw7a1
complexed with mg, zn

Domain d2cw0b1: 2cw0 B:1-49,B:173-229 [130900]
Other proteins in same PDB: d2cw0a2, d2cw0b2, d2cw0c1, d2cw0d1, d2cw0e1, d2cw0f1, d2cw0f2, d2cw0f3, d2cw0k2, d2cw0l2, d2cw0m1, d2cw0n1, d2cw0o1, d2cw0p1, d2cw0p2, d2cw0p3
automatically matched to d1iw7a1
complexed with mg, zn

Domain d2cw0k1: 2cw0 K:1-49,K:173-229 [130908]
Other proteins in same PDB: d2cw0a2, d2cw0b2, d2cw0c1, d2cw0d1, d2cw0e1, d2cw0f1, d2cw0f2, d2cw0f3, d2cw0k2, d2cw0l2, d2cw0m1, d2cw0n1, d2cw0o1, d2cw0p1, d2cw0p2, d2cw0p3
automatically matched to d1iw7a1
complexed with mg, zn

Domain d2cw0l1: 2cw0 L:1-49,L:173-229 [130910]
Other proteins in same PDB: d2cw0a2, d2cw0b2, d2cw0c1, d2cw0d1, d2cw0e1, d2cw0f1, d2cw0f2, d2cw0f3, d2cw0k2, d2cw0l2, d2cw0m1, d2cw0n1, d2cw0o1, d2cw0p1, d2cw0p2, d2cw0p3
automatically matched to d1iw7a1
complexed with mg, zn

More info for Protein RNA polymerase alpha from d.74.3.1: RNA polymerase alpha subunit dimerisation domain

Timeline for Protein RNA polymerase alpha from d.74.3.1: RNA polymerase alpha subunit dimerisation domain:

Protein RNA polymerase alpha from d.74.3.1: RNA polymerase alpha subunit dimerisation domain first appeared (with stable ids) in SCOP 1.55, called Protein Dimerization subdomain of RNA polymerase alpha subunit N-terminal domain from d.74.3.1: Dimerization subdomain of RNA polymerase alpha subunit N-terminal domain
Protein RNA polymerase alpha from d.74.3.1: RNA polymerase alpha subunit dimerisation domain appears in SCOP 1.75
Protein RNA polymerase alpha from d.74.3.1: RNA polymerase alpha subunit dimerisation domain appears in SCOPe 2.02
Protein RNA polymerase alpha from d.74.3.1: RNA polymerase alpha subunit dimerisation domain appears in the current release, SCOPe 2.08