SCOP 1.67: Protein: Cytochrome c oxidase

Lineage for Protein: Cytochrome c oxidase

Root: SCOP 1.67
Class b: All beta proteins [48724] (141 folds)
Fold b.6: Cupredoxin-like [49502] (2 superfamilies)
sandwich; 7 strands in 2 sheets, greek-key
variations: some members have additional 1-2 strands
Superfamily b.6.1: Cupredoxins [49503] (5 families)
contains copper-binding site
Family b.6.1.2: Periplasmic domain of cytochrome c oxidase subunit II [49541] (2 proteins)
Protein Cytochrome c oxidase [49544] (4 species)

Species:

Cow (Bos taurus) [TaxId:9913] [49545] (7 PDB entries)

Domains for 1occ:

Domain d1occb1: 1occ B:91-227 [23031]
Other proteins in same PDB: d1occa_, d1occb2, d1occc_, d1occd_, d1occe_, d1occf_, d1occg_, d1occh_, d1occi_, d1occj_, d1occk_, d1occl_, d1occm_, d1occn_, d1occo2, d1occp_, d1occq_, d1occr_, d1occs_, d1occt_, d1occu_, d1occv_, d1occw_, d1occx_, d1occy_, d1occz_

Domain d1occo1: 1occ O:91-227 [23032]
Other proteins in same PDB: d1occa_, d1occb2, d1occc_, d1occd_, d1occe_, d1occf_, d1occg_, d1occh_, d1occi_, d1occj_, d1occk_, d1occl_, d1occm_, d1occn_, d1occo2, d1occp_, d1occq_, d1occr_, d1occs_, d1occt_, d1occu_, d1occv_, d1occw_, d1occx_, d1occy_, d1occz_
complexed with cu, hea, mg, zn

Domains for 1oco:

Domain d1ocob1: 1oco B:91-227 [23035]
Other proteins in same PDB: d1ocoa_, d1ocob2, d1ococ_, d1ocod_, d1ocoe_, d1ocof_, d1ocog_, d1ocoh_, d1ocoi_, d1ocoj_, d1ocok_, d1ocol_, d1ocom_, d1ocon_, d1ocoo2, d1ocop_, d1ocoq_, d1ocor_, d1ocos_, d1ocot_, d1ocou_, d1ocov_, d1ocow_, d1ocox_, d1ocoy_, d1ocoz_

Domain d1ocoo1: 1oco O:91-227 [23036]
Other proteins in same PDB: d1ocoa_, d1ocob2, d1ococ_, d1ocod_, d1ocoe_, d1ocof_, d1ocog_, d1ocoh_, d1ocoi_, d1ocoj_, d1ocok_, d1ocol_, d1ocom_, d1ocon_, d1ocoo2, d1ocop_, d1ocoq_, d1ocor_, d1ocos_, d1ocot_, d1ocou_, d1ocov_, d1ocow_, d1ocox_, d1ocoy_, d1ocoz_
complexed with cmo, cu, hea, mg, na, zn

Domains for 1ocr:

Domain d1ocrb1: 1ocr B:91-227 [23029]
Other proteins in same PDB: d1ocra_, d1ocrb2, d1ocrc_, d1ocrd_, d1ocre_, d1ocrf_, d1ocrg_, d1ocrh_, d1ocri_, d1ocrj_, d1ocrk_, d1ocrl_, d1ocrm_, d1ocrn_, d1ocro2, d1ocrp_, d1ocrq_, d1ocrr_, d1ocrs_, d1ocrt_, d1ocru_, d1ocrv_, d1ocrw_, d1ocrx_, d1ocry_, d1ocrz_

Domain d1ocro1: 1ocr O:91-227 [23030]
Other proteins in same PDB: d1ocra_, d1ocrb2, d1ocrc_, d1ocrd_, d1ocre_, d1ocrf_, d1ocrg_, d1ocrh_, d1ocri_, d1ocrj_, d1ocrk_, d1ocrl_, d1ocrm_, d1ocrn_, d1ocro2, d1ocrp_, d1ocrq_, d1ocrr_, d1ocrs_, d1ocrt_, d1ocru_, d1ocrv_, d1ocrw_, d1ocrx_, d1ocry_, d1ocrz_
complexed with cu, hea, mg, na, zn

