SCOP 1.75: Protein: Transglutaminase N-terminal domain

Lineage for Protein: Transglutaminase N-terminal domain

Root: SCOP 1.75
Class b: All beta proteins [48724] (174 folds)
Fold b.1: Immunoglobulin-like beta-sandwich [48725] (28 superfamilies)
sandwich; 7 strands in 2 sheets; greek-key
some members of the fold have additional strands
Superfamily b.1.18: E set domains [81296] (23 families)
"Early" Ig-like fold families possibly related to the immunoglobulin and/or fibronectin type III superfamilies
Family b.1.18.9: Transglutaminase N-terminal domain [81289] (1 protein)
Protein Transglutaminase N-terminal domain [49235] (4 species)
elaborated with many loop insertions in the common fold

Species:

Human (Homo sapiens), blood isozyme [TaxId:9606] [49236] (8 PDB entries)
Coagulation factor XIII
1. Domains for 1evu:
  1. Domain d1evua1: 1evu A:1-190 [21883]
    Other proteins in same PDB: d1evua2, d1evua3, d1evua4, d1evub2, d1evub3, d1evub4
  2. Domain d1evub1: 1evu B:8-190 [21884]
    Other proteins in same PDB: d1evua2, d1evua3, d1evua4, d1evub2, d1evub3, d1evub4
    complexed with ca, pgo
2. Domains for 1ex0:
  1. Domain d1ex0a1: 1ex0 A:7-190 [90465]
    Other proteins in same PDB: d1ex0a2, d1ex0a3, d1ex0a4, d1ex0b2, d1ex0b3, d1ex0b4
  2. Domain d1ex0b1: 1ex0 B:5-190 [90469]
    Other proteins in same PDB: d1ex0a2, d1ex0a3, d1ex0a4, d1ex0b2, d1ex0b3, d1ex0b4
    complexed with ca, pgo, po4; mutant
3. Domains for 1f13:
  1. Domain d1f13a1: 1f13 A:5-190 [21877]
    Other proteins in same PDB: d1f13a2, d1f13a3, d1f13a4, d1f13b2, d1f13b3, d1f13b4
  2. Domain d1f13b1: 1f13 B:6-190 [21878]
    Other proteins in same PDB: d1f13a2, d1f13a3, d1f13a4, d1f13b2, d1f13b3, d1f13b4
4. Domains for 1fie:
  1. Domain d1fiea1: 1fie A:9-190 [21879]
    Other proteins in same PDB: d1fiea2, d1fiea3, d1fiea4, d1fieb2, d1fieb3, d1fieb4
  2. Domain d1fieb1: 1fie B:10-190 [21880]
    Other proteins in same PDB: d1fiea2, d1fiea3, d1fiea4, d1fieb2, d1fieb3, d1fieb4
5. Domains for 1ggt:
  1. Domain d1ggta1: 1ggt A:8-190 [21881]
    Other proteins in same PDB: d1ggta2, d1ggta3, d1ggta4, d1ggtb2, d1ggtb3, d1ggtb4
  2. Domain d1ggtb1: 1ggt B:8-190 [21882]
    Other proteins in same PDB: d1ggta2, d1ggta3, d1ggta4, d1ggtb2, d1ggtb3, d1ggtb4
6. Domains for 1ggu:
  1. Domain d1ggua1: 1ggu A:8-190 [21885]
    Other proteins in same PDB: d1ggua2, d1ggua3, d1ggua4, d1ggub2, d1ggub3, d1ggub4
  2. Domain d1ggub1: 1ggu B:8-190 [21886]
    Other proteins in same PDB: d1ggua2, d1ggua3, d1ggua4, d1ggub2, d1ggub3, d1ggub4
    complexed with ca
7. Domains for 1ggy:
  1. Domain d1ggya1: 1ggy A:8-190 [21887]
    Other proteins in same PDB: d1ggya2, d1ggya3, d1ggya4, d1ggyb2, d1ggyb3, d1ggyb4
  2. Domain d1ggyb1: 1ggy B:8-190 [21888]
    Other proteins in same PDB: d1ggya2, d1ggya3, d1ggya4, d1ggyb2, d1ggyb3, d1ggyb4
    complexed with yb
8. Domains for 1qrk:
  1. Domain d1qrka1: 1qrk A:9-190 [21889]
    Other proteins in same PDB: d1qrka2, d1qrka3, d1qrka4, d1qrkb2, d1qrkb3, d1qrkb4
  2. Domain d1qrkb1: 1qrk B:10-190 [21890]
    Other proteins in same PDB: d1qrka2, d1qrka3, d1qrka4, d1qrkb2, d1qrkb3, d1qrkb4
    complexed with sr
Human (Homo sapiens), TGase E3 [TaxId:9606] [74845] (8 PDB entries)
1. Domains for 1l9m:
  1. Domain d1l9ma1: 1l9m A:1-140 [73732]
    Other proteins in same PDB: d1l9ma2, d1l9ma3, d1l9ma4, d1l9mb2, d1l9mb3, d1l9mb4
  2. Domain d1l9mb1: 1l9m B:1-140 [73736]
    Other proteins in same PDB: d1l9ma2, d1l9ma3, d1l9ma4, d1l9mb2, d1l9mb3, d1l9mb4
    complexed with br, ca, cl; mutant
2. Domains for 1l9n:
  1. Domain d1l9na1: 1l9n A:1-140 [73740]
    Other proteins in same PDB: d1l9na2, d1l9na3, d1l9na4, d1l9nb2, d1l9nb3, d1l9nb4
  2. Domain d1l9nb1: 1l9n B:1-140 [73744]
    Other proteins in same PDB: d1l9na2, d1l9na3, d1l9na4, d1l9nb2, d1l9nb3, d1l9nb4
    complexed with bgl, ca, cl; mutant
3. Domains for 1nud:
  1. Domain d1nuda1: 1nud A:1-140 [86174]
    Other proteins in same PDB: d1nuda2, d1nuda3, d1nuda4, d1nudb2, d1nudb3, d1nudb4
  2. Domain d1nudb1: 1nud B:1-140 [86178]
    Other proteins in same PDB: d1nuda2, d1nuda3, d1nuda4, d1nudb2, d1nudb3, d1nudb4
    complexed with br, ca, cl; mutant
4. Domain for 1nuf:
  - Domain d1nufa1: 1nuf A:1-140 [86182]
    Other proteins in same PDB: d1nufa2, d1nufa3, d1nufa4
    complexed with br, ca, cl; mutant
5. Domains for 1nug:
  1. Domain d1nuga1: 1nug A:1-140 [86186]
    Other proteins in same PDB: d1nuga2, d1nuga3, d1nuga4, d1nugb2, d1nugb3, d1nugb4
  2. Domain d1nugb1: 1nug B:1-140 [86190]
    Other proteins in same PDB: d1nuga2, d1nuga3, d1nuga4, d1nugb2, d1nugb3, d1nugb4
    complexed with ca, cl, mg; mutant
6. Domains for 1rle:
  1. Domain d1rlea1: 1rle A:1-140 [97638]
    Other proteins in same PDB: d1rlea2, d1rlea3, d1rlea4, d1rleb2, d1rleb3, d1rleb4
  2. Domain d1rleb1: 1rle B:1-140 [97642]
    Other proteins in same PDB: d1rlea2, d1rlea3, d1rlea4, d1rleb2, d1rleb3, d1rleb4
    complexed with ca, gsp, mg; mutant
7. Domains for 1sgx:
  1. Domain d1sgxa1: 1sgx A:1-140 [98862]
    Other proteins in same PDB: d1sgxa2, d1sgxa3, d1sgxa4, d1sgxb2, d1sgxb3, d1sgxb4
  2. Domain d1sgxb1: 1sgx B:1-140 [98866]
    Other proteins in same PDB: d1sgxa2, d1sgxa3, d1sgxa4, d1sgxb2, d1sgxb3, d1sgxb4
    complexed with 5gp, ca, mg; mutant
8. Domains for 1vjj:
  1. Domain d1vjja1: 1vjj A:1-140 [100814]
    Other proteins in same PDB: d1vjja2, d1vjja3, d1vjja4, d1vjjb2, d1vjjb3, d1vjjb4
  2. Domain d1vjjb1: 1vjj B:1-140 [100818]
    Other proteins in same PDB: d1vjja2, d1vjja3, d1vjja4, d1vjjb2, d1vjjb3, d1vjjb4
    complexed with ca, cl, gdp, mg; mutant

Human (Homo sapiens), tissue isozyme [TaxId:9606] [74844] (2 PDB entries)
GDP-binding protein

Domains for 1kv3:

Domain d1kv3a1: 1kv3 A:15-145 [73027]
Other proteins in same PDB: d1kv3a2, d1kv3a3, d1kv3a4, d1kv3b2, d1kv3b3, d1kv3b4, d1kv3c2, d1kv3c3, d1kv3c4, d1kv3d2, d1kv3d3, d1kv3d4, d1kv3e2, d1kv3e3, d1kv3e4, d1kv3f2, d1kv3f3, d1kv3f4

Domain d1kv3b1: 1kv3 B:15-145 [73031]
Other proteins in same PDB: d1kv3a2, d1kv3a3, d1kv3a4, d1kv3b2, d1kv3b3, d1kv3b4, d1kv3c2, d1kv3c3, d1kv3c4, d1kv3d2, d1kv3d3, d1kv3d4, d1kv3e2, d1kv3e3, d1kv3e4, d1kv3f2, d1kv3f3, d1kv3f4

Domain d1kv3c1: 1kv3 C:15-145 [73035]
Other proteins in same PDB: d1kv3a2, d1kv3a3, d1kv3a4, d1kv3b2, d1kv3b3, d1kv3b4, d1kv3c2, d1kv3c3, d1kv3c4, d1kv3d2, d1kv3d3, d1kv3d4, d1kv3e2, d1kv3e3, d1kv3e4, d1kv3f2, d1kv3f3, d1kv3f4

Domain d1kv3d1: 1kv3 D:15-145 [73039]
Other proteins in same PDB: d1kv3a2, d1kv3a3, d1kv3a4, d1kv3b2, d1kv3b3, d1kv3b4, d1kv3c2, d1kv3c3, d1kv3c4, d1kv3d2, d1kv3d3, d1kv3d4, d1kv3e2, d1kv3e3, d1kv3e4, d1kv3f2, d1kv3f3, d1kv3f4

Domain d1kv3e1: 1kv3 E:15-145 [73043]
Other proteins in same PDB: d1kv3a2, d1kv3a3, d1kv3a4, d1kv3b2, d1kv3b3, d1kv3b4, d1kv3c2, d1kv3c3, d1kv3c4, d1kv3d2, d1kv3d3, d1kv3d4, d1kv3e2, d1kv3e3, d1kv3e4, d1kv3f2, d1kv3f3, d1kv3f4

Domain d1kv3f1: 1kv3 F:15-145 [73047]
Other proteins in same PDB: d1kv3a2, d1kv3a3, d1kv3a4, d1kv3b2, d1kv3b3, d1kv3b4, d1kv3c2, d1kv3c3, d1kv3c4, d1kv3d2, d1kv3d3, d1kv3d4, d1kv3e2, d1kv3e3, d1kv3e4, d1kv3f2, d1kv3f3, d1kv3f4
complexed with gdp

Domain for 2q3z:
- Domain d2q3za1: 2q3z A:15-145 [150037]
  Other proteins in same PDB: d2q3za2, d2q3za3, d2q3za4
  automatically matched to d1kv3a1
  complexed with ace, nh2, onl, so4

Red sea bream (Chrysophrys major) [TaxId:143350] [63667] (1 PDB entry)
- Domain for 1g0d:
  - Domain d1g0da1: 1g0d A:6-140 [60166]
    Other proteins in same PDB: d1g0da2, d1g0da3, d1g0da4
    complexed with so4

More info for Protein Transglutaminase N-terminal domain from b.1.18.9: Transglutaminase N-terminal domain

Timeline for Protein Transglutaminase N-terminal domain from b.1.18.9: Transglutaminase N-terminal domain:

Protein Transglutaminase N-terminal domain from b.1.18.9: Transglutaminase N-terminal domain first appeared (with stable ids) in SCOP 1.55, called Protein Transglutaminase factor XIII, N-terminal domain from b.1.1.5: E set domains
Protein Transglutaminase N-terminal domain from b.1.18.9: Transglutaminase N-terminal domain appears in SCOP 1.73
Protein Transglutaminase N-terminal domain from b.1.18.9: Transglutaminase N-terminal domain appears in SCOPe 2.01
Protein Transglutaminase N-terminal domain from b.1.18.9: Transglutaminase N-terminal domain appears in the current release, SCOPe 2.08