SCOP 1.73: Species: Baker's yeast (Saccharomyces cerevisiae) [TaxId: 4932]

Lineage for Species: Baker's yeast (Saccharomyces cerevisiae) [TaxId: 4932]

Root: SCOP 1.73
Class i: Low resolution protein structures [58117] (26 folds)
Fold i.8: RNA polymerase [58180] (1 superfamily)
Superfamily i.8.1: RNA polymerase [58181] (1 family)
Family i.8.1.1: RNA polymerase [58182] (2 proteins)
Protein Complete 12-subunit RNA polymerase II complex [90261] (1 species)
Species Baker's yeast (Saccharomyces cerevisiae) [TaxId:4932] [90262] (18 PDB entries)

PDB entries in Species: Baker's yeast (Saccharomyces cerevisiae) [TaxId: 4932]:

Domain(s) for 1nik:
1. Domain d1nika_: 1nik A: [85743]
2. Domain d1nikb_: 1nik B: [85744]
3. Domain d1nikc_: 1nik C: [85745]
4. Domain d1nikd_: 1nik D: [85746]
5. Domain d1nike_: 1nik E: [85747]
6. Domain d1nikf_: 1nik F: [85748]
7. Domain d1nikg_: 1nik G: [85749]
8. Domain d1nikh_: 1nik H: [85750]
9. Domain d1niki_: 1nik I: [85751]
10. Domain d1nikj_: 1nik J: [85752]
11. Domain d1nikk_: 1nik K: [85753]
12. Domain d1nikl_: 1nik L: [85754]
Domain(s) for 1nt9:
1. Domain d1nt9a_: 1nt9 A: [86151]
2. Domain d1nt9b_: 1nt9 B: [86152]
3. Domain d1nt9c_: 1nt9 C: [86153]
4. Domain d1nt9d_: 1nt9 D: [86154]
5. Domain d1nt9e_: 1nt9 E: [86155]
6. Domain d1nt9f_: 1nt9 F: [86156]
7. Domain d1nt9g_: 1nt9 G: [86157]
8. Domain d1nt9h_: 1nt9 H: [86158]
9. Domain d1nt9i_: 1nt9 I: [86159]
10. Domain d1nt9j_: 1nt9 J: [86160]
11. Domain d1nt9k_: 1nt9 K: [86161]
12. Domain d1nt9l_: 1nt9 L: [86162]
Domain(s) for 1pqv:
1. Domain d1pqva_: 1pqv A: [95028]
2. Domain d1pqvb_: 1pqv B: [95029]
3. Domain d1pqvc_: 1pqv C: [95030]
4. Domain d1pqvd_: 1pqv D: [95031]
5. Domain d1pqve_: 1pqv E: [95032]
6. Domain d1pqvf_: 1pqv F: [95033]
7. Domain d1pqvg_: 1pqv G: [95034]
8. Domain d1pqvh_: 1pqv H: [95035]
9. Domain d1pqvi_: 1pqv I: [95036]
10. Domain d1pqvj_: 1pqv J: [95037]
11. Domain d1pqvk_: 1pqv K: [95038]
12. Domain d1pqvl_: 1pqv L: [95039]
13. Domain d1pqvs_: 1pqv S: [95040]
  complexed with transcription elongation factor S-II
Domain(s) for 1r5u:
1. Domain d1r5ua_: 1r5u A: [97105]
2. Domain d1r5ub_: 1r5u B: [97106]
3. Domain d1r5uc_: 1r5u C: [97107]
4. Domain d1r5ue_: 1r5u E: [97108]
5. Domain d1r5uf_: 1r5u F: [97109]
6. Domain d1r5uh_: 1r5u H: [97110]
7. Domain d1r5ui_: 1r5u I: [97111]
8. Domain d1r5uj_: 1r5u J: [97112]
9. Domain d1r5uk_: 1r5u K: [97113]
10. Domain d1r5ul_: 1r5u L: [97114]
11. Domain d1r5um_: 1r5u M: [97115]
  complexed with transcription elongation factor TFIIB
Domain(s) for 1r9s:
1. Domain d1r9sa_: 1r9s A: [111729]
2. Domain d1r9sb_: 1r9s B: [111730]
3. Domain d1r9sc_: 1r9s C: [111731]
4. Domain d1r9se_: 1r9s E: [111732]
5. Domain d1r9sf_: 1r9s F: [111733]
6. Domain d1r9sh_: 1r9s H: [111734]
7. Domain d1r9si_: 1r9s I: [111735]
8. Domain d1r9sj_: 1r9s J: [111736]
9. Domain d1r9sk_: 1r9s K: [111737]
10. Domain d1r9sl_: 1r9s L: [111738]
Domain(s) for 1r9t:
1. Domain d1r9ta_: 1r9t A: [111739]
2. Domain d1r9tb_: 1r9t B: [111740]
3. Domain d1r9tc_: 1r9t C: [111741]
