SCOP 1.67: Protein: Class II MHC alpha chain, N-terminal domain

Lineage for Protein: Class II MHC alpha chain, N-terminal domain

Root: SCOP 1.67
Class d: Alpha and beta proteins (a+b) [53931] (260 folds)
Fold d.19: MHC antigen-recognition domain [54451] (1 superfamily)
dimeric
Superfamily d.19.1: MHC antigen-recognition domain [54452] (1 family)
Family d.19.1.1: MHC antigen-recognition domain [54453] (11 proteins)
Protein Class II MHC alpha chain, N-terminal domain [88806] (15 species)

Species:

Human (Homo sapiens), HLA-DM [TaxId:9606] [88807] (1 PDB entry)
- Domain for 1hdm:
  - Domain d1hdma2: 1hdm A:13-93 [38157]
    Other proteins in same PDB: d1hdma1, d1hdmb1, d1hdmb2
Human (Homo sapiens), HLA-DQ2 [TaxId:9606] [102833] (1 PDB entry)
- Domains for 1s9v:
  1. Domain d1s9va2: 1s9v A:2-84 [98761]
    Other proteins in same PDB: d1s9va1, d1s9vb1, d1s9vb2, d1s9vd1, d1s9ve1, d1s9ve2
  2. Domain d1s9vd2: 1s9v D:2-84 [98765]
    Other proteins in same PDB: d1s9va1, d1s9vb1, d1s9vb2, d1s9vd1, d1s9ve1, d1s9ve2
    complexed with deamidated gliadin peptide
    complexed with edo
Human (Homo sapiens), HLA-DQ6 [TaxId:9606] [102834] (1 PDB entry)
- Domain for 1uvq:
  - Domain d1uvqa2: 1uvq A:2-84 [100063]
    Other proteins in same PDB: d1uvqa1, d1uvqb1, d1uvqb2
    complexed with a hypocretin peptide
    complexed with acy, bma, fuc, gly, nag, zn
Human (Homo sapiens), HLA-DQ8 [TaxId:9606] [88812] (1 PDB entry)
- Domain for 1jk8:
  - Domain d1jk8a2: 1jk8 A:2-84 [63146]
    Other proteins in same PDB: d1jk8a1, d1jk8b1, d1jk8b2
    complexed with a human insulin peptide
    complexed with nag

Human (Homo sapiens), HLA-DR1 [TaxId:9606] [88808] (11 PDB entries)

Domains for 1aqd:
1. Domain d1aqda2: 1aqd A:3-81 [38159]
  Other proteins in same PDB: d1aqda1, d1aqdb1, d1aqdb2, d1aqdd1, d1aqde1, d1aqde2, d1aqdg1, d1aqdh1, d1aqdh2, d1aqdj1, d1aqdk1, d1aqdk2
2. Domain d1aqdd2: 1aqd D:3-81 [38161]
  Other proteins in same PDB: d1aqda1, d1aqdb1, d1aqdb2, d1aqdd1, d1aqde1, d1aqde2, d1aqdg1, d1aqdh1, d1aqdh2, d1aqdj1, d1aqdk1, d1aqdk2
3. Domain d1aqdg2: 1aqd G:3-81 [38163]
  Other proteins in same PDB: d1aqda1, d1aqdb1, d1aqdb2, d1aqdd1, d1aqde1, d1aqde2, d1aqdg1, d1aqdh1, d1aqdh2, d1aqdj1, d1aqdk1, d1aqdk2
4. Domain d1aqdj2: 1aqd J:3-81 [38165]
  Other proteins in same PDB: d1aqda1, d1aqdb1, d1aqdb2, d1aqdd1, d1aqde1, d1aqde2, d1aqdg1, d1aqdh1, d1aqdh2, d1aqdj1, d1aqdk1, d1aqdk2
Domains for 1dlh:
1. Domain d1dlha2: 1dlh A:3-81 [38171]
  Other proteins in same PDB: d1dlha1, d1dlhb1, d1dlhb2, d1dlhd1, d1dlhe1, d1dlhe2
2. Domain d1dlhd2: 1dlh D:3-81 [38173]
  Other proteins in same PDB: d1dlha1, d1dlhb1, d1dlhb2, d1dlhd1, d1dlhe1, d1dlhe2
  complexed with nag
Domain for 1fyt:
- Domain d1fyta2: 1fyt A:2-81 [38169]
  Other proteins in same PDB: d1fyta1, d1fytb1, d1fytb2, d1fytd1, d1fytd2, d1fyte1, d1fyte2
  complexed with nag; mutant

Domains for 1h15:

Domain d1h15a2: 1h15 A:3-81 [76455]
Other proteins in same PDB: d1h15a1, d1h15b1, d1h15b2, d1h15d1, d1h15e1, d1h15e2

Domain d1h15d2: 1h15 D:3-81 [76459]
Other proteins in same PDB: d1h15a1, d1h15b1, d1h15b2, d1h15d1, d1h15e1, d1h15e2
complexed with a peptide from epstein barr virus dna polymerase, chains C and H
complexed with nag, ndg

Domain for 1hxy:
- Domain d1hxya2: 1hxy A:3-81 [61387]
  Other proteins in same PDB: d1hxya1, d1hxyb1, d1hxyb2, d1hxyd1, d1hxyd2
  complexed with zn
Domain for 1kg0:
- Domain d1kg0a2: 1kg0 A:3-81 [72442]
  Other proteins in same PDB: d1kg0a1, d1kg0b1, d1kg0b2, d1kg0c_
Domain for 1klg:
- Domain d1klga2: 1klg A:4-81 [72715]
  Other proteins in same PDB: d1klga1, d1klgb1, d1klgb2, d1klgd1, d1klgd2
  mutant
Domain for 1klu:
- Domain d1klua2: 1klu A:4-81 [72725]
  Other proteins in same PDB: d1klua1, d1klub1, d1klub2, d1klud1, d1klud2
Domain for 1lo5:
- Domain d1lo5a2: 1lo5 A:4-81 [78117]
  Other proteins in same PDB: d1lo5a1, d1lo5b1, d1lo5b2, d1lo5d1, d1lo5d2
  complexed with a peptide from hemagglutinin
  mutant
Domains for 1seb:
1. Domain d1seba2: 1seb A:1-81 [38175]
  Other proteins in same PDB: d1seba1, d1sebb1, d1sebb2, d1sebd1, d1sebd2, d1sebe1, d1sebf1, d1sebf2, d1sebh1, d1sebh2
2. Domain d1sebe2: 1seb E:1-81 [38177]
  Other proteins in same PDB: d1seba1, d1sebb1, d1sebb2, d1sebd1, d1sebd2, d1sebe1, d1sebf1, d1sebf2, d1sebh1, d1sebh2
Domain for 2seb:
- Domain d2seba2: 2seb A:1-81 [38167]
  Other proteins in same PDB: d2seba1, d2sebb1, d2sebb2, d2sebd1, d2sebd2
  complexed with nag

Human (Homo sapiens), HLA-DR2 [TaxId:9606] [88809] (8 PDB entries)
1. Domains for 1bx2:
  1. Domain d1bx2a2: 1bx2 A:2-81 [38183]
    Other proteins in same PDB: d1bx2a1, d1bx2b1, d1bx2b2, d1bx2d1, d1bx2e1, d1bx2e2
  2. Domain d1bx2d2: 1bx2 D:2-81 [38185]
    Other proteins in same PDB: d1bx2a1, d1bx2b1, d1bx2b2, d1bx2d1, d1bx2e1, d1bx2e2
    complexed with nag
2. Domains for 1fv1:
  1. Domain d1fv1a2: 1fv1 A:3-81 [38179]
    Other proteins in same PDB: d1fv1a1, d1fv1b1, d1fv1b2, d1fv1d1, d1fv1e1, d1fv1e2
  2. Domain d1fv1d2: 1fv1 D:4-81 [38181]
    Other proteins in same PDB: d1fv1a1, d1fv1b1, d1fv1b2, d1fv1d1, d1fv1e1, d1fv1e2
    complexed with cry, so4
3. Domain for 1hqr:
  - Domain d1hqra2: 1hqr A:3-81 [38187]
    Other proteins in same PDB: d1hqra1, d1hqrb1, d1hqrb2, d1hqrd1, d1hqrd2
    complexed with zn
4. Domain for 1jwm:
  - Domain d1jwma2: 1jwm A:3-81 [84237]
    Other proteins in same PDB: d1jwma1, d1jwmb1, d1jwmb2, d1jwmd1, d1jwmd2
5. Domain for 1jws:
  - Domain d1jwsa2: 1jws A:3-81 [84243]
    Other proteins in same PDB: d1jwsa1, d1jwsb1, d1jwsb2, d1jwsd1, d1jwsd2
    mutant
6. Domain for 1jwu:
  - Domain d1jwua2: 1jwu A:3-81 [84249]
    Other proteins in same PDB: d1jwua1, d1jwub1, d1jwub2, d1jwud1, d1jwud2
    mutant
7. Domain for 1pyw:
  - Domain d1pywa2: 1pyw A:4-81 [95378]
    Other proteins in same PDB: d1pywa1, d1pywb1, d1pywb2, d1pywd1, d1pywd2
    complexed with ace; mutant
8. Domains for 1r5i:
  1. Domain d1r5ia2: 1r5i A:1-81 [97088]
    Other proteins in same PDB: d1r5ia1, d1r5ib1, d1r5ib2, d1r5id_, d1r5ie1, d1r5if1, d1r5if2, d1r5ih_
  2. Domain d1r5ie2: 1r5i E:1-81 [97093]
    Other proteins in same PDB: d1r5ia1, d1r5ib1, d1r5ib2, d1r5id_, d1r5ie1, d1r5if1, d1r5if2, d1r5ih_
    complexed with po4
Human (Homo sapiens), HLA-DR3 [TaxId:9606] [88810] (1 PDB entry)
- Domain for 1a6a:
  - Domain d1a6aa2: 1a6a A:5-81 [38189]
    Other proteins in same PDB: d1a6aa1, d1a6ab1, d1a6ab2
    complexed with nag
Human (Homo sapiens), HLA-DR4 [TaxId:9606] [88811] (5 PDB entries)
1. Domain for 1d5m:
  - Domain d1d5ma2: 1d5m A:4-81 [38191]
    Other proteins in same PDB: d1d5ma1, d1d5mb1, d1d5mb2, d1d5mc1, d1d5mc2
    complexed with ace, nag
2. Domain for 1d5x:
  - Domain d1d5xa2: 1d5x A:3-81 [38197]
    Other proteins in same PDB: d1d5xa1, d1d5xb1, d1d5xb2, d1d5xc1, d1d5xc2
    complexed with ace, haq
3. Domain for 1d5z:
  - Domain d1d5za2: 1d5z A:3-81 [38193]
    Other proteins in same PDB: d1d5za1, d1d5zb1, d1d5zb2, d1d5zc1, d1d5zc2
    complexed with ace, oda
4. Domain for 1d6e:
  - Domain d1d6ea2: 1d6e A:4-81 [38195]
    Other proteins in same PDB: d1d6ea1, d1d6eb1, d1d6eb2, d1d6ec1, d1d6ec2
    complexed with ace
5. Domain for 1j8h:
  - Domain d1j8ha2: 1j8h A:2-81 [71603]
    Other proteins in same PDB: d1j8ha1, d1j8hb1, d1j8hb2, d1j8hd1, d1j8hd2, d1j8he1, d1j8he2
    complexed with nag; mutant
Mouse (Mus musculus), H2-DM [TaxId:10090] [88818] (1 PDB entry)
- Domain for 1k8i:
  - Domain d1k8ia2: 1k8i A:11-92 [68302]
    Other proteins in same PDB: d1k8ia1, d1k8ib1, d1k8ib2
    complexed with nag
Mouse (Mus musculus), I-A(G7) [TaxId:10090] [88817] (2 PDB entries)
1. Domain for 1es0:
  - Domain d1es0a2: 1es0 A:1B-82 [38217]
    Other proteins in same PDB: d1es0a1, d1es0b1, d1es0b2
2. Domains for 1f3j:
  1. Domain d1f3ja2: 1f3j A:1-82 [38219]
    Other proteins in same PDB: d1f3ja1, d1f3jb1, d1f3jb2, d1f3jd1, d1f3je1, d1f3je2
  2. Domain d1f3jd2: 1f3j D:1-82 [38221]
    Other proteins in same PDB: d1f3ja1, d1f3jb1, d1f3jb2, d1f3jd1, d1f3je1, d1f3je2
    complexed with nag
Mouse (Mus musculus), I-AB [TaxId:10090] [88815] (2 PDB entries)
1. Domains for 1lnu:
  1. Domain d1lnua2: 1lnu A:1-83 [74098]
    Other proteins in same PDB: d1lnua1, d1lnub1, d1lnub2, d1lnuc1, d1lnud1, d1lnud2, d1lnue1, d1lnuf1, d1lnuf2, d1lnug1, d1lnuh1, d1lnuh2
  2. Domain d1lnuc2: 1lnu C:1-83 [74102]
    Other proteins in same PDB: d1lnua1, d1lnub1, d1lnub2, d1lnuc1, d1lnud1, d1lnud2, d1lnue1, d1lnuf1, d1lnuf2, d1lnug1, d1lnuh1, d1lnuh2
  3. Domain d1lnue2: 1lnu E:1-83 [74106]
    Other proteins in same PDB: d1lnua1, d1lnub1, d1lnub2, d1lnuc1, d1lnud1, d1lnud2, d1lnue1, d1lnuf1, d1lnuf2, d1lnug1, d1lnuh1, d1lnuh2
  4. Domain d1lnug2: 1lnu G:1-83 [74110]
    Other proteins in same PDB: d1lnua1, d1lnub1, d1lnub2, d1lnuc1, d1lnud1, d1lnud2, d1lnue1, d1lnuf1, d1lnuf2, d1lnug1, d1lnuh1, d1lnuh2
    complexed with nag
2. Domain for 1muj:
  - Domain d1muja2: 1muj A:0-83 [79489]
    Other proteins in same PDB: d1muja1, d1mujb1, d1mujb2
    complex with a human clip peptide, chain C
    complexed with nag
Mouse (Mus musculus), I-AD [TaxId:10090] [88816] (2 PDB entries)
1. Domain for 1iao:
  - Domain d1iaoa2: 1iao A:1-82 [38215]
    Other proteins in same PDB: d1iaoa1, d1iaob1, d1iaob2
    complexed with nag
2. Domain for 2iad:
  - Domain d2iada2: 2iad A:1A-82 [38213]
    Other proteins in same PDB: d2iada1, d2iadb1, d2iadb2
Mouse (Mus musculus), I-AK [TaxId:10090] [88813] (3 PDB entries)
1. Domains for 1d9k:
  1. Domain d1d9kc2: 1d9k C:1-81 [38201]
    Other proteins in same PDB: d1d9ka_, d1d9kb_, d1d9kc1, d1d9kd1, d1d9kd2, d1d9ke_, d1d9kf_, d1d9kg1, d1d9kh1, d1d9kh2
  2. Domain d1d9kg2: 1d9k G:1-81 [38203]
    Other proteins in same PDB: d1d9ka_, d1d9kb_, d1d9kc1, d1d9kd1, d1d9kd2, d1d9ke_, d1d9kf_, d1d9kg1, d1d9kh1, d1d9kh2
2. Domain for 1iak:
  - Domain d1iaka2: 1iak A:1-81 [38199]
    Other proteins in same PDB: d1iaka1, d1iakb1, d1iakb2
    complexed with nag
3. Domain for 1jl4:
  - Domain d1jl4a2: 1jl4 A:5-81 [63158]
    Other proteins in same PDB: d1jl4a1, d1jl4b1, d1jl4b2, d1jl4d1, d1jl4d2
Mouse (Mus musculus), I-AU [TaxId:10090] [89859] (1 PDB entry)
- Domain for 1k2d:
  - Domain d1k2da2: 1k2d A:1-81 [84292]
    Other proteins in same PDB: d1k2da1, d1k2db1, d1k2db2
    complexed with nag
Mouse (Mus musculus), I-EK [TaxId:10090] [88814] (9 PDB entries)
1. Domains for 1fne:
  1. Domain d1fnea2: 1fne A:1-81 [59897]
    Other proteins in same PDB: d1fnea1, d1fneb1, d1fneb2, d1fnec1, d1fned1, d1fned2
  2. Domain d1fnec2: 1fne C:1-81 [59901]
    Other proteins in same PDB: d1fnea1, d1fneb1, d1fneb2, d1fnec1, d1fned1, d1fned2
    complexed with nag; mutant
2. Domains for 1fng:
  1. Domain d1fnga2: 1fng A:1-81 [59905]
    Other proteins in same PDB: d1fnga1, d1fngb1, d1fngb2, d1fngc1, d1fngd1, d1fngd2
  2. Domain d1fngc2: 1fng C:1-81 [59909]
    Other proteins in same PDB: d1fnga1, d1fngb1, d1fngb2, d1fngc1, d1fngd1, d1fngd2