Domains for 1ocz:

Domain d1oczb1: 1ocz B:91-227 [23033]
Other proteins in same PDB: d1ocza_, d1oczb2, d1oczc_, d1oczd_, d1ocze_, d1oczf_, d1oczg_, d1oczh_, d1oczi_, d1oczj_, d1oczk_, d1oczl_, d1oczm_, d1oczn_, d1oczo2, d1oczp_, d1oczq_, d1oczr_, d1oczs_, d1oczt_, d1oczu_, d1oczv_, d1oczw_, d1oczx_, d1oczy_, d1oczz_

Domain d1oczo1: 1ocz O:91-227 [23034]
Other proteins in same PDB: d1ocza_, d1oczb2, d1oczc_, d1oczd_, d1ocze_, d1oczf_, d1oczg_, d1oczh_, d1oczi_, d1oczj_, d1oczk_, d1oczl_, d1oczm_, d1oczn_, d1oczo2, d1oczp_, d1oczq_, d1oczr_, d1oczs_, d1oczt_, d1oczu_, d1oczv_, d1oczw_, d1oczx_, d1oczy_, d1oczz_
complexed with azi, cu, hea, mg, na, zn

Domains for 1v54:

Domain d1v54b1: 1v54 B:91-227 [100322]
Other proteins in same PDB: d1v54a_, d1v54b2, d1v54c_, d1v54d_, d1v54e_, d1v54f_, d1v54g_, d1v54h_, d1v54i_, d1v54j_, d1v54k_, d1v54l_, d1v54m_, d1v54n_, d1v54o2, d1v54p_, d1v54q_, d1v54r_, d1v54s_, d1v54t_, d1v54u_, d1v54v_, d1v54w_, d1v54x_, d1v54y_, d1v54z_

Domain d1v54o1: 1v54 O:91-227 [100336]
Other proteins in same PDB: d1v54a_, d1v54b2, d1v54c_, d1v54d_, d1v54e_, d1v54f_, d1v54g_, d1v54h_, d1v54i_, d1v54j_, d1v54k_, d1v54l_, d1v54m_, d1v54n_, d1v54o2, d1v54p_, d1v54q_, d1v54r_, d1v54s_, d1v54t_, d1v54u_, d1v54v_, d1v54w_, d1v54x_, d1v54y_, d1v54z_
complexed with cdl, chd, cu, cua, dmu, hea, mg, na, pek, pgv, psc, tgl, unx, zn

Domains for 1v55:

Domain d1v55b1: 1v55 B:91-227 [100350]
Other proteins in same PDB: d1v55a_, d1v55b2, d1v55c_, d1v55d_, d1v55e_, d1v55f_, d1v55g_, d1v55h_, d1v55i_, d1v55j_, d1v55k_, d1v55l_, d1v55m_, d1v55n_, d1v55o2, d1v55p_, d1v55q_, d1v55r_, d1v55s_, d1v55t_, d1v55u_, d1v55v_, d1v55w_, d1v55x_, d1v55y_, d1v55z_

Domain d1v55o1: 1v55 O:91-227 [100364]
Other proteins in same PDB: d1v55a_, d1v55b2, d1v55c_, d1v55d_, d1v55e_, d1v55f_, d1v55g_, d1v55h_, d1v55i_, d1v55j_, d1v55k_, d1v55l_, d1v55m_, d1v55n_, d1v55o2, d1v55p_, d1v55q_, d1v55r_, d1v55s_, d1v55t_, d1v55u_, d1v55v_, d1v55w_, d1v55x_, d1v55y_, d1v55z_
complexed with cdl, chd, cu, cua, dmu, hea, mg, na, pek, pgv, psc, tgl, unx, zn

Domains for 2occ:

Domain d2occb1: 2occ B:91-227 [23027]
Other proteins in same PDB: d2occa_, d2occb2, d2occc_, d2occd_, d2occe_, d2occf_, d2occg_, d2occh_, d2occi_, d2occj_, d2occk_, d2occl_, d2occm_, d2occn_, d2occo2, d2occp_, d2occq_, d2occr_, d2occs_, d2occt_, d2occu_, d2occv_, d2occw_, d2occx_, d2occy_, d2occz_

Domain d2occo1: 2occ O:91-227 [23028]
Other proteins in same PDB: d2occa_, d2occb2, d2occc_, d2occd_, d2occe_, d2occf_, d2occg_, d2occh_, d2occi_, d2occj_, d2occk_, d2occl_, d2occm_, d2occn_, d2occo2, d2occp_, d2occq_, d2occr_, d2occs_, d2occt_, d2occu_, d2occv_, d2occw_, d2occx_, d2occy_, d2occz_
complexed with cu, hea, mg, na, per, zn

Paracoccus denitrificans [TaxId:266] [49546] (2 PDB entries)
1. Domain for 1ar1:
  - Domain d1ar1b1: 1ar1 B:108-252 [23037]
    Other proteins in same PDB: d1ar1a_, d1ar1b2, d1ar1c_, d1ar1d_
    complexed with ca, cu, hea, lda, mg
2. Domain for 1qle:
  - Domain d1qleb1: 1qle B:108-252 [23038]
    Other proteins in same PDB: d1qlea_, d1qleb2, d1qlec_, d1qled_, d1qleh_, d1qlel_
Rhodobacter sphaeroides [TaxId:1063] [74870] (2 PDB entries)
1. Domains for 1m56:
  1. Domain d1m56b1: 1m56 B:130-289 [74472]
    Other proteins in same PDB: d1m56a_, d1m56b2, d1m56c_, d1m56d_, d1m56g_, d1m56h2, d1m56i_, d1m56j_
  2. Domain d1m56h1: 1m56 H:130-289 [74477]
    Other proteins in same PDB: d1m56a_, d1m56b2, d1m56c_, d1m56d_, d1m56g_, d1m56h2, d1m56i_, d1m56j_
    complexed with ca, cu, hea, mg, peh
2. Domains for 1m57:
  1. Domain d1m57b1: 1m57 B:130-289 [74482]
    Other proteins in same PDB: d1m57a_, d1m57b2, d1m57c_, d1m57d_, d1m57g_, d1m57h2, d1m57i_, d1m57j_
  2. Domain d1m57h1: 1m57 H:130-289 [74487]
    Other proteins in same PDB: d1m57a_, d1m57b2, d1m57c_, d1m57d_, d1m57g_, d1m57h2, d1m57i_, d1m57j_
    complexed with ca, cu, hea, mg, peh; mutant
Thermus thermophilus, ba3 type [TaxId:274] [49547] (2 PDB entries)
1. Domain for 1ehk:
  - Domain d1ehkb1: 1ehk B:41-168 [23041]
    Other proteins in same PDB: d1ehka_, d1ehkb2, d1ehkc_
    complexed with 1cu, bng, cua, has, hem
2. Domains for 2cua:
  1. Domain d2cuaa_: 2cua A: [23039]
  2. Domain d2cuab_: 2cua B: [23040]
    complexed with cua, zn

More info for Protein Cytochrome c oxidase from b.6.1.2: Periplasmic domain of cytochrome c oxidase subunit II

Timeline for Protein Cytochrome c oxidase from b.6.1.2: Periplasmic domain of cytochrome c oxidase subunit II:

Protein Cytochrome c oxidase from b.6.1.2: Periplasmic domain of cytochrome c oxidase subunit II first appeared (with stable ids) in SCOP 1.55
Protein Cytochrome c oxidase from b.6.1.2: Periplasmic domain of cytochrome c oxidase subunit II appears in SCOP 1.65
Protein Cytochrome c oxidase from b.6.1.2: Periplasmic domain of cytochrome c oxidase subunit II appears in SCOP 1.69
Protein Cytochrome c oxidase from b.6.1.2: Periplasmic domain of cytochrome c oxidase subunit II appears in the current release, SCOPe 2.08