4. Domain d1r9te_: 1r9t E: [111742]
5. Domain d1r9tf_: 1r9t F: [111743]
6. Domain d1r9th_: 1r9t H: [111744]
7. Domain d1r9ti_: 1r9t I: [111745]
8. Domain d1r9tj_: 1r9t J: [111746]
9. Domain d1r9tk_: 1r9t K: [111747]
10. Domain d1r9tl_: 1r9t L: [111748]
Domain(s) for 1sfo:
1. Domain d1sfoa_: 1sfo A: [98834]
2. Domain d1sfob_: 1sfo B: [98835]
3. Domain d1sfoc_: 1sfo C: [98836]
4. Domain d1sfoe_: 1sfo E: [98837]
5. Domain d1sfof_: 1sfo F: [98838]
6. Domain d1sfoh_: 1sfo H: [98839]
7. Domain d1sfoi_: 1sfo I: [98840]
8. Domain d1sfoj_: 1sfo J: [98841]
9. Domain d1sfok_: 1sfo K: [98842]
10. Domain d1sfol_: 1sfo L: [98843]
  strand separated elongation complex
Domain(s) for 1wcm:
1. Domain d1wcma_: 1wcm A: [114510]
2. Domain d1wcmb_: 1wcm B: [114511]
3. Domain d1wcmc_: 1wcm C: [114512]
4. Domain d1wcmd_: 1wcm D: [114513]
5. Domain d1wcme_: 1wcm E: [114514]
6. Domain d1wcmf_: 1wcm F: [114515]
7. Domain d1wcmg_: 1wcm G: [114516]
8. Domain d1wcmh_: 1wcm H: [114517]
9. Domain d1wcmi_: 1wcm I: [114518]
10. Domain d1wcmj_: 1wcm J: [114519]
11. Domain d1wcmk_: 1wcm K: [114520]
12. Domain d1wcml_: 1wcm L: [114521]
Domain(s) for 1y1v:
1. Domain d1y1va_: 1y1v A: [116349]
2. Domain d1y1vb_: 1y1v B: [116350]
3. Domain d1y1vc_: 1y1v C: [116351]
4. Domain d1y1vd_: 1y1v D: [116352]
5. Domain d1y1ve_: 1y1v E: [116353]
6. Domain d1y1vf_: 1y1v F: [116354]
7. Domain d1y1vg_: 1y1v G: [116355]
8. Domain d1y1vh_: 1y1v H: [116356]
9. Domain d1y1vi_: 1y1v I: [116357]
10. Domain d1y1vj_: 1y1v J: [116358]
11. Domain d1y1vk_: 1y1v K: [116359]
12. Domain d1y1vl_: 1y1v L: [116360]
13. Domain d1y1vs_: 1y1v S: [116361]
Domain(s) for 1y1w:
1. Domain d1y1wa_: 1y1w A: [116362]
2. Domain d1y1wb_: 1y1w B: [116363]
3. Domain d1y1wc_: 1y1w C: [116364]
4. Domain d1y1wd_: 1y1w D: [116365]
5. Domain d1y1we_: 1y1w E: [116366]
6. Domain d1y1wf_: 1y1w F: [116367]
7. Domain d1y1wg_: 1y1w G: [116368]
8. Domain d1y1wh_: 1y1w H: [116369]
9. Domain d1y1wi_: 1y1w I: [116370]
10. Domain d1y1wj_: 1y1w J: [116371]
11. Domain d1y1wk_: 1y1w K: [116372]
12. Domain d1y1wl_: 1y1w L: [116373]
Domain(s) for 1y1y:
1. Domain d1y1ya_: 1y1y A: [116376]
2. Domain d1y1yb_: 1y1y B: [116377]
3. Domain d1y1yc_: 1y1y C: [116378]
4. Domain d1y1yd_: 1y1y D: [116379]
5. Domain d1y1ye_: 1y1y E: [116380]
6. Domain d1y1yf_: 1y1y F: [116381]
7. Domain d1y1yg_: 1y1y G: [116382]
8. Domain d1y1yh_: 1y1y H: [116383]
9. Domain d1y1yi_: 1y1y I: [116384]
10. Domain d1y1yj_: 1y1y J: [116385]
11. Domain d1y1yk_: 1y1y K: [116386]
12. Domain d1y1yl_: 1y1y L: [116387]
13. Domain d1y1ys_: 1y1y S: [116388]
Domain(s) for 1y77:
1. Domain d1y77a_: 1y77 A: [116512]
2. Domain d1y77b_: 1y77 B: [116513]
3. Domain d1y77c_: 1y77 C: [116514]
4. Domain d1y77d_: 1y77 D: [116515]
5. Domain d1y77e_: 1y77 E: [116516]
6. Domain d1y77f_: 1y77 F: [116517]
7. Domain d1y77g_: 1y77 G: [116518]
8. Domain d1y77h_: 1y77 H: [116519]
9. Domain d1y77i_: 1y77 I: [116520]
10. Domain d1y77j_: 1y77 J: [116521]
11. Domain d1y77k_: 1y77 K: [116522]
12. Domain d1y77l_: 1y77 L: [116523]

Domain(s) for 2b63:

Domain d2b63d1: 2b63 D:15-75 [127921]
Other proteins in same PDB: d2b63a1, d2b63b1, d2b63c1, d2b63c2, d2b63e1, d2b63e2, d2b63f1, d2b63h1, d2b63i1, d2b63i2, d2b63j1, d2b63k1, d2b63l1
low resulution structure
complexed with 5bu, mg, zn

Domain d2b63g1: 2b63 G:1-79 [127925]
Other proteins in same PDB: d2b63a1, d2b63b1, d2b63c1, d2b63c2, d2b63e1, d2b63e2, d2b63f1, d2b63h1, d2b63i1, d2b63i2, d2b63j1, d2b63k1, d2b63l1
low resulution structure
complexed with 5bu, mg, zn

Domain(s) for 2b8k:

Domain d2b8kd1: 2b8k D:15-75 [128080]
Other proteins in same PDB: d2b8ka1, d2b8kb1, d2b8kc1, d2b8kc2, d2b8ke1, d2b8ke2, d2b8kf1, d2b8kg1, d2b8kg2, d2b8kh1, d2b8ki1, d2b8ki2, d2b8kj1, d2b8kk1, d2b8kl1
automatically matched to 2B63 D:15-75
complexed with zn

Domain(s) for 2ja5:

Domain d2ja5d1: 2ja5 D:15-75 [138162]
Other proteins in same PDB: d2ja5a1, d2ja5b1, d2ja5c1, d2ja5c2, d2ja5e1, d2ja5e2, d2ja5f1, d2ja5g1, d2ja5g2, d2ja5h1, d2ja5i1, d2ja5i2, d2ja5j1, d2ja5k1, d2ja5l1
automatically matched to 2B63 D:15-75
complexed with bru, mg, zn

