Lineage for Species: Pseudomonas putida [TaxId: 303]

  1. Root: SCOPe 2.02
  2. 1143363Class c: Alpha and beta proteins (a/b) [51349] (147 folds)
  3. 1162387Fold c.36: Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding) [52517] (1 superfamily)
    3 layers: a/b/a; parallel beta-sheet of 6 strands, order 213465
  4. 1162388Superfamily c.36.1: Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding) [52518] (8 families) (S)
    there are two different functional modules of this fold: pyridine-binding (Pyr) and pyrophosphate-binding (PP) modules
    two Pyr and two PP modules assemble together in a conserved heterotetrameric core that binds two THDP coenzyme molecules
  5. 1162663Family c.36.1.9: Pyruvate oxidase and decarboxylase PP module [88749] (8 proteins)
    the N-terminal, Pyr module is separated from the C-terminal, PP module by an alpa/beta domain of Rossmann-like topology
  6. 1162687Protein Benzoylformate decarboxylase [88756] (1 species)
  7. 1162688Species Pseudomonas putida [TaxId:303] [88757] (9 PDB entries)
    Uniprot P20906

PDB entries in Species: Pseudomonas putida [TaxId: 303]:

  1. Domain(s) for 1bfd:
  2. Domain(s) for 1mcz:
    1. 1162700Domain d1mcza3: 1mcz A:342-525 [78954]
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      complexed with mg, rmn, tdp
    2. 1162701Domain d1mczb3: 1mcz B:342-525 [78957]
      Other proteins in same PDB: d1mcza1, d1mcza2, d1mczb1, d1mczb2, d1mczc1, d1mczc2, d1mczd1, d1mczd2, d1mcze1, d1mcze2, d1mczf1, d1mczf2, d1mczg1, d1mczg2, d1mczh1, d1mczh2, d1mczi1, d1mczi2, d1mczj1, d1mczj2, d1mczk1, d1mczk2, d1mczl1, d1mczl2, d1mczm1, d1mczm2, d1mczn1, d1mczn2, d1mczo1, d1mczo2, d1mczp1, d1mczp2
      complexed with mg, rmn, tdp
    3. 1162702Domain d1mczc3: 1mcz C:342-525 [78960]
      Other proteins in same PDB: d1mcza1, d1mcza2, d1mczb1, d1mczb2, d1mczc1, d1mczc2, d1mczd1, d1mczd2, d1mcze1, d1mcze2, d1mczf1, d1mczf2, d1mczg1, d1mczg2, d1mczh1, d1mczh2, d1mczi1, d1mczi2, d1mczj1, d1mczj2, d1mczk1, d1mczk2, d1mczl1, d1mczl2, d1mczm1, d1mczm2, d1mczn1, d1mczn2, d1mczo1, d1mczo2, d1mczp1, d1mczp2
      complexed with mg, rmn, tdp
    4. 1162703Domain d1mczd3: 1mcz D:342-525 [78963]
      Other proteins in same PDB: d1mcza1, d1mcza2, d1mczb1, d1mczb2, d1mczc1, d1mczc2, d1mczd1, d1mczd2, d1mcze1, d1mcze2, d1mczf1, d1mczf2, d1mczg1, d1mczg2, d1mczh1, d1mczh2, d1mczi1, d1mczi2, d1mczj1, d1mczj2, d1mczk1, d1mczk2, d1mczl1, d1mczl2, d1mczm1, d1mczm2, d1mczn1, d1mczn2, d1mczo1, d1mczo2, d1mczp1, d1mczp2
      complexed with mg, rmn, tdp
    5. 1162704Domain d1mcze3: 1mcz E:342-525 [78966]
      Other proteins in same PDB: d1mcza1, d1mcza2, d1mczb1, d1mczb2, d1mczc1, d1mczc2, d1mczd1, d1mczd2, d1mcze1, d1mcze2, d1mczf1, d1mczf2, d1mczg1, d1mczg2, d1mczh1, d1mczh2, d1mczi1, d1mczi2, d1mczj1, d1mczj2, d1mczk1, d1mczk2, d1mczl1, d1mczl2, d1mczm1, d1mczm2, d1mczn1, d1mczn2, d1mczo1, d1mczo2, d1mczp1, d1mczp2
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    6. 1162705Domain d1mczf3: 1mcz F:342-525 [78969]
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    7. 1162706Domain d1mczg3: 1mcz G:342-525 [78972]
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    8. 1162707Domain d1mczh3: 1mcz H:342-525 [78975]
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    9. 1162708Domain d1mczi3: 1mcz I:342-525 [78978]
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    10. 1162709Domain d1mczj3: 1mcz J:342-525 [78981]
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    11. 1162710Domain d1mczk3: 1mcz K:342-525 [78984]
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    12. 1162711Domain d1mczl3: 1mcz L:342-525 [78987]
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      complexed with mg, rmn, tdp
    13. 1162712Domain d1mczm3: 1mcz M:342-525 [78990]
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    14. 1162713Domain d1mczn3: 1mcz N:342-525 [78993]
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    15. 1162714Domain d1mczo3: 1mcz O:342-525 [78996]
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    16. 1162715Domain d1mczp3: 1mcz P:342-525 [78999]
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      complexed with mg, rmn, tdp
  3. Domain(s) for 1pi3:
  4. Domain(s) for 1po7:
  5. Domain(s) for 1q6z:
  6. Domain(s) for 1yno:
  7. Domain(s) for 2fn3:
  8. Domain(s) for 2fwn:
  9. Domain(s) for 2v3w:
    1. 1162696Domain d2v3wa3: 2v3w A:342-525 [152467]
      Other proteins in same PDB: d2v3wa1, d2v3wa2, d2v3wb1, d2v3wb2, d2v3wc1, d2v3wc2, d2v3wd1, d2v3wd2
      automatically matched to d1mcza3
      complexed with mg, so4, tpp
    2. 1162697Domain d2v3wb3: 2v3w B:342-525 [152470]
      Other proteins in same PDB: d2v3wa1, d2v3wa2, d2v3wb1, d2v3wb2, d2v3wc1, d2v3wc2, d2v3wd1, d2v3wd2
      automatically matched to d1mcza3
      complexed with mg, so4, tpp
    3. 1162698Domain d2v3wc3: 2v3w C:342-525 [152473]
      Other proteins in same PDB: d2v3wa1, d2v3wa2, d2v3wb1, d2v3wb2, d2v3wc1, d2v3wc2, d2v3wd1, d2v3wd2
      automatically matched to d1mcza3
      complexed with mg, so4, tpp
    4. 1162699Domain d2v3wd3: 2v3w D:342-525 [152476]
      Other proteins in same PDB: d2v3wa1, d2v3wa2, d2v3wb1, d2v3wb2, d2v3wc1, d2v3wc2, d2v3wd1, d2v3wd2
      automatically matched to d1mcza3
      complexed with mg, so4, tpp

More info for Species Pseudomonas putida [TaxId:303] from c.36.1.9 Benzoylformate decarboxylase

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