SCOPe Funding Alert: SCOPe support from the NIH ended in April 2016. John-Marc Chandonia is the primary maintainer and has continued to develop SCOPe using vacation time. Three proposals to the NIH for continued funding have been unsuccessful. If our current NIH proposal is not funded, SCOPe will shut down permanently in Summer 2017 as Dr. Chandonia will need to seek a new position.

Lineage for Protein: Sigma70

  1. Root: SCOPe 2.06
  2. 1976409Class a: All alpha proteins [46456] (289 folds)
  3. 2014239Fold a.177: Sigma2 domain of RNA polymerase sigma factors [88945] (1 superfamily)
    multihelical; consists of a conserved 4-helical core and a variable insert subdomain
  4. 2014240Superfamily a.177.1: Sigma2 domain of RNA polymerase sigma factors [88946] (2 families) (S)
  5. 2014241Family a.177.1.1: Sigma2 domain of RNA polymerase sigma factors [88947] (6 protein domains)
  6. 2014257Protein Sigma70 [88948] (2 species)

Species:

  1. 2014258Escherichia coli [TaxId:562] [48332] (1 PDB entry)
  2. 2014260Thermus thermophilus [TaxId:274] [88949] (10 PDB entries)
    Uniprot Q9WX78
    1. Domains for 1iw7:
      1. 2014271Domain d1iw7f3: 1iw7 F:74-257 [83088]
        Other proteins in same PDB: d1iw7a1, d1iw7a2, d1iw7b1, d1iw7b2, d1iw7c_, d1iw7d_, d1iw7e_, d1iw7f1, d1iw7f2, d1iw7k1, d1iw7k2, d1iw7l1, d1iw7l2, d1iw7m_, d1iw7n_, d1iw7o_, d1iw7p1, d1iw7p2
        complexed with mg, pb
      2. 2014272Domain d1iw7p3: 1iw7 P:74-257 [83091]
        Other proteins in same PDB: d1iw7a1, d1iw7a2, d1iw7b1, d1iw7b2, d1iw7c_, d1iw7d_, d1iw7e_, d1iw7f1, d1iw7f2, d1iw7k1, d1iw7k2, d1iw7l1, d1iw7l2, d1iw7m_, d1iw7n_, d1iw7o_, d1iw7p1, d1iw7p2
        complexed with mg, pb
    2. Domains for 1smy:
      1. 2014261Domain d1smyf3: 1smy F:74-257 [105783]
        Other proteins in same PDB: d1smya1, d1smya2, d1smyb1, d1smyb2, d1smyc_, d1smyd_, d1smye_, d1smyf1, d1smyf2, d1smyk1, d1smyk2, d1smyl1, d1smyl2, d1smym_, d1smyn_, d1smyo_, d1smyp1, d1smyp2
        complexed with g4p, mg, zn
      2. 2014262Domain d1smyp3: 1smy P:74-257 [105793]
        Other proteins in same PDB: d1smya1, d1smya2, d1smyb1, d1smyb2, d1smyc_, d1smyd_, d1smye_, d1smyf1, d1smyf2, d1smyk1, d1smyk2, d1smyl1, d1smyl2, d1smym_, d1smyn_, d1smyo_, d1smyp1, d1smyp2
        complexed with g4p, mg, zn
    3. Domains for 2a68:
      1. 2014267Domain d2a68f3: 2a68 F:74-257 [126200]
        Other proteins in same PDB: d2a68a1, d2a68a2, d2a68b1, d2a68b2, d2a68c_, d2a68d_, d2a68e_, d2a68f1, d2a68f2, d2a68k1, d2a68k2, d2a68l1, d2a68l2, d2a68m_, d2a68n_, d2a68o_, d2a68p1, d2a68p2
        automated match to d1smyf3
        protein/RNA complex; complexed with mg, rbt, zn
      2. 2014268Domain d2a68p3: 2a68 P:74-257 [126210]
        Other proteins in same PDB: d2a68a1, d2a68a2, d2a68b1, d2a68b2, d2a68c_, d2a68d_, d2a68e_, d2a68f1, d2a68f2, d2a68k1, d2a68k2, d2a68l1, d2a68l2, d2a68m_, d2a68n_, d2a68o_, d2a68p1, d2a68p2
        automated match to d1smyf3
        protein/RNA complex; complexed with mg, rbt, zn
    4. Domains for 2a69:
      1. 2014269Domain d2a69f3: 2a69 F:74-257 [126220]
        Other proteins in same PDB: d2a69a1, d2a69a2, d2a69b1, d2a69b2, d2a69c_, d2a69d_, d2a69e_, d2a69f1, d2a69f2, d2a69k1, d2a69k2, d2a69l1, d2a69l2, d2a69m_, d2a69n_, d2a69o_, d2a69p1, d2a69p2
        automated match to d1smyf3
        protein/RNA complex; complexed with mg, rpt, zn
      2. 2014270Domain d2a69p3: 2a69 P:74-257 [126230]
        Other proteins in same PDB: d2a69a1, d2a69a2, d2a69b1, d2a69b2, d2a69c_, d2a69d_, d2a69e_, d2a69f1, d2a69f2, d2a69k1, d2a69k2, d2a69l1, d2a69l2, d2a69m_, d2a69n_, d2a69o_, d2a69p1, d2a69p2
        automated match to d1smyf3
        protein/RNA complex; complexed with mg, rpt, zn
    5. Domains for 2a6e:
      1. 2014275Domain d2a6ef3: 2a6e F:74-257 [126249]
        Other proteins in same PDB: d2a6ea1, d2a6ea2, d2a6eb1, d2a6eb2, d2a6ec_, d2a6ed_, d2a6ee_, d2a6ef1, d2a6ef2, d2a6ek1, d2a6ek2, d2a6el1, d2a6el2, d2a6em_, d2a6en_, d2a6eo_, d2a6ep1, d2a6ep2
        automated match to d1smyf3
        complexed with mg, zn
      2. 2014276Domain d2a6ep3: 2a6e P:74-257 [126259]
        Other proteins in same PDB: d2a6ea1, d2a6ea2, d2a6eb1, d2a6eb2, d2a6ec_, d2a6ed_, d2a6ee_, d2a6ef1, d2a6ef2, d2a6ek1, d2a6ek2, d2a6el1, d2a6el2, d2a6em_, d2a6en_, d2a6eo_, d2a6ep1, d2a6ep2
        automated match to d1smyf3
        complexed with mg, zn
    6. Domains for 2a6h:
      1. 2014263Domain d2a6hf3: 2a6h F:74-257 [126269]
        Other proteins in same PDB: d2a6ha1, d2a6ha2, d2a6hb1, d2a6hb2, d2a6hc_, d2a6hd_, d2a6he_, d2a6hf1, d2a6hf2, d2a6hk1, d2a6hk2, d2a6hl1, d2a6hl2, d2a6hm_, d2a6hn_, d2a6ho_, d2a6hp1, d2a6hp2
        automated match to d1smyf3
        protein/RNA complex; complexed with mg, std, zn
      2. 2014264Domain d2a6hp3: 2a6h P:74-257 [126279]
        Other proteins in same PDB: d2a6ha1, d2a6ha2, d2a6hb1, d2a6hb2, d2a6hc_, d2a6hd_, d2a6he_, d2a6hf1, d2a6hf2, d2a6hk1, d2a6hk2, d2a6hl1, d2a6hl2, d2a6hm_, d2a6hn_, d2a6ho_, d2a6hp1, d2a6hp2
        automated match to d1smyf3
        protein/RNA complex; complexed with mg, std, zn
    7. Domains for 2be5:
      1. 2014265Domain d2be5f3: 2be5 F:74-257 [128360]
        Other proteins in same PDB: d2be5a1, d2be5a2, d2be5b1, d2be5b2, d2be5c_, d2be5d_, d2be5e_, d2be5f1, d2be5f2, d2be5k1, d2be5k2, d2be5l1, d2be5l2, d2be5m_, d2be5n_, d2be5o_, d2be5p1, d2be5p2
        automated match to d1smyf3
        protein/RNA complex; complexed with mg, tgt, zn
      2. 2014266Domain d2be5p3: 2be5 P:74-257 [128370]
        Other proteins in same PDB: d2be5a1, d2be5a2, d2be5b1, d2be5b2, d2be5c_, d2be5d_, d2be5e_, d2be5f1, d2be5f2, d2be5k1, d2be5k2, d2be5l1, d2be5l2, d2be5m_, d2be5n_, d2be5o_, d2be5p1, d2be5p2
        automated match to d1smyf3
        protein/RNA complex; complexed with mg, tgt, zn
    8. Domains for 2cw0:
      1. 2014277Domain d2cw0f3: 2cw0 F:74-257 [130907]
        Other proteins in same PDB: d2cw0a1, d2cw0a2, d2cw0b1, d2cw0b2, d2cw0c1, d2cw0d1, d2cw0e1, d2cw0f1, d2cw0f2, d2cw0k1, d2cw0k2, d2cw0l1, d2cw0l2, d2cw0m1, d2cw0n1, d2cw0o1, d2cw0p1, d2cw0p2
        automatically matched to d1iw7f3
        complexed with mg, zn
      2. 2014278Domain d2cw0p3: 2cw0 P:74-257 [130917]
        Other proteins in same PDB: d2cw0a1, d2cw0a2, d2cw0b1, d2cw0b2, d2cw0c1, d2cw0d1, d2cw0e1, d2cw0f1, d2cw0f2, d2cw0k1, d2cw0k2, d2cw0l1, d2cw0l2, d2cw0m1, d2cw0n1, d2cw0o1, d2cw0p1, d2cw0p2
        automatically matched to d1iw7f3
        complexed with mg, zn
    9. Domains for 3eql:
      1. 2014273Domain d3eqlf1: 3eql F:74-257 [199363]
        Other proteins in same PDB: d3eqla1, d3eqla2, d3eqlb1, d3eqlb2, d3eqlc_, d3eqld_, d3eqle_, d3eqlf2, d3eqlf3, d3eqlk1, d3eqlk2, d3eqll1, d3eqll2, d3eqlm_, d3eqln_, d3eqlo_, d3eqlp2, d3eqlp3
        automated match to d1smyf3
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, mxp, zn
      2. 2014274Domain d3eqlp1: 3eql P:74-257 [199371]
        Other proteins in same PDB: d3eqla1, d3eqla2, d3eqlb1, d3eqlb2, d3eqlc_, d3eqld_, d3eqle_, d3eqlf2, d3eqlf3, d3eqlk1, d3eqlk2, d3eqll1, d3eqll2, d3eqlm_, d3eqln_, d3eqlo_, d3eqlp2, d3eqlp3
        automated match to d1smyf3
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, mxp, zn
    10. Domain for 5tmc:

More info for Protein Sigma70 from a.177.1.1: Sigma2 domain of RNA polymerase sigma factors

Timeline for Protein Sigma70 from a.177.1.1: Sigma2 domain of RNA polymerase sigma factors: