Lineage for Protein: Sigma70 (SigA, RpoD)

  1. Root: SCOPe 2.06
  2. 1976409Class a: All alpha proteins [46456] (289 folds)
  3. 1981147Fold a.4: DNA/RNA-binding 3-helical bundle [46688] (14 superfamilies)
    core: 3-helices; bundle, closed or partly opened, right-handed twist; up-and down
  4. 1984585Superfamily a.4.13: Sigma3 and sigma4 domains of RNA polymerase sigma factors [88659] (4 families) (S)
  5. 1984618Family a.4.13.2: Sigma4 domain [88665] (5 protein domains)
  6. 1984626Protein Sigma70 (SigA, RpoD) [88666] (4 species)
    Pfam PF03979

Species:

  1. 1984627Escherichia coli [TaxId:562] [116816] (3 PDB entries)
    Uniprot P00579 546-613
    1. Domain for 1tlh:
    2. Domain for 2p7v:
    3. Domains for 4jk1:
      1. 1984629Domain d4jk1x_: 4jk1 X: [307606]
        protein/DNA complex; complexed with g4p, zn
      2. 1984630Domain d4jk1y_: 4jk1 Y: [307607]
        protein/DNA complex; complexed with g4p, zn
  2. 1984632Thermotoga maritima [TaxId:2336] [116817] (2 PDB entries)
    Uniprot P77994 313-399
    1. Domain for 1tty:
    2. Domain for 2k6x:
  3. 1984635Thermus aquaticus [TaxId:271] [88669] (3 PDB entries)
    1. Domain for 1ku3:
    2. Domains for 1ku7:
      1. 1984638Domain d1ku7a_: 1ku7 A: [73001]
        sigma4 domain only
        protein/DNA complex; protein/RNA complex
      2. 1984639Domain d1ku7d_: 1ku7 D: [73002]
        sigma4 domain only
        protein/DNA complex; protein/RNA complex
    3. Domain for 1rio:
  4. 1984640Thermus thermophilus [TaxId:274] [88667] (10 PDB entries)
    Uniprot Q9WX78
    1. Domains for 1iw7:
      1. 1984651Domain d1iw7f2: 1iw7 F:319-423 [83087]
        Other proteins in same PDB: d1iw7a1, d1iw7a2, d1iw7b1, d1iw7b2, d1iw7c_, d1iw7d_, d1iw7e_, d1iw7f1, d1iw7f3, d1iw7k1, d1iw7k2, d1iw7l1, d1iw7l2, d1iw7m_, d1iw7n_, d1iw7o_, d1iw7p1, d1iw7p3
        complexed with mg, pb
      2. 1984652Domain d1iw7p2: 1iw7 P:319-423 [83090]
        Other proteins in same PDB: d1iw7a1, d1iw7a2, d1iw7b1, d1iw7b2, d1iw7c_, d1iw7d_, d1iw7e_, d1iw7f1, d1iw7f3, d1iw7k1, d1iw7k2, d1iw7l1, d1iw7l2, d1iw7m_, d1iw7n_, d1iw7o_, d1iw7p1, d1iw7p3
        complexed with mg, pb
    2. Domains for 1smy:
      1. 1984641Domain d1smyf2: 1smy F:319-423 [105782]
        Other proteins in same PDB: d1smya1, d1smya2, d1smyb1, d1smyb2, d1smyc_, d1smyd_, d1smye_, d1smyf1, d1smyf3, d1smyk1, d1smyk2, d1smyl1, d1smyl2, d1smym_, d1smyn_, d1smyo_, d1smyp1, d1smyp3
        complexed with g4p, mg, zn
      2. 1984642Domain d1smyp2: 1smy P:319-423 [105792]
        Other proteins in same PDB: d1smya1, d1smya2, d1smyb1, d1smyb2, d1smyc_, d1smyd_, d1smye_, d1smyf1, d1smyf3, d1smyk1, d1smyk2, d1smyl1, d1smyl2, d1smym_, d1smyn_, d1smyo_, d1smyp1, d1smyp3
        complexed with g4p, mg, zn
    3. Domains for 2a68:
      1. 1984647Domain d2a68f2: 2a68 F:319-423 [126199]
        Other proteins in same PDB: d2a68a1, d2a68a2, d2a68b1, d2a68b2, d2a68c_, d2a68d_, d2a68e_, d2a68f1, d2a68f3, d2a68k1, d2a68k2, d2a68l1, d2a68l2, d2a68m_, d2a68n_, d2a68o_, d2a68p1, d2a68p3
        automated match to d1smyf2
        protein/RNA complex; complexed with mg, rbt, zn
      2. 1984648Domain d2a68p2: 2a68 P:319-423 [126209]
        Other proteins in same PDB: d2a68a1, d2a68a2, d2a68b1, d2a68b2, d2a68c_, d2a68d_, d2a68e_, d2a68f1, d2a68f3, d2a68k1, d2a68k2, d2a68l1, d2a68l2, d2a68m_, d2a68n_, d2a68o_, d2a68p1, d2a68p3
        automated match to d1smyf2
        protein/RNA complex; complexed with mg, rbt, zn
    4. Domains for 2a69:
      1. 1984649Domain d2a69f2: 2a69 F:319-423 [126219]
        Other proteins in same PDB: d2a69a1, d2a69a2, d2a69b1, d2a69b2, d2a69c_, d2a69d_, d2a69e_, d2a69f1, d2a69f3, d2a69k1, d2a69k2, d2a69l1, d2a69l2, d2a69m_, d2a69n_, d2a69o_, d2a69p1, d2a69p3
        automated match to d1smyf2
        protein/RNA complex; complexed with mg, rpt, zn
      2. 1984650Domain d2a69p2: 2a69 P:319-423 [126229]
        Other proteins in same PDB: d2a69a1, d2a69a2, d2a69b1, d2a69b2, d2a69c_, d2a69d_, d2a69e_, d2a69f1, d2a69f3, d2a69k1, d2a69k2, d2a69l1, d2a69l2, d2a69m_, d2a69n_, d2a69o_, d2a69p1, d2a69p3
        automated match to d1smyf2
        protein/RNA complex; complexed with mg, rpt, zn
    5. Domains for 2a6e:
      1. 1984655Domain d2a6ef2: 2a6e F:319-423 [126248]
        Other proteins in same PDB: d2a6ea1, d2a6ea2, d2a6eb1, d2a6eb2, d2a6ec_, d2a6ed_, d2a6ee_, d2a6ef1, d2a6ef3, d2a6ek1, d2a6ek2, d2a6el1, d2a6el2, d2a6em_, d2a6en_, d2a6eo_, d2a6ep1, d2a6ep3
        automated match to d1smyf2
        complexed with mg, zn
      2. 1984656Domain d2a6ep2: 2a6e P:319-423 [126258]
        Other proteins in same PDB: d2a6ea1, d2a6ea2, d2a6eb1, d2a6eb2, d2a6ec_, d2a6ed_, d2a6ee_, d2a6ef1, d2a6ef3, d2a6ek1, d2a6ek2, d2a6el1, d2a6el2, d2a6em_, d2a6en_, d2a6eo_, d2a6ep1, d2a6ep3
        automated match to d1smyf2
        complexed with mg, zn
    6. Domains for 2a6h:
      1. 1984643Domain d2a6hf2: 2a6h F:319-423 [126268]
        Other proteins in same PDB: d2a6ha1, d2a6ha2, d2a6hb1, d2a6hb2, d2a6hc_, d2a6hd_, d2a6he_, d2a6hf1, d2a6hf3, d2a6hk1, d2a6hk2, d2a6hl1, d2a6hl2, d2a6hm_, d2a6hn_, d2a6ho_, d2a6hp1, d2a6hp3
        automated match to d1smyf2
        protein/RNA complex; complexed with mg, std, zn
      2. 1984644Domain d2a6hp2: 2a6h P:319-423 [126278]
        Other proteins in same PDB: d2a6ha1, d2a6ha2, d2a6hb1, d2a6hb2, d2a6hc_, d2a6hd_, d2a6he_, d2a6hf1, d2a6hf3, d2a6hk1, d2a6hk2, d2a6hl1, d2a6hl2, d2a6hm_, d2a6hn_, d2a6ho_, d2a6hp1, d2a6hp3
        automated match to d1smyf2
        protein/RNA complex; complexed with mg, std, zn
    7. Domains for 2be5:
      1. 1984645Domain d2be5f2: 2be5 F:319-423 [128359]
        Other proteins in same PDB: d2be5a1, d2be5a2, d2be5b1, d2be5b2, d2be5c_, d2be5d_, d2be5e_, d2be5f1, d2be5f3, d2be5k1, d2be5k2, d2be5l1, d2be5l2, d2be5m_, d2be5n_, d2be5o_, d2be5p1, d2be5p3
        automated match to d1smyf2
        protein/RNA complex; complexed with mg, tgt, zn
      2. 1984646Domain d2be5p2: 2be5 P:319-423 [128369]
        Other proteins in same PDB: d2be5a1, d2be5a2, d2be5b1, d2be5b2, d2be5c_, d2be5d_, d2be5e_, d2be5f1, d2be5f3, d2be5k1, d2be5k2, d2be5l1, d2be5l2, d2be5m_, d2be5n_, d2be5o_, d2be5p1, d2be5p3
        automated match to d1smyf2
        protein/RNA complex; complexed with mg, tgt, zn
    8. Domains for 2cw0:
      1. 1984657Domain d2cw0f2: 2cw0 F:319-423 [130906]
        Other proteins in same PDB: d2cw0a1, d2cw0a2, d2cw0b1, d2cw0b2, d2cw0c1, d2cw0d1, d2cw0e1, d2cw0f1, d2cw0f3, d2cw0k1, d2cw0k2, d2cw0l1, d2cw0l2, d2cw0m1, d2cw0n1, d2cw0o1, d2cw0p1, d2cw0p3
        automatically matched to d1iw7f2
        complexed with mg, zn
      2. 1984658Domain d2cw0p2: 2cw0 P:319-423 [130916]
        Other proteins in same PDB: d2cw0a1, d2cw0a2, d2cw0b1, d2cw0b2, d2cw0c1, d2cw0d1, d2cw0e1, d2cw0f1, d2cw0f3, d2cw0k1, d2cw0k2, d2cw0l1, d2cw0l2, d2cw0m1, d2cw0n1, d2cw0o1, d2cw0p1, d2cw0p3
        automatically matched to d1iw7f2
        complexed with mg, zn
    9. Domains for 3eql:
      1. 1984653Domain d3eqlf3: 3eql F:319-423 [199365]
        Other proteins in same PDB: d3eqla1, d3eqla2, d3eqlb1, d3eqlb2, d3eqlc_, d3eqld_, d3eqle_, d3eqlf1, d3eqlf2, d3eqlk1, d3eqlk2, d3eqll1, d3eqll2, d3eqlm_, d3eqln_, d3eqlo_, d3eqlp1, d3eqlp2
        automated match to d1smyf2
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, mxp, zn
      2. 1984654Domain d3eqlp3: 3eql P:319-423 [199373]
        Other proteins in same PDB: d3eqla1, d3eqla2, d3eqlb1, d3eqlb2, d3eqlc_, d3eqld_, d3eqle_, d3eqlf1, d3eqlf2, d3eqlk1, d3eqlk2, d3eqll1, d3eqll2, d3eqlm_, d3eqln_, d3eqlo_, d3eqlp1, d3eqlp2
        automated match to d1smyf2
        protein/DNA complex; protein/RNA complex; complexed with mg, mxp, zn
    10. Domain for 5tmc:

More info for Protein Sigma70 (SigA, RpoD) from a.4.13.2: Sigma4 domain

Timeline for Protein Sigma70 (SigA, RpoD) from a.4.13.2: Sigma4 domain: