SCOPe 2.07: Protein: C-terminal domain of RNA polymerase II subunit RBP7 (RpoE)

Lineage for Protein: C-terminal domain of RNA polymerase II subunit RBP7 (RpoE)

Root: SCOPe 2.07
Class b: All beta proteins [48724] (178 folds)
Fold b.40: OB-fold [50198] (17 superfamilies)
barrel, closed or partly opened n=5, S=10 or S=8; greek-key
Superfamily b.40.4: Nucleic acid-binding proteins [50249] (18 families)
Family b.40.4.5: Cold shock DNA-binding domain-like [50282] (32 proteins)
barrel, closed; n=5, S=8
Protein C-terminal domain of RNA polymerase II subunit RBP7 (RpoE) [88670] (3 species)

Species:

Baker's yeast (Saccharomyces cerevisiae) [TaxId:4932] [117195] (6 PDB entries)
Uniprot P34087

Domains for 1y14:
1. Domain d1y14b1: 1y14 B:81-171 [116323]
  Other proteins in same PDB: d1y14a_, d1y14b2, d1y14c_, d1y14d2
2. Domain d1y14d1: 1y14 D:81-171 [116326]
  Other proteins in same PDB: d1y14a_, d1y14b2, d1y14c_, d1y14d2

Domain for 2b8k:

Domain d2b8kg1: 2b8k G:81-171 [128084]
Other proteins in same PDB: d2b8ka1, d2b8kb1, d2b8kc1, d2b8kc2, d2b8kd1, d2b8ke1, d2b8ke2, d2b8kf1, d2b8kg2, d2b8kh1, d2b8ki1, d2b8ki2, d2b8kj1, d2b8kk1, d2b8kl1
automatically matched to d1y14b1
complexed with zn

Domain for 2ja5:

Domain d2ja5g1: 2ja5 G:81-171 [138166]
Other proteins in same PDB: d2ja5a1, d2ja5b1, d2ja5c1, d2ja5c2, d2ja5d1, d2ja5e1, d2ja5e2, d2ja5f1, d2ja5g2, d2ja5h1, d2ja5i1, d2ja5i2, d2ja5j1, d2ja5k1, d2ja5l1
automatically matched to d1y14b1
protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, zn

Domain for 2ja6:

Domain d2ja6g1: 2ja6 G:81-171 [138182]
Other proteins in same PDB: d2ja6a1, d2ja6b1, d2ja6c1, d2ja6c2, d2ja6d1, d2ja6e1, d2ja6e2, d2ja6f1, d2ja6g2, d2ja6h1, d2ja6i1, d2ja6i2, d2ja6j1, d2ja6k1, d2ja6l1
automatically matched to d1y14b1
protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, zn

Domains for 2ja7:

Domain d2ja7g1: 2ja7 G:81-171 [138198]
Other proteins in same PDB: d2ja7a1, d2ja7b1, d2ja7c1, d2ja7c2, d2ja7d1, d2ja7e1, d2ja7e2, d2ja7f1, d2ja7g2, d2ja7h1, d2ja7i1, d2ja7i2, d2ja7j1, d2ja7k1, d2ja7l1, d2ja7m1, d2ja7n1, d2ja7o1, d2ja7o2, d2ja7p1, d2ja7q1, d2ja7q2, d2ja7r1, d2ja7s2, d2ja7t1, d2ja7u1, d2ja7u2, d2ja7v1, d2ja7w1, d2ja7x1
automatically matched to d1y14b1
protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, zn

Domain d2ja7s1: 2ja7 S:81-171 [138214]
Other proteins in same PDB: d2ja7a1, d2ja7b1, d2ja7c1, d2ja7c2, d2ja7d1, d2ja7e1, d2ja7e2, d2ja7f1, d2ja7g2, d2ja7h1, d2ja7i1, d2ja7i2, d2ja7j1, d2ja7k1, d2ja7l1, d2ja7m1, d2ja7n1, d2ja7o1, d2ja7o2, d2ja7p1, d2ja7q1, d2ja7q2, d2ja7r1, d2ja7s2, d2ja7t1, d2ja7u1, d2ja7u2, d2ja7v1, d2ja7w1, d2ja7x1
automatically matched to d1y14b1
protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, zn

Domain for 2ja8:

Domain d2ja8g1: 2ja8 G:81-171 [138230]
Other proteins in same PDB: d2ja8a1, d2ja8b1, d2ja8c1, d2ja8c2, d2ja8d1, d2ja8e1, d2ja8e2, d2ja8f1, d2ja8g2, d2ja8h1, d2ja8i1, d2ja8i2, d2ja8j1, d2ja8k1, d2ja8l1
automatically matched to d1y14b1
protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, zn

Human (Homo sapiens) [TaxId:9606] [141309] (1 PDB entry)
Uniprot P62487 78-171
- Domains for 2c35:
  1. Domain d2c35b1: 2c35 B:78-171 [129712]
    Other proteins in same PDB: d2c35a1, d2c35b2, d2c35c_, d2c35d2, d2c35e_, d2c35f2, d2c35g_, d2c35h2
  2. Domain d2c35d1: 2c35 D:78-171 [129715]
    Other proteins in same PDB: d2c35a1, d2c35b2, d2c35c_, d2c35d2, d2c35e_, d2c35f2, d2c35g_, d2c35h2
    automated match to d2c35b1
  3. Domain d2c35f1: 2c35 F:78-171 [129718]
    Other proteins in same PDB: d2c35a1, d2c35b2, d2c35c_, d2c35d2, d2c35e_, d2c35f2, d2c35g_, d2c35h2
    automated match to d2c35b1
  4. Domain d2c35h1: 2c35 H:78-171 [129721]
    Other proteins in same PDB: d2c35a1, d2c35b2, d2c35c_, d2c35d2, d2c35e_, d2c35f2, d2c35g_, d2c35h2
    automated match to d2c35b1
Methanococcus jannaschii [TaxId:2190] [88671] (1 PDB entry)
- Domains for 1go3:
  1. Domain d1go3e1: 1go3 E:79-184 [83054]
    Other proteins in same PDB: d1go3e2, d1go3f_, d1go3m2, d1go3n_
    protein/DNA complex; protein/RNA complex
  2. Domain d1go3m1: 1go3 M:79-181 [83056]
    Other proteins in same PDB: d1go3e2, d1go3f_, d1go3m2, d1go3n_
    protein/DNA complex; protein/RNA complex

More info for Protein C-terminal domain of RNA polymerase II subunit RBP7 (RpoE) from b.40.4.5: Cold shock DNA-binding domain-like

Timeline for Protein C-terminal domain of RNA polymerase II subunit RBP7 (RpoE) from b.40.4.5: Cold shock DNA-binding domain-like:

Protein C-terminal domain of RNA polymerase II subunit RBP7 (RpoE) from b.40.4.5: Cold shock DNA-binding domain-like first appeared in SCOP 1.65, called Protein C-terminal domain of RNA polymerase II subunit RBP4 (RpoE) from b.40.4.5: Cold shock DNA-binding domain-like
Protein C-terminal domain of RNA polymerase II subunit RBP7 (RpoE) from b.40.4.5: Cold shock DNA-binding domain-like appears in SCOPe 2.06
Protein C-terminal domain of RNA polymerase II subunit RBP7 (RpoE) from b.40.4.5: Cold shock DNA-binding domain-like appears in the current release, SCOPe 2.08