Lineage for Protein: Cytochrome c oxidase

  1. Root: SCOPe 2.01
  2. 929298Class b: All beta proteins [48724] (174 folds)
  3. 940170Fold b.6: Cupredoxin-like [49502] (2 superfamilies)
    sandwich; 7 strands in 2 sheets, greek-key
    variations: some members have additional 1-2 strands
  4. 940171Superfamily b.6.1: Cupredoxins [49503] (8 families) (S)
    contains copper-binding site
  5. 940642Family b.6.1.2: Periplasmic domain of cytochrome c oxidase subunit II [49541] (2 proteins)
  6. 940643Protein Cytochrome c oxidase [49544] (4 species)

Species:

  1. 940644Cow (Bos taurus) [TaxId:9913] [49545] (14 PDB entries)
    1. Domains for 1occ:
      1. 940667Domain d1occb1: 1occ B:91-227 [23031]
        Other proteins in same PDB: d1occa_, d1occb2, d1occc_, d1occd_, d1occe_, d1occf_, d1occg_, d1occh_, d1occi_, d1occj_, d1occk_, d1occl_, d1occm_, d1occn_, d1occo2, d1occp_, d1occq_, d1occr_, d1occs_, d1occt_, d1occu_, d1occv_, d1occw_, d1occx_, d1occy_, d1occz_
        complexed with cu, hea, mg, zn
      2. 940668Domain d1occo1: 1occ O:91-227 [23032]
        Other proteins in same PDB: d1occa_, d1occb2, d1occc_, d1occd_, d1occe_, d1occf_, d1occg_, d1occh_, d1occi_, d1occj_, d1occk_, d1occl_, d1occm_, d1occn_, d1occo2, d1occp_, d1occq_, d1occr_, d1occs_, d1occt_, d1occu_, d1occv_, d1occw_, d1occx_, d1occy_, d1occz_
        complexed with cu, hea, mg, zn
    2. Domains for 1oco:
      1. 940671Domain d1ocob1: 1oco B:91-227 [23035]
        Other proteins in same PDB: d1ocoa_, d1ocob2, d1ococ_, d1ocod_, d1ocoe_, d1ocof_, d1ocog_, d1ocoh_, d1ocoi_, d1ocoj_, d1ocok_, d1ocol_, d1ocom_, d1ocon_, d1ocoo2, d1ocop_, d1ocoq_, d1ocor_, d1ocos_, d1ocot_, d1ocou_, d1ocov_, d1ocow_, d1ocox_, d1ocoy_, d1ocoz_
        complexed with cmo, cu, hea, mg, na, zn
      2. 940672Domain d1ocoo1: 1oco O:91-227 [23036]
        Other proteins in same PDB: d1ocoa_, d1ocob2, d1ococ_, d1ocod_, d1ocoe_, d1ocof_, d1ocog_, d1ocoh_, d1ocoi_, d1ocoj_, d1ocok_, d1ocol_, d1ocom_, d1ocon_, d1ocoo2, d1ocop_, d1ocoq_, d1ocor_, d1ocos_, d1ocot_, d1ocou_, d1ocov_, d1ocow_, d1ocox_, d1ocoy_, d1ocoz_
        complexed with cmo, cu, hea, mg, na, zn
    3. Domains for 1ocr:
      1. 940661Domain d1ocrb1: 1ocr B:91-227 [23029]
        Other proteins in same PDB: d1ocra_, d1ocrb2, d1ocrc_, d1ocrd_, d1ocre_, d1ocrf_, d1ocrg_, d1ocrh_, d1ocri_, d1ocrj_, d1ocrk_, d1ocrl_, d1ocrm_, d1ocrn_, d1ocro2, d1ocrp_, d1ocrq_, d1ocrr_, d1ocrs_, d1ocrt_, d1ocru_, d1ocrv_, d1ocrw_, d1ocrx_, d1ocry_, d1ocrz_
        complexed with cu, hea, mg, na, zn
      2. 940662Domain d1ocro1: 1ocr O:91-227 [23030]
        Other proteins in same PDB: d1ocra_, d1ocrb2, d1ocrc_, d1ocrd_, d1ocre_, d1ocrf_, d1ocrg_, d1ocrh_, d1ocri_, d1ocrj_, d1ocrk_, d1ocrl_, d1ocrm_, d1ocrn_, d1ocro2, d1ocrp_, d1ocrq_, d1ocrr_, d1ocrs_, d1ocrt_, d1ocru_, d1ocrv_, d1ocrw_, d1ocrx_, d1ocry_, d1ocrz_
        complexed with cu, hea, mg, na, zn
    4. Domains for 1ocz:
      1. 940669Domain d1oczb1: 1ocz B:91-227 [23033]
        Other proteins in same PDB: d1ocza_, d1oczb2, d1oczc_, d1oczd_, d1ocze_, d1oczf_, d1oczg_, d1oczh_, d1oczi_, d1oczj_, d1oczk_, d1oczl_, d1oczm_, d1oczn_, d1oczo2, d1oczp_, d1oczq_, d1oczr_, d1oczs_, d1oczt_, d1oczu_, d1oczv_, d1oczw_, d1oczx_, d1oczy_, d1oczz_
        complexed with azi, cu, hea, mg, na, zn
      2. 940670Domain d1oczo1: 1ocz O:91-227 [23034]
        Other proteins in same PDB: d1ocza_, d1oczb2, d1oczc_, d1oczd_, d1ocze_, d1oczf_, d1oczg_, d1oczh_, d1oczi_, d1oczj_, d1oczk_, d1oczl_, d1oczm_, d1oczn_, d1oczo2, d1oczp_, d1oczq_, d1oczr_, d1oczs_, d1oczt_, d1oczu_, d1oczv_, d1oczw_, d1oczx_, d1oczy_, d1oczz_
        complexed with azi, cu, hea, mg, na, zn
    5. Domains for 1v54:
      1. 940647Domain d1v54b1: 1v54 B:91-227 [100322]
        Other proteins in same PDB: d1v54a_, d1v54b2, d1v54c_, d1v54d_, d1v54e_, d1v54f_, d1v54g_, d1v54h_, d1v54i_, d1v54j_, d1v54k_, d1v54l_, d1v54m_, d1v54n_, d1v54o2, d1v54p_, d1v54q_, d1v54r_, d1v54s_, d1v54t_, d1v54u_, d1v54v_, d1v54w_, d1v54x_, d1v54y_, d1v54z_
        complexed with cdl, chd, cu, cua, dmu, hea, mg, na, pek, pgv, psc, tgl, unx, zn
      2. 940648Domain d1v54o1: 1v54 O:91-227 [100336]
        Other proteins in same PDB: d1v54a_, d1v54b2, d1v54c_, d1v54d_, d1v54e_, d1v54f_, d1v54g_, d1v54h_, d1v54i_, d1v54j_, d1v54k_, d1v54l_, d1v54m_, d1v54n_, d1v54o2, d1v54p_, d1v54q_, d1v54r_, d1v54s_, d1v54t_, d1v54u_, d1v54v_, d1v54w_, d1v54x_, d1v54y_, d1v54z_
        complexed with cdl, chd, cu, cua, dmu, hea, mg, na, pek, pgv, psc, tgl, unx, zn
    6. Domains for 1v55:
      1. 940649Domain d1v55b1: 1v55 B:91-227 [100350]
        Other proteins in same PDB: d1v55a_, d1v55b2, d1v55c_, d1v55d_, d1v55e_, d1v55f_, d1v55g_, d1v55h_, d1v55i_, d1v55j_, d1v55k_, d1v55l_, d1v55m_, d1v55n_, d1v55o2, d1v55p_, d1v55q_, d1v55r_, d1v55s_, d1v55t_, d1v55u_, d1v55v_, d1v55w_, d1v55x_, d1v55y_, d1v55z_
        complexed with cdl, chd, cu, cua, dmu, hea, mg, na, pek, pgv, psc, tgl, unx, zn
      2. 940650Domain d1v55o1: 1v55 O:91-227 [100364]