Domain(s) for 2ja6:

Domain d2ja6d1: 2ja6 D:15-75 [138178]
Other proteins in same PDB: d2ja6a1, d2ja6b1, d2ja6c1, d2ja6c2, d2ja6e1, d2ja6e2, d2ja6f1, d2ja6g1, d2ja6g2, d2ja6h1, d2ja6i1, d2ja6i2, d2ja6j1, d2ja6k1, d2ja6l1
automatically matched to 2B63 D:15-75
complexed with bru, mg, tt, zn

Domain(s) for 2ja7:

Domain d2ja7d1: 2ja7 D:15-75 [138194]
Other proteins in same PDB: d2ja7a1, d2ja7b1, d2ja7c1, d2ja7c2, d2ja7e1, d2ja7e2, d2ja7f1, d2ja7g1, d2ja7g2, d2ja7h1, d2ja7i1, d2ja7i2, d2ja7j1, d2ja7k1, d2ja7l1, d2ja7m1, d2ja7n1, d2ja7o1, d2ja7o2, d2ja7q1, d2ja7q2, d2ja7r1, d2ja7s1, d2ja7s2, d2ja7t1, d2ja7u1, d2ja7u2, d2ja7v1, d2ja7w1, d2ja7x1
automatically matched to 2B63 D:15-75
complexed with bru, mg, tt, zn

Domain d2ja7p1: 2ja7 P:15-75 [138210]
Other proteins in same PDB: d2ja7a1, d2ja7b1, d2ja7c1, d2ja7c2, d2ja7e1, d2ja7e2, d2ja7f1, d2ja7g1, d2ja7g2, d2ja7h1, d2ja7i1, d2ja7i2, d2ja7j1, d2ja7k1, d2ja7l1, d2ja7m1, d2ja7n1, d2ja7o1, d2ja7o2, d2ja7q1, d2ja7q2, d2ja7r1, d2ja7s1, d2ja7s2, d2ja7t1, d2ja7u1, d2ja7u2, d2ja7v1, d2ja7w1, d2ja7x1
automatically matched to 2B63 D:15-75
complexed with bru, mg, tt, zn

Domain(s) for 2ja8:

Domain d2ja8d1: 2ja8 D:15-75 [138226]
Other proteins in same PDB: d2ja8a1, d2ja8b1, d2ja8c1, d2ja8c2, d2ja8e1, d2ja8e2, d2ja8f1, d2ja8g1, d2ja8g2, d2ja8h1, d2ja8i1, d2ja8i2, d2ja8j1, d2ja8k1, d2ja8l1
automatically matched to 2B63 D:15-75
complexed with bru, mg, tt, zn

More info for Species Baker's yeast (Saccharomyces cerevisiae) [TaxId:4932] from i.8.1.1 Complete 12-subunit RNA polymerase II complex

Timeline for Species Baker's yeast (Saccharomyces cerevisiae) [TaxId:4932] from i.8.1.1 Complete 12-subunit RNA polymerase II complex:

Species Baker's yeast (Saccharomyces cerevisiae) [TaxId:4932] from i.8.1.1 Complete 12-subunit RNA polymerase II complex first appeared in SCOP 1.65
Species Baker's yeast (Saccharomyces cerevisiae) [TaxId:4932] from i.8.1.1 Complete 12-subunit RNA polymerase II complex appears in SCOP 1.71
Species Baker's yeast (Saccharomyces cerevisiae) [TaxId:4932] from i.8.1.1 Complete 12-subunit RNA polymerase II complex appears in SCOP 1.75
Species Baker's yeast (Saccharomyces cerevisiae) [TaxId:4932] from i.8.1.1 Complete 12-subunit RNA polymerase II complex appears in the current release, SCOPe 2.08