    complexed with nag
3. Domains for 1i3r:
  1. Domain d1i3ra2: 1i3r A:1-81 [61621]
    Other proteins in same PDB: d1i3ra1, d1i3rb1, d1i3rb2, d1i3rc1, d1i3rd1, d1i3rd2, d1i3re1, d1i3rf1, d1i3rf2, d1i3rg1, d1i3rh1, d1i3rh2
  2. Domain d1i3rc2: 1i3r C:1-81 [61625]
    Other proteins in same PDB: d1i3ra1, d1i3rb1, d1i3rb2, d1i3rc1, d1i3rd1, d1i3rd2, d1i3re1, d1i3rf1, d1i3rf2, d1i3rg1, d1i3rh1, d1i3rh2
  3. Domain d1i3re2: 1i3r E:1-81 [61629]
    Other proteins in same PDB: d1i3ra1, d1i3rb1, d1i3rb2, d1i3rc1, d1i3rd1, d1i3rd2, d1i3re1, d1i3rf1, d1i3rf2, d1i3rg1, d1i3rh1, d1i3rh2
  4. Domain d1i3rg2: 1i3r G:1-81 [61633]
    Other proteins in same PDB: d1i3ra1, d1i3rb1, d1i3rb2, d1i3rc1, d1i3rd1, d1i3rd2, d1i3re1, d1i3rf1, d1i3rf2, d1i3rg1, d1i3rh1, d1i3rh2
    complexed with nag; mutant
4. Domains for 1iea:
  1. Domain d1ieaa2: 1iea A:1-81 [38205]
    Other proteins in same PDB: d1ieaa1, d1ieab1, d1ieab2, d1ieac1, d1iead1, d1iead2
  2. Domain d1ieac2: 1iea C:1-81 [38207]
    Other proteins in same PDB: d1ieaa1, d1ieab1, d1ieab2, d1ieac1, d1iead1, d1iead2
    complexed with nag
5. Domains for 1ieb:
  1. Domain d1ieba2: 1ieb A:1-81 [38209]
    Other proteins in same PDB: d1ieba1, d1iebb1, d1iebb2, d1iebc1, d1iebd1, d1iebd2
  2. Domain d1iebc2: 1ieb C:1-81 [38211]
    Other proteins in same PDB: d1ieba1, d1iebb1, d1iebb2, d1iebc1, d1iebd1, d1iebd2
    complexed with nag, so4
6. Domains for 1kt2:
  1. Domain d1kt2a2: 1kt2 A:1-81 [72952]
    Other proteins in same PDB: d1kt2a1, d1kt2b1, d1kt2b2, d1kt2c1, d1kt2d1, d1kt2d2
  2. Domain d1kt2c2: 1kt2 C:1-81 [72956]
    Other proteins in same PDB: d1kt2a1, d1kt2b1, d1kt2b2, d1kt2c1, d1kt2d1, d1kt2d2
    complexed with nag
7. Domains for 1ktd:
  1. Domain d1ktda2: 1ktd A:1-81 [72965]
    Other proteins in same PDB: d1ktda1, d1ktdb1, d1ktdb2, d1ktdc1, d1ktdd1, d1ktdd2
  2. Domain d1ktdc2: 1ktd C:1-81 [72969]
    Other proteins in same PDB: d1ktda1, d1ktdb1, d1ktdb2, d1ktdc1, d1ktdd1, d1ktdd2
    complexed with nag, so4; mutant
8. Domains for 1r5v:
  1. Domain d1r5va2: 1r5v A:3-81 [97117]
    Other proteins in same PDB: d1r5va1, d1r5vb1, d1r5vb2, d1r5vc1, d1r5vd1, d1r5vd2
  2. Domain d1r5vc2: 1r5v C:3-81 [97121]
    Other proteins in same PDB: d1r5va1, d1r5vb1, d1r5vb2, d1r5vc1, d1r5vd1, d1r5vd2
9. Domains for 1r5w:
  1. Domain d1r5wa2: 1r5w A:3-81 [97125]
    Other proteins in same PDB: d1r5wa1, d1r5wb1, d1r5wb2, d1r5wc1, d1r5wd1, d1r5wd2
  2. Domain d1r5wc2: 1r5w C:3-81 [97129]
    Other proteins in same PDB: d1r5wa1, d1r5wb1, d1r5wb2, d1r5wc1, d1r5wd1, d1r5wd2
    mutant

More info for Protein Class II MHC alpha chain, N-terminal domain from d.19.1.1: MHC antigen-recognition domain

Timeline for Protein Class II MHC alpha chain, N-terminal domain from d.19.1.1: MHC antigen-recognition domain:

Protein Class II MHC alpha chain, N-terminal domain from d.19.1.1: MHC antigen-recognition domain first appeared in SCOP 1.65
Protein Class II MHC alpha chain, N-terminal domain from d.19.1.1: MHC antigen-recognition domain appears in SCOP 1.69
Protein Class II MHC alpha chain, N-terminal domain from d.19.1.1: MHC antigen-recognition domain appears in the current release, SCOPe 2.08