SchemaSpy Analysis of scope - Columns | Generated by SchemaSpy |
Generated by SchemaSpy on Sun Feb 26 23:56 EST 2012 |
| ||||||
|
scop contains 191 columns - click on heading to sort:
Table | Column | Type | Size | Nulls | Auto | Default | Children | Parents | Comments | ||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
aerospaci | aerospaci | double | 22 | √ | null | ASTRAL AEROSPACI score; same as SPACI for versions where not used | |||||||||||||||||||||||||||||
aerospaci | effective_r_factor | double | 22 | effective R factor | |||||||||||||||||||||||||||||||
aerospaci | effective_resolution | double | 22 | effective resolution in angstroms | |||||||||||||||||||||||||||||||
aerospaci | id | int unsigned | 10 | √ | |||||||||||||||||||||||||||||||
aerospaci | method_summary | text | 65535 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
aerospaci | pdb_entry_id | int unsigned | 10 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||
aerospaci | procheck1 | tinyint unsigned | 3 | √ | null | Morris Ramachandran class from PROCHECK | |||||||||||||||||||||||||||||
aerospaci | procheck2 | tinyint unsigned | 3 | √ | null | Morris Chi-1 class from PROCHECK | |||||||||||||||||||||||||||||
aerospaci | procheck3 | tinyint unsigned | 3 | √ | null | Morris H-bond class from PROCHECK | |||||||||||||||||||||||||||||
aerospaci | r_factor | double | 22 | √ | null | R factor, or null if not known or not applicable | |||||||||||||||||||||||||||||
aerospaci | release_id | int unsigned | 10 |
|
SCOP release for which these scores were used | ||||||||||||||||||||||||||||||
aerospaci | resolution | double | 22 | √ | null | resolution in angstroms, or null if not known or not applicable | |||||||||||||||||||||||||||||
aerospaci | spaci | double | 22 | ASTRAL SPACI score | |||||||||||||||||||||||||||||||
aerospaci | summary_procheck | double | 22 | summary PROCHECK score | |||||||||||||||||||||||||||||||
aerospaci | summary_whatcheck | double | 22 | summary WHAT_CHECK score | |||||||||||||||||||||||||||||||
aerospaci | whatcheck1 | double | 22 | √ | null | Packing score from WHAT_CHECK | |||||||||||||||||||||||||||||
aerospaci | whatcheck2 | double | 22 | √ | null | Ramachandran score from WHAT_CHECK | |||||||||||||||||||||||||||||
aerospaci | whatcheck3 | double | 22 | √ | null | Chi angles score from WHAT_CHECK | |||||||||||||||||||||||||||||
aerospaci | whatcheck4 | double | 22 | √ | null | Backbone score from WHAT_CHECK | |||||||||||||||||||||||||||||
astral_chain | id | int unsigned | 10 | √ |
|
||||||||||||||||||||||||||||||
astral_chain | is_reject | tinyint unsigned | 3 | due to length or number of Xs | |||||||||||||||||||||||||||||||
astral_chain | raf_id | int unsigned | 10 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||
astral_chain | seq | text | 65535 | lower case | |||||||||||||||||||||||||||||||
astral_chain | sid | varchar | 5 | e.g., 1jmcA | |||||||||||||||||||||||||||||||
astral_chain | source_id | int unsigned | 10 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||
astral_chain_link_domain | chain_id | int unsigned | 10 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||
astral_chain_link_domain | domain_id | int unsigned | 10 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||
astral_chain_subset_id | astral_chain_id | int unsigned | 10 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||
astral_chain_subset_id | pct_identical | int unsigned | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
astral_chain_subset_id | release_id | int unsigned | 10 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||
astral_domain | header | text | 65535 | FASTA header excluding sid | |||||||||||||||||||||||||||||||
astral_domain | id | int unsigned | 10 | √ |
|
||||||||||||||||||||||||||||||
astral_domain | is_reject | tinyint unsigned | 3 | due to length or number of Xs | |||||||||||||||||||||||||||||||
astral_domain | node_id | int unsigned | 10 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||
astral_domain | seq | text | 65535 | lower case, except for X separating genetic domain | |||||||||||||||||||||||||||||||
astral_domain | sid | varchar | 8 | e.g., d1dlwa_ or e1o7d.1B | |||||||||||||||||||||||||||||||
astral_domain | source_id | int unsigned | 10 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||
astral_domain | style_id | int unsigned | 10 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||
astral_domain_subset_blast_e | astral_domain_id | int unsigned | 10 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||
astral_domain_subset_blast_e | blast_log10_e | double | 22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
astral_domain_subset_blast_e | release_id | int unsigned | 10 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||
astral_domain_subset_blast_e | style_id | int unsigned | 10 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||
astral_domain_subset_id | astral_domain_id | int unsigned | 10 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||
astral_domain_subset_id | pct_identical | int unsigned | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
astral_domain_subset_id | release_id | int unsigned | 10 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||
astral_domain_subset_id | style_id | int unsigned | 10 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||
astral_seq_source | description | text | 65535 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
astral_seq_source | id | int unsigned | 10 | √ |
|
||||||||||||||||||||||||||||||
astral_seq_style | description | text | 65535 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
astral_seq_style | id | int unsigned | 10 | √ |
|
||||||||||||||||||||||||||||||
link_pdb | node_id | int unsigned | 10 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||
link_pdb | pdb_chain_id | int unsigned | 10 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||
link_pfam | node_id | int unsigned | 10 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||
link_pfam | pfam_accession | varchar | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
link_species | node_id | int unsigned | 10 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||
link_species | species_id | int unsigned | 10 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||
link_uniprot | node_id | int unsigned | 10 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||
link_uniprot | uniprot_accession | varchar | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
pdb_chain | chain | varchar | 1 | case sensitive | |||||||||||||||||||||||||||||||
pdb_chain | id | int unsigned | 10 | √ |
|
||||||||||||||||||||||||||||||
pdb_chain | is_polypeptide | tinyint unsigned | 3 | 0=no, 1=yes | |||||||||||||||||||||||||||||||
pdb_chain | pdb_release_id | int unsigned | 10 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||
pdb_chain_compound | pdb_chain_id | int unsigned | 10 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||
pdb_chain_compound | pdb_compound_id | int unsigned | 10 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||
pdb_chain_gene | pdb_chain_id | int unsigned | 10 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||
pdb_chain_gene | pdb_gene_id | int unsigned | 10 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||
pdb_chain_source | pdb_chain_id | int unsigned | 10 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||
pdb_chain_source | pdb_source_id | int unsigned | 10 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||
pdb_compound | description | text | 65535 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||
pdb_compound | id | int unsigned | 10 | √ |
|
||||||||||||||||||||||||||||||
pdb_entry | code | varchar | 4 | 4-letter code e.g., 1jmc | |||||||||||||||||||||||||||||||
pdb_entry | deposition_date | date | 10 | date structure was deposited, from HEADER line | |||||||||||||||||||||||||||||||
pdb_entry | description | text | 65535 | from TITLE | |||||||||||||||||||||||||||||||
pdb_entry | id | int unsigned | 10 | √ |
|
||||||||||||||||||||||||||||||
pdb_entry | is_literature_reference | tinyint unsigned | 3 | 0=real PDB, 1=SCOP-only | |||||||||||||||||||||||||||||||
pdb_entry | obsolete_date | date | 10 | √ | null | date obsoleted or withdrawn by PDB; null if still active | |||||||||||||||||||||||||||||
pdb_entry | obsoleted_by | int unsigned | 10 | √ | null |
|
non-null if obsoleted by another structure | ||||||||||||||||||||||||||||
pdb_entry | release_date | date | 10 | date structure was first released by PDB, from REVDAT 1 line | |||||||||||||||||||||||||||||||
pdb_gene | gene_name | text | 65535 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||
pdb_gene | id | int unsigned | 10 | √ |
|
||||||||||||||||||||||||||||||
pdb_headers | class | text | 65535 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
pdb_headers | id | int unsigned | 10 | √ | |||||||||||||||||||||||||||||||
pdb_headers | keywords | text | 65535 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
pdb_headers | pdb_release_id | int unsigned | 10 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||
pdb_headers | title | text | 65535 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
pdb_heterogen | description | text | 65535 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||
pdb_heterogen | id | int unsigned | 10 | √ |
|
||||||||||||||||||||||||||||||
pdb_local | is_raf_calculated | tinyint unsigned | 3 | 0=no, 1=yes | |||||||||||||||||||||||||||||||
pdb_local | pdb_path | text | 65535 | √ | null | absolute path to file | |||||||||||||||||||||||||||||
pdb_local | pdb_release_id | int unsigned | 10 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||
pdb_local | snapshot_date | date | 10 | snapshot containing the PDB file for this release | |||||||||||||||||||||||||||||||
pdb_local | xml_path | text | 65535 | √ | null | absolute path to xml | |||||||||||||||||||||||||||||
pdb_method | description | text | 65535 | full EXPDTA record | |||||||||||||||||||||||||||||||
pdb_method | id | int unsigned | 10 | √ |
|
||||||||||||||||||||||||||||||
pdb_method | is_theory | tinyint unsigned | 3 | 0=no, 1=yes | |||||||||||||||||||||||||||||||
pdb_method | is_xray | tinyint unsigned | 3 | 0=no, 1=yes | |||||||||||||||||||||||||||||||
pdb_method | summary | text | 65535 | summary of method, e.g. XRAY | |||||||||||||||||||||||||||||||
pdb_release | file_date | date | 10 | √ | null | PDB datestamp on file (if known), to track silent updates by PDB | |||||||||||||||||||||||||||||
pdb_release | has_valid_procheck | tinyint unsigned | 3 | 0=no, 1=yes | |||||||||||||||||||||||||||||||
pdb_release | has_valid_whatcheck | tinyint unsigned | 3 | 0=no, 1=yes | |||||||||||||||||||||||||||||||
pdb_release | id | int unsigned | 10 | √ |
|
||||||||||||||||||||||||||||||
pdb_release | method_id | int unsigned | 10 | √ | null |
|
experimental method listed in EXPDTA record, or null if not available | ||||||||||||||||||||||||||||
pdb_release | pdb_entry_id | int unsigned | 10 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||
pdb_release | procheck1 | tinyint unsigned | 3 | √ | null | Morris Ramachandran class from PROCHECK | |||||||||||||||||||||||||||||
pdb_release | procheck2 | tinyint unsigned | 3 | √ | null | Morris Chi-1 class from PROCHECK | |||||||||||||||||||||||||||||
pdb_release | procheck3 | tinyint unsigned | 3 | √ | null | Morris H-bond class from PROCHECK | |||||||||||||||||||||||||||||
pdb_release | r_factor | double | 22 | √ | null | R factor, or null if not known or not applicable | |||||||||||||||||||||||||||||
pdb_release | replaced_by | int unsigned | 10 | √ | null |
|
non-null if replaced by a later version | ||||||||||||||||||||||||||||
pdb_release | resolution | double | 22 | √ | null | resolution in angstroms, or null if not known or not applicable | |||||||||||||||||||||||||||||
pdb_release | revision_date | date | 10 | date this version was released, from REVDAT line | |||||||||||||||||||||||||||||||
pdb_release | spaci | double | 22 | √ | null | ASTRAL SPACI score, or null if not calculated | |||||||||||||||||||||||||||||
pdb_release | whatcheck1 | double | 22 | √ | null | Packing score from WHAT_CHECK | |||||||||||||||||||||||||||||
