SCOP 1.63: Species: Spinach (Spinacia oleracea)

Lineage for Species: Spinach (Spinacia oleracea)

Root: SCOP 1.63
Class d: Alpha and beta proteins (a+b) [53931] (224 folds)
Fold d.58: Ferredoxin-like [54861] (44 superfamilies)
alpha+beta sandwich with antiparallel beta-sheet; (beta-alpha-beta)x2
Superfamily d.58.9: RuBisCO, large subunit, small (N-terminal) domain [54966] (1 family)
C-terminal domain is beta/alpha barrel
Family d.58.9.1: Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase-oxygenase [54967] (1 protein)
Protein Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase-oxygenase [54968] (8 species)
Species Spinach (Spinacia oleracea) [TaxId:3562] [54970] (8 PDB entries)

PDB entries in Species: Spinach (Spinacia oleracea):

Domain(s) for 1aa1:
1. Domain d1aa1b2: 1aa1 B:21-147 [39254]
  Other proteins in same PDB: d1aa1b1, d1aa1c_, d1aa1e1, d1aa1f_, d1aa1h1, d1aa1i_, d1aa1l1, d1aa1s_
2. Domain d1aa1e2: 1aa1 E:21-147 [39255]
  Other proteins in same PDB: d1aa1b1, d1aa1c_, d1aa1e1, d1aa1f_, d1aa1h1, d1aa1i_, d1aa1l1, d1aa1s_
3. Domain d1aa1h2: 1aa1 H:21-147 [39256]
  Other proteins in same PDB: d1aa1b1, d1aa1c_, d1aa1e1, d1aa1f_, d1aa1h1, d1aa1i_, d1aa1l1, d1aa1s_
  complexed with 3pg, mg
4. Domain d1aa1l2: 1aa1 L:21-147 [39253]
  Other proteins in same PDB: d1aa1b1, d1aa1c_, d1aa1e1, d1aa1f_, d1aa1h1, d1aa1i_, d1aa1l1, d1aa1s_
Domain(s) for 1aus:
- Domain d1ausl2: 1aus L:20-147 [39261]
  Other proteins in same PDB: d1ausl1, d1auss_
  complexed with cbx, mg
Domain(s) for 1ir1:
1. Domain d1ir1a2: 1ir1 A:12-147 [71283]
  Other proteins in same PDB: d1ir1a1, d1ir1b1, d1ir1c1, d1ir1d1, d1ir1s_, d1ir1t_, d1ir1u_, d1ir1v_
2. Domain d1ir1b2: 1ir1 B:12-147 [71285]
  Other proteins in same PDB: d1ir1a1, d1ir1b1, d1ir1c1, d1ir1d1, d1ir1s_, d1ir1t_, d1ir1u_, d1ir1v_
3. Domain d1ir1c2: 1ir1 C:12-147 [71287]
  Other proteins in same PDB: d1ir1a1, d1ir1b1, d1ir1c1, d1ir1d1, d1ir1s_, d1ir1t_, d1ir1u_, d1ir1v_
4. Domain d1ir1d2: 1ir1 D:12-147 [71289]
  Other proteins in same PDB: d1ir1a1, d1ir1b1, d1ir1c1, d1ir1d1, d1ir1s_, d1ir1t_, d1ir1u_, d1ir1v_
  complexed with cap, kcx, mg, mme
Domain(s) for 1rbo:
1. Domain d1rbob2: 1rbo B:9-147 [39250]
  Other proteins in same PDB: d1rbob1, d1rboc_, d1rboe1, d1rbof_, d1rboh1, d1rboi_, d1rbol1, d1rbos_
2. Domain d1rboe2: 1rbo E:9-147 [39251]
  Other proteins in same PDB: d1rbob1, d1rboc_, d1rboe1, d1rbof_, d1rboh1, d1rboi_, d1rbol1, d1rbos_
3. Domain d1rboh2: 1rbo H:9-147 [39252]
  Other proteins in same PDB: d1rbob1, d1rboc_, d1rboe1, d1rbof_, d1rboh1, d1rboi_, d1rbol1, d1rbos_
  complexed with cap
4. Domain d1rbol2: 1rbo L:9-147 [39249]
  Other proteins in same PDB: d1rbob1, d1rboc_, d1rboe1, d1rbof_, d1rboh1, d1rboi_, d1rbol1, d1rbos_

Domain(s) for 1rco:

Domain d1rcob2: 1rco B:9-147 [39263]
Other proteins in same PDB: d1rcob1, d1rcoc_, d1rcoe1, d1rcof_, d1rcoh1, d1rcoi_, d1rcok1, d1rcol1, d1rcom_, d1rcoo1, d1rcop_, d1rcor1, d1rcos_, d1rcot_, d1rcov1, d1rcow_

Domain d1rcoe2: 1rco E:9-147 [39264]
Other proteins in same PDB: d1rcob1, d1rcoc_, d1rcoe1, d1rcof_, d1rcoh1, d1rcoi_, d1rcok1, d1rcol1, d1rcom_, d1rcoo1, d1rcop_, d1rcor1, d1rcos_, d1rcot_, d1rcov1, d1rcow_

Domain d1rcoh2: 1rco H:9-147 [39265]
Other proteins in same PDB: d1rcob1, d1rcoc_, d1rcoe1, d1rcof_, d1rcoh1, d1rcoi_, d1rcok1, d1rcol1, d1rcom_, d1rcoo1, d1rcop_, d1rcor1, d1rcos_, d1rcot_, d1rcov1, d1rcow_

Domain d1rcok2: 1rco K:9-147 [39266]
Other proteins in same PDB: d1rcob1, d1rcoc_, d1rcoe1, d1rcof_, d1rcoh1, d1rcoi_, d1rcok1, d1rcol1, d1rcom_, d1rcoo1, d1rcop_, d1rcor1, d1rcos_, d1rcot_, d1rcov1, d1rcow_

Domain d1rcol2: 1rco L:9-147 [39262]
Other proteins in same PDB: d1rcob1, d1rcoc_, d1rcoe1, d1rcof_, d1rcoh1, d1rcoi_, d1rcok1, d1rcol1, d1rcom_, d1rcoo1, d1rcop_, d1rcor1, d1rcos_, d1rcot_, d1rcov1, d1rcow_

Domain d1rcoo2: 1rco O:9-147 [39267]
Other proteins in same PDB: d1rcob1, d1rcoc_, d1rcoe1, d1rcof_, d1rcoh1, d1rcoi_, d1rcok1, d1rcol1, d1rcom_, d1rcoo1, d1rcop_, d1rcor1, d1rcos_, d1rcot_, d1rcov1, d1rcow_

Domain d1rcor2: 1rco R:9-147 [39268]
Other proteins in same PDB: d1rcob1, d1rcoc_, d1rcoe1, d1rcof_, d1rcoh1, d1rcoi_, d1rcok1, d1rcol1, d1rcom_, d1rcoo1, d1rcop_, d1rcor1, d1rcos_, d1rcot_, d1rcov1, d1rcow_

Domain d1rcov2: 1rco V:9-147 [39269]
Other proteins in same PDB: d1rcob1, d1rcoc_, d1rcoe1, d1rcof_, d1rcoh1, d1rcoi_, d1rcok1, d1rcol1, d1rcom_, d1rcoo1, d1rcop_, d1rcor1, d1rcos_, d1rcot_, d1rcov1, d1rcow_
complexed with xdp

Domain(s) for 1rcx:

Domain d1rcxb2: 1rcx B:9-147 [39271]
Other proteins in same PDB: d1rcxb1, d1rcxc_, d1rcxe1, d1rcxf_, d1rcxh1, d1rcxi_, d1rcxk1, d1rcxl1, d1rcxm_, d1rcxo1, d1rcxp_, d1rcxr1, d1rcxs_, d1rcxt_, d1rcxv1, d1rcxw_

Domain d1rcxe2: 1rcx E:9-147 [39272]
Other proteins in same PDB: d1rcxb1, d1rcxc_, d1rcxe1, d1rcxf_, d1rcxh1, d1rcxi_, d1rcxk1, d1rcxl1, d1rcxm_, d1rcxo1, d1rcxp_, d1rcxr1, d1rcxs_, d1rcxt_, d1rcxv1, d1rcxw_

Domain d1rcxh2: 1rcx H:9-147 [39273]
Other proteins in same PDB: d1rcxb1, d1rcxc_, d1rcxe1, d1rcxf_, d1rcxh1, d1rcxi_, d1rcxk1, d1rcxl1, d1rcxm_, d1rcxo1, d1rcxp_, d1rcxr1, d1rcxs_, d1rcxt_, d1rcxv1, d1rcxw_

Domain d1rcxk2: 1rcx K:9-147 [39274]
Other proteins in same PDB: d1rcxb1, d1rcxc_, d1rcxe1, d1rcxf_, d1rcxh1, d1rcxi_, d1rcxk1, d1rcxl1, d1rcxm_, d1rcxo1, d1rcxp_, d1rcxr1, d1rcxs_, d1rcxt_, d1rcxv1, d1rcxw_