        Other proteins in same PDB: d1v55a_, d1v55b2, d1v55c_, d1v55d_, d1v55e_, d1v55f_, d1v55g_, d1v55h_, d1v55i_, d1v55j_, d1v55k_, d1v55l_, d1v55m_, d1v55n_, d1v55o2, d1v55p_, d1v55q_, d1v55r_, d1v55s_, d1v55t_, d1v55u_, d1v55v_, d1v55w_, d1v55x_, d1v55y_, d1v55z_
        complexed with cdl, chd, cu, cua, dmu, hea, mg, na, pek, pgv, psc, tgl, unx, zn
    7. Domains for 2dyr:
      1. 940645Domain d2dyrb1: 2dyr B:91-227 [131900]
        Other proteins in same PDB: d2dyra_, d2dyrb2, d2dyrc_, d2dyrd_, d2dyre_, d2dyrf_, d2dyrg_, d2dyrh_, d2dyri_, d2dyrj_, d2dyrk_, d2dyrl_, d2dyrm_, d2dyrn_, d2dyro2, d2dyrp_, d2dyrq_, d2dyrr_, d2dyrs_, d2dyrt_, d2dyru_, d2dyrv_, d2dyrw_, d2dyrx_, d2dyry_, d2dyrz_
        automatically matched to d1occb1
        complexed with cdl, chd, cu, cua, dmu, hea, mg, na, pek, pgv, psc, tgl, unx, zn
      2. 940646Domain d2dyro1: 2dyr O:91-227 [131914]
        Other proteins in same PDB: d2dyra_, d2dyrb2, d2dyrc_, d2dyrd_, d2dyre_, d2dyrf_, d2dyrg_, d2dyrh_, d2dyri_, d2dyrj_, d2dyrk_, d2dyrl_, d2dyrm_, d2dyrn_, d2dyro2, d2dyrp_, d2dyrq_, d2dyrr_, d2dyrs_, d2dyrt_, d2dyru_, d2dyrv_, d2dyrw_, d2dyrx_, d2dyry_, d2dyrz_
        automatically matched to d1occb1
        complexed with cdl, chd, cu, cua, dmu, hea, mg, na, pek, pgv, psc, tgl, unx, zn
    8. Domains for 2dys:
      1. 940657Domain d2dysb1: 2dys B:91-227 [131928]
        Other proteins in same PDB: d2dysa_, d2dysb2, d2dysc_, d2dysd_, d2dyse_, d2dysf_, d2dysg_, d2dysh_, d2dysi_, d2dysj_, d2dysk_, d2dysl_, d2dysm_, d2dysn_, d2dyso2, d2dysp_, d2dysq_, d2dysr_, d2dyss_, d2dyst_, d2dysu_, d2dysv_, d2dysw_, d2dysx_, d2dysy_, d2dysz_
        automatically matched to d1occb1
        complexed with cdl, chd, cu, cua, dmu, hea, mg, na, pek, pgv, psc, tgl, unx, zn
      2. 940658Domain d2dyso1: 2dys O:91-227 [131942]
        Other proteins in same PDB: d2dysa_, d2dysb2, d2dysc_, d2dysd_, d2dyse_, d2dysf_, d2dysg_, d2dysh_, d2dysi_, d2dysj_, d2dysk_, d2dysl_, d2dysm_, d2dysn_, d2dyso2, d2dysp_, d2dysq_, d2dysr_, d2dyss_, d2dyst_, d2dysu_, d2dysv_, d2dysw_, d2dysx_, d2dysy_, d2dysz_
        automatically matched to d1occb1
        complexed with cdl, chd, cu, cua, dmu, hea, mg, na, pek, pgv, psc, tgl, unx, zn
    9. Domains for 2eij:
      1. 940651Domain d2eijb1: 2eij B:91-227 [132140]
        Other proteins in same PDB: d2eija_, d2eijb2, d2eijc_, d2eijd_, d2eije_, d2eijf_, d2eijg_, d2eijh_, d2eiji_, d2eijj_, d2eijk_, d2eijl_, d2eijm_, d2eijn_, d2eijo2, d2eijp_, d2eijq_, d2eijr_, d2eijs_, d2eijt_, d2eiju_, d2eijv_, d2eijw_, d2eijx_, d2eijy_, d2eijz_
