Lineage for Species: Desulfovibrio africanus [TaxId: 873]

  1. Root: SCOPe 2.06
  2. 2078559Class c: Alpha and beta proteins (a/b) [51349] (148 folds)
  3. 2108258Fold c.36: Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding) [52517] (1 superfamily)
    3 layers: a/b/a; parallel beta-sheet of 6 strands, order 213465
  4. 2108259Superfamily c.36.1: Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding) [52518] (9 families) (S)
    there are two different functional modules of this fold: pyridine-binding (Pyr) and pyrophosphate-binding (PP) modules
    two Pyr and two PP modules assemble together in a conserved heterotetrameric core that binds two THDP coenzyme molecules
  5. 2108512Family c.36.1.8: PFOR Pyr module [88746] (1 protein)
    domains VI, I and II are arranged in the same way as the TK PP, Pyr and C domains
    automatically mapped to Pfam PF01855
  6. 2108513Protein Pyruvate-ferredoxin oxidoreductase, PFOR, domain I [88747] (1 species)
  7. 2108514Species Desulfovibrio africanus [TaxId:873] [88748] (10 PDB entries)

PDB entries in Species: Desulfovibrio africanus [TaxId: 873]:

  1. Domain(s) for 1b0p:
    1. 2108527Domain d1b0pa1: 1b0p A:2-258 [31831]
      Other proteins in same PDB: d1b0pa2, d1b0pa3, d1b0pa4, d1b0pa5, d1b0pb2, d1b0pb3, d1b0pb4, d1b0pb5
      complexed with ca, mg, sf4, tpp
    2. 2108528Domain d1b0pb1: 1b0p B:2-258 [31833]
      Other proteins in same PDB: d1b0pa2, d1b0pa3, d1b0pa4, d1b0pa5, d1b0pb2, d1b0pb3, d1b0pb4, d1b0pb5
      complexed with ca, mg, sf4, tpp
  2. Domain(s) for 1kek:
    1. 2108519Domain d1keka1: 1kek A:2-258 [68524]
      Other proteins in same PDB: d1keka2, d1keka3, d1keka4, d1keka5, d1kekb2, d1kekb3, d1kekb4, d1kekb5
      complexed with ca, co2, htl, mg, sf4
    2. 2108520Domain d1kekb1: 1kek B:2-258 [68529]
      Other proteins in same PDB: d1keka2, d1keka3, d1keka4, d1keka5, d1kekb2, d1kekb3, d1kekb4, d1kekb5
      complexed with ca, co2, htl, mg, sf4
  3. Domain(s) for 2c3m:
    1. 2108517Domain d2c3ma1: 2c3m A:2-258 [129740]
      Other proteins in same PDB: d2c3ma2, d2c3ma3, d2c3ma4, d2c3ma5, d2c3mb2, d2c3mb3, d2c3mb4, d2c3mb5
      automated match to d1keka1
      complexed with ca, cl, mg, sf4, tpp
    2. 2108518Domain d2c3mb1: 2c3m B:2-258 [129745]
      Other proteins in same PDB: d2c3ma2, d2c3ma3, d2c3ma4, d2c3ma5, d2c3mb2, d2c3mb3, d2c3mb4, d2c3mb5
      automated match to d1keka1
      complexed with ca, cl, mg, sf4, tpp
  4. Domain(s) for 2c3o:
    1. 2108531Domain d2c3oa1: 2c3o A:2-258 [129750]
      Other proteins in same PDB: d2c3oa2, d2c3oa3, d2c3oa4, d2c3oa5, d2c3ob2, d2c3ob3, d2c3ob4, d2c3ob5
      automated match to d1keka1
      complexed with ca, mg, pyr, sf4, tpp
    2. 2108532Domain d2c3ob1: 2c3o B:2-258 [129755]
      Other proteins in same PDB: d2c3oa2, d2c3oa3, d2c3oa4, d2c3oa5, d2c3ob2, d2c3ob3, d2c3ob4, d2c3ob5
      automated match to d1keka1
      complexed with ca, mg, pyr, sf4, tpp
  5. Domain(s) for 2c3p:
    1. 2108523Domain d2c3pa1: 2c3p A:2-258 [129760]
      Other proteins in same PDB: d2c3pa2, d2c3pa3, d2c3pa4, d2c3pa5, d2c3pb2, d2c3pb3, d2c3pb4, d2c3pb5
      automated match to d1keka1
      complexed with 1tp, ca, mg, sf4
    2. 2108524Domain d2c3pb1: 2c3p B:2-258 [129765]
      Other proteins in same PDB: d2c3pa2, d2c3pa3, d2c3pa4, d2c3pa5, d2c3pb2, d2c3pb3, d2c3pb4, d2c3pb5
      automated match to d1keka1
      complexed with 1tp, ca, mg, sf4
  6. Domain(s) for 2c3u:
    1. 2108525Domain d2c3ua1: 2c3u A:2-258 [129770]
      Other proteins in same PDB: d2c3ua2, d2c3ua3, d2c3ua4, d2c3ua5, d2c3ub2, d2c3ub3, d2c3ub4, d2c3ub5
      automated match to d1keka1
      complexed with 2tp, ca, mg, pyr, sf4
    2. 2108526Domain d2c3ub1: 2c3u B:2-258 [129775]
      Other proteins in same PDB: d2c3ua2, d2c3ua3, d2c3ua4, d2c3ua5, d2c3ub2, d2c3ub3, d2c3ub4, d2c3ub5
      automated match to d1keka1
      complexed with 2tp, ca, mg, pyr, sf4
  7. Domain(s) for 2c3y:
    1. 2108521Domain d2c3ya1: 2c3y A:2-258 [129780]
      Other proteins in same PDB: d2c3ya2, d2c3ya3, d2c3ya4, d2c3ya5, d2c3yb2, d2c3yb3, d2c3yb4, d2c3yb5
      automated match to d1keka1
      complexed with ca, co2, htl, mg, sf4
    2. 2108522Domain d2c3yb1: 2c3y B:2-258 [129785]
      Other proteins in same PDB: d2c3ya2, d2c3ya3, d2c3ya4, d2c3ya5, d2c3yb2, d2c3yb3, d2c3yb4, d2c3yb5
      automated match to d1keka1
      complexed with ca, co2, htl, mg, sf4
  8. Domain(s) for 2c42:
    1. 2108515Domain d2c42a1: 2c42 A:2-258 [129790]
      Other proteins in same PDB: d2c42a2, d2c42a3, d2c42a4, d2c42a5, d2c42b2, d2c42b3, d2c42b4, d2c42b5
      automated match to d1keka1
      complexed with ca, mg, pyr, sf4, tpp
    2. 2108516Domain d2c42b1: 2c42 B:2-258 [129795]
      Other proteins in same PDB: d2c42a2, d2c42a3, d2c42a4, d2c42a5, d2c42b2, d2c42b3, d2c42b4, d2c42b5
      automated match to d1keka1
      complexed with ca, mg, pyr, sf4, tpp
  9. Domain(s) for 2pda:
    1. 2108533Domain d2pdaa1: 2pda A:2-258 [31835]
      Other proteins in same PDB: d2pdaa2, d2pdaa3, d2pdaa4, d2pdaa5, d2pdab2, d2pdab3, d2pdab4, d2pdab5
      complexed with ca, mg, pyr, sf4, tpp
    2. 2108534Domain d2pdab1: 2pda B:2-258 [31837]
      Other proteins in same PDB: d2pdaa2, d2pdaa3, d2pdaa4, d2pdaa5, d2pdab2, d2pdab3, d2pdab4, d2pdab5
      complexed with ca, mg, pyr, sf4, tpp
  10. Domain(s) for 2uza:
    1. 2108529Domain d2uzaa1: 2uza A:2-258 [152325]
      Other proteins in same PDB: d2uzaa2, d2uzaa3, d2uzaa4, d2uzaa5, d2uzab2, d2uzab3, d2uzab4, d2uzab5
      automated match to d1keka1
      complexed with ca, co2, htl, mg, sf4
    2. 2108530Domain d2uzab1: 2uza B:2-258 [152330]
      Other proteins in same PDB: d2uzaa2, d2uzaa3, d2uzaa4, d2uzaa5, d2uzab2, d2uzab3, d2uzab4, d2uzab5
      automated match to d1keka1
      complexed with ca, co2, htl, mg, sf4

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