pdb_release | whatcheck2 | double | 22 | √ | null | Ramachandran score from WHAT_CHECK | |||||||||||||||||||||||||||||
pdb_release | whatcheck3 | double | 22 | √ | null | Chi angles score from WHAT_CHECK | |||||||||||||||||||||||||||||
pdb_release | whatcheck4 | double | 22 | √ | null | Backbone score from WHAT_CHECK | |||||||||||||||||||||||||||||
pdb_release_heterogen | pdb_heterogen_id | int unsigned | 10 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||
pdb_release_heterogen | pdb_release_id | int unsigned | 10 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||
pdb_source | common_name | text | 65535 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||
pdb_source | id | int unsigned | 10 | √ |
|
||||||||||||||||||||||||||||||
pdb_source | is_synthetic | tinyint unsigned | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
pdb_source | ncbi_taxid | text | 65535 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||
pdb_source | scientific_name | text | 65535 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
pdb_source | strain_name | text | 65535 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||
pdb_source_species | pdb_source_id | int unsigned | 10 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||
pdb_source_species | species_id | int unsigned | 10 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||
raf | first_release_id | int unsigned | 10 | √ | null |
|
first SCOP release in which this raf was used, or null for working copy | ||||||||||||||||||||||||||||
raf | id | int unsigned | 10 | √ |
|
||||||||||||||||||||||||||||||
raf | last_release_id | int unsigned | 10 | √ | null |
|
last SCOP release in which this raf was used, or null for working copy | ||||||||||||||||||||||||||||
raf | line | text | 65535 | full line of text, including header | |||||||||||||||||||||||||||||||
raf | pdb_chain_id | int unsigned | 10 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||
raf | raf_version_id | int unsigned | 10 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||
raf_version | header_length | int unsigned | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
raf_version | id | int unsigned | 10 | √ |
|
||||||||||||||||||||||||||||||
raf_version | version | text | 65535 | √ | null | e.g., 0.02 | |||||||||||||||||||||||||||||
scop_comment | description | text | 65535 | the comment | |||||||||||||||||||||||||||||||
scop_comment | id | int unsigned | 10 | √ | |||||||||||||||||||||||||||||||
scop_comment | is_autogenerated | tinyint unsigned | 3 | autogenerated (not by Alexey)? | |||||||||||||||||||||||||||||||
scop_comment | node_id | int unsigned | 10 |
|
node being commented on | ||||||||||||||||||||||||||||||
scop_history | change_type_id | int unsigned | 10 |
|
type of change | ||||||||||||||||||||||||||||||
scop_history | id | int unsigned | 10 | √ | |||||||||||||||||||||||||||||||
scop_history | new_node_id | int unsigned | 10 | √ | null |
|
node it turns into, if applicable | ||||||||||||||||||||||||||||
scop_history | old_node_id | int unsigned | 10 |
|
node being replaced | ||||||||||||||||||||||||||||||
scop_history | release_id | int unsigned | 10 |
|
release where change occurred | ||||||||||||||||||||||||||||||
scop_history_type | abbreviation | text | 65535 | in history.obs; e.g., mrg | |||||||||||||||||||||||||||||||
scop_history_type | description | text | 65535 | e.g., merge | |||||||||||||||||||||||||||||||
scop_history_type | id | int unsigned | 10 | √ |
|
||||||||||||||||||||||||||||||
scop_index | node_id | int unsigned | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
scop_index | term | text | 65535 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
scop_level | abbreviation | text | 65535 | abbreviation to use in parseable files | |||||||||||||||||||||||||||||||
scop_level | description | text | 65535 | long description, e.g., Class | |||||||||||||||||||||||||||||||
scop_level | id | int unsigned | 10 | √ |
|
||||||||||||||||||||||||||||||
scop_level | is_autoexpanded | tinyint unsigned | 3 | Automatically expand this level in browser? | |||||||||||||||||||||||||||||||
scop_level | is_hidden | tinyint unsigned | 3 | Show this level in browser? | |||||||||||||||||||||||||||||||
scop_level | master_abbreviation | text | 65535 | abbreviation used in the master file | |||||||||||||||||||||||||||||||
scop_level | plural | text | 65535 | plural description, e.g., Classes | |||||||||||||||||||||||||||||||
scop_node | description | text | 65535 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
scop_node | id | int unsigned | 10 | √ |
|
||||||||||||||||||||||||||||||
scop_node | level_id | int unsigned | 10 |
|
SCOP level | ||||||||||||||||||||||||||||||
scop_node | parent_node_id | int unsigned | 10 | √ | null |
|
null if no parent | ||||||||||||||||||||||||||||
scop_node | release_id | int unsigned | 10 | √ | null |
|
release in which this node appears, or null for working copy | ||||||||||||||||||||||||||||
scop_node | sccs | text | 65535 | SCOP concise classification string, e.g., a.1.1.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||
scop_node | sid | text | 65535 | √ | null | SCOP domain identifier, e.g., d1dlwa_ (null if not domain) | |||||||||||||||||||||||||||||
scop_node | sunid | int | 10 | SCOP unique identifier, e.g., 14982; unique within each release | |||||||||||||||||||||||||||||||
scop_node_pdbstyle | file_path | text | 65535 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
scop_node_pdbstyle | last_update_id | int unsigned | 10 |
|
SCOP release in which coordinates were last updated | ||||||||||||||||||||||||||||||
scop_node_pdbstyle | node_id | int unsigned | 10 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||
scop_node_thumbnail | chain_large | int unsigned | 10 | √ | null |
|
|||||||||||||||||||||||||||||
scop_node_thumbnail | chain_small | int unsigned | 10 | √ | null |
|
|||||||||||||||||||||||||||||
scop_node_thumbnail | domain_large | int unsigned | 10 | √ | null |
|
|||||||||||||||||||||||||||||
scop_node_thumbnail | domain_small | int unsigned | 10 | √ | null |
|
|||||||||||||||||||||||||||||
scop_node_thumbnail | main | int unsigned | 10 | √ | null |
|
default, or primary view | ||||||||||||||||||||||||||||
scop_node_thumbnail | node_id | int unsigned | 10 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||
scop_node_thumbnail | structure_large | int unsigned | 10 | √ | null |
|
|||||||||||||||||||||||||||||
scop_node_thumbnail | structure_small | int unsigned | 10 | √ | null |
|
|||||||||||||||||||||||||||||
scop_release | freeze_date | date | 10 | date PDB was frozen for classification | |||||||||||||||||||||||||||||||
scop_release | id | int unsigned | 10 | √ |
|
must be in release order | |||||||||||||||||||||||||||||
scop_release | is_comprehensive | tinyint unsigned | 3 | does this include ~all PDB entries prior to freeze date? | |||||||||||||||||||||||||||||||
scop_release | is_public | tinyint unsigned | 3 | 0=no, 1=yes | |||||||||||||||||||||||||||||||
scop_release | release_date | date | 10 | date this version was released | |||||||||||||||||||||||||||||||
scop_release | version | text | 65535 | e.g., 1.73 | |||||||||||||||||||||||||||||||
scop_subset_level | level_node_id | int unsigned | 10 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||
scop_subset_level | rep_node_id | int unsigned | 10 |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||
species | common_name | text | 65535 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||
species | details | text | 65535 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||
species | id | int unsigned | 10 | √ |
|
||||||||||||||||||||||||||||||
species | ncbi_taxid | int unsigned | 10 | √ | null | ||||||||||||||||||||||||||||||
species | scientific_name | text | 65535 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
thumbnail | height | int unsigned | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
thumbnail | id | int unsigned | 10 | √ |
|
||||||||||||||||||||||||||||||
thumbnail | image_path | text | 65535 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
thumbnail | width | int unsigned | 10 |