        automatically matched to d1occb1
        complexed with cdl, chd, cu, cua, dmu, hea, mg, na, pek, pgv, psc, tgl, zn
      2. 940652Domain d2eijo1: 2eij O:91-227 [132154]
        Other proteins in same PDB: d2eija_, d2eijb2, d2eijc_, d2eijd_, d2eije_, d2eijf_, d2eijg_, d2eijh_, d2eiji_, d2eijj_, d2eijk_, d2eijl_, d2eijm_, d2eijn_, d2eijo2, d2eijp_, d2eijq_, d2eijr_, d2eijs_, d2eijt_, d2eiju_, d2eijv_, d2eijw_, d2eijx_, d2eijy_, d2eijz_
        automatically matched to d1occb1
        complexed with cdl, chd, cu, cua, dmu, hea, mg, na, pek, pgv, psc, tgl, zn
    10. Domains for 2eik:
      1. 940655Domain d2eikb1: 2eik B:91-227 [132168]
        Other proteins in same PDB: d2eika_, d2eikb2, d2eikc_, d2eikd_, d2eike_, d2eikf_, d2eikg_, d2eikh_, d2eiki_, d2eikj_, d2eikk_, d2eikl_, d2eikm_, d2eikn_, d2eiko2, d2eikp_, d2eikq_, d2eikr_, d2eiks_, d2eikt_, d2eiku_, d2eikv_, d2eikw_, d2eikx_, d2eiky_, d2eikz_
        automatically matched to d1occb1
        complexed with cd, cdl, chd, cu, cua, dmu, hea, mg, na, pek, pgv, psc, tgl, zn
      2. 940656Domain d2eiko1: 2eik O:91-227 [132182]
        Other proteins in same PDB: d2eika_, d2eikb2, d2eikc_, d2eikd_, d2eike_, d2eikf_, d2eikg_, d2eikh_, d2eiki_, d2eikj_, d2eikk_, d2eikl_, d2eikm_, d2eikn_, d2eiko2, d2eikp_, d2eikq_, d2eikr_, d2eiks_, d2eikt_, d2eiku_, d2eikv_, d2eikw_, d2eikx_, d2eiky_, d2eikz_
        automatically matched to d1occb1
        complexed with cd, cdl, chd, cu, cua, dmu, hea, mg, na, pek, pgv, psc, tgl, zn
    11. Domains for 2eil:
      1. 940653Domain d2eilb1: 2eil B:91-227 [132196]
        Other proteins in same PDB: d2eila_, d2eilb2, d2eilc_, d2eild_, d2eile_, d2eilf_, d2eilg_, d2eilh_, d2eili_, d2eilj_, d2eilk_, d2eill_, d2eilm_, d2eiln_, d2eilo2, d2eilp_, d2eilq_, d2eilr_, d2eils_, d2eilt_, d2eilu_, d2eilv_, d2eilw_, d2eilx_, d2eily_, d2eilz_
        automatically matched to d1occb1
        complexed with cd, cdl, chd, cu, cua, dmu, hea, mg, na, pek, pgv, psc, tgl, zn
      2. 940654Domain d2eilo1: 2eil O:91-227 [132210]
        Other proteins in same PDB: d2eila_, d2eilb2, d2eilc_, d2eild_, d2eile_, d2eilf_, d2eilg_, d2eilh_, d2eili_, d2eilj_, d2eilk_, d2eill_, d2eilm_, d2eiln_, d2eilo2, d2eilp_, d2eilq_, d2eilr_, d2eils_, d2eilt_, d2eilu_, d2eilv_, d2eilw_, d2eilx_, d2eily_, d2eilz_
        automatically matched to d1occb1
        complexed with cd, cdl, chd, cu, cua, dmu, hea, mg, na, pek, pgv, psc, tgl, zn
    12. Domains for 2eim:
      1. 940663Domain d2eimb1: 2eim B:91-227 [132224]
        Other proteins in same PDB: d2eima_, d2eimb2, d2eimc_, d2eimd_, d2eime_, d2eimf_, d2eimg_, d2eimh_, d2eimi_, d2eimj_, d2eimk_, d2eiml_, d2eimm_, d2eimn_, d2eimo2, d2eimp_, d2eimq_, d2eimr_, d2eims_, d2eimt_, d2eimu_, d2eimv_, d2eimw_, d2eimx_, d2eimy_, d2eimz_
        automatically matched to d1occb1
        complexed with cdl, chd, cu, cua, dmu, hea, mg, na, pek, pgv, psc, tgl, zn
      2. 940664Domain d2eimo1: 2eim O:91-227 [132238]
        Other proteins in same PDB: d2eima_, d2eimb2, d2eimc_, d2eimd_, d2eime_, d2eimf_, d2eimg_, d2eimh_, d2eimi_, d2eimj_, d2eimk_, d2eiml_, d2eimm_, d2eimn_, d2eimo2, d2eimp_, d2eimq_, d2eimr_, d2eims_, d2eimt_, d2eimu_, d2eimv_, d2eimw_, d2eimx_, d2eimy_, d2eimz_
        automatically matched to d1occb1
        complexed with cdl, chd, cu, cua, dmu, hea, mg, na, pek, pgv, psc, tgl, zn
    13. Domains for 2ein:
      1. 940665Domain d2einb1: 2ein B:91-227 [132252]
        Other proteins in same PDB: d2eina_, d2einb2, d2einc_, d2eind_, d2eine_, d2einf_, d2eing_, d2einh_, d2eini_, d2einj_, d2eink_, d2einl_, d2einm_, d2einn_, d2eino2, d2einp_, d2einq_, d2einr_, d2eins_, d2eint_, d2einu_, d2einv_, d2einw_, d2einx_, d2einy_, d2einz_
        automatically matched to d1occb1
        complexed with cdl, chd, cu, cua, dmu, hea, mg, na, pek, pgv, psc, tgl, zn
      2. 940666Domain d2eino1: 2ein O:91-227 [132266]
        Other proteins in same PDB: d2eina_, d2einb2, d2einc_, d2eind_, d2eine_, d2einf_, d2eing_, d2einh_, d2eini_, d2einj_, d2eink_, d2einl_, d2einm_, d2einn_, d2eino2, d2einp_, d2einq_, d2einr_, d2eins_, d2eint_, d2einu_, d2einv_, d2einw_, d2einx_, d2einy_, d2einz_
        automatically matched to d1occb1
        complexed with cdl, chd, cu, cua, dmu, hea, mg, na, pek, pgv, psc, tgl, zn
    14. Domains for 2occ:
      1. 940659Domain d2occb1: 2occ B:91-227 [23027]
        Other proteins in same PDB: d2occa_, d2occb2, d2occc_, d2occd_, d2occe_, d2occf_, d2occg_, d2occh_, d2occi_, d2occj_, d2occk_, d2occl_, d2occm_, d2occn_, d2occo2, d2occp_, d2occq_, d2occr_, d2occs_, d2occt_, d2occu_, d2occv_, d2occw_, d2occx_, d2occy_, d2occz_
        complexed with cu, hea, mg, na, per, zn
      2. 940660Domain d2occo1: 2occ O:91-227 [23028]
        Other proteins in same PDB: d2occa_, d2occb2, d2occc_, d2occd_, d2occe_, d2occf_, d2occg_, d2occh_, d2occi_, d2occj_, d2occk_, d2occl_, d2occm_, d2occn_, d2occo2, d2occp_, d2occq_, d2occr_, d2occs_, d2occt_, d2occu_, d2occv_, d2occw_, d2occx_, d2occy_, d2occz_
        complexed with cu, hea, mg, na, per, zn
  2. 940673Paracoccus denitrificans [TaxId:266] [49546] (3 PDB entries)
    1. Domain for 1ar1:
    2. Domain for 1qle:
    3. Domain for 3ehb:
  3. 940677Rhodobacter sphaeroides [TaxId:1063] [74870] (4 PDB entries)
    1. Domains for 1m56:
      1. 940682Domain d1m56b1: 1m56 B:130-289 [74472]
        Other proteins in same PDB: d1m56a_, d1m56b2, d1m56c_, d1m56d_, d1m56g_, d1m56h2, d1m56i_, d1m56j_
        complexed with ca, cu, hea, mg, peh
      2. 940683Domain d1m56h1: 1m56 H:130-289 [74477]
        Other proteins in same PDB: d1m56a_, d1m56b2, d1m56c_, d1m56d_, d1m56g_, d1m56h2, d1m56i_, d1m56j_
        complexed with ca, cu, hea, mg, peh
    2. Domains for 1m57:
      1. 940684Domain d1m57b1: 1m57 B:130-289 [74482]
        Other proteins in same PDB: d1m57a_, d1m57b2, d1m57c_, d1m57d_, d1m57g_, d1m57h2, d1m57i_, d1m57j_
        complexed with ca, cu, hea, mg, peh; mutant
      2. 940685Domain d1m57h1: 1m57 H:130-289 [74487]
        Other proteins in same PDB: d1m57a_, d1m57b2, d1m57c_, d1m57d_, d1m57g_, d1m57h2, d1m57i_, d1m57j_
        complexed with ca, cu, hea, mg, peh; mutant
    3. Domains for 2gsm:
      1. 940680Domain d2gsmb1: 2gsm B:130-281 [135590]
        Other proteins in same PDB: d2gsma_, d2gsmb2, d2gsmc_, d2gsmd2
        automatically matched to d1m56b1
        complexed with ca, cd, cu, dmu, hea, mg, oh, trd
      2. 940681Domain d2gsmd1: 2gsm D:130-281 [135593]
        Other proteins in same PDB: d2gsma_, d2gsmb2, d2gsmc_, d2gsmd2
        automatically matched to d1m56b1
        complexed with ca, cd, cu, dmu, hea, mg, oh, trd
    4. Domains for 3dtu:
      1. 940678Domain d3dtub1: 3dtu B:130-281 [157857]
        Other proteins in same PDB: d3dtua_, d3dtub2, d3dtuc_, d3dtud2
        automatically matched to d1m56b1
        complexed with ca, cd, cu, dmu, dxc, hea, hto, mg, oh, po4, trd
      2. 940679Domain d3dtud1: 3dtu D:130-281 [157860]
        Other proteins in same PDB: d3dtua_, d3dtub2, d3dtuc_, d3dtud2
        automatically matched to d1m56b1
        complexed with ca, cd, cu, dmu, dxc, hea, hto, mg, oh, po4, trd
  4. 940686Thermus thermophilus, ba3 type [TaxId:274] [49547] (7 PDB entries)
    1. Domain for 1ehk:
    2. Domain for 1xme:
    3. Domains for 2cua:
      1. 940687Domain d2cuaa_: 2cua A: [23039]
        complexed with cua, zn
      2. 940688Domain d2cuab_: 2cua B: [23040]
        complexed with cua, zn
    4. Domain for 2fwl:
    5. Domain for 2qpd:
    6. Domain for 2qpe:
    7. Domain for 3bvd:

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