Domain d1rcxl2: 1rcx L:9-147 [39270]
Other proteins in same PDB: d1rcxb1, d1rcxc_, d1rcxe1, d1rcxf_, d1rcxh1, d1rcxi_, d1rcxk1, d1rcxl1, d1rcxm_, d1rcxo1, d1rcxp_, d1rcxr1, d1rcxs_, d1rcxt_, d1rcxv1, d1rcxw_

Domain d1rcxo2: 1rcx O:9-147 [39275]
Other proteins in same PDB: d1rcxb1, d1rcxc_, d1rcxe1, d1rcxf_, d1rcxh1, d1rcxi_, d1rcxk1, d1rcxl1, d1rcxm_, d1rcxo1, d1rcxp_, d1rcxr1, d1rcxs_, d1rcxt_, d1rcxv1, d1rcxw_

Domain d1rcxr2: 1rcx R:9-147 [39276]
Other proteins in same PDB: d1rcxb1, d1rcxc_, d1rcxe1, d1rcxf_, d1rcxh1, d1rcxi_, d1rcxk1, d1rcxl1, d1rcxm_, d1rcxo1, d1rcxp_, d1rcxr1, d1rcxs_, d1rcxt_, d1rcxv1, d1rcxw_

Domain d1rcxv2: 1rcx V:9-147 [39277]
Other proteins in same PDB: d1rcxb1, d1rcxc_, d1rcxe1, d1rcxf_, d1rcxh1, d1rcxi_, d1rcxk1, d1rcxl1, d1rcxm_, d1rcxo1, d1rcxp_, d1rcxr1, d1rcxs_, d1rcxt_, d1rcxv1, d1rcxw_
complexed with rub

Domain(s) for 1rxo:
1. Domain d1rxob2: 1rxo B:9-147 [39258]
  Other proteins in same PDB: d1rxob1, d1rxoc_, d1rxoe1, d1rxof_, d1rxoh1, d1rxoi_, d1rxol1, d1rxos_
2. Domain d1rxoe2: 1rxo E:9-147 [39259]
  Other proteins in same PDB: d1rxob1, d1rxoc_, d1rxoe1, d1rxof_, d1rxoh1, d1rxoi_, d1rxol1, d1rxos_
3. Domain d1rxoh2: 1rxo H:9-147 [39260]
  Other proteins in same PDB: d1rxob1, d1rxoc_, d1rxoe1, d1rxof_, d1rxoh1, d1rxoi_, d1rxol1, d1rxos_
  complexed with ca, rub
4. Domain d1rxol2: 1rxo L:9-147 [39257]
  Other proteins in same PDB: d1rxob1, d1rxoc_, d1rxoe1, d1rxof_, d1rxoh1, d1rxoi_, d1rxol1, d1rxos_
Domain(s) for 8ruc:
1. Domain d8ruca2: 8ruc A:9-147 [39245]
  Other proteins in same PDB: d8ruca1, d8rucc1, d8ruce1, d8rucg1, d8ruci_, d8rucj_, d8ruck_, d8rucl_
2. Domain d8rucc2: 8ruc C:9-147 [39246]
  Other proteins in same PDB: d8ruca1, d8rucc1, d8ruce1, d8rucg1, d8ruci_, d8rucj_, d8ruck_, d8rucl_
3. Domain d8ruce2: 8ruc E:9-147 [39247]
  Other proteins in same PDB: d8ruca1, d8rucc1, d8ruce1, d8rucg1, d8ruci_, d8rucj_, d8ruck_, d8rucl_
4. Domain d8rucg2: 8ruc G:9-147 [39248]
  Other proteins in same PDB: d8ruca1, d8rucc1, d8ruce1, d8rucg1, d8ruci_, d8rucj_, d8ruck_, d8rucl_
  complexed with cap, mg

More info for Species Spinach (Spinacia oleracea) [TaxId:3562] from d.58.9.1 Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase-oxygenase

Timeline for Species Spinach (Spinacia oleracea) [TaxId:3562] from d.58.9.1 Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase-oxygenase:

Species Spinach (Spinacia oleracea) [TaxId:3562] from d.58.9.1 Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase-oxygenase first appeared (with stable ids) in SCOP 1.55
Species Spinach (Spinacia oleracea) [TaxId:3562] from d.58.9.1 Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase-oxygenase appears in SCOP 1.61
Species Spinach (Spinacia oleracea) [TaxId:3562] from d.58.9.1 Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase-oxygenase appears in SCOP 1.65
Species Spinach (Spinacia oleracea) [TaxId:3562] from d.58.9.1 Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase-oxygenase appears in the current release, SCOPe 2.08