Lineage for Protein: Class II MHC beta chain, C-terminal domain

  1. Root: SCOP 1.65
  2. 287094Class b: All beta proteins [48724] (126 folds)
  3. 287095Fold b.1: Immunoglobulin-like beta-sandwich [48725] (20 superfamilies)
    sandwich; 7 strands in 2 sheets; greek-key
    some members of the fold have additional strands
  4. 287096Superfamily b.1.1: Immunoglobulin [48726] (4 families) (S)
  5. 288543Family b.1.1.2: C1 set domains (antibody constant domain-like) [48942] (22 proteins)
  6. 288980Protein Class II MHC beta chain, C-terminal domain [88625] (6 species)

Species:

  1. 288981Human (Homo sapiens), HLA-DM [TaxId:9606] [88626] (1 PDB entry)
    probably orthologous to the mouse H2-DM
  2. 288983Human (Homo sapiens), HLA-DQ group [TaxId:9606] [88630] (1 PDB entry)
    probably orthologous to the mouse I-A group
  3. 288985Human (Homo sapiens), HLA-DR group [TaxId:9606] [88628] (23 PDB entries)
    probably orthologous to the mouse I-E group
    1. Domain for 1a6a:
    2. Domains for 1aqd:
      1. 288994Domain d1aqdb1: 1aqd B:93-190 [21586]
        Other proteins in same PDB: d1aqda1, d1aqda2, d1aqdb2, d1aqdd1, d1aqdd2, d1aqde2, d1aqdg1, d1aqdg2, d1aqdh2, d1aqdj1, d1aqdj2, d1aqdk2
      2. 288995Domain d1aqde1: 1aqd E:93-190 [21588]
        Other proteins in same PDB: d1aqda1, d1aqda2, d1aqdb2, d1aqdd1, d1aqdd2, d1aqde2, d1aqdg1, d1aqdg2, d1aqdh2, d1aqdj1, d1aqdj2, d1aqdk2
      3. 288996Domain d1aqdh1: 1aqd H:93-190 [21590]
        Other proteins in same PDB: d1aqda1, d1aqda2, d1aqdb2, d1aqdd1, d1aqdd2, d1aqde2, d1aqdg1, d1aqdg2, d1aqdh2, d1aqdj1, d1aqdj2, d1aqdk2
      4. 288997Domain d1aqdk1: 1aqd K:93-191 [21592]
        Other proteins in same PDB: d1aqda1, d1aqda2, d1aqdb2, d1aqdd1, d1aqdd2, d1aqde2, d1aqdg1, d1aqdg2, d1aqdh2, d1aqdj1, d1aqdj2, d1aqdk2
    3. Domains for 1bx2:
      1. 289006Domain d1bx2b1: 1bx2 B:93-193 [21610]
        Other proteins in same PDB: d1bx2a1, d1bx2a2, d1bx2b2, d1bx2d1, d1bx2d2, d1bx2e2
      2. 289007Domain d1bx2e1: 1bx2 E:93-191 [21612]
        Other proteins in same PDB: d1bx2a1, d1bx2a2, d1bx2b2, d1bx2d1, d1bx2d2, d1bx2e2
        complexed with nag
    4. Domain for 1d5m:
    5. Domain for 1d5x:
    6. Domain for 1d5z:
    7. Domain for 1d6e:
    8. Domains for 1dlh:
      1. 289004Domain d1dlhb1: 1dlh B:93-190 [21598]
        Other proteins in same PDB: d1dlha1, d1dlha2, d1dlhb2, d1dlhd1, d1dlhd2, d1dlhe2
      2. 289005Domain d1dlhe1: 1dlh E:93-190 [21600]
        Other proteins in same PDB: d1dlha1, d1dlha2, d1dlhb2, d1dlhd1, d1dlhd2, d1dlhe2
        complexed with nag
    9. Domains for 1fv1:
      1. 288986Domain d1fv1b1: 1fv1 B:93-190 [21606]
        Other proteins in same PDB: d1fv1a1, d1fv1a2, d1fv1b2, d1fv1d1, d1fv1d2, d1fv1e2
      2. 288987Domain d1fv1e1: 1fv1 E:93-190 [21608]
        Other proteins in same PDB: d1fv1a1, d1fv1a2, d1fv1b2, d1fv1d1, d1fv1d2, d1fv1e2
        complexed with cry, so4
    10. Domain for 1fyt:
    11. Domains for 1h15:
      1. 289013Domain d1h15b1: 1h15 B:93-190 [76456]
        Other proteins in same PDB: d1h15a1, d1h15a2, d1h15b2, d1h15d1, d1h15d2, d1h15e2
      2. 289014Domain d1h15e1: 1h15 E:93-190 [76460]
        Other proteins in same PDB: d1h15a1, d1h15a2, d1h15b2, d1h15d1, d1h15d2, d1h15e2
        complexed with nag, ndg
    12. Domain for 1hqr:
    13. Domain for 1hxy:
    14. Domain for 1j8h:
    15. Domain for 1jwm:
    16. Domain for 1jws:
    17. Domain for 1jwu:
    18. Domain for 1kg0:
    19. Domain for 1klg:
    20. Domain for 1klu:
    21. Domain for 1lo5:
    22. Domains for 1seb:
      1. 289010Domain d1sebb1: 1seb B:93-192 [21602]
        Other proteins in same PDB: d1seba1, d1seba2, d1sebb2, d1sebd1, d1sebd2, d1sebe1, d1sebe2, d1sebf2, d1sebh1, d1sebh2
      2. 289011Domain d1sebf1: 1seb F:93-192 [21604]
        Other proteins in same PDB: d1seba1, d1seba2, d1sebb2, d1sebd1, d1sebd2, d1sebe1, d1sebe2, d1sebf2, d1sebh1, d1sebh2
    23. Domain for 2seb:
  4. 289017Mouse (Mus musculus), H2-DM [TaxId:10090] [88627] (1 PDB entry)
    probably orthologous to the human HLA-DM
  5. 289019Mouse (Mus musculus), I-A group [TaxId:10090] [88631] (10 PDB entries)
    probably orthologous to the human HLA-DQ group
    1. Domains for 1d9k:
      1. 289032Domain d1d9kd1: 1d9k D:93-190 [21628]
        Other proteins in same PDB: d1d9ka_, d1d9kb_, d1d9kc1, d1d9kc2, d1d9kd2, d1d9ke_, d1d9kf_, d1d9kg1, d1d9kg2, d1d9kh2
      2. 289033Domain d1d9kh1: 1d9k H:93-190 [21630]
        Other proteins in same PDB: d1d9ka_, d1d9kb_, d1d9kc1, d1d9kc2, d1d9kd2, d1d9ke_, d1d9kf_, d1d9kg1, d1d9kg2, d1d9kh2
    2. Domain for 1es0:
    3. Domains for 1f3j:
      1. 289030Domain d1f3jb1: 1f3j B:94-191 [21646]
        Other proteins in same PDB: d1f3ja1, d1f3ja2, d1f3jb2, d1f3jd1, d1f3jd2, d1f3je2
      2. 289031Domain d1f3je1: 1f3j E:94-191 [21648]
        Other proteins in same PDB: d1f3ja1, d1f3ja2, d1f3jb2, d1f3jd1, d1f3jd2, d1f3je2
        complexed with nag
    4. Domain for 1iak:
    5. Domain for 1iao:
    6. Domain for 1jl4:
    7. Domain for 1k2d:
    8. Domains for 1lnu:
      1. 289024Domain d1lnub1: 1lnu B:121-217 [74099]
        Other proteins in same PDB: d1lnua1, d1lnua2, d1lnub2, d1lnuc1, d1lnuc2, d1lnud2, d1lnue1, d1lnue2, d1lnuf2, d1lnug1, d1lnug2, d1lnuh2
      2. 289025Domain d1lnud1: 1lnu D:121-217 [74103]
        Other proteins in same PDB: d1lnua1, d1lnua2, d1lnub2, d1lnuc1, d1lnuc2, d1lnud2, d1lnue1, d1lnue2, d1lnuf2, d1lnug1, d1lnug2, d1lnuh2
      3. 289026Domain d1lnuf1: 1lnu F:121-217 [74107]
        Other proteins in same PDB: d1lnua1, d1lnua2, d1lnub2, d1lnuc1, d1lnuc2, d1lnud2, d1lnue1, d1lnue2, d1lnuf2, d1lnug1, d1lnug2, d1lnuh2
      4. 289027Domain d1lnuh1: 1lnu H:121-217 [74111]
        Other proteins in same PDB: d1lnua1, d1lnua2, d1lnub2, d1lnuc1, d1lnuc2, d1lnud2, d1lnue1, d1lnue2, d1lnuf2, d1lnug1, d1lnug2, d1lnuh2
        contains covalently bound peptides at the N-termini of chains B, D, F and H
        complexed with nag
    9. Domain for 1muj:
    10. Domain for 2iad:
  6. 289035Mouse (Mus musculus), I-E group [TaxId:10090] [88629] (7 PDB entries)
    probably orthologous to the human HLA-DR group
    1. Domains for 1fne:
      1. 289038Domain d1fneb1: 1fne B:93-188 [59898]
        Other proteins in same PDB: d1fnea1, d1fnea2, d1fneb2, d1fnec1, d1fnec2, d1fned2
      2. 289039Domain d1fned1: 1fne D:93-188 [59902]
        Other proteins in same PDB: d1fnea1, d1fnea2, d1fneb2, d1fnec1, d1fnec2, d1fned2
        contains covalently bound peptides at the N-termini of chains B and D
        complexed with nag; mutant
    2. Domains for 1fng:
      1. 289036Domain d1fngb1: 1fng B:93-188 [59906]
        Other proteins in same PDB: d1fnga1, d1fnga2, d1fngb2, d1fngc1, d1fngc2, d1fngd2
      2. 289037Domain d1fngd1: 1fng D:93-188 [59910]
        Other proteins in same PDB: d1fnga1, d1fnga2, d1fngb2, d1fngc1, d1fngc2, d1fngd2
        contains covalently bound peptides at the N-termini of chains B and D
        complexed with nag
    3. Domains for 1i3r:
      1. 289044Domain d1i3rb1: 1i3r B:121-216 [61622]
        Other proteins in same PDB: d1i3ra1, d1i3ra2, d1i3rb2, d1i3rc1, d1i3rc2, d1i3rd2, d1i3re1, d1i3re2, d1i3rf2, d1i3rg1, d1i3rg2, d1i3rh2
      2. 289045Domain d1i3rd1: 1i3r D:121-216 [61626]
        Other proteins in same PDB: d1i3ra1, d1i3ra2, d1i3rb2, d1i3rc1, d1i3rc2, d1i3rd2, d1i3re1, d1i3re2, d1i3rf2, d1i3rg1, d1i3rg2, d1i3rh2
      3. 289046Domain d1i3rf1: 1i3r F:121-216 [61630]
        Other proteins in same PDB: d1i3ra1, d1i3ra2, d1i3rb2, d1i3rc1, d1i3rc2, d1i3rd2, d1i3re1, d1i3re2, d1i3rf2, d1i3rg1, d1i3rg2, d1i3rh2
      4. 289047Domain d1i3rh1: 1i3r H:121-216 [61634]
        Other proteins in same PDB: d1i3ra1, d1i3ra2, d1i3rb2, d1i3rc1, d1i3rc2, d1i3rd2, d1i3re1, d1i3re2, d1i3rf2, d1i3rg1, d1i3rg2, d1i3rh2
        contains covalently bound peptides at the N-termini of chains B, D, F and H
        complexed with nag; mutant
    4. Domains for 1iea:
      1. 289040Domain d1ieab1: 1iea B:93-188 [21632]
        Other proteins in same PDB: d1ieaa1, d1ieaa2, d1ieab2, d1ieac1, d1ieac2, d1iead2
      2. 289041Domain d1iead1: 1iea D:93-188 [21634]
        Other proteins in same PDB: d1ieaa1, d1ieaa2, d1ieab2, d1ieac1, d1ieac2, d1iead2
        contains covalently bound peptides at the N-termini of chains B and D
        complexed with nag
    5. Domains for 1ieb:
      1. 289048Domain d1iebb1: 1ieb B:93-188 [21636]
        Other proteins in same PDB: d1ieba1, d1ieba2, d1iebb2, d1iebc1, d1iebc2, d1iebd2
      2. 289049Domain d1iebd1: 1ieb D:93-188 [21638]
        Other proteins in same PDB: d1ieba1, d1ieba2, d1iebb2, d1iebc1, d1iebc2, d1iebd2
        contains covalently bound peptides at the N-termini of chains B and D
        complexed with nag, so4
    6. Domains for 1kt2:
      1. 289050Domain d1kt2b1: 1kt2 B:121-215 [72953]
        Other proteins in same PDB: d1kt2a1, d1kt2a2, d1kt2b2, d1kt2c1, d1kt2c2, d1kt2d2
      2. 289051Domain d1kt2d1: 1kt2 D:121-215 [72957]
        Other proteins in same PDB: d1kt2a1, d1kt2a2, d1kt2b2, d1kt2c1, d1kt2c2, d1kt2d2
        contains covalently bound peptides at the N-termini of chains B and D
        complexed with nag
    7. Domains for 1ktd:
      1. 289042Domain d1ktdb1: 1ktd B:121-215 [72966]
        Other proteins in same PDB: d1ktda1, d1ktda2, d1ktdb2, d1ktdc1, d1ktdc2, d1ktdd2
      2. 289043Domain d1ktdd1: 1ktd D:121-215 [72970]
        Other proteins in same PDB: d1ktda1, d1ktda2, d1ktdb2, d1ktdc1, d1ktdc2, d1ktdd2
        contains covalently bound peptides at the N-termini of chains B and D
        complexed with nag, so4; mutant

More info for Protein Class II MHC beta chain, C-terminal domain from b.1.1.2: C1 set domains (antibody constant domain-like)

Timeline for Protein Class II MHC beta chain, C-terminal domain from b.1.1.2: C1 set domains (antibody constant